當參加中央研究院會議的群賢碩儒們，為連綿內戰造成的苦難憂心愁悴，彷徨山澤，嗟號旻天而無一絲收效之際，炮火轟鳴、人頭亂滾的戰場又傳出一個又一個國民黨軍戰敗覆亡的凶訊：
1948年9月12日，中共將領林彪指揮的東北野戰軍在遼寧省西部和瀋陽、長春地區，對國民黨軍衛立煌部發起攻勢，史稱遼瀋戰役。此役東北野戰軍以傷亡6.9萬人的代價，殲滅、俘獲國民黨軍兵力47萬餘人，繳獲了大批美製武器裝備。經此一役，國民黨軍元氣大傷，徹底踏上了衰亡敗退之路。
9月16日，中共華東野戰軍以32萬兵力圍攻國民黨重點守備的戰略要地濟南城，歷時8天，城陷，國民黨軍10.4萬人被殲，最高指揮官王耀武被俘。
11月6日，中共華東、中原野戰軍與地方武裝共60餘萬人在以徐州為中心，東起海州、西至商丘、北至臨城、南達淮河的廣大區域內，向集結在這一地區的70萬國民黨軍發起強大攻勢，是為淮海戰役（南按：國民黨稱之為徐蚌戰役）。解放軍攻勢凌厲，兵鋒所至，所向披靡，國民政府首都南京岌岌可危。
11月13日，號稱一代「文膽」的蔣介石侍從室二處主任、總統府國策顧問、首席秘書陳佈雷，看到國民黨政權日暮途窮，滅亡在即，自己回天乏術，更無力挽狂瀾於既倒，解黨國之危，痛苦悲憤中服巴比妥安眠藥自殺，以古老的「尸諫」形式表達了對蔣介石的忠誠以及對國民黨政府前途的絕望。在置於寓所書桌的遺書中，陳布雷字字血、聲聲淚地宣洩出久積於內心的苦痛與徹底絕望情形，書曰：
介公總裁鈞鑒：
布雷追隨二十年，受知深切，任何痛苦，均應承當，以期無負教誨。但今春以來，目睹耳聞，飽受刺激。入夏秋後，病象日增，神經極度衰弱，實已不堪勉強支持。值此黨國最艱危之時期，而自驗近來身心已毫無可以效命之能力，與其偷生屍位，使公誤以為尚有一可供驅使之部下，因而貽害公務，何如坦白承認自身已無能為役，而結束其無價值之一生。凡此狂愚之思想，純繫心理之失常，讀公昔在黃埔斥責自殺之訓詞，深感此舉為萬萬無可諒恕之罪惡，實無面目再求宥諒，縱有百功，亦不能掩此一眚， 況自問平生實無絲毫貢獻可言乎？天佑中國，必能轉危為安，惟公善保敢躬，頤養天和，以保障三民主義之成功，而庇護我四億五千萬之同胞。回憶許身麾下，本置生死於度外，豈料今日，乃以畢生盡瘁之初衷，而蹈此極不負責之結局，書生無用，負國負公，真不知何詞以能解也。夫人前並致敬意。
部屬 布雷 負罪謹上此前，陳氏曾多次向蔣介石苦諫，謂「罷兵弭戰，同共產黨舉行談判，早日結束內戰，國民黨或許還能坐半個江山」。蔣答之曰：「目前戰局確實不利，但不必悲觀；即使談判也保不住半壁江山，只有背水一戰，成敗在天了。」
面對山河崩裂，天地改色以及搖搖欲墮的國民黨政府，蔣介石困獸猶鬥，在決心背水一戰的同時，沒有聽天由命，而是採納了歷史地理學家出身的著名策士張其昀（曉峰）的縱橫捭闔之術，決定著手經營台灣，作為日後退身和反攻大陸的「轉丸」之地。
在國民黨軍隊大舉敗退台灣之前，根據蔣介石密令，由中央銀行為首，把儲備黃金、白銀等財寶全部秘密運往台灣。運送渠道有兩條主要路線，一是從上海的「央行」直接運至碼頭，以海關緝私艦悄悄運送到台灣島；另一種是其他地區銀行的金條、銀錠、銀元等，以陸路方式分頭運送到廈門鼓浪嶼，再以軍艦從廈門運送至台灣。據國民黨當局後來披露，1948年之後從大陸運到台灣的黃金、銀錠、銀元共有3批，其中黃金277。5千萬餘兩，銀（錠）元1500萬元，另有1530萬餘美元存進美國銀行的國民政府賬號。美國前駐法國及蘇聯大使蒲立德（William Bullitt）後來曾在《展望》雜誌發表文章，分析1949年和1950年台灣的經濟與財政情況時指出：「台灣面積僅約為波多黎各的4倍，它怎能維持60萬的武裝部隊呢？這完全靠蔣先生將大陸的黃金運台，才安定台灣官員的生活。沒有蔣先生由大陸運台價值10億美元的黃金，台灣的經濟將被通貨膨脹的洪流所淹沒。」蒲立德所言大體不差，這批黃金對穩定台灣民心和國民黨軍心，以及後來的經濟發展發揮了極其重要的作用。蔣經國亦曾對這批庫存黃金的搬運經過有過如下披露：「當上海快要撤退的時候，父親就派我們幾個人到上海去，勸中央銀行把庫存的黃金全部搬運到台灣來。臨行的時候，父親又再三囑咐我們『千萬要守秘密』，因為早已預料，李宗仁一定要以庫存黃金作為『和談』的條件之一。後來這一批黃金很順利地運到台灣了。政府在搬遷來台的初期，如果沒有這批黃金來彌補，財政和經濟情形早已不堪設想了。」又說：「庫存黃金到達台灣之後，父親又記起還有一箱國家的珠寶，存放在中央信託局，命令我們再趕到上海去，勸信託局把這一箱珠寶也運到台灣。」
