令劉文典沒有想到的是，他的磨黑之行，在西南聯大校園引起了波瀾。當時清華聘任委員會已召開會議，議決續聘劉為聯大文學院中國文學系教授。但清華中文系代主任聞一多對劉氏的磨黑之行大為不滿，認為此人的所作所為有失一位學者的操守，不足以為人師表，不但不寄發聘書，並以手中掌控的權力將劉氏解聘，欲革出清華。眾教員聞訊，覺得事關重大，儘管劉文典磨黑之行，無視頂頭上司、清華中文系代主任聞一多的存在，居然不打招呼，獨自出走，屬於典型的「犯上」，但並沒有「作亂」，因而罪不當革職並被掃地出門。眾人紛紛為劉氏講情，企圖挽救「國寶」於危難。據同為中文系教授的王力在《我所知道聞一多先生的幾件事》一文中回憶：「系裡一位老教授應滇南某土司的邀請為他做壽文，一去半年不返校。聞先生就把他解聘了。我們幾個同事去見聞先生，替那位老教授講情。我們說這位老教授於北京淪陷後隨校南遷，還是愛國的。聞先生髮怒說：『難道不當漢奸就可以擅離職守，不負教學責任嗎？』他終於把那位教授解聘了。」
劉文典被革職的消息傳到磨黑，劉氏在震驚之餘惶恐不安，顧不得吞雲吐霧，縹緲於蓬萊仙境駕鶴逍遙了，匆忙於7月25日寫長信向梅貽琦申辯，試圖挽回頹局。信函如下：
月涵先生校長道鑒：
敬啟者，典往歲浮海南奔，實抱有犧牲性命之決心，辛苦危險皆非所計。六七年來亦可謂備嘗艱苦矣！自前年寓所被炸，避居鄉村，每次入城徒行數里，苦況尤非褚墨之所能詳。兩兄既先後病歿湘西，先母又棄養於故里，典近年日在貧病交迫之中，無力以營喪葬。適滇南鹽商有慕典文名者，願以巨資請典為撰先人墓誌；又因普洱區素號瘴鄉，無人肯往任事，請典躬往考察，作一遊記，說明所謂瘴氣者，絕非水土空氣中有何毒質，不過瘧蚊為祟，現代醫學盡可預防。「瘴氣」之名倘能打破，則專門學者敢來，地方富源可以開發矣！典平日持論，亦謂唐宋文人對瘴氣誇張過甚。（王陽明大賢，其《瘞旅文》一篇，對歐陽修文瘴氣形容太過）實開發西南之大阻力，深願辭而辟之。故亦遂允其請。初擬在暑假中南遊，繼因雨季道途難行，加之深山中伏莽甚多，必結伴請兵護送，故遂以四月一日首途。動身之先，適在宋將軍席上遇校長與蔣夢麟先生、羅莘田先生，當即面請賜假，承囑以功課上事與羅先生商量，並承借薪一月治裝。典以諸事既稟命而行，絕不虞有他故。到磨黑後，尚在預備《玄奘法師傳》，妄想回校開班，與東西洋學者一較高下，意為祖國學術界爭光吐氣……不料五月遽受停薪之處分，以後得昆明友朋信，知校中對典竟有更進一步之事。典初尚不信，因自問並無大過，徒因道途險遠，登涉艱難未能早日返校耳。不意近得某君來「半官式」信，雲學校已解聘；又雲，縱有聘書，亦必須退還；又雲昆明物價漲十數倍（真有此事耶，米果實貴至萬元耶），切不可再回學校，長為磨黑鹽井人可也。其他離奇之語，令人百思不解。典此行給罪在不可赦，學校盡可正式解聘，既發聘書，何以又諷令退還。典常有信致校中同仁，均言雨季一過，必然趕回授課，且有下學年願多教兩小時，以為報塞之言。良以財力稍舒，可以專心全力教課也（此意似尚未向羅先生提及也）……典現正整理著作，預備在桂林付印，每日忙極（此間諸鹽商籌款巨萬，為典刊印著作，拙作前蒙校中特許列為清華大學整理國學叢書，不知現尚可用此名稱否，乞並示知）。今得此書，特抽暇寫此信，記莘田先生轉呈。先生有何訓示亦可告之莘田先生也。雨季一過，典即返昆明，良晤匪遙，不復多贅。總之典個人去留絕對不成問題，然典之心跡不可不自剖白，再者得地質系助教馬君杏垣函，知地質系諸先生有意來此研究，此間地主托典致意，願以全力相助，道中警衛，沿途各處食宿，到普洱後工作，均可效力，並願捐資補助費用，特以奉聞。忙極不另寫信矣。專此寸簡，敬請道安不一。
弟 劉文典再拜 七月二十五日兩天後的7月27日，劉文典再寫信給羅常培，與致梅函一併發出，文曰：
