就在傅斯年、鄭天挺、周炳琳對蔣夢麟的離職滿含悲憤口誅筆伐之時，遠在美國的胡適，一直持冷靜、客觀的態度看待這一變故，並以和事老的口氣不慍不火地為蔣開脫，強調夢麟此舉實乃是「為政府徵調，只是暫局」云云，以此消融北大諸教授的怨聲與憤慨。當國府發布胡適出任北大校長的消息後，胡沒有推辭，而當時他在美國的尷尬處境也不容許推辭。回國執掌北大，無論是對胡氏個人還是政府，都是一件保存體面、如釋重負的最好解離線會。但在正式出山之前，像過去皇帝登基需要有一個「勸進」程序一樣，表面上的「遜讓」文章還是要做一做的。於是，胡適拍發了一封致朱家驊、蔣夢麟（南按：胡文稱孟鄰）、傅斯年三人的電報：
騮先、孟鄰、孟真三兄鑒：
江、微、魚電敬悉，緩復乞恕。世界教育會議，當勉強遵命參加。民國二十年以後，北大復興，孟鄰兄領導之苦心偉績，弟所深知，北大複員，仍不可無孟鄰兄之領導。曾於上月托張仲述帶信與北大同仁懇切工述此意。孟鄰兄為政府徵調，只是暫局，孟真兄肯扶病暫代，最可感幸。將來弟歸國，若不得已，亦願與孟真分勞，暫代一時，以待孟鄰兄之歸，此意至誠懇，乞亮察，並乞轉陳主席與詠霓兄，並懇轉致北大同仁，至感。弟在外八年，結束稍需時日，擬明年二月海道歸國，並聞。
弟胡適蒸（十月十日）電文發出，禮數算是盡到，既是答應暫代一時，那「一時」的長短與何時權歸舊主，只有看天命人事了。正是這封電報，意味著蔣夢麟與北大徹底脫離關係，這時的蔣或許已經料到，此次一別竟成永訣，再也沒有機會回到他付出過心血與痛楚、充溢著光榮與夢想的北京大學了。
因胡適尚在美國，在歸國之前，國民政府任命傅為北大代理校長，並聘為西南聯大常務委員。在這種情形下，按朱家驊的說法，傅「不得不勉強答應」。
1945年9月20日，傅斯年以西南聯大常委、北京大學代理校長的身份參加了在重慶召開的全國教育善後複員會議。會議就內遷教育機關復原以及教育秩序整頓等問題進行了討論和議決，參加者有朱家驊、翁文灝、李石曾、蔣廷黻等政學兩界大腕。傅氏在會上極其活躍與情緒化地指手畫腳，並公開為朱家驊出謀劃策，其形態立即引起了相當一部分入會者的反感。原清華大學歷史系主任、時為聯合國善後救濟總署中國代表及國民政府善後救濟總署署長的蔣廷黻，對傅氏張牙舞爪的做法更是深惡痛絕，當場不無諷刺地謂傅斯年是「太上教育部長、太上中央研究院總幹事，太上北大校長」。傅聽罷反唇相譏，說自己只做「太上善後救濟總署署長」。蔣廷黻見傅臉呈豬肝色真的動起怒來，怕節外生枝，引起對方的心臟病，遂不再攻擊。事後，傅斯年給夫人俞大綵的信中道出了自己的委屈：「事實是騮先好與我商量，而（他）十之七八不聽，然而外人不知也，以為他的一切由我負責。」不管朱家驊聽不聽，傅斯年擺出一副「太上」的架式當是附合實際的。
通過這次會議，傅斯年更加認清了教育界局面複雜與派系爭鬥的險惡，他在給北大法學院院長周炳琳的信中不無憂慮地說道：「弟貿然代理，半年之後，必遭天殃，有不得不與兄相約者，弟固跳火炕矣！而公等亦不當立於高峰之上，搬請以為樂也，除非大家努力，齊一步驟，此局不易維持也。北大之敵人多矣，隨時可來算賬，且此時不攘外即無以自立，此尤使弟鬥志奮發，而又不得不戒懼者也。」從此信可以見出，傅斯年已做好與一切北大之敵開打的準備了。
9月25日，蔣介石在軍委大禮堂為此次會議結束召開宴會並致辭，大旨為：1.各校遷移應在明年課業結束之後；2.西北西南各校除少數外，宜留設原處；3.戰後建設應農、工並重；4.未來學校發展應質、量並重云云。重慶會議是一個重大轉折點，可謂中國教育、文化界的分水嶺，越過這道標誌著戰前與戰後的山嶺，那潛流洶湧的溪水很快與社會大潮融匯一起，形成了一股翻江倒海的滔天巨浪，在中國大地上喧囂奔騰起來。會議過後，傅斯年即委派北大教授陳雪屏與鄭天挺由昆明趕往北平，接收北京大學校產，為學校複員作準備。當陳、鄭二人抵達北平，首先遇到的就是一件頗感頭痛的麻煩事。1937年盧溝橋事變之後，北京大學教職員工與學生倉皇南下，佔領北平的日軍利用原北大的校舍和來不及遷運的圖書設備，又成立了一個偽「國立北京大學」，並招生開課，對中國青年進行奴化教育。