就在傅斯年勸說史語所青年人員參軍的時候，在李庄板栗坳大山那邊上壩月亮田中國營造社的土屋裡，身體尚未康復的林徽因正伏案寫著一首叫做《刺耳的悲歌》的詩行，她在詩中以悲愴的筆調抨擊了那些被戰時後方艱苦、暗淡的生活腐蝕了意志，因而動搖、彷徨，看見別人做了高官、發了國難財而眼紅心跳，甚至不惜放棄學術事業，奔走豪門，投機鑽營，溜須拍馬，一門心思夢想升官發財的青年人。同時，透過陰濕的格子小窗，林徽因彷彿窺視到在那可見的天際，又飄浮起內戰的烏雲。為此，她強烈地抨擊了國民政府不懷好意，借青年知識分子的愛國熱情，騙取他們去參加所謂的「青年軍」，名義上共赴國難，參加抗日，實則準備暗中對付共產黨，為打內戰積蓄新生力量的卑鄙伎倆。——國民政府這一深含不露的陰謀，尚來以眼觀六路，耳聽八方，聰明絕頂如傅斯年者，自然深知個中況味。而他手下的青年學者們，自然也不糊塗，只是在這一陰謀面前各自裝作糊塗地保持了沉默而已。沉默的青年學者們沒有想到，政府這一假公濟私的陰謀，被蟄居在偏僻小鎮中另一個醒著的才女林徽因以詩的形式披露出來，從而給世人留下了一個先知先覺的神奇印象。據梁從誡晚年回憶說：這是林徽因一生中所寫的唯一一首政治詩，「抗戰後國民黨利用『青年軍』鎮壓學生運動，打內戰，證明了母親這個『不問政治』的人政治敏感性」。後來的事實大多證明了林徽因眼光銳利，政治敏感性的正確——當然，真正的悲劇是林徽因此時沒有想到的，有些意外插曲也超出了她想像的範圍，如吳金鼎的參軍即是一例。吳金鼎是在傅斯年開過徵召會議一個星期之後，突然主動提出參軍抗戰的。這一舉動令熟悉他的同事和朋友都大吃一驚，但吳氏還是決意把夫人王介忱留在李庄，獨自一人提著背包悄悄地隨「青年軍」遠去——儘管43歲的他此時已不再是青年。
作為一名留學海外的博士與成就斐然的考古學家，吳金鼎的半路「出家」，給後人特別是研究考古學史的史家留下了一串不解之謎。由於留存的材料稀少，加之吳氏本人離開李庄5年之後便撒手人寰，使他這次投筆從戎的心境和緣由更顯得撲朔迷離。不過，既然他生活在李庄知識分子的群體之間，且本身還是一個頗有些名聲的大字型大小「海龜」，總要在流逝的歲月中遺下一些稀疏的印痕。
1942年12月23日，傅斯年在李庄致信重慶中央研究院總幹事葉企孫，討論聘請夏鼐由中央博物院轉到史語所工作事宜。當時夏鼐正在家鄉溫州休假，傅斯年曾托中央博物院總幹事曾昭燏致函夏，促其早返。傅在致葉企孫的信中說道：
一、夏鼐之學問前途甚大，本所早有意聘他。但博物院亦重視之（濟之前雲，既要我辦博物院，我也要留個好的）。去年（三十年）1月，博物院鬧窮，弟正在李庄（病前），對濟之雲「可拔一位過來，自郭子衡至王孤鉀，隨濟之意，你我看夏鼐最好，不過仍由兄決定」。濟之決定拔吳金鼎過來。
二、為考古組前途人才計，本所目下應該請他。
三、本所經費，用得超過。弟久懷疾戾，此時不敢提請大薪水之人（要來當為副研究員，其薪當在三百以上），而路費浩大，亦一問題也。
有此情形，故乞兄直接與濟之商定，至感！
這封信除說明無論是李濟還是傅斯年，對夏鼐的才學和為人處事能力格外看重，同樣透露出吳金鼎由中央博物院轉到史語所，是李濟的安排，並非傅斯年的本意。儘管吳與傅均是山東老鄉，且吳氏在城子崖的發現、發掘中作出了重大貢獻，但在傅的心中，吳的學問與處事能力依然沒法與江南才子夏鼐相匹敵，多少有些輕視意味。李濟的心思與傅斯年不同，儘管後來李曾不止一次地對人說過：「自己認為生平有兩個在考古學方面最得意的學生，一個是夏鼐，一個是張光直（南按：張乃李濟赴台後台灣大學的學生）。」但此時李濟還是一直把吳氏作為自己學術上的繼承人來看待和栽培的，這從中央博物院在李庄期間共進行了彭山崖墓與後來成都琴台永陵兩次大型田野考古發掘，全為吳金鼎一人所主持即可證明。那麼，吳離開中央博物院籌備處又作何解釋？據說，李濟當時之所以推薦吳金鼎人主史語所，並不是對吳的看輕，相反則是寄予了一片希望的。由於李濟擔任中央博物院籌備處主任兼史語所考古組主任職，身心俱疲，研究工作大受影響。自雲南昆明時代起，李就把主要精力放到研究殷墟出土的陶片上，且有過多次實驗並小有斬獲。