莘田學長左右，頃上梅校長一書，乞為轉呈。弟絕對不戀此棧，但表心跡而已。個人去留小事，是非則不可不明耳。順請道安不一弟 文典再拜 七月二十七日劉文典在致梅貽琦信中所說的「某君」即聞一多。此時聞氏以居高臨下的姿態和強硬口氣，對這位老同事極盡諷刺挖苦之能事，已看不出有半點情意存在。而劉氏的申述信一併寄給羅常培轉交梅貽琦，顯然劉想讓羅在梅跟前替其說情，拉兄弟一把。當時聯大雖屬三校合在一起上課，但又各自保持獨立的健制。聘任制度是：先由三校聘委會分別聘請，再由聯大出面聘任，也就是說，劉文典必須在清華中文系聘請之後，才能由聯大中文系聘用。若清華不聘，聯大亦不能聘，所謂不能隔著鍋台上炕是也。羅常培當時是聯大中文系主任，雖比聞一多高一個級別，但在清華方面決定不聘的情況下，他不能以聯大的名義蹲在炕上指揮鍋台下的灶吏聘請劉文典為上賓。如此一來，羅若想拉劉一把，所做的只能是再把信轉給梅貽琦，而後趁機為其進言，開脫過失，借梅的力量扭轉乾坤。羅與梅相見後如何表現，又如何說辭不得而知，但後來的結果卻大為不妙。梅貽琦接信後，一改往常平和的態度，於9月10日手書一封，口氣頗為生硬地對劉文典道：
日前得羅莘田先生轉來尊函，敬悉種切。關於下年聘約一節，蓋自琦三月下旬赴渝，六月中方得返昆，始知尊駕亦已於春間離校，則上學期聯大課業不無困難。且聞磨黑往來亦殊非易，故為調整下年計畫以便系中處理計，尊處暫未致聘。事非得已，想承鑒原。
梅氏的一封信，算是徹底定了劉文典不能回返聯大的命運。清華大學校史研究者黃延復認為，素以「愛才如命」見聞於全校上下的梅貽琦，如無特殊困難和考慮，是絕不肯輕易從自己手裡放走像劉文典這樣蜚聲中外的大師的。梅所說的「事非得已」，除了劉氏在操守方面有失檢點的原因，更主要的是他嚴重地違犯了清華和聯大的規章制度，加之聞一多堅辭的態度，梅貽琦只能「揮淚斬馬謖」了。
另有人謂，當時劉文典還有一個可能翻盤的機會，這就是請自己尊敬且關係密切的聯大文學院院長馮友蘭，向梅與聞二人施加影響與居中調和。遺憾的是，馮此時正在美國講學未在聯大，終致劉文典回天乏術，徒嘆奈何。1938年畢業於清華社會學系的鯤西，在後來談到劉文典被解聘一事時說：「據我所聽到的緣由是劉先生長期曠課。劉先生確也曾在雲南土司家為上客。但解聘的事也正是發生在文學院院長馮芝生先生去美國講學期間。馮先生若在，以馮先生的地位和持重，不會同意發生這樣的事。所以積怨正是乘這樣一個空當發難的。」據鯤西所了解的內情，聞劉二人之積怨，發生於一次課間休息之時，在教授休息室內，劉文典直指聞一多讀錯了古音，當時在學界引起了較大反應。而「從某種意義上說，這是一種令人難堪的羞辱。由羞辱而積怨，終於導致報復，賢者在所不免」。
鯤西所言並非空穴來風。劉文典之張狂和目中無人在聯大眾人皆知，他不僅大罵沈從文「該死的」與「四塊錢也不值」，還曾不止一次地公開宣稱聯大文學院只有三個教授，即「陳寅恪先生是一個，馮友蘭是一個，唐蘭先生算半個，我算半個」。什麼聞一多，朱自清、羅常培、羅庸、金岳霖、鄭天挺、姚從吾、吳宓，連同小一號的吳晗等輩，在他眼裡皆不值一提，與沈從文一樣連「四塊錢」也不值。既然在他心目中學美術出身的聞一多連個教授都不配，自然看輕，對其偶爾念錯古字古音不分場合地指責批評也就成為一種可能。而聞一多藉此機會反戟一擊，也是男子漢尤其是詩人型的熱血男人所為，即毛澤東所謂「人若犯我，我必犯人」，或魯迅所堅持的「一個都不寬恕」是也。馮友蘭在撰寫西南聯合大學紀念碑碑文時，如果不是親身體驗，難有「文人相輕，自古而然，昔人所言，今有同慨」之慨嘆。當然，如此感慨者並非僅馮氏一人，西南聯大組建時，中文系主任由清華教授朱自清擔任。1939年底，朱由於身體健康原因辭職，中文系主任改由北大的羅常培繼任。1943年12月22日，朱在給老友俞平伯的信中，曾這樣披露自己的心境：「在此只教書不管行政。然爾來風氣，不在位即同下僚，時有憂讒畏譏之感，幸弟尚能看開。在此大時代中，更不應論此等小事，只埋首研讀盡其在我而已。」教授之間確也不能免俗，而在西南聯大時期猶甚，處於激烈競爭的學界，相互攻訐排擠亦不是什麼新鮮之事。當劉文典被聞一多強行解聘，欲逐出清華之際，與其友善的外文系教授吳宓挺身而出，為其大鳴不平，並以悲天憫人的情懷四處奔走呼號，同時致函陳寅恪，請其予以設法挽救。當時陳氏逃出香港尚在桂林，正準備轉赴成都燕大任教。得到吳宓的求救信後，權衡再三，感到大局已不可挽回，乃快函雲大校長熊慶來，力薦劉文典轉雲大任教，以挽狂瀾於既倒。