當時未隨校南遷，仍留在北平並漸漸墮落為漢奸的湯爾和、錢稻孫、鮑鑒清等原清華、北大教授，先後出任偽北大「總監督」和「校長」等職，魯迅之弟周作人和著名古器物與古文字學家容庚等沒有南遷的原北大、燕京大學教授也相繼下水，周作人出任偽北大教授兼文學院院長，容氏出任文學院教授。此次陳雪屏北上途中，又接到國民政府教育部命令，令其接收北平日偽各校的學生，辦理北平臨時大學補習班等事宜。總體方針是不管是真北大還是偽北大，全部照單接收，然後把教職員弄到一起辦學習班，鑒別之後再作是否錄用的決定。但這一點與傅斯年的想法大相徑庭，因而導致抵達北平接收的陳、鄭二人不知如何是好。
傅斯年向來最痛恨不講民族氣節的儒生文士，對他的先祖傅以漸當年沒有率領梁山一帶的英雄好漢參加抗清復明運動，揮動花和尚魯智深遺贈的月牙鏟，或天殺星黑旋風李逵喝了宋江端來的毒酒砰然倒地後遺落在家鄉的黑鐵銅頭板斧，來個「驅逐韃虜，恢複中華」，且還參加了滿清入關後首次鄉試、殿試，得中順治朝狀元並做了滿清王朝的高官大員，一直耿耿於懷，深以為恥。對與自己同一時代的親朋故舊、同事友好，在民族危亡的緊要關頭，不顧名節和民族大義，甘願為日本小鬼驅使的大小知識分子更是深惡痛絕，恨不得立即將其擒獲，按入老虎凳罐一頓辣椒湯，或乾脆推出轅門斬首而後快。據傅斯年研究專家王沉森對存在台北史語所的「傅斯年檔案」整理研究，發現許多細節都與傅氏具有強烈的民族主義情緒有關，比如他特意收集一小袋有關鄭成功墳墓、祠廟的照片，並在其中一張照片背面題道：「民族主義者鄭成功起義的地點是南安縣東文廟。」又如他在抗戰勝利後馬上寫信到北平問文天祥祠是否無恙，後來當他為開除日據時代北大「偽教員」一事與北平教育界鬧得不可開交時，請視察北平的蔣介石與自己同游文氏祠，併合照於「萬古綱常」的匾額之下。這種民族主義情緒還表現在更細微之處，如傅斯年在記筆記時，將有關中亞歷史者列為「虜史」；又如傅氏讀凌廷堪《校禮堂文集》，作者主張以歷史上幾個胡人政權為正統的文字時，便寫了不少眉批痛斥凌氏。此外，還將民族主義情緒發展為對教會學校的排斥與競爭。當年傅斯年與陳寅恪等竭盡全力耗巨資購買從故宮流出的明清內閣檔案，其中一個很大的原因就是怕這批珍貴資料流落到燕京大學，尤其是日本人之手。更有甚者，傅斯年曾說過，寧願中國赤化，也不願做日本的殖民地。而在史語所大舉校《明實錄》時，歷史學者吳豐培來函建議參校日本的善本，傅氏回答說，「即使日本有善本也不用」。
正是內心存有這樣一股強烈的民族主義情緒，1945年10月底，傅斯年由重慶飛往北平處理北大事宜，陳雪屏等人到機場迎接，傅走下飛機第一句話就問陳與偽北大教員有無交往，陳回答說僅限一些必要的場合。傅聞聽大怒道：「漢賊不兩立，連握手都不應該！」當場表示偽校教職員堅決不予錄用，全部都要屎殼郎搬家——滾蛋。同時表示要請司法部門將罪大惡極的儒林敗類捉拿歸案，打入囚車木籠，來個「斬立決」等。蝸住在北平的偽教員們聞聽傅斯年擺出一副秋風掃落葉式的無情模樣，既驚又怕，特別是按照陸軍總部「徵調」偽敵人員服務辦法，已經進入補習班任教的偽北大教授，更是惱羞成怒，不僅四處鼓噪，還企圖渾水摸魚，負隅頑抗。偽教授們經過一番密謀，暗中聯合起來以罷課相要挾，不承認自己屬於偽敵人員被「徵調」，而是國立北京大學永久的合法教授，並糾集起來共同向時任國民黨北平行營主任李宗仁請願，強烈要求入主複員後的北大，繼續擔當傳道授業解惑、萬世不朽的人類靈魂工程師。為表示自己的正統與合法性，偽北大教授、古器物學家容庚於11月7日北平《正報》發表了致傅斯年的「萬言書」，藉此抗議並為自己的行為辯護。書曰：
孟真足下：
盧溝橋事變正當庚南歸過漢之時。在粵逗留四月、北平已陷，南京岌岌。庚以燕大職責，乃復北歸，黽勉四年，成《重訂金文編》、《商周彝器通考》數書。教育部授以二等獎狀。中央研究院史語所繼續聘為通信研究員，不虞之譽誠非所堪，差幸不見棄於國。太平洋事變，燕大教務長司徒雷登先生握手告余曰：「吾輩希望之日至矣。」庚亦自念吾國百年積弱，庶幾奮發為雄乎！燕大復校於成都，同仁多西去，八妹媛亦從之而西。而庚獨眷戀於北平者，亦自有故：日寇必敗，無勞跋涉，一也