就在雲南軍政大員表演性地「公審」投彈罪犯時，4日上午9時，代梅貽琦主持校務的葉企孫在清華辦事處召集聯大教授會，就學潮問題進行討論。會議主席由葉企孫擔任，中文系教授聞一多以書記員身份負責記錄。教授們圍繞學潮是息事寧人地儘快結束，還是添油加醋地繼續擴大等問題激烈辯論。以聞一多、潘光旦、吳晗等為代表的一派教授力主擴大學潮，與當局爭勝，鬧他個人仰馬翻，天地變色。而以三青團負責人姚從吾為代表的另一派教授，表示強烈反對，力主儘快結束學潮，恢複校園秩序。兩派的主張分別都有共產黨與國民黨的政治背景支撐，因而整個教授會議實際演變成了國共兩黨安插在聯大的代表在較勁、談判。雙方你來我往，唇槍舌劍，各不相讓，最後出現了「空氣緊張，且幾瀕分裂」的局面。
關於三青團與中共力量對西南聯大的滲透並形成氣候的具體時間，據可考的資料顯示，源於1938年。這年的7月9日，三民主義青年團在重慶成立，蔣介石任團長，陳誠為書記長。9月底，國民黨西南聯大直屬區黨部及三民主義青年團西南聯大分團部籌備處成立，由歷史系教授姚從吾任籌備處主任。未久，姚從吾任直屬區黨部書記長，教育系主任陳雪屏任青年團分團部主任。為了加強隊伍建設和發揮作用。姚、陳二人領導的黨、團部門，分別在聯大師範學院設有專門辦公室，三青團還在新校舍布置一間「中正室」，陳列《中央周刊》《文藝先鋒》等雜誌，每天午後開放，同時出版《青年》壁報，發表與學生社團群社主辦的《群聲》《臘月》等壁報，以及其他壁報針鋒相對的言論。也就在這年的10月，中共西南聯大地下臨時支部成立。1939年春，中共雲南省工委批准中共西南聯大地下黨支部委員會正式成立並開始活動。
隨著兩派性質不同，主義不同的黨團隊伍在聯大崛起，往日純粹的學術氛圍被打破，越來越濃厚的政治空氣籠罩了整個校園。兩股勢力明爭暗鬥，長此消彼，直至鬧到難解難分的膠著狀態。而這兩股政治力量的叫板爭雄，不但為西南聯大的學潮再度興起與寂滅起著至關重要的影響，也為震驚中外的「一二·一」血案埋下了伏筆。
據聞一多長孫聞黎明編撰的《聞一多年譜長編》說，當昆明學生聯合會決定於12月25日晚舉辦演講會時，曾事先邀請過聞一多、吳晗等當時被看做激進派或稱為「左派」的教授出席。中共雲南地下黨組織聞訊，派人指示聞、吳二人：「為了擴大影響和個人安全，要適當減少公開出面，而在下面多做工作，要注意團結爭取大多數，儘可能推動更多的人站出來說話，這樣對鬥爭有利」云云。聞、吳聽從了這個指示，當晚沒有參加演講（南按：唐縱日記列舉名單中有聞一多）。但當雲南大學迫於壓力不借給會堂，演講會即將無果而終時，聞一多力主改在聯大操場進行，並最終促成了此事。
時與聞一多、潘光旦、吳晗等一派教授聯繫的神秘人物，是一位叫洪德銘的西南聯合大學二年級學生。此人乃湖南臨澧縣人，早年加入共產黨並出任過新四軍某團政治處副主任，蔣介石下令摧毀新四軍大本營的皖南事變發生時，洪氏因重傷被俘，後成功脫險。1944年，洪考入西南聯大，創建民主青年同盟，為西南聯大地下黨的主要負責人，受中共南方局昆明方面的負責人華崗和地下雲南省工委直接領導。後來中共在聯大成立了黨總支和下屬兩個支部，由袁永熙出任總支書記（南按：1947年，袁與陳布雷之女陳璉結婚），洪德銘、馬識途分別出任支部書記，暗中發展學生，反對國民黨在校內的統治。聞一多、吳晗等一派教授在政治方面主動向中共靠攏，並無條件地聽從袁、洪等幾位中共地下黨員學生的直接指揮調遣。據洪德銘回憶：「慘案當天晚上深夜，我把工作安排好後，到吳晗、聞一多處碰頭，三人一見面就情不自禁地淚流滿面地哽咽起來。接著在一起交換情況，商量工作。聞、吳先生說教授會的工作、民盟的配合、文化教育界的發動，由他二人負責，每天他二人向我介紹情況。民青、罷聯有什麼意見要求，可以委託他二人辦理（南按：按中共指示，洪還負責分管罷聯工作）。我按照黨的指示，把我們如何擴大、堅持鬥爭的部署向他二人作了彙報，他二人表示完全同意，全力支持。聞先生還說：『大事不先和民青商量，決不隨便向外表態。』」與聞一多等人針鋒相對的派系，是以聯大歷史系主任姚從吾為首的國民黨右翼集團骨幹分子。