就在柳州淪陷之時，驕悍的日軍一部北進貴州，進攻黔南重鎮獨山，威脅貴陽，震動重慶，世界各方的焦點都驟然投向遠東戰場上的核心——中國大陸東南地區。中外許多軍事戰略家和觀察家指出：由於長江三峽的險峻與沿途布置、修築的軍事工事，使日軍當年打到湖北宜昌後，主動放棄了穿越三峽繼續西進的作戰計畫。因為當時的廣東韶關等地還在中國軍隊手中，日本沿長江一線孤軍深入，不但要冒很大的軍事風險，而且要付出慘重代價，單獨突破陪都重慶在戰略上沒有多大的實際意義。因此，日軍處於戰略上的考慮，在三峽地區沒有策劃大規模進攻，其間對三峽一線的轟炸並不是為大舉進攻作準備，只是作震懾性的騷擾。但當日本軍隊此次完成「一號作戰計畫」，打通大陸交通線的時候，便有了進攻重慶，佔領整個西南地區，切斷唯一的外援通道——滇緬公路，從而達到全面征服中國的目的。為完成這一「宏偉的計畫與夢想」，日軍經過多方考證權衡，選擇的進攻方向就是貴州的獨山。
獨山被日軍佔領，如同一把鋒利的尖刀，從側部刺向中國的軟肋。且這尖刀如同狂飆突降，來勢兇猛迅疾，難以抵擋，中華民族又一次面臨覆亡的危險。凶訊傳出，舉國皆驚，一時人心惶惶，感到又一次大難臨頭。國民政府召開緊急會議，商討放棄重慶，遷都西昌或大西北的計畫。
就在日本大軍迫近，即將飲馬川江之際，10月11日至14日，蔣介石在重慶召集國民政府黨政軍各界大員、各省市政府要人、各級三民主義青年團負責人及教育界人士150餘人，舉行「發動知識青年從軍會議」，討論知識青年從軍方案，決定成立知識青年從軍委員會，指定張伯苓、莫德惠、何應欽、白崇禧、陳立夫、張厲生、周鍾岳、顧毓琇、谷正綱、張治中、康澤等為委員。會議決定從全國各地招募10萬名知識青年編成新軍，投入戰場。蔣介石親自指定蔣經國、蔣緯國兩個兒子加入青年軍，共赴國難。
消息很快在全國範圍內傳播開來，《中央日報》、中央廣播電台等新聞媒體開始配合這一計畫高聲鼓噪。諸如「一寸山河一寸血，十萬青年十萬兵」「國家第一，民族至上…『軍事第一，軍人第一」「國破家亡君何在」「皮之不存，毛將焉附」等宣傳口號，連篇累牘地見諸報刊、廣播。迫於外敵壓力與輿論盅惑，各地知識青年特別是各高校師生經過短暫彷徨、觀望之後，終於被調動起來，加入了青年軍的行列，但在精神、氣勢上明顯不能和第一次報名參軍相比擬了。據時任西南聯大文學院長、哲學教授馮友蘭回憶：「國民黨政府的這個措施，如果是在抗戰初期，學生們是會爭先恐後報名參加的；可是在這個時候，學生們對於抗戰最後勝利的信心雖然沒有動搖，但是對於國民黨政府的幻想已經破滅了，對於青年軍的報名疑慮很多，觀望不前。當時的教育部為各大學分配了名額，規定了指標。聯大的常委會慌了，於是召開動員大會，請教授們向學生勸說。我的發言大意說，抗戰已經進行這幾年了，以前國家、政府不徵發高中以上的學生，實行免役，這是因為當時沒有新式武器，還用不著有科技訓練的人。現在美國送新式武器來了（南按：此時美國已開始在武器裝備方面援華，用於中國本土和緬甸戰場），正需要有科技訓練的人去使用。如果有科技訓練的青年不去從軍，叫誰使用呢？這個仗以後怎麼打呢？聞一多發言最突出，大意說，現在我們在政治上受壓迫，說話也沒有人聽，這是因為我們手裡沒有槍。現在有人給我們送槍，這是一個最好的機會。不管怎麼樣，我們要先把槍接過來，拿在手裡，誰要反對我們，我們就先向他下手。這次會開得很熱烈。散會以後，我走出校門，看見有人正在那裡貼大字報，反對報名從軍。我心裡很氣憤，走上前去，把大字報撕了，並且說，我懷疑這張大字報是中國人寫的。這次動員會開過以後，學生報名從軍的多起來了，不過幾天就超過了指標。」又說：「青年軍成立了，蔣介石派霍揆彰到昆明主持訓練。後來又把青年軍開到印度，接受美國運來的武器，就地訓練。到1945年日本就投降了，青年軍並沒有開到前線和日本作戰。」馮氏之說有些含含糊糊，也可以說是意味深長。事實上，西南聯大當時的情形遠沒有如此簡單。
