1948年11月29日，共產黨所屬東北野戰軍會同華北軍區主力共100萬人，在北平、天津、張家口地區聯合發起平津戰役，與國民黨軍傅作義部60萬人展開決戰。12月12日，北平城被解放軍包圍，南苑機場失守，國民黨軍氣脈已竭，力不能支，平津即將陷落。蔣介石急派飛機空投手諭致平津守軍各軍長，以鼓舞士氣。手諭末尾以悲壯無奈的口氣道：「固守待援，不成功，便成仁。」13日，北平西郊炮聲隆隆，解放軍發射的彈片從清華園上空「嗖嗖」掠過，校內師生及家屬大為驚恐，紛紛逃跑躲避，清華陷入混亂。鑒於此情，校方只好宣布停課，師生員工自尋出路。
在國民政府風雨飄搖、大廈將傾的危急時刻，朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國、陳雪屏等在蔣介石授意下，於南京緊急磋商謀劃「平津學術教育界知名人士搶救計畫」細節辦法，很快擬定了「搶救人員」名單。名單包括四類：
（一）各院校館所行政負責人；（二）因政治關係必離者；（三）中央研究院院士；（四）在學術上有貢獻並自願南來者。
計畫既定，立即實施。南京方面急電北大秘書長鄭天挺，令其迅速組織胡適等重量級知識分子火速南下，共商圖存大計。密電到達，胡適卻以籌備北大50周年校慶為由不肯起身，而接到電文的清華校長梅貽琦也磨蹭觀望。當時北平出現了一股北大將要南遷的謠言，身為北大校長的胡適為穩住師生情緒，在積極籌備校慶活動的同時再三闢謠：「北京大學如果離開北平就不能稱為北京大學了，所以決無搬遷之理。」事實上，面對解放軍的咄咄進迫，胡氏曾有過把北平各大學遷往南方，再度成立像抗戰中長沙臨時大學或西南聯大的念頭，但僅僅是一個念頭而已，尚未來得及詳細籌劃，解放軍潮水一樣湧來，國民黨軍在排空連壁的疾風猛浪中翻了幾個跟頭便成了縮頭烏龜，躲在高大城牆包圍的城中不敢冒頭，只偶爾從箭垛的垛口，露出兩隻黑豆一樣的小眼珠，滴溜亂轉著尋找可以逃跑或投降的機會。面對這些烏龜王八蛋的軟骨症加飯桶做派，胡適深覺失望，認為學校南遷無望。既如此，號稱平津教育界「定海神針」的他，就面臨著一個必須抉擇的急迫問題——是留，還是走？而此時，鑒於胡適在中國政學兩界不可忽視的巨大存在，共產黨方面也加緊了對其拉攏、爭奪行動。根據中共高層指令，幾個地下黨、原胡適的弟子紛紛潛入北平，通過各種方式、方法做胡的政治思想工作。早些時候已棄教職走出清華園，秘密潛入解放區等待出任中共高官的吳晗，曾專門指派嫡系找到胡適密談，讓胡留在北大，不要無事找事地跟著國民黨亂跑找死。
當然，這次交談，吳晗的指令不再代表過去自己向國共兩黨宣稱的「我們人民」，而是代表「我們中國共產黨」。但是，胡適沒有聽從這位前愛徒，現以高官大員自命者的指令，乃冷冷地回了一句：「不要相信共產黨的那一套！」意思是我不相信，你吳弟子也不要懸在「兩渚岸之間，不辨牛馬」的陰陽界中做著美夢，還是早一點鞋底抹油——開溜的好。最後，胡適旗幟鮮明另加斬釘截鐵地讓來使告訴吳晗三句話：「在蘇俄，有麵包沒有自由；在美國，又有麵包又有自由；他們來了，沒有麵包也沒有自由。」
吳氏知胡老師心意已決，遂放棄了努力，但共產黨高層仍不死心，便以其他的方法進行心理攻勢。據時任北大教授兼東方文學系主任的季羨林回憶，當解放軍包圍北平郊區時：「我到校長辦公室去見胡適，商談什麼問題。忽然闖進來一個人——我現在忘記是誰了，告訴胡適說解放區的廣播電台昨天夜裡有專門給胡適的一段廣播，勸他不要跟著蔣介石集團逃跑，將來讓他當北京大學校長兼北京圖書館館長。我們在座的人聽了這個消息，都非常感興趣，都想看一看胡適怎樣反應。只見他聽了以後，既不激動，也不愉快，而是異常平靜，只微笑著說了一句：『他們要我嗎？』短短的五個字道出了他的心聲。看樣子他已經胸有成竹，要跟國民黨逃跑。但又不能說他對共產黨有刻骨的仇恨。不然，他決不會如此鎮定自若，他一定會暴跳如雷，大罵一通，來表示自己對國民黨和蔣介石的忠誠。我這種推理是不是實事求是呢？我認為是的。」老季又說：「因此，說他是美帝國主義的走狗，說他『一生追隨國民黨和蔣介石』，都是不符合實際情況。」
