與關麟征大不相同的是，挾著鋪蓋卷回到重慶的李宗黃，狷狂的性格依然沒有改變，無論是面見黨國大員還是一國之主蔣介石，他仍昂頭挺胸，做大義凜然狀，為自己的行為辯解，堅持認為昆明慘案自己不但無過，反而有功於黨國，是政府「戡亂」的功臣，所有的罪過全是昆明共產黨暗中搗亂的結果。直到翌年5月，李宗黃還四處喊冤，並向行政院院長宋子文鳴冤叫屈，堅稱：「昆明學潮，純為反動派有計畫有步驟之政治陰謀，一切罪惡，假此而行，其所資為口實者，不外禁止集會與發生慘案兩事。」而當12月1日極不幸的慘案發生之時，「宗黃已交代省主席之職，然仍與軍政當局上緊緝兇，翌日即行破案。旋承中央命，指派新主席盧漢，警備總司令關麟征與宗黃三人，共同審判，嚴厲懲凶，並決定從優撫恤死者，從國法人情立論，此案本可了結。不意陰謀之輩，不逞之徒，以慘案為奇貨可居，以學子為政爭工具，竟四處活動，百計中傷，不惜淆亂是非，顛倒黑白，甚至血口噴人，借刀殺人，極盡窮凶極惡，喪心病狂之能事。須知吾人革命，以仁愛為目的，以青年為骨幹，對於一般學生，向來愛護周至，即個人立身處己，尤與天下人以共見……」
李氏離開昆明到重慶後上躥下跳，喊冤叫屈，弄得蔣介石左右為難，遲遲不能對這位「有功於黨國」的「忠臣謀士」作出革職還是升遷的抉擇。而對於李氏的四處張揚與撇清，外界紛傳，但大多不以為然，個中態度，梅貽琦直接表示「便可不理」。而傅斯年在寫給夫人俞大綵的信中，更具有水泊梁山好漢風格地直呼「李宗黃該殺」！他明確表示「昆明學潮之起源，校內情形複雜，固為一因，但當局措施荒謬，極為重要」。為此，傅斯年詳細地述說了當局的荒謬經過：
11月25日晚，學生有會，地方當局（關麟征、李宗黃、邱清泉）禁止，學生仍開，遂在校外大放槍炮，幸未傷人，次日罷課。學校當局一面向地方當局抗議，一面勸令學生複課。乃李宗黃（代主席）所組成之「聯合行動委員會」竟於12月1日派大隊人分五次打入聯大，兩次雲大。其中一次有人在師範學院放炸彈，死者四人，鋸去大腿 者一人，還有一人可成殘廢，此外重輕傷十餘人，此等慘案有政治作用者豈有不充分利用之理？四個棺材一條腿，真奇貨可居，全昆明鬧得不亦樂乎。我就是在此情況下到昆明的（4日），我對於李宗黃等之憤慨不減他人。同時也希望學校能復常軌。我的辦法，真正敢作敢為，彼時大家洶洶，居然能做到不出新事件。到了11、12日，我本有可以結束之事，忽知其不易（以有黨派鼓動），隨又轉變一種辦法，即加壓力於學生也。此時梅亦返校，我們二人請辭職，教授決議，如學生不複課，即總辭職。有此壓力，有的上課。而學生會亦漸漸下台。我走時，此局已定，有尾巴，我不贊成再讓步，由梅料理，故我先走。大致說20日上課者約十分之一，24日上課者約十分之二，26日全上課。我於24日返渝。
總括說：
（1）地方當局荒謬絕倫，李宗黃該殺，邱清泉該殺（第五軍長），關麟征代人受過。（2）學校內部有好些不成話之事，非當年之北大、清華可比矣。
（3）此次慘案，居然告一段落，太不容易。我所辦的，除若干共黨及C。C外，尚未有責備我者，而稱頌我者甚多。
（4）學校以後之善後，我實在辦不了啦。
我之辭職未准，但聯大一職必辭，決不再去昆明。梅月涵心中如何打算，我不能了了，他專聽潘光旦等人之話尤不可解，我豈能再代他受過。北大一職，可以不辭，靜待適之回國。本當早赴北平，偏偏這些事打岔，現在北平太冷了，等過了三九陽曆二月中旬再去，方妥。此時要開政治會議，回李庄也回不來，我本辭政治協商會議，而辭不掉。當然，此時回家休息，豈不太好！一切至今困頓，皆因兩念所誤，赴延安（有此協商會議）；為北大，公私交弊，言之可嘆，寂寞由你想，你如去修道院，念念默然。我一輩子忙人的事，忙到如此地步也。
政治協商會議，國外的壓力甚大，或者可有若干結果，否則必然一事無成，我在其中，其苦萬狀，參政會同仁頗有罵參加此會者，我這幾年無一時……此時的傅斯年也只是空發議論而已，滿腔憤慨很快成為泡沫隨風飄散，「該殺」的李宗黃不但沒有人頭落地，反而毫髮未損且得以另謀高就。