而吳金鼎正是研究陶片的專家，對城子崖與殷墟出土物非常熟悉，此去史語所考古組，正好接替李濟難以顧及的一攤兒，把研究工作繼續做下去。至於彭山發掘的器物，已有中央博物院的曾昭燏、趙青芳等青年才俊予以整理。而繼彭山漢墓之後發掘的震動中外的中國首座帝王陵墓——成都琴台永陵之器物，則大部分留在了四川省博物館，運到李庄的只是一小部分［南按：1943年春，中央研究院歷史語言研究所吳金鼎、王文林，與中央博物院籌備處王天木（振鐸）以及中國營造學社的莫宗江、盧繩等專家學者，與四川博物館馮漢驥等人合作，對成都市內傳說的「撫琴台」進行了第二期考古發掘，至9月方告結束。發掘出土的王建石像、謚寶、玉大帶、玉冊等稀世文物證明，「撫琴台」正是令歷代古物學家與考古學家苦苦追尋而不得的五代前蜀皇帝王建的永陵］。如此安排，吳金鼎雖以史語所人員的名義工作，但可兼顧兩邊，共同作為課題研究。可惜事情沒有李濟想的那麼簡單。
夏鼐接受召喚，匆匆結束了休假生活，自溫州老家返回李庄，協助李濟為即將開幕的中央博物院籌備處首次在重慶公開展覽會撰寫的《遠古石器淺說》初稿做進一步的加工潤色工作。其間，夏鼐「毫不客氣地對原稿提出了近四十處大小修改意見。李濟在該稿付印前曾參考夏的意見，並接受了其中多處意見對原稿作了修改。由此也可以看出他們師生之間的學術情誼是不一般的」。從李濟之子李光謨這段記述中可以看出，除了夏與李不一般的師生情誼外，亦可見夏「該出手時就出手」的老練、成熟、雷厲風行的工作作風和高超的處事能力。正是這種別人難以企及的特點，才得到了李濟與傅斯年的共同賞識。而夏鼐本人也在1948年那個風雨飄搖的年代裡，當傅斯年赴美治病時，以年輕的身軀挑起了代理史語所所長的重擔。
1942年10月，夏鼐受傅斯年之聘由中央博物院轉入史語所考古組工作，職銜為副研究員。1944年2月，夏鼐代表中央研究院史語所參加了與中央博物院籌備處、北大文科研究所等單位合組的西北科學考察團離開李庄，對河西走廊和敦煌附近進行將近兩年的科學考察。吳金鼎因其間代表中央博物院籌備處主持發掘成都琴台永陵王建墓，一直延續到1944年年初才正式由中央博物院籌備處轉入史語所考古組工作。非常不幸的是，由於傅斯年對其輕視，加之各方面複雜的人際關係，吳沒能像他的學弟夏鼐一樣被冠以副研究員的職位，只弄了一個「技正」的帽子戴在頭上，而在科研機構，研究人員屬於正牌，「技正」卻是技術人員與管理人員同類，幾近於最為低級的勤雜人員。1942年10月21日，傅斯年在向中央研究院提交的《工作報告》中就明確註明「本所設所長一人，研究員、副研究員各若干人，研究員及副研究員分專任與兼任。另設通信研究員若干人……此外，並設助理研究員及助理員各若干人，其不屬於研究人員者，則有技正、技士、技佐、管理員、事務員及書記。」
當時整個史語所屬於正式的研究人員總數達30人，除陳寅恪屬於兼任外，其他29人全為專任。而堂堂的留英博士吳金鼎卻不在此列，只能與戴著非研究人員所有的一頂號曰「技正」的白皮小帽，混跡於二、三流的勤雜人員行列。在一貫重視儒家所謂「勞心者治人，勞力者治於人」的傳統中國知識分子看來，這個「技正」的頭銜，無論怎樣掩飾和打扮，內在的含金量與外部的光芒，都無法與研究員這一「頂戴」相提並論。
事實上，就當時的薪水論，史語所的研究員月薪500元。而「技正」是技術人員中最高的職銜，月薪只有400元，這就是說，吳金鼎的晉陞之路已被堵死，一輩子不可能拿到與研究員同樣的薪水了。於是，吳把這一待遇自然地看做傅斯年故意對自己的污辱與輕慢，從而對傅大為不滿並滋生了怨恨之情。山東人固有的倔犟、偏執性格與心中的鬱悶，使吳金鼎漸漸產生了拋下自己的研究事業，離開這塊令人不快的是非之地，索性一走了之的念頭。當時吳金鼎正整理編寫成都琴台永陵發掘報告，經過反覆思考，借政府決定招收知識青年入伍抗日的契機，終於作出了令傅斯年、李濟以及所有相識者都始料不及的抉擇，並不顧眾人一再勸說挽留，懷著「此處不留爺，自有留爺處」的悲憤心情，於這年年底背著正在編寫的半部成都琴台永陵王建墓發掘報告草稿，在黎明的蒼茫夜色中，頂著漫天風雪孤獨而凄涼地踏上了前途未卜的旅程。