傅斯年搖晃著肥胖的身軀，喘著粗氣踏進西南聯大大門後的情形，學校「罷聯」內部簡報以答問的形式在題為《關於「一二·一」慘案的談話》中說道：
傅常委歸來後，罷委會交際股即派代表二人前往晉謁。傅常委說：「我是2日下午在重慶聽到同學被屠殺的事情時，曉得非回來不可了。4日在機場等了一上午，到昆明已是下午四點，沒有趕到教授會議。今日上午拜訪了盧主席，下午去看關麟征，我對他說：『我代表學校當局，對於這次屠殺事件不勝其憤慨，我以前跟你是朋友，現在是站在對立的地位了。』關麟征說：『那何必，我們還是朋友。』我說：『你殺了同學，比殺了我的兒女還要使我傷心。』關麟征說：『你怎麼說是我殺了同學呢？』我跟他爭辯了一大頓。」當代表問到傅常委怎樣處理這件事時，傅常委說：「我盡我所有力量，依照教授會議所決定的去做，請你們轉告同學們，請他們信任我和先生們，假如我有一點不站在同學的立場上做，我就對不起自己良心的。」代表出來的時候問：「傅常委是不是要等這事情完全解決了才走呢？」傅常委說：「當然。」
很明顯，傅斯年是挾政府之命，以學校負責人的身份帶著平息事態的重任飛抵昆明的。行前，朱家驊專門請示過蔣介石，蔣認為傅斯年是合適的人選，也會在政府與聯大師生之間周旋，並不至於和其他政客一樣引起知識分子的反感。傅斯年對事件經過稍作了解，便以他的精明和以往處理學潮的經驗，認為必須堅持將學生複課與懲凶事項分別辦理，只有如此，方有處置的可能，這個想法與朱家驊不謀而合。第二天，朱家驊自重慶拍發密電告訴傅斯年並轉馮友蘭、周炳琳和姚從吾，說「學潮若不早息，影響所及實匪淺解」，同時認為「一俟事實明了，凶必嚴懲，弟可保證」。但又站在政府立場上，竭力主張「複課與懲凶似應分別辦理，至複課至關重要」，要求傅斯年等「全力協助，約同其他至友，勸導學生早日上課，最好能俟複課後再來較妥，否則罷課久延或將波及他處，致難收拾」。
12月5日，重慶《新華日報》以《昆明學生流血慘案》為題發表社論，指出：雲南當局「一面在昆明動手，一面在重慶的官辦報紙上已登著皇皇大文，硬指反對內戰的教授和學生都是共產黨所煽動，來作為把他們當做『匪徒』，用美國機關槍來對付的理由。像這樣的周密布置和輿論配合，那是段祺瑞和宋哲元萬萬及不上的」。與此同時，全國其他報刊相繼刊發文章，矛頭直指國民黨當局，昆明慘案成為重慶大街小巷議論的熱門話題。
當各種說辭傳到蔣介石耳中時，蔣明顯有些不耐煩起來。據唐縱日記12月6日載：「美國務卿貝爾納斯至函安德遜闡明美國在華政策，主張建立一『強大團結民主之中國』，設法協助中國完成國內之團結與穩定，基於機會均等及尊重國家主權原則循正當合法之途徑努力。由此可知馬歇爾元帥使華，其任務在調查蘇聯在遠東之勢力與動態，並將相當修改赫爾利對華之態度，而用各種方法與力量以促成中國之團結與民主運動。」又記：「主座兩次電話詢問昆明學潮情形。主座致盧主席電，謂如不能解決，即應解散其學校，另將學生集訓。」
這則日記透出的信息是，蔣介石的焦急與焦慮不安，與國際大環境有著密切關聯，他極不願因為昆明的血案而在國際政治旋渦中造成被動。但事實上，眼見昆明學潮有蔓延全國之勢，蔣所謂解散學校、集訓學生，也只是一時氣極的瘋話罷了，誠如歷史學家黃仁宇所分析的蔣介石的性格和處世手段：「當歷史已在他蔣介石眼前和手下高速地展開，他無從採取通常合乎情理的方法對付。於是他以直覺作判斷，先以道義為手段，不及則雜之以權宜，多時仁厚，偶爾心狠。被逼不得已則以宗教哲學思想和御己的紀律堅持下去。」
蔣在處理此次學潮的一系列做法，正應了黃仁宇對其性格的判斷和歸納。蔣採取的措施仍是加緊安撫學生，如下令批准立即槍決陳奇達、劉友沼以表當局態度。這一做法在得不到學生和輿論認可的情形下，蔣介石開始「雜之以權宜」，下令關麟征停職，著其立即赴渝報告。
關麟征預感大事不妙，為顧全臉面，於12月7日，向重慶拍發電報自請處分。電云：委員長蔣：
