中外矚目的昆明學潮得以暫時平息，學生們又回歸教室上起課來。但每一位師生都感覺到，此時整個西南聯大的情形已與往昔大不相同了，冥冥中似有一種勾心引魂的神秘東西在校園遊盪飄浮，令師生心神不寧且有相互疏遠防範的感覺，原來那種溫馨浪漫、團結和睦的氣氛已隨霧飄散，無處尋覓。這個感覺刻骨銘心，令大多數師生難以忘卻。許多年後，馮友蘭在回憶這段生活時說：「一二·一運動結束以後，聯大在表面上平靜無事了，其實它所受的內傷是很嚴重的，最嚴重的就是教授會從內部分裂了，它以後再不能在重大問題上有一致的態度和行動了。從五四運動以來多年養成的教授會的權威喪失殆盡了。原來三校所共有的『教授治校』的原則，至此已成為空洞的形式，沒有生命力了。」一個生命體自有其誕生、成長、衰老、死亡的過程，一旦消失不會再有。此時的聯大已走到了生命階段的盡頭，任何努力已無法挽回曾經有過的繁盛與強勁的局面。而擺在聯大教授會面前的當務之急，不是癒合內傷，重整旗鼓，再建「教授治校」的威信和威力，而是解散聯大，三校各自設法返回平津，再造未來之新局。
4月12日，西南聯大在清華辦事處召開教授會議，由梅貽琦報告籌備複員事宜。按此前傅斯年與梅貽琦通信中的設想，鑒於陸海空交通工具難以尋租，聯大繼續一學期，至9月後再始移動。這一計畫遭到了許多教授反對，教授們強烈要求按原計畫於5月10日開始遷移。
4月14日下午1時，西南聯大昆明校友會為歡送母校師長，在昆明大東門外臨江里一七二號龍雲公館舉行校友話別會。據說選此地址乃聞一多的主意，為的是讓入會者睹物思人，喚起心中的悲憤之情，共有60餘位聯大教授和200多名學生參加了會議。會上，聞一多按慣例發表了演說，只是此次比往昔更趨激烈。據當時的記錄顯示，聞一多在說過幾句客套話後，接著話鋒一轉，這樣說道：
聯大就要分開了，北大、清華和南開，不久就要回到老家去啦！這當然是值得高興的，我也和大家一樣，懷念故鄉，懷念清華園。可惜，如今除了那半個中國之外，哪兒也不會有安樂土！比如說，這座美麗的花園，多麼幽靜！這個會場多麼歡暢！你們可也知道：醜惡的東西就躲在旁邊，要威脅，要破壞這個會議，要帶軍警前來檢查，要把他們的反動貨色硬塞進會場，連這樣一點高興，也不甘心讓人享受，連這樣一個惜別聯歡的會，也違反了什麼集會法。現在總算開起來了。但是，這使我不能不想到北平，在那裡等待著我們的恐怕不是什麼幸福，也許是更醜惡的災難！
……今天我想說的是，這三個大學都和美國關係很密切，我們都是在美國式的教育里培養出來的，固然也可以學得一些知識和技術，但是經過這八年的檢驗，可以說，過去受的美國教育實在太壞了。它教我們只顧自己，脫離人民，不顧國家民族，這就是所謂的個人主義吧，幾乎害了我一輩子！有些人畢業了，留了洋，乾脆不回來了；有的人爬上去了，做了教授，或者當了校長，或者當了大官，有了地位，就顯得不同， 想的和說的也和別人不一樣啦！其實，這些有什麼值得誇耀的呢？……別人又以為我在罵人了。是的，對於反動的不公道的不對的事情，為什麼不該罵？前幾天有個刊物隱約地罵了蔣介石，於是他的黨徒們嚷起來了，說侮辱了什麼似的，還有些好心腸的知識分子跟著說這太過分了，難道說，他這些年造了那麼多的孽，害了那麼多的人民，罵一下都不行嗎？咱們應該講真理，明是非。我有名有姓，我就要罵！
據參加會議的馮友蘭回憶，聞一多越說越慷慨激昂，有一段說：
大家都說清華有優良的傳統，這不對，清華沒有優良傳統，有的是半封建半殖民地的教育傳統。我受了這種傳統的毒害，現在才剛有點覺醒。我向青年學習，學會了一件事，那就是心裡想說什麼，就說什麼。比如我現在想說蔣介石是個混賬王八蛋，我就說蔣介石是個混賬王八蛋，他就是個混賬王八蛋！
聞一多的演說，令在場者大為驚悚，許多人認為有些過分，也有人認為這是聞氏故意聳人聽聞，博取聲名，當然也有一部分人為之拍手叫好。作為聯大駐校的負責人梅貽琦聽了別人的轉述，自是別有一番滋味在心頭。他在當天的日記中寫道：
下午昆明聯大校友會有「話別」會，余因惡其十二月強梁改組之舉動，故未往。晚，勉仲（南按：查良釗）來告開會情形，更為失望。會中由聞一多開謾罵之端，起而繼之者亦即把持該會者。對於學校大肆批評，對於教授橫加侮辱，果何居心必欲如此乎？民主自由之意義被此輩玷污矣。然學校之將來更可慮也。
