陳寅恪與李庄失之交臂，標誌著中央研究院史語所由盛轉衰。當年史語所的主將趙元任，早在昆明時期就棄所而去，跑到美國任教於夏威夷大學，後轉耶魯與哈佛大學任教，從此再也沒有與戰火熊熊的祖國同呼吸、共命運。史語所在李庄的另外幾員大將如梁思永仍重病在身，只能躺在病榻上做一點力所能及的工作。李濟的主要精力仍放在中央博物院籌備處，李方桂也已離開李庄到成都燕京大學任教，凌純聲不久即到重慶教育部蒙藏司做了司長，只有董作賓、吳定良、芮逸夫、石璋如等幾位元老還在李庄板栗坳這座孤獨的「山寨」里艱難度日。面對日漸冷清且有些悲涼的境際，大家仍苦撐待變。正如石璋如所說：「留下的幾個人不管如何，依舊規矩工作。」
面對日漸衰退的學術陣營，傅斯年決定再行招聘研究人員特別是青年學子入所，除充實所內實力，還有一個更長遠的目的，就是「培養學術研究的種子」，以為國家學術事業延續香火。恰在此時，山東省圖書館館長王獻唐攜弟子屈萬里來到李庄。王氏以學識淵博名冠一時，當年在他的協助下，中央研究院史語所考古組不僅在濟南郊外成功地發掘了著名的城子崖龍山文化遺址，還成立了山東古迹研究會，史語所的傅、李、董、梁等都是該會委員。正是由於這一連串的關係，作為山東籍的傅斯年與王獻唐建立了深厚的友誼。抗戰爆發後，濟南淪陷，王獻唐得到某機構的資助，攜弟子屈萬里來到李庄投奔傅斯年，避居板栗坳繼續學術研究。王氏不遠千里來到此地，除與史語所幾位主要人員有故交，另一個重要原因，是此處有戰時後方最大的圖書館——幾十萬冊藏書可供參考。與王獻唐一同前來的屈萬里，1907年出生於山東魚台縣，啟蒙後由取得生員功名的父親屈鴻生親自授讀古文，打下了深厚的舊學根底。1931年「九一八」事變爆發，屈萬里自郁文學院輟學返鄉，由齊魯大學國學研究所所長欒調甫推薦給山東省立圖書館館長王獻唐，從圖書館館員一直做到編藏部主任。其間屈氏開始閱讀館藏文字學書籍，並隨王獻唐學習古文字，學業大進，後決心治甲骨學。抗戰爆發，在濟南淪陷的前夜，屈萬里主持將館藏書籍先運往曲阜，再運至四川樂山秘藏，隨後遷往重慶。1940年任職中央圖書館，1942年辭職，隨王獻唐輾轉來到李庄板栗坳深山蟄居。由於屈氏此前已有較厚的甲骨學功底，傅斯年決定讓其補到史語所三組，跟隨董作賓整理甲骨文。
自1943年殷墟第9次發掘之後，董作賓把主要精力用在前9次發掘所得甲骨文的整理與研究中。據統計，前9次發掘共得有字甲骨6513片，經過墨拓、登記、編號，選出3942片，於1935年編輯完成《殷墟文字甲編》（以下簡稱《甲編》）圖版部分。按照計畫，與圖版相對應的還有一部《殷墟文字甲編釋文》（以下簡稱《釋文》），即對圖版加以考證和解釋的文字說明。《釋文》由董作賓的助手胡福林（厚宣）負責撰寫，但胡氏在昆明龍頭村時期不辭而別，轉而跟隨顧頡剛、錢穆等在成都齊魯大學另起爐灶，搞甲骨文研究，並招兵買馬，開山紮寨，公然與史語所抗衡。此舉在給董作賓造成心靈創痛的同時，也給他的研究工作造成了很大被動，胡福林在昆明負責的《釋文》工作隨之流產。
當史語所遷到李庄後，董作賓曾設想找一個懂甲骨文的人重新撰寫《釋文》。1941年10月16日，李濟赴重慶公幹，梁思永在致李濟的信中提到「彥堂兄請兄覓聘一頂替胡厚宣的人物，囑弟轉告」即指此事。當時，學界中人特別是青年學子大多已無心搞學術研究，紛紛思走，想方設法到條件好的城市和利祿厚實的機關做事謀生，根本無法找到適當的人來這偏僻貧窮的李庄，研究在許多人看來百無一用的烏龜殼。無奈之下，董作賓只好請李庄士紳張官周薦介，把正在李庄憲群中學（南按：由張官周母親王憲群以養老田的收入出資創建，故命名為憲群中學）讀書的本地青年學生劉淵臨找來培養實習，以使其有能力完成此項工作。屈萬里的適時到來，正好可接替胡福林的職位，與劉淵臨一道協助董作賓完成未竟之業。儘管如此，由於胡厚宣中途撂了挑子，屈萬里接手後用了很大力氣才理出了頭緒。當1948年《甲編》由商務印書館在上海出版時，屈萬里的《釋文》卻遲遲趕不出來，直到1961年6月才得已出版——這時的出版地點已不是大陸而是台灣了。