蔣氏回憶的最後一個細節特別令人難忘，在如此艱危的情形中，蔣介石居然連一箱珠寶也記得清楚並掛然於心，可見他對這批立足之本的重視程度，真是考慮得細緻入微。除把約10億美元的黃金和銀元連同蔣經國後來披露的當時不為外人所知的珍寶秘密運台外，根據國民政府訓令，科學教育界能搬遷的人、財、物盡量搬遷，先以台灣大學為基地，而後慢慢站穩腳跟，以達「求生存、圖發展」的目的。因台灣大學原校長庄長恭履任半年就攜眷悄然向當局呈請辭職開溜，國民政府決定由傅斯年接任台大校長，著力經營關乎科學教育這一立國之本的重要基地。經蔣介石批准，朱家驊和傅斯年多次晤談，傅勉強表示從命，欲「跳這一個火坑」。
1948年11月10日晚，國民政府行政院長翁文灝以故宮博物院理事長身份，召集朱家驊、王世傑、杭立武、傅斯年、李濟、徐森玉等故宮和中博兩院理事在官邸舉行談話會，決定先把當年運往倫敦展覽的500箱精品文物運往台灣，同時將中央研究院史語所、中央博物院籌備處、中央圖書館等機構的主要文物、圖書一併運往台灣，並由朱家驊向蔣介石呈報，爭取海軍派軍艦押運。
11月26日，在南京國民黨中常會擴大會上，C.C。派骨幹分子陳立夫等人猛烈攻擊教育部長朱家驊鎮壓學潮不力，當場要其下台。朱氏心力交瘁、吐血病倒，但在胡適、傅斯年等人的強力支持下，仍咬牙苦撐，堅不去職。幾天後，朱家驊從病床上爬起來，奉命召開「中央研究院在京人員談話會」，由總幹事薩本棟主持，分別召集在京的七個研究所負責人及相關人員參加。出席會議的有傅斯年、李濟、陶孟和、姜立夫、陳省身、張鈺哲、俞建章、羅宗洛、趙九章等，會議緊急商定了幾條應對措施：立即停止各所的基建、擴建工程，原備木料全部製成木箱以備搬遷之需；各所儘快徵詢同人意見，做好遷台準備。眷屬可自行疏散，或於十日內遷往上海，可能出國者盡量助其成；南京地區文物、圖書、儀器、文卷等先行集中上海，由安全小組封存，伺機再南運台灣。會議之後，各所組織人員攜公私物資陸續向上海撤退，「靜觀待變」。
於是，故宮博物院南京分院、中央博物院籌備處、中央圖書館、中央研究院歷史語言研究所、外交部檔案室等五機關聯合組成統一機構，將所藏的珍貴文物、圖書和歷史檔案、外交檔卷等裝箱運往台灣。本次遷運，由教育部次長、故宮博物院理事會秘書、中央博物院籌備處主任杭立武全權指揮。
待一切準備就緒，由蔣介石特批，海軍司令部派來「中鼎」號運輸艦與一個排的官兵協助裝運。此時整個國統區已是人心惶惶，流言四起，慌亂無計，紛紛設法出逃。據當時參加裝運的南京故宮博物院人員那志良回憶說：「海軍部人員聽說有船開往台灣，大家攜家帶眷帶了行李，趕來搭便船，船上擠滿了人。我們覺得對文物安全是有問題的，由杭立武先生找來海軍司令桂永清解決這事。他上了船，百般勸慰，說另有船疏散眷屬，他們才相繼下船。」
此船共裝運五家機構運來的古物、標本、儀器、歷史檔案、外交文書等772箱，由李濟擔任押運官，全程負責運輸、裝卸事宜。這時的李濟已辭卻中央博物院籌備處主任之職，以故宮博物院理事與史語所考古組主任的身份擔負這份重任。在搬遷之前，中共方面已得到消息，急派中共地下黨員、李濟的一個學生出面勸阻，但李並未聽從，並告訴對方：「保護這批古物是我的職責，自盧溝橋事變之後，我已護送這批珍寶跋涉了大半個中國，終得以保全。現在我同樣不能眼看著祖宗留下的國寶毀於戰火。國共之戰我管不了，但如果我能保全這批文物而撒手不管，是為不忠不孝，同樣對不起後世子孫。」
眼看這位學生無力阻止，中共方面又轉而找到傾向共產黨的陶孟和對李濟委婉相勸，李仍不買賬，決定一意孤行，並對陶曰：「如果你陶孟老能保證這批古物不在戰爭中