直到1948年12月12日，胡適接到南京教育部長朱家驊親自拍發的密電：「明天派專機到平接你與陳寅恪一家來京」，胡適才有離平的打算。當國民黨派出的飛機飛抵北平上空時，南苑機場已被解放軍控制，飛機無法降落，只能空返。14日，蔣介石兩次親自打電報摧促胡適飛南京，並派專機迎接。胡得此消息，決定乘機南飛，臨行前，他派人勸輔仁大學校長兼好友、與陳寅恪齊名的史學大師陳垣共同乘機赴京，陳垣不從。令胡適想不到的是，不但老友陳垣不從，即使他的小兒子胡思杜也表示暫留在親戚家，不隨父母南行。這一拒絕令胡適夫婦大為吃驚，心中惱怒又不知如何是好。
1941年，胡思杜投奔在美當大使的胡適進入美國學校讀書，1948年夏回到國內，8月30日到北平圖書館報到，成為北圖的一名職員。據胡適辦公室不掛名的秘書鄧廣銘回憶說：「當時胡思杜不願意隨胡適南飛，他剛從美國回北平不久，對國內這幾年的情況不熟悉。他說：我又沒有做什麼有害共產黨的事，他們不會把我怎麼樣。結果胡適夫婦就把他留下來了。」因事涉緊急，胡適無法也無力在短時間內做通這個腦後長有反骨的兒子的政治思想工作，眼見胡思杜周身充溢著一股年輕氣盛，不知天高地厚的牛烘烘的叛逆氣味，胡適夫婦頗感無奈，只好強壓怒火，按照天要下雨娘要嫁人，或者兒要守家的古訓——隨其便了。胡適對兒子說了幾句不要再像在美國讀書時那樣——整天出去吃喝嫖賭，正事不幹，除了工作，要好好蹲在家中照看家產與書籍之類的話，便告辭而去。未久，胡適驅車來到鄧廣銘家中，急切地詢問能否找到陳寅恪，並謂昨日南京政府來電，說今日派專機抵達南苑機場，「搶救」胡與陳寅恪等著名教授離平。胡打電話至清華問詢陳氏的情況，告之已回城內，但不知具體落腳何處，因而要鄧廣銘想辦法尋找。
1943年年底，陳寅恪辭別傅斯年邀請，自重慶攜家繞過南溪李庄，徑直赴成都燕京大學任教。到校後，與早些時候由史語所轉赴燕大任教的李方桂一家同住學校租賃的民房，生活艱難。時陳寅恪身體極度虛弱，右眼失明，上課之後回到家中，仍在昏暗的燈光下用唯一的左眼緊張地備課和研究學術。1944年春，陳寅恪上課地點改在華西大學文學院，一家隨之遷入華西壩廣益宿舍，居住條件稍有改善。因物價仍在飛漲，陳家柴米不濟，夫人唐篔時常犯心臟病，可謂飢病交迫，令人心焦。在此種情形中，陳氏每個星期都要身穿長衫，夾著包袱到教室上課。因生活困苦，營養不濟，陳寅恪左眼視網膜剝離加重，終致失明。這年11月23日，陳寅恪給傅斯年與李濟的信中寫道：「弟前十日目忽甚昏花，深恐神經網膜脫離，則成瞽廢，後經檢驗，乃是目珠水內有沉澱質，非手術及藥力所能奏效，其原因是滋養缺少，血輸不足（或其他原因不能明了），衰老特先，終日苦昏眩，而服藥亦難見效，若忽然全瞽，豈不大苦，則生不如死矣！」
關於陳寅恪失明的經過，陳寅恪女兒流求回憶說：「一個早上，父親突然發現兩眼一片漆黑，失明了。先叫我通知他當天不能上課，隨後往進存仁醫院。」又小彭筆記：「父親在存仁醫院由眼科醫生開刀。聽父親說，在成都開刀時手術不怎麼理想，視網膜皺在一起，以後雖到英國醫治，已無法再弄平。」1945年2月，陳寅恪作《目疾久不愈書恨》表達自己憤懣哀惋之情。詩曰：
天其廢我是耶非，嘆息萇弘強欲違。
著述自慚甘毀棄，妻兒何托任寒飢。
西浮瀛海言空許，北望幽燕骨待歸。
先君柩暫厝北平，待歸葬西湖。
彈指八年多少恨，蔡威唯有血沾衣。
詩中的「西浮瀛海言空許」句，指幾次欲赴英講學而未成行，這個心愿直到抗戰勝利之後方才得以實現。
1945年秋，英國皇家學會與牛津大學為實現以前的承諾，再次邀請雙目失明的陳寅恪赴倫敦，由英國醫生療治目疾，希望治好後留牛津講學。陳氏接受邀請，由成都起程經昆明，轉印度，乘水上飛機赴英，進入對方安排的醫院接受治療，但手術最終失敗。陳夫人唐篔於1946年2月19日在成都致信傅斯年求援，並談及史語所事，信中說道：「寅恪本有意隨郭子傑兄結伴赴美國，看更有無其他方法補助左眼之模糊，又恐所帶之款不夠，此事正在躊躇中，請先生與騮先先生、立武先生一談如何？」又說：「元白詩箋證稿篔已請人著手抄寫，俟寅恪歸來，再刪改後即可付印。此項抄寫費是否可出自史語所？大約三萬左右（並未詳細計算）。史語所何日出川？有何計畫否？燕大成