聞一多原是最不贊成學生從軍的教授，1937年盧溝橋事變爆發，有人倡導學生從軍，聞氏反對，早些時候他曾對北平藝專的學生說：「一個學生的價值遠高於一個兵士的價值，學生報國，應該從事更艱深的工作才對。」按他的觀點，學生參軍是浪費人才，並認為學生乃民族文化精神的傳人，肩負著民族復興與未來發展的重大歷史使命，多保留幾個讀書種子，讓他們的腦袋留在教室、實驗室或研究室，俯下身來做學問或科學研究，比把腦袋別在褲腰間出沒於血肉橫飛、人頭亂滾的戰場，意義要大得多，對民族整體的貢獻，也比軍人偉大得多。如果沒有科學文化精英的存在，單靠軍人是不可能拯救中華民族危亡的，更談不到偉大的民族復興云云。當民族危亡迫在眉睫，國民黨腐敗日重日深之時，聞一多哀其不幸、怒其不爭，政治觀點發生突變，又一度產生了以學生兵作為新生力量，來改造國民黨這支舊式封建軍隊的短暫幻想，認為青年學生們從軍不僅是必要的，也是必需的。就在日軍即將實現「一號作戰計畫」，打通大陸交通線，攻佔獨山的前夜，在一次由駐昆國民黨第五軍軍長邱清泉主持召開的時事討論會上，聞一多曾激憤地說道：「盟軍各個戰場，現在都在收復失地，只有我們還在繼續失地！這樣的政府，這樣的軍隊要它何用？」未久，他在課堂上講到國際國內戰爭形勢，及國民黨軍方的腐敗無能，慷慨陳詞：「這樣的政府，這樣的軍隊，已經到了非改造不可的地步了！」從這個時候開始，聞氏一改過去的態度，積極呼籲青年學生們參軍報國。
當學生們報名應徵入伍，即將離開西南聯大時，在歡送會上，聞一多要求學生日後不要成為騎在人民頭上耀武揚威的軍閥與官僚老爺，而要積极參与改造這支舊軍隊，使之成為具有國際水準的現代化軍隊和國家依仗的真正棟樑等。遺憾的是，聞氏只是一相情願，歷史告訴世人的，不但這些年輕學子未能改變這支舊式軍隊的模式，自己的鮮活生命與滿腔熱情連同那美麗的夢想，也一同被這支軍隊有形無形的巨輪碾得粉碎，由此演化成為一個時代的悲劇。
面對風起雲湧的國際國內局勢，作為西南聯大實際主持工作的梅貽琦，極其清醒、沉著地駕馭了政局。從聯大保存下來的材料看，在幾次徵召入伍的鼓雜訊中，梅貽琦從來沒有主動要求教師或研究生棄學從軍，整個西南聯大的從軍者，大都是本科以下學歷的青年學生。即使在這類學生中，梅貽琦亦儘可能地保留下一批最有希望的讀書種子，使人文特別是科學知識結構不至於出現斷層或後繼無人，如理科方面的楊振寧、黃昆、唐敖慶、郝詒純等一批經過嚴格篩選的優秀學子，均被完整地保存於清華研究生院中。而李政道、鄧稼先等稍年輕的學術苗子，也無一例外地被保留了下來。這一大批學人為日後為中華民族振興以及世界人類科學的進步作出了傑出貢獻。
當然，若有教師與研究生主動請求從軍，梅貽琦亦不加阻攔，任其自便，他自己的一兒一女就先後從聯大應徵入伍。女兒梅祖彤加入國際救護組織，為抗戰效力。梅貽琦的獨子，當時就讀於西南聯大水利工程系二年級的梅祖彥，於1943年11月決定棄學從軍。梅貽琦認為當時國家形勢動蕩，能在大學讀書。機會難得，希望兒子把學業完成再作決定，報效 國家的機會以後還有很多。但兒子去意已決，梅未阻攔。當時許多人認為，梅祖彥入伍之後會投奔他的姨夫——國民黨名將衛立煌擔任總司令的滇西遠征軍任職，並依靠衛的關係得到照顧和升遷。梅祖彥卻出人意料地投奔了並沒有人際關係的空軍部隊當了一名普通的翻譯員，直到戰爭結束一年後的9月，譯員工作結束，才遵照美國軍方的安排到美國麻州WPI復學，插入機械系二年級繼續學業。
與西南聯大略有不同的是，地處川南長江上游李庄的同濟大學，則對此次青年從軍保持高漲的熱情。據後來赴台灣的同濟學生王奐若回憶：「當年重慶市及四川、雲、貴各地中學生知識青年投筆從戎者風起雲湧，熱潮所至，如江水之奔騰，不可遏止。位於四川宜賓李庄的同濟同學紛紛響應，於紀念周會上舉行從軍簽名儀式時，鼓聲頻傳，個個摩拳擦掌，怒髮衝冠，熱血沸騰。同濟同學當時簽名者達六百餘人之多，約佔全校三分之一人數，為全國院校從軍人數之冠（未簽名者多因體弱多病受師長勸阻）。當年，留在同濟的德人教授看到這種陣勢，都感動得熱淚盈眶，伸出大拇指叫好，並高呼『中國不會亡』！（Republic a ist nicht gestorben）『中國一定強』！（Republic a musssich star）」
除學生外，同濟大學報名者還有幾位青年教師，其中一位剛從德國回歸的工學博