1949年1月21日，蔣介石在李宗仁、白崇禧、閻錫山等派系聯合打壓下，力不能支，乘「美齡」號專機飛離南京抵達杭州，發表「引退公告」，宣布由副總統李宗仁代理總統，與共產党進行「和平談判」。此後，蔣躲在老家溪口母墓旁之「慈庵」，韜光養晦，並以國民黨總裁的身份暗中操縱軍政大局，指揮軍隊繼續與解放軍抵抗。
1月22日，駐守北平的傅作義正式宣布《關於和平解放北平問題的協議》公告，北平城內25萬餘國民黨軍移出城外，開至指定地點聽候解放軍改編。
整個平津戰役國民黨軍隊損失52萬人，解放軍傷亡3。9萬人。
此前兩日，即1月20日，中共中央電賀淮海戰役勝利結束，經毛澤東修改定稿的電報中稱：
現在南京城內尚有頭等戰犯及其他罪大惡極的幫凶們，例如胡適、鄭介民、葉秀峰等人。到了1月26日，延安電台廣播說：「對於去年十二月二十五日中共權威人士所提出的戰爭罪犯的初步名單，有人感覺名單遺漏了許多重要戰犯，例如軍事方面的朱紹良、郭懺、李品仙、董釗、陳繼承、張鎮；政治方面的谷正綱、徐堪、俞大維、洪蘭友、董顯光、劉健群；黨特方面的鄧文儀、黃少谷、陳雪屏、賀衷寒、張道藩、蔣經國、鄭彥棻、鄭介民、葉秀峰；反動小黨派方面的左舜生、陳啟天、蔣勻田。許多學生和教授們認為名單中應包含重要的戰爭鼓吹者胡適、于斌和葉青。」從這個廣播可以看出，此時的胡適由罪大惡極的「幫凶」，已晉陞為重要「戰犯」，而傅斯年似乎成為漏網之魚。
眼看長江以北精華之地盡失，國民政府代總統李宗仁決定立即派代表赴北平與中共進行談判，展開旨在保住江南半壁江山的和平攻勢。為加強社會各界力量的和談砝碼，李宗仁專門向已赴台灣的「漏網之魚」傅斯年發電，希望傅能拿出翻江倒海的本領助自己一臂之力，儘快達到「和平之目的」。但此時的傅斯年對國共和談已不抱任何希望，予以謝絕。在致李宗仁信中，傅斯年以他一貫的作風和政治立場，直言不諱地表達了對時局的看法： 德鄰先生賜鑒：
前奉複電感佩之至，我公以民生為念，倡導和平，凡在國人，同聲感荷，然共產黨之行為，實不足以理喻。共產黨本為戰爭黨，以往尚如彼好戰，今日走上風，實無法與之獲得和平，今看共產黨態度，下列數事至為明顯：
1。分化敵人，徹底消滅中央政權，只與地方談和，以實行其宰割之策，絕不以人民為念。
2。絕對走蘇俄路線，受蘇俄指揮，而以中國為美蘇鬥爭中之先鋒隊。
3。對多年掌兵符者，必盡量摧毀，介公固彼所不容，而我公及健生宜生諸先生，彼亦一例看待，即我們讀書人，不受共產黨指揮者，彼亦一樣看待也。
在此情形之下，中央倡導和平，忍辱負重，至矣盡矣，受其侮辱亦無以復加矣，凡此情形可以見諒於國人矣。乃共產黨既如此，則和平運動恐須適可而止矣。蓋如文伯、力子、介侯諸先生之辦法，和平既不可得，所得乃下列之結果：
1。江南各省分崩離析，給共產黨以擴張勢力以方便，而人民亦不能減少痛苦。
2。合法政權既已大明，則權衡輕重，恐須即為下一步之準備，力子、文伯之談和平，毫無辦法。只是投降而已；偏偏共產黨只受零星之降，不受具體之降，不知張、邵、甘諸公作何解也？
3。大江以南之局勢，如不投降，尚有團結之望（至少不是公開之紛爭），如走張邵路線，只有全部解體而已。只要合法之政權不斷氣，無論天涯海角，支持到一年以上，將來未必絕無希望也。司徒大使實一糊塗人，傅涇波尤不可靠，彼等皆不足代表美國，今日希望以美國之助，與共產黨取和乃絕不可能之事也。
傅斯年這一與中國共產黨決絕的強硬態度，並不是一時興起的妄言，實與他一貫的政治主張相吻合，同時也是胡適對中國共產黨態度的呼應。早在1947年1月15日，傅斯年應蔣介石之約共進午餐，席間蔣提出讓胡適組黨並出任國民政府委員兼考試院長，一併請傅幫助說服胡。傅斯年當場予以回絕，謂：「政府之外應有幫助政府之人，必要時說說話，如皆在政府，轉失效用；即如翁詠霓等，如不入黨，不在政府，豈不更好？」又說：「自小者言，北大亦不易辦，校長實不易找人，北大關係北方學界前途甚大。」如此談了許久。蔣一直未放鬆，傅只好答應寫信通知胡，詳述其「這一番好意」。2月4日，傅斯年致信胡適說明原委，信中說：