相當長的一段歷史時期內，大陸學者所能夠看到的，就是一部由烏龜殼墨拓成形、未經考釋和注文的黑糊糊的《甲編》——這是胡福林的不幸，更是中國甲骨學界乃至整個社會科學事業的不幸。與董作賓同在李庄板栗坳的研究員、著名漢簡研究專家勞榦曾說過：「彥堂先生在幼年曾一度學刻字，因此對篆文早就很熟悉，這對於學甲骨文是很有幫助的。彥堂先生曾經告訴我，他鑒定甲骨真偽的一種方法，是從原來刻時的刀法看，而這種心得，就是從刻字的刀法中悟到的。」當時與勞榦同在李庄的北大文科研究所研究生任繼愈，許多年後以北京圖書館館長兼著名學者的身份，談到個人與社會潮流的關係時，曾列舉董作賓的成才事例說：「一個學者的成功，個人努力固然非常重要，但是人在社會裡，都是社會裡的一個成員，不管你有天大的本事，你總是拗不過這個社會的大潮。只有在這個大潮裡面，你個人的作用才有可能顯現出來……再大的英雄也是這樣。（如）搞甲骨文的像董作賓先生，我認識的，他原來在集市上擺小攤，賣那個毛巾呀、雪花膏呀、發卡子呀這類的東西。顧客有時候來，有時候不來，趕集嘛。他就拿著《漢書》在那裡看，結果被一個專家看見了，就說你這個年輕人不要擺攤了，跟我念書去吧。後來他就成了個甲骨文專家。這也是個自學成才的（例子）了。」
任繼愈此言，可能是在李庄時曾聽董作賓親自講述所得，未免加入了一些傳奇色彩。但董作賓事業得益於風雲際會的大潮流、大趨勢，加之自己敏銳的學術眼光和不懈奮鬥而終於成其大器，則是合乎事實的。
1895年出生於河南省南陽董陽門村的董作賓5歲時，甲骨文被當時的國子監祭酒王懿榮認出並開始探究——這是世人認識甲骨文之始。次年，董氏在家鄉入私塾就讀經史，後進當地學堂學習，與後來成為著名考古學家的郭寶鈞同窗。因家境貧寒，自14歲始，董作賓幫助父親「作手工業，印衣袖。臘月春聯鬻之。為人刻印章，每字取銅元四枚」，但仍未放棄學業。1912年，董氏於小學畢業後赴南陽一面經商，一面與他人共同設館授徒。也就在這一年，著名甲骨學家羅振玉經過多次明查暗訪，終於找到了甲骨文真正的出土地——安陽小屯村，並搜求甲骨1。2萬片開始研究，同時根據甲骨卜辭考釋出小屯村就是殷商時代的都城，這一划時代的發現，引起了中外學術界震動和關注。1918年，24歲的董作賓於南陽師範學校畢業，接著考入河南育才館，師從古文字學家時經訓學習商簡，自此得知天下還有一種刻在烏龜殼上的古老文字——時距甲骨文發現已過去19年矣！這位名叫時經訓的老先生，可能就是任繼愈講述的所謂發現董作賓的「專家」。但從董的經歷看，跟隨時老先生學習的收穫並不太大。1923年董作賓考入北京大學國學門成為研究生，仍一直沿著方言研究的路子走下去，同樣沒有要成為一名甲骨學家的跡象。直到有一天夜裡忽發奇想，靈感突現，才有了使他成為一代甲骨學大師的預兆。
據董作賓北大同學、後押運古物赴台灣並出任台北「故宮博物院」副院長的庄尚嚴回憶1925年夏天，庄與董作賓於北大國學門畢業後，分別留校任助教，實際上是研究人員。董當時致力於歌謠方言的研究，庄則在考古學上用力。在庄看來，董作賓應當上山唱歌，自己則當下田挖土。由於是暑假，天氣悶熱，二人便搬到校中一間空閑的大辦公室打地鋪住宿，以避酷暑。有一天晚上，董作賓忽然從地鋪上坐起來，抹了一把臉上的汗水，鄭重其事地說道：「老莊，你看咱們長此下去，如何是了？」
庄尚嚴一聽，不知對方發什麼神經，漫然答道：「不如此下去，難道讓我們去搶銀行綁票，上山當土匪，殺人越貨嗎？」
董作賓並不理會庄的黑色幽默，沉默了好長一段時間，有點激動和神秘地說：「我有一個主意，你如同意，咱們一同到我家鄉安陽去發掘甲骨如何？你學的是考古，田野工作是你的強項。我是河南人，對地方關係可以搞得好。這是一條有廣大發展的道路，比局促在這裡有前途得多了！」
董的一席話引起了庄的極大興趣。此時羅振玉、王國維等人正由於甲骨文的研究成果名聲大噪，備受世人矚目。除羅、王之外，當時研究此學問者寥寥無幾，而甲骨文很明顯是一個尚未開闢的充滿神秘誘惑的寶藏。庄尚嚴頭腦一熱，立即坐起來道：「你的想法很好，只是你我二人，一個搞歌謠，一個學考古，對研究甲骨文最重要的基本學識如小學訓詁文字學都無根基，如何辦得了？」
董作賓聽罷，不以為然地搖了搖頭道：「