傅斯年先至南京再轉重慶，在中央研究院總辦事處稍作停留，盡了一份「太上總幹事」的責任之後即赴李庄。此時正是汛期，江水暴漲，波急浪涌，放眼望去，整個長江具有一種浩浩蕩蕩、氣貫長虹的威勢。傅斯年坐在一艘擁擠得幾乎喘不過氣來的輪船上，與不同身份的男女老少混雜一處，痛苦難耐又無可奈何地向前行進。
自抗戰勝利之日起，蟄伏在李庄的科研人員以及同濟大學師生，就開始蠢蠢欲動，熱切盼望儘快走出這個偏僻的小鎮和憋悶得幾乎透不過氣來的連綿山坳，回到夢牽魂繞的都市，於燦爛的陽光與五顏六色的霓紅燈下，重溫那失散得太久的陳年大夢。在這個大夢中，年輕的學者紀律渙散，無心研習且心猿意馬。有幾人乾脆藉此機會向代理所長董作賓請假，返回家鄉省親，卻又音信頓消，遲遲不歸，後來才知是在家鄉談戀愛找媳婦，作起了娶妻生子的準備。董作賓眼看無力統率眾位弟兄，在同仁催促與家屬們的嚷嚷聲中，連連給傅斯年拍發電報和書寫信函，請求對方速返李庄，以維持即將潰散的局面，共商複員返京大計。
1945年9月18日，董作賓再次致信傅斯年，謂：「陶器及不用之書已著手裝箱，將來遷移須全部停止工作，搬家時，盼兄能回李一行。」這個時候的傅斯年，正在重慶、昆明、南京與北平之間來回穿行，大部分精力都投入到北大複員和處理西南聯大學潮的事情中，對於李庄諸事心有餘而力不足，只有靠董作賓一人設法處理。而窩在山坳里的董作賓對外部消息知之甚少，關於搬遷的具體事宜又無法做主，只能不間斷地以電報與信函向傅斯年請示問計。
傅斯年對史語所何時能得以搬遷，同樣舉棋不定。他於1946年4月7日給董作賓的信中說「複員問題，京滬物價高，留下亦無好法子，真進退維谷也。東西是搬不完的，所以在山下租張家祠，繼續一年，公私比例分攤或為不可免之事也。在京、渝、李（三地）必須皆有主持之人。」
董作賓對此回覆道：「三所公物是否可於五月底以前即開始向李庄鎮內（張家祠）搬？或俟有定期再搬動？請指示。」傅斯年得電仍猶豫不決，未置可否。
1946年5月1日，國民政府正式發布「還都令」，宣佈於5月5日「凱旋南京」。傅斯年得此消息，不再猶豫，立即指示董作賓組織人員儘速裝箱搬運，同時派員到重慶與民生公司商談，請對方派專輪運送史語所人員物資。董接到指令後，立即行動，除委派本所助理員李孝定等人火速赴重慶商談租船之事，又從李庄鎮找來大批強壯青年，由板栗坳住地向李庄鎮張家祠運送甲骨、書籍、青銅器等珍貴物品。史語所物品繁多、貴重，經過差不多兩個月的時間，才把大部分藏品運往靠近長江碼頭的張家祠。一箱箱貨物堆積在一起，如同小山一樣龐大壯觀。
李庄儘管偏僻閉塞，但就交通條件而言，與昆明相比，更適宜於外鄉人回歸疏散。如西南聯大等在昆明的師生，要翻越許多座崇山峻岭方能回歸到平坦的長江以北地區。而身處李庄的「下江人」可直接從家門口碼頭乘船，沿長江這條天賜的通衢大道，順流而下，一路暢通無阻，直達重慶、武漢、南京、上海。當然，這種便捷只限於平常歲月，在抗戰勝利全國各界爭相複員回歸的節骨眼上，情形就大不相同。正如當時在重慶工作的費慰梅所言：「政府把所有的船隻和飛機全部管制，為了避免混亂，每個部門和機構的搬遷依次序排了號碼。當然，陪都的高級官員和戰時暴發戶利用來歷不明的交通工具，提前到達東岸，而窮得要命的李庄戰時難民，則沒有這種機會。他們只有依靠政府送他們回去，而且只能在驚人的通貨膨脹中慢慢等待。」梁思成在致費慰梅的信中則說：中國營造學社和中央博物院一起走，但這兩個機構一起排在第四十七號，而據說：「排在第一號的是中央大學，還不知幾時動身。在戰爭結束之前，我們以為很快可以把所有的破爛扔掉，坐飛機走，但一切我們知道還得用上好一段時間。」此前的流亡之路布滿了艱辛與痛苦，想不到回歸的路同樣充滿了焦慮與不安，此等情形，只能讓這些以研究為業，無權無勢的「下江人」仰天長嘆了。
經過三天三夜劇烈顛簸搖晃，傅斯年乘坐的輪船總算熬到了李庄。客輪尚未靠岸，就遠遠望見一群男女混雜的青壯人員雲集碼頭，正在向幾艘輪船上搬運物品。憑直覺，傅斯年知道這是捷足先登的同濟大學即將起程東下的召示。
下得船來，穿過李庄鎮外的田野，又跨越五百多級台階，大汗淋漓的傅斯年終於登上了史語所大本營——板栗坳。董作賓見傅氏到來，長吁了一口氣，直言不諱地說道，史語所已是人心渙散，特別是家屬們看到同濟大學陸續東遷，已是人去廟空，整個李庄越來越沉寂難耐，於是焦躁不安，三天兩頭跑來詢問複員歸京之日。受其感染，青年們也坐不住了，議論紛紛，不知是誰打聽的小道消息，說傅斯年可能要接替朱家驊出任教育部長，以後再也不管史語所了，同仁們也開始惶恐不安，大有兔死孤悲，樹倒猢猻散之感。青年學者與北大文科研究所的學生們，除了每日做著複員東歸的白日夢，再也無心搞什麼學問和研究了。若不趕緊想法加以安撫，一群男女老少悶在這個形同葫蘆一樣的山坳里，恐怕早晚要出事兒。傅斯年聽罷，知道自抗戰勝利後，自己連續在重慶——北平——昆明——南京之間來回奔波，表面上搞得紅紅火火，且在媒體上出盡風頭，不免有小道消息傳播開來，直至弄得史語所同仁信以為真，且攪得人心惶惶。他苦笑著，嘴裡說聲「糟糕，這都是我的罪過」，心生一計，當場在董作賓的工作室找出一塊白紙，潑墨揮毫，上書「傳言孟真要當官，斯年離所不做官」幾個大字，親自掛在牌坊頭大門的一邊，以銘心志，也算是對史語所同仁一個無聲的解釋。
隨後，傅斯年與董作賓商討了複員的具體計畫和處置措施。當晚，召開史語所同仁會議，傅除了當面表白自己不會拋下眾人到南京做官，還明確表示不管遇到多大因難，最遲至10月，也就是長江枯水期到來之前，一定要像《聖經·舊約》中所說的摩西帶大家走出埃及一樣，回歸到那「美好寬闊流奶與蜜之地」，就是那歷史上有名的六朝古都石頭城——南京，讓大家得到應有的快樂與幸福。
傅氏的一席話，令眾人如同深夜中突然望到遠處霧色朦朧中燦爛的燈火，愁雲頓消，鬱悶之心境豁然開朗。
一個星期後，傅斯年接到朱家驊發來的電報，令其速至南京出席國府緊急會議，傅不得不再一次離開李庄。沒料想，這是他在李庄的最後日子，日後的歲月，李庄的山山水水只能在夢中相見了。