1946年2月13日，《中央日報》發布消息，稱「雲南省政府委員兼民政廳廳長李宗黃，另有任務，應免本兼各職，任命該省政府委員張邦翰兼民政廳長。」14日，再發消息，稱：「黨政考核委員秘書長沈鴻烈，前奉派赴北方視察，茲聞中央對沈氏將令畀任務，該會秘書長一職，已改派李宗黃接充，業於十一日國防最高委員會通過。」
報道既出，傅斯年或許已經明白，或許仍蒙在鼓裡，蔣介石處於社會各界壓力，固然通過行政院免除了李氏在雲南的本兼各職，表面上給以處罰，但實際上並不想太過於打擊像李宗黃這樣一批鐵杆忠黨分子的情緒。在前期許諾的雲南省主席已無法辦到，李氏本人也不可能再有所指望的情況下，蔣只好退而求其次，通過國防最高委員會任命李為黨政工作考核委員會秘書長，以這種方式算是為李氏挽回了一點面子。
原本「該殺」的李宗黃搖身一變，突然成了面貌一新的黨國大員，這一戲法的演變，勢必導致昆明學界新一輪反彈。聯大學生會得此消息，立即派代表向校方質問，但正如馮友蘭後來在《自述》中所言：「教授會說，我們保證的是使關（南按：實乃李）去職，只要他去職就可以了，至於是升是降，我們並沒有保證。有人提議開教授會，但沒有成為事實。」據馮氏說，讓學生先複課，然後再懲凶的點子是他與聯大訓導長查良釗出的，後來教授會的答覆也有自己一分子。通觀馮友蘭為人處世的一生，像這樣的圓熟中夾雜著狡猾的辯解是極有可能的，若出自別人的計謀反而有些不可思議了。只是馮友蘭等人這一圓滑的說辭，令聯大學生會大小頭目甚感惱怒，遂下決心以牙還牙，以眼還眼，再度發動學生示威遊行，進行反擊和報復。
2月15日，梅貽琦乘機飛渝辦理清華複員事務，西南聯大一時群龍無首。趁這一空隙，昆明學生聯合會主席、中共地下黨員吳顯鉞，秘密聯合由中共地下組織操控的文協昆明分會、中蘇文協昆明分會，連同民主同盟主辦的民主周刊社等十團體，糾集15000餘人於2月17日在聯大新校舍廣場召開討伐大會。會議由聞一多任主席，褚輔成、錢端升、費孝通、吳晗等人出席大會並慷慨發言，強烈要求政府立刻嚴懲昆明「一二·一」慘案主使者關麟征、李宗黃、邱清泉等軍政大員。為了加重會議的分量和法碼，會議組織者專門把炸斷一條腿的繆祥烈用棍子抬上主席台，以現身說法激起眾人的反政府鬥志。經過聞、吳等幾位另類派教授一招一式鼓動煽情與繆祥烈聲淚俱下的現場控訴，入會者情緒很快被激發調動起來，演講尚未結束，就有人急不可耐地蹦到主席台振臂呼喊「打倒李宗黃」、「殺關麟征、李宗黃以謝天下」、「立即改組政府」等口號，同時提出遊行示威以壯聲色。中共地下黨員吳顯鉞等學聯領袖見火候已到，順勢鼓動，表示響應。於是，整個會場如同決堤的潮水，人群「轟隆」一聲擁出聯大校園，於昆明大街小巷呼嘯開來。
由於盧漢對李宗黃這個冤家對頭出任新職同樣大為不滿，沒有派軍警阻止，昆明街頭洶湧翻滾的人潮急浪洶湧向前。大潮滾過處，留下了一堆堆用各色紙張書寫的宣傳口號與標語。當眾人空著肚子雙腿發軟全身打晃兩眼發花回到校園時，夾雜在隊伍中滿面塵土的聞一多於興奮之中，不無得意地用沙啞的聲音對身旁的人說道：「軍警特務哪裡去了？他們是學乖了，還是泄氣了？」其實他哪裡知道，大權在握，重兵雲集的地方當局，怎有突然吃素、泄氣的道理？倘無隱情，何以至此？聞一多此言，實在是不諳官場之道的書生意氣。就在聞、吳等人支持、鼓勵昆明學生紛紛擁向街頭之時，遠在重慶的梅貽琦先後會晤了傅斯年與朱家驊。當時正患胃病躺在自家寓所床上的朱家驊，儘管不知聞一多等此刻正在千里之外的昆明遊行隊伍中狂呼尖叫，風頭正健，但當談到聯大近日形勢時，朱家驊甚表憂慮，認為「張、聞、潘等之舉動謂殊於清華不利」，並特地專門向梅貽琦提出警示。2月26日下午晚些時候，馮友蘭以西南聯大文學院院長的身份向重慶教育部拍發密電，謂學生將於27日舉行罷課，催梅貽琦速返昆明籌劃應對之策。當教育部譯電員將電文翻譯完畢已是晚上7點，時梅貽琦正同翁文灝、傅斯年等人參加外交協會舉辦的一個宴會，在教部當置的杭立武立即持電文駕車跑到宴會場所，匆忙把梅拉出告之昆明情形，並促梅速返。梅聽罷大驚，「雖覺或非嚴重，而又感在渝任務未完，但只好決計歸去，（因為）此責他人亦難負也。」乃「急至朱寓稍留」，而後即返中研究院招待所收拾行李，次日一早乘機返回昆明