史語所與中央博物院籌備處大隊人馬自李庄遷回南京，傅斯年滿懷興奮與歡喜，在中央研究院大樓的演講廳設宴款待。為把宴會辦得紅火熱鬧，也為了讓流離失所九年的故朋新友有個歡聚一堂的高興、傾訴機會，特地邀請胡適自北平來京參加這場具有歷史紀念意義的盛宴，胡氏欣然前往。
參加宴會的史語所研究人員張秉權許多年後還記得胡適初到的場景，只見這位光芒四射的士林盟主步入大廳，與眾人一一握手致意，對於新進後輩，似乎特別客氣。對一些家屬小孩也是談笑風生，親切感人。傅斯年在一旁亦莊亦諧地稱胡為史語所的「姑媽，娘家的人」。一會兒又當著眾人的面大聲呼道：「人說我是胡先生的打手，不對，我是胡先生的鬥士。」此話引得大家一陣鬨笑。大廳內主客歡喜，如沐春風中。
席間，最令人難忘的是傅斯年在演說中對史語所歷次搬遷的追憶，當講到抗戰八年顛沛流離，艱苦卓絕的生活時，傅氏動了感情，說到動情處，幾次哽咽淚下，在場的人受其情緒感染而熱淚盈眶。最後，傅斯年端起酒杯，打起精神，滿懷激情與信心地說了一些「慶祝大家都能幸運歸來……從此之後我們可以安心工作，史語所八年的流離可說是告一段落了。搬回來之後永不搬遷」等充溢著溫情與期待的話，眾人的情緒漸漸由悲壯轉為喜悅。這個時候，沒有人想到僅僅是兩年之後，史語所人員又倉皇辭廟，再度踏上了流亡之路。自1946年6月起，美國武裝部隊動用軍艦、飛機協助，把150萬國民黨正規軍調集到長江以北地區，其中有54萬精銳為美國動用海空力量直接運送。蔣介石認為一舉殲滅共軍的時機已到，於6月22日，密令劉峙指揮部署在中原地區的國民黨軍隊向各預定進攻地點集結。26日，開始大舉進攻中原解放區。中共軍隊奮起還擊，血與火交織的內戰在滿目瘡痍的中國大地上拉開了大幕。
同年11月27日，蔣介石在南京召集「國民代表大會」，並發表講話，謂：「這次修改憲法，就是為了打擊共產黨。」又說：「現在是本黨的危急存亡關頭，大家要聽我的話，則有前途，否則完了。」話音剛落，眾人驚駭，蔣氏的這一句「完了」，竟成讖語。
1947年6月，中共軍隊以損失30餘萬兵力的代價，殲滅國民黨正規軍與雜牌軍達112萬人。共產黨所屬部隊由戰略防禦轉入全國範圍的大規模戰略進攻階段。同年12月25至28日，中共中央於陝北米脂縣楊家溝村召開會議，毛澤東在報告中指出：中國人民解放軍的主力已經打到國民黨統治區域里去了，標誌著中國人民革命戰爭已經達到了一個轉折點，使之走向勝利的道路。同時強調：「這是一個歷史的轉折點，這是蔣介石的二十年反革命統治由發展到消滅的轉折點。這是一百多年以來帝國主義在中國的統治由發展到消滅的轉折點。」這次會議，為中共在新形勢下奪取全國性勝利，從政治、思想、策略上作了充分準備。就在整個中國炮火連天，血肉橫飛，國共兩黨殺得昏天黑地，不辨牛馬之時。與殺人、砍頭關係不大的中央研究院首屆院士評選會議，又在亂象叢生的南京轟轟烈烈地搞了起來。面對這一行動，學術界意見不一，眾說紛紜。1947年6月20日，傅斯年在致胡適信中道：「話說天下大亂，還要選舉院士，去年我就說，這事問題甚多，弄不好，可把中央研究院弄垮台。大家不聽，今天只有竭力辦得他公正、像樣，不太集中，以免為禍算了。」關於中央研究院院士選舉事宜，早在抗戰勝利初期，學術界高層即開始醞釀並有所行動，因內戰爆發，迫使這一行動延緩下來。按照物理學家吳大猷的說法：「1947年由評議會籌辦院士選舉，先由各大學院校、專門學會、研究機構及學術界有資望人士，分科提名候選人，約四百餘人。1947年由評議會審定候選人一百五十人。」吳氏所言在數字上與事實稍有出入，但大體套路不差。隨著國內政治軍事形勢發展，籌辦事宜在起起伏伏中又拖延了一年，到1948年初，中央研究院評議會評議員再次提出，無論戰爭局勢如何發展，一定要在中央研究院成立20周年之際作最後一輪選舉，評出首屆院士，以為科學、民主爭得地位和榮譽，並為後世開出一條關乎國家民族命運的光明道路。