第二天，即4月15日，梅貽琦又記道：「午前馬約翰來，談及昨日校友會情形，極為氣憤。」對此，梅貽琦曾產生了清華大學複員後，將解聘聞一多的念頭，而「在這個時候，梅貽琦接到美國加州大學的一封信，說是他們想請一位能講中國文學的人到他們那裡去開課，請梅貽琦推薦一個人。梅貽琦想推薦聞一多去，向聞一多一說，他就拒絕了。他要留身於『是非之地』，繼續鬥爭下去」。
梅貽琦本想來個順手推舟，把聞一多這個棘手的「鬥士」弄到美國，讓其在美利堅合眾國的東西兩海岸之間，與美帝國主義及其「走狗」們面對面地「斗」下去，直至「斗」出個名堂來。但聞一多深知自己一旦到了美國佬的一畝三分地，不但「斗」不出什麼名堂，弄不好連自己也「斗」進去，在漆黑的監獄裡蹲著了，因而並未聽從梅貽琦的指令，堅決要留在聯大與中國人「斗」。因了聞的強硬態度，尚有謙謙君子之風的梅貽琦亦不強人所難，只好聽之任之。只是梅氏沒有想到，只隔了兩個多月，聞一多就鞠躬盡瘁，死而後已了。其「斗」至死的重大意義正如馮友蘭所說：「他以他的一死把聯大的『民主堡壘』的地位推到當時的最高峰，把當時的民主運動推到最高潮。就在這個最高潮中，聯大結束了它的八年的歷程。」
1946年5月4日，也就是著名的五四運動爆發27周年紀念日，眾人翹首以待的三校複員之日終於到來了。西南聯大師生與特邀來賓在校圖書館前廣場上，舉辦了校史上最後一次結業典禮。唯一在昆明統攬全局的聯大常委梅貽琦作了具有歷史紀念意義的報告，北大、清華、南開三校代表湯用彤、葉企孫、蔡維藩相繼致辭。會後，全體師生來到校舍後面的小山，豎起了代表聯大師生情感與精神寄託的紀念碑。按照傳統款式，紀念碑署名分別是：「文學院院長馮友蘭撰文；中國文學系教授聞一多篆額；中國文學系主任羅庸書丹。」
碑之背面刻著西南聯大自抗戰以來共834名參軍入伍的學生名單。碑文曰：
中華民國三十四年九月九日，我國家受日本之降於南京。上距二十六年七月七日盧溝橋之變，為時八年；再上距二十年九月十八日瀋陽之變，為時十四年；再上距清甲午之役，為時五十一年。舉凡五十年間，日本所鯨吞蠶食於我國家者，至是悉備圖籍獻還。全勝之局，秦漢以來，所未有也。國立北京大學、國立清華大學，原設北平；私立南開大學，原設天津。自瀋陽之變，我國家之威權逐漸南移，唯以文化力量，與日本爭持於平津，此三校實為其中堅。二十六年，平津失守，三校奉命遷於湖南，合組為國立長沙臨時大學，以三校校長蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓為常務委員，主持校務，設法、理、工學院於長沙，文學院於南嶽，於十一月一日開始上課。迨京滬失守，武漢震動，臨時大學又奉命遷雲南。師生徒步經貴州，於二十七年四月二十六日抵昆明。旋奉命改名為國立西南聯合大學，設理、工學院於昆明，文、法學院於蒙自，於五月四日開始上課。一學期後，文、法學院亦遷昆明。二十七年，增設師範學院。二十九年，設分校於四川敘永，一學年後，並於本校。昆明本為後方名城，自日軍入安南、陷緬甸，又成前方重鎮。聯合大學支持其間，先後畢業學生二千餘人，從軍旅者八百餘人。
河山既復，日月重光，聯合大學之戰時使命既成，奉命於三十五年五月四日結束。原有三校，即將返故居，復舊業。緬維八年支持之苦辛，與夫三校合作之協和，可紀念者，蓋有四焉。我國家以世界之古國，居東亞之天府，本應紹漢唐之遺烈，作並世之先進。將來建國完成，必於世界歷史，居獨特之地位。蓋並世列強，雖新而不古；希臘、羅馬，有古而無今。唯我國家，亘古亘今，亦新亦舊，斯所謂「周雖舊邦，其命維新」者也。曠代之偉業，八年之抗戰已開其規模，立其基礎。今日之勝利，於我國家有旋乾轉坤之功，而聯合大學之使命，與抗戰相始終。此其可紀念者一也。文人相輕，自古而然，昔人所言，今有同慨。三校有不同之歷史，各異之學風，八年之久，合作無間。同無妨異，異不害同；五色交輝，相得益彰；八音合奏，終和且平。此其可紀念者二也。萬物並育而不相害，道並行而不相悖，小德川流，大德教化，此天地之所以為大。斯雖先民之恆言