自昆明學潮發生以來，職深知其中有人操縱，含有政治陰謀，故無時不在戒慎恐懼，本鈞座之意旨，小心防範，以免事態擴大，殃及無辜。而東日（一日）午聯大文法學院與軍官第二總隊之鬥毆及聯大師範學院之慘案，陡然而起，職已竭盡諸種方法，以求補救。緝兇慰撫，凡於職分應盡之事，無不廢寢忘食，竭盡綿薄。今投彈兇手陳奇達、劉友治均已就捕，並於盧主席主持之下，約請各界首長約百餘人公開會審，據供確系受共黨分子姜凱嗾使，兇器亦姜所與，事態已明，學潮理應告一段落。然恐奸人絕不以此為足，仍將利用學生並其生命，以為遂行其陰謀之工具，而職身負治安之責，事前防範未周，以致可愛青年死者四人，傷者十餘，擬請先於撤職，並以法議處，以平奸人之憤，兼慰罹難學生之心，且為失職者戒。謹請鑒核。
職 關麟征叩殘酷的現實與社會各界強烈反響以及傅斯年等人的態度，促使蔣介石不得不作出讓步。決定將關麟征「明令停職，聽候處分」，由青年軍編練總監霍揆彰中將接替其職。同時撇開李宗黃，正式授權由盧漢出面主持慘案的調查和善後事宜。
12月8日，昆明《中央日報》刊登了關麟征的自請處分電文，同時發表了蔣介石於7日草就的《告昆明教育界書》。書云：「昆市發生學潮，學生課業中輟，已逾旬日，妨害青年學業，貽誤建國前途，興念及此，痛心無已！我國抗戰八年，犧牲慘重。今勝利甫告實現，復興時機不可復得，正宜同德同心，積極黽勉，進行建國之工作，乃訛言流傳，波及學府，演成如此不幸之事件，此真所謂仇者所快而親者所痛也。……中正愛護青年，不啻自身之子弟，更不忍我純潔之青年學生，有自誤誤國之舉動……」
在說了一通冠冕堂皇的話之後，蔣氏筆鋒一轉，態度頗為強硬且暗含殺機地繼續說道：「中正維護教育，保持紀綱，皆屬責無旁貸。對於此次事件，必當根據是非與法紀，作公平負責之處理，決不有所偏袒，亦不有所姑息。唯我各校教職員對於學校對於國家亦均負有神聖之責任，應導學生於正軌，為社會做表率，切不可任令罷課風潮再有遷延，造成學校與社會無政府無秩序之狀態，以貽國家之羞。目前一切問題必以恢複課業為前提，以正常手續為解決，否則政府縱如何愛護青年，亦不能放棄其維護教育安定秩序之職責。切望我各校當局與教職員諸君，深體此意，對全體學生剴切勸導，務令即日上課，恢複常態，勿負余諄切之期望，至深企盼！」最後署名是：蔣中正手啟。
深知蔣介石脾氣的朱家驊，已從這封公開書中嗅出了軟中帶硬，且真有解散學校的意味。朱氏深恐學潮擴大會迫使蔣出此下策，故一面請示蔣介石，允派教育部次長朱經農急飛昆明，會同各方處理死傷學生的善後問題，一面向傅斯年等拍發急電，強調：「主席七日文告，對昆市不幸事件指示公平處理，政府已負責處理，我昆市各校即應恢複常態克日複課。務請諸兄會同各校教授同仁對吾青年學子剴切勸勉，應以學業學校為重，而更應以教育前途及國家榮譽為重。吾人職責貴在善後，一切有利善後之意見及辦法，政府無不採納，然一切有違善後及有礙教育事業之舉動，自應擯除。」
朱經農飛抵昆明後，轉交了一封蔣介石致傅斯年親筆信，曰：
孟真先生：
回昆以後，體力如何？賢勞為念。關於處理學潮事，已另致各校教職員一書，想可同時察閱，尚望吾兄為一般友好詳述之。務希共同為國家為青年與為校譽負其職責也。餘托經農次之面達，不贅。
信中所說的「另寄各校教員一書」，即指報紙公開發表的蔣介石《告昆明教育界書》。想來蔣介石怕傅斯年感到突然，以及產生當局對自己處理此次事件不信任的誤會，特寫此函以示慰撫。而信的內容顯然比報上的言辭要溫和得多，這應是蔣在盛怒平息後「以宗教哲學思想和御己」的策略糾結而成。
傅斯年詳細研究揣摩了蔣介石的心理，覺得事尚可為，而通過在昆明城幾天的內察外調，與師生數度座談，對慘案經過與師生的憤怒心情也瞭然於心。根據昆明各方面的形勢，傅氏深感懲凶一事必須抓緊，否則夜長夢多，更難收拾。而所謂懲凶並非弄一兩個兵差小卒就可以矇混過關了事，必須懲治真正的主凶、大凶如李、關、邱等軍政大員，否則事情不會輕易了結。關麟征辭職後，昆明學界的矛頭又轉向了李宗黃，並響起了去李倒李的呼聲。鑒於此情，12月8日，傅斯年給朱家驊、陳布雷拍發密電，態度鮮明地表達了自己的立場：「此事既由李宗黃、邱清泉等弄糟到此地步，又將關總司令拖入。手榴彈案之內幕，此間各地人士所詳知，包括美國外交記者在內，到處宣騰，只有政