儘管姚氏面貌長相似一河南農民老粗，卻如傅斯年所說「外似忠厚，實多忌猜」，同時更有陳寅恪指斥「愚而詐」的特性。就是這樣一位貌不驚人、土裡巴地的人物，可能受幼年所在地理環境影響熏陶，像他的很多同鄉一樣對政治和政客生活備感興趣，並竭盡投機鑽營之能事。1940年，傅斯年在給胡適的信中提到的「只有從吾胡鬧。此人近辦青年團，自以為得意……我真不能忍耐，即與之絕交」等，指的就是此人。儘管傅對姚的所作所為很不感冒，但姚還是得意洋洋地幹了下去，將青年團辦得有聲有色，很受國民黨省黨部及上層的重視。初涉政治的姚從吾見辦團已有所斬獲，又開始熱火朝天地負責組建西南聯大國民黨黨部，在政治上大有衝出聯大扶搖直上之勢。
當11月27日學潮爆發後，姚就開始以西南聯大國民黨與三青團組織總負責人的名義，致快件向教育部長朱家驊彙報昆明學潮發生情況和他所採取的對策。內中說，「據團中同志言：中立派簽名者至廿七日已有八九百人」。按姚當時的觀察分析，只要不再發生過分刺激學生的情況，事情仍有可為。因此頗有點遠見地認為：「應與辭修（南按：即陳誠）部長即電關、邱諸同志與王政（南按：即雲南省教育廳廳長）同志及大學團部負責人切實聯繫，將『結束罷課』與『防遏反動』分開，以政治為主，軍隊彈壓為副，萬勿隨意行動。隨意刺激群眾，無益實際，徒增困難。簡言之，不妨及治安者，軍人切勿干涉。」又說：「聯大事除與學校負責人接觸指示之外，應再專函周枚蓀（南按：周炳琳）、張奚若，請二先生貢獻意見，協同處理。因枚蓀實具有若干鎮壓能力，張先生尚得學生信仰。至於端升，壞事有餘，易受利用。又CP（南按：共產黨英文縮寫）為孤注一擲計，自必竭力搗亂，此次壓下去或即可永久相安也。」
令姚從吾大失所望的是，地方軍政大員並沒有按他這位自號南陽諸葛孔明的「深謀遠慮」行事，他提出的警告可能還沒有到達朱家驊手中，慘案不期而至，這一切不能不使姚等聯大黨團人員備感沮喪與不滿。儘管如此，姚從吾還是從維護當局利益出發，竭力阻止學潮蔓延擴大。從事件發生前後他給朱家驊等人的一系列信函中，可以清楚地看出姚的政治傾向和當時大學內部國民黨組織應對態度的脈絡。
與姚氏的舉措相反的是，根據中共地下黨組織指示，聞一多等人卻要使罷課鬥爭擴大和持續下去。於是，在12月2日由葉企孫主持的教授會上，聞一多不但贊成學生罷課，還力主全體教授罷教，以聲援學生的示威遊行。這一提議受到了姚從吾等人的強烈抵制，最後以「罷教問題延緩討論」進行了否決。此舉令聞一多大為不快，雙方都窩著一股心火，並在背後積蓄力量，準備再戰。
在4日召開的教授會上，聞一多、潘光旦、吳晗等人舊事重提，力主全體聯大教授以罷課聲援學潮，給當局施加壓力。此舉同樣遭到了以姚從吾為首的國民黨籍部分教授的強力阻擊。就當時的情況而言，由於教授們所處環境關係，絕大多數人明顯地既不贊成蔣介石不問青紅皂白的嚴厲處置措施，更不贊同李宗黃、關麟征等人所採取的暴力行動。他們認為學校可以暫時停課，但不能按聞一多等人的意見宣布罷教，理由是大學畢竟是大學，是做學問和傳播、發展學問的地方，不是古羅馬斗獸場，也不是黨派政治爭鬥的風水寶地與戰略據點或什麼所謂「堡壘」。經過長達6小時的唇槍舌劍，雙方不分勝負，討論仍無結果。聯大國民黨籍教授為數眾多，但在對待學潮處置上又有明顯分歧。一派是強烈反共分子，故認定學潮的發生是中共暗中挑撥或煽動的結果，主張分化學生，孤立「另類」分子，使其無機可乘。另一派總體上站在國民政府一邊，因對國民黨恨鐵不成鋼，故對學生抱以一定的同情，相信學潮發生根源在於地方當局專橫與野蠻，中共摻雜其間搗亂鼓動，亦不過乘機利用而已，因而不主張用激烈的方式與當局對抗。鑒於各大小派系互不相讓和自以為是的強硬態度，最後由會議主席葉企孫提議，以投票方式決定勝負。結果是當日入會者共82人，贊成停課者61票，主張罷教者僅19票。最後會議形成的決議是：自即日起本校停課七天，對死難學生表示哀悼，對受傷師生表示慰問，並對地方當局不法之橫暴措施表示抗議。
這一決議，意味著聞一多等人在罷教問題上連戰連敗，而姚從吾等人總算有驚無險，最後取得了勝利。對此，姚氏沾沾自喜，其興奮之情從他於當月11日給正在北平辦理北大複員事務的聯大教育系主任、國民黨三青