按原定計畫，院士選舉分為數理、生物、人文三個組。由中央研究院代院長朱家驊總負其責，總幹事薩本棟負責數理、生物組；胡適、傅斯年、李濟、陶孟和等人負責人文組並提出候選人名單。最後由中央研究院評議會評議員提出各自的意見並投票選出。
在第一輪正式推舉之前，作為人文組主要決策者胡適，於1947年5月22日發出的「中央研究院第一次院士選舉『人文組』的『人文』部分擬提名單」如下：
哲學：吳敬恆（稚暉）、湯用彤、金岳霖。
中國文學：沈兼士、楊樹達、傅增湘。
史學：張元濟、陳垣、陳寅恪、傅斯年。
語言學：趙元任、李方桂、羅常培。
考古學及藝術史：董作賓、郭沫若、李濟、梁思成。
人文地理民族學｝想不出人名。
1947年6月19日晚，傅斯年於南京寫信致北大校長鬍適，謂：「一月多以來，生病，事忙，心緒不佳，等等。未寫信，北望至念也。十五號船擠下來（非我改），現買到二十九號Gor－don票，必行矣。」
傅氏信中所言，是他欲赴美治病一事。經過與孔宋集團幾年的大戰並取得勝利，傅斯年已身心俱疲，心臟不堪重負，無力堅持工作。同時也為躲避孔宋集團可能失去理智而雇兇殺人等血腥報復，在友人勸說下，傅斯年決定拋下各項事務攜家赴美治病療養。就在寫這封信的第二天，即6月20日，傅斯年就院士評選事宜再致胡適一函，並透露了自己推薦的名單，內中說道：「日前開會商量應該在提名中不忘了外（部）名單（不必即是舉出，此會儘力，不能包辦也），想南方人士而不可多得，茲將當日所寫之名單送上一看，但請千萬秘密。」名單如下：
有涉人文組者：
（一）人文與社會科學平等數目，殊不公，因前者在中國比後者發達也。孟和原單標準甚低，減後如引。我看人文方面非二十人不可，分配如下：
中國文學四；史學六；考古及美術史四；語三；哲三。
我個人覺得以上單子，可如下分配：
中國文學：（1）吳。（2）胡，以上關係文學風氣者。（3）楊樹達，經籍考定。（4）張元濟，古本流傳，泛言不能，專就百衲本言，因此者校勘記並未刊行也。
史學：（1）陳；（2）陳；（3）傅；（4）顧頡剛；（5）蔣廷黻，近代史當無第二人；（6）余嘉錫或柳詒徵。柳不如余，但南方仍不可無一人。
考古及美術史：（1）李濟；（2）董作賓；（3）郭沫若；（4）粱思成。
哲學：湯、馮、金。
語言：趙、李、羅。
傅斯年所列「人文」名單中的候選人姓名，分別是：
中國文學：吳稚暉、胡適、楊樹達、張元濟。
史學：陳寅恪、陳垣、傅斯年、顧頡剛、蔣延黻、余嘉錫或柳詒徵。
考古及美術史：李濟、董作賓、郭沫若、梁思成。
哲學：湯用彤、馮友蘭、金岳霖。
語言：趙元任、李方桂、羅常培。
胡、傅二人擬定的名單，可謂大同小異，或曰英雄所見略同，只是胡適擬定的名單為17人，沒有自己，而傅斯年名單為21人，且當仁不讓地簽上了自己的大名。從名單擬定的視角也可看出，胡、傅二人的性格以及處世方式之大不同。就傅氏性格和為人處世的方式方法而言，絕不是一個腐儒式的書獃子，他之所以能在學術界呼風喚雨，除了緊緊傍住胡適與朱家驊等一流大腕，並巧妙地借用了他們掌控的國內僅有的幾個基金會的勢力之外，自然也有他的過人之處。如此次致胡適的信中，就極其精明和圓滑地叮囑說：
以上陳寅恪、李濟、趙元任、董作賓、傅斯年五人為本所職員，似本所不願（擬）提名，擬請北大提出何如？
（二）其他部門，我們學校人數不多（清華多得多，6月4日其理由），然我們為求公道起見不可不注意，理學院饒、江、吳、楊、孫似不可落選，並乞先生屆時留意。（三）北大要提出一個名單，不能專寫名字，須照格式填，著作原件附寄。
（四）提名不可太少，亦不可太多。北大可先由各學院自推，最後先生審定寄所也。
顯然，在傅與胡的心目中，史語所與北京大學已成兵合一處，將歸一家之勢。如此幕後操作和交易，儘管沒有不檢點和明顯違規之處，但可以相見，這兩家一旦變為情同手足式的一家，對院士選舉評委會將會有如何強大的控制與要挾能力。——這就是傅斯年之所以成為傅斯年的根本所在。
6月29日，傅斯年攜夫人俞大綵與兒子傅仁軌由上海乘船，前往美國