適之先生：
不大不小之病三個星期，發燒到39.8，而蛋腫得可怕，過舊曆年即呻吟最甚時也。老天開這個玩笑，真惡作劇。昨晚出醫院，傳染期已過（入院原為避染他人），血壓較平常為低（熱病後之現象），仍在頭暈。
病發作在1月15日，是日中午蔣先生約去吃飯（前約一次，因他約未去），座中無他人。他問我意見，我說了好些，大致為：（一）政府非振作不可，何必待各黨派來再「一新天下耳目」，許多事自己可做也。他問我何事，我說了幾件。（二）宋［子文］與國人全體為敵，此為政治主要僵局之一。（三）實施憲政必須積極，此時盡可無多慮，云云。他似乎並不以為然。
接下來，傅斯年敘述了與蔣的談話內容，以及傅替胡適拒絕到政府做官的詳情。最後陳述道：
自由主義者各自決定其辦法與命運。不過。假如先生問我的意見，我可以說：
一、我們與中共必成勢不兩立之勢，自玄學至人生觀，自理想至現實，無一同者。他們得勢，中國必亡於蘇聯。
二、使中共不得勢，只有今政府不倒而改進。
三、但我們自己要有辦法，一入政府即全無辦法。與其入政府，不如組黨，與其組黨，不如辦報。
四、政府今日尚無真正開明、改變作風的象徵，一切恐為美國壓力，裝飾一下子。政府之主體在行政院，其他院長是清中季以後的大學士，對宋尚無決心，其他實看不出光明來。五、我們是要奮鬥的，惟其如此，應永久在野，蓋一入政府，無法奮鬥也。又假如司法院長是章行嚴（杜月笙之秘書），定不糟極！
六、保持抵抗中共的力量，保持批評政府的地位，最多只是辦報，但辦報亦須三思，有實力而後可。今日鬥爭尖銳強烈化，如《獨立譯論》之free lancer［自由作家］，亦不了也。
胡適聽從了傅的勸告，沒有加入內閣成為純粹的國民黨官僚，但辦報的理想亦未實現。就在胡、傅二人為國民政府前途與自己該在何方用力，以幫助政府擺脫困境而焦慮猶豫之際，1947年，胡適借赴南京選舉中央研究院院士的間隙，於10月21日受美國駐華大使司徒雷登邀請共進午餐，這位滿身充溢著書獃子氣味的司徒大使，竟對眾人說出了「中國一兩個月後就得崩塌」的喪氣話。此舉惹得胡適大為不快，當晚在日記里斥罵道：「此老今年七十一，見解甚平凡，尤無政治眼光。他信用一個庸妄人傅涇波，最不可解。」此時，美國政府一些政客拋棄國民黨政府的呼聲甚囂塵上，而作為駐華大使司徒雷登不但拿不出相應的辦法力挽狂瀾，反而以喪門星的角色，只知道拿針扎輪胎——泄氣，自然引起胡適等擁蔣政府者的厭惡。而司徒大使本人確也不是一位精明的外交家，從後來落了個舅舅不親，姥姥不愛，在毛澤東一篇《別了，司徒雷登》的聲明中灰頭土臉夾著皮包溜回美國，即可見出其人無膽無識與政治眼光的缺乏與短視。或許，正是這樣的糊塗大使與一群「庸妄人」，如司徒的助手傅涇波之流佔據了中美溝通的位子，加之國民黨本身的腐化墮落，才最終釀成了不可收拾之敗局。
面對國民黨內部傾軋與大舉潰敗，在台灣的傅斯年將窩在肚子里發酵了幾年的怒火，借給李宗仁寫信之機，一股腦地發泄出來，既怪罪駐華大使司徒雷登的「糊塗」與其助手傅涇波「不可靠」，又遷怒於國民黨軍政大員的虛妄無能，認為國民黨之所以「半壁萬里，舉棋中兒戲失之」，則是因為「不能言和而妄言和，不曾備戰而雲備戰」，直至導致不可收拾的殘局。他在為國民黨敗局表示「不堪回首」，或不願回首之際，決定把全部精力投入台灣大學的建設上，以在精神上得到一點寄託和安慰。
1949年1月31日，解放軍佔領北平城，北平和平解放。
這年的4月21日，毛澤東主席、朱德總司令發布「向全國進軍的命令」，號召人民解放軍廣大官兵「奮勇前進，堅決、徹底、乾淨地殲滅中國境內一切敢於抵抗的反動派，解放全國人民，保衛中國領土主權的獨立與完整」。當天，中共中央軍委一聲令下，百萬大軍在西起九江東北的湖口，東至江陰，總長達一千里的戰線上，強渡長江，國民黨苦心經營達三個半月，號稱「固若金湯」的長江防線轟然崩潰。4月23日，國民黨統治了22年的「首都」失守，崩潰中的國民政府南遷廣州。24日，中國共產黨