臣必不敢留
熙寧三年（1070）八月八日，垂拱殿上，司馬光第一次當面向神宗正式提出離京請求，他希望去許州做知州或者去西京洛陽當一個閑官。西京作為陪都，設有國子監、御史台，都是與政務基本沒有關係的閑官。司馬光去意已決，他要遠離首都，遠離皇帝，遠離王安石把持下的中央。神宗仍然極力挽留，可是他挽留的方式，卻讓司馬光的心涼徹了底。神宗拿什麼來挽留司馬光呢？仍然是高官厚祿！
聽司馬光說完，神宗說：「你怎麼能離開首都呢？我還要重申你的樞密副使任命，你就接受了吧！」
司馬光在心裡嘆了口氣，說：「我翰林學士都不要做，更何況是陞官呢？」
神宗問：「何故？」
皇帝竟然還要問「何故」！之前那麼多推心置腹的告白、剖肝瀝膽的諫諍，難道都白說了嗎？司馬光慘然一笑，不再解釋，用五個字再次申明態度：「臣必不敢留。」
司馬光放棄了解釋，這倒讓神宗不得不嚴肅對待了。神宗沉吟半晌，說：「王安石一向跟你關係很好，你又何必自己起疑心？」
這又是什麼話！一個大臣能否在朝廷上立足，竟然要取決於王安石的態度！而這個話竟然是從皇帝的嘴裡親口說出來的。一時之間，司馬光的心中五味雜陳，有憤怒、有悲傷、有失望。大道理不用講了，只說眼前吧。既然皇帝說私交，那咱們就說私交。司馬光說：「我跟王安石的關係的確一向不錯，可是自從他當上宰相，我得罪他也太多了。而如今，像蘇軾他們，只要得罪了王安石，都會被毀壞清白，惡意中傷，羅織罪名。我不怕降職丟官，只想保全自己的清名令譽！我跟王安石關係好，能好過呂公著嗎？王安石當初薦舉呂公著時說的是什麼，後來詆毀他時又說的是什麼？呂公著只有一個，為什麼從前樣樣好，後來卻全都錯？肯定有人在說謊！」
司馬光提到的因為得罪王安石被毀了聲譽的，一個是與司馬光、王安石同輩的政治家呂公著，他被栽上「惡意污衊韓琦」的罪名，罷御史中丞出知潁州；還有一個是蘇軾，這是比司馬光、王安石晚一輩的政壇新銳。呂公著的事情，前面已經說過，那麼，蘇軾又是怎麼一回事？
調查蘇軾的玄機
有關蘇軾的調查正在如火如荼地展開，從開封到蘇軾的老家眉州，這一路之上，凡舟車經行之州縣，都接到了御史台的公函，責令配合調查，不少艄公、篙手被抓起來拷打逼問。調查什麼，又拷問什麼？四年前，蘇洵去世，蘇軾扶柩還鄉，這一路之上有沒有公器私用，差借士兵、民夫和船工？有沒有偷販私鹽入川取利？如果有，則不但是違反制度，而且是有悖孝道！一個名滿天下的讀書人竟然在熱孝期間做此違法犯禁、蠅營狗苟之事，簡直是天大的笑話！有沒有呢？「窮治，卒無所得」， 一道公函下去，六個路都驚動了，雞飛狗跳，可是最終卻是查無實據！雖說是查無實據，可是從開封到地方這麼一通狂查，疑似之間，流言漫天，蘇軾的名聲也被打上了問號。雖說「清者自清，濁者自濁」，可是眾口鑠金、積毀銷骨，誰的生命經得起國家機器的磨損？！想當年，司馬光還在蘇軾這個年紀的時候， 就曾目睹恩師龐籍是如何被誣告拉下了宰相高位，政治生命從此一蹶不振的。蘇軾剛剛三十五歲，見識高遠，器量廓大，憂心體國，是未來的國家棟樑，看他遭此橫議，委屈沮喪的樣子，司馬光於心何忍？！
蘇軾犯了什麼錯？無非是他沒有跟王安石站在一邊！去年五月，神宗下詔命令群臣討論學校科舉狀況，拿到蘇軾的奏議，神宗喜出望外，說：「吾固疑此，得蘇軾議，釋然矣。」而蘇軾所反對的，正是王安石急功近利的改革。神宗本來想讓蘇軾進位置三司條例司，王安石說：「蘇軾與臣，所學及議論皆異，不如另外安排一個崗位來歷練他吧！」 王安石用來歷練蘇軾的崗位，是開封府推官。這個位子司馬光也坐過，主管司法，事務繁雜。很顯然，王安石這是想要「以多事困之」。然而，王安石無疑嚴重低估了蘇軾。蘇軾是誰？幾百年一出的大器，才氣縱橫不說，更難得的是通達世事，區區一個開封府推官哪能難得倒他？！於是，就有了這麼一樁旨在搞臭蘇軾的調查！
調查的結果是蘇軾真的感到了恐懼，「緣此懼禍，乞出」， 請求到地方上去鍛煉。第二年六月，蘇軾調任杭州通判。按照資歷，蘇軾已經到了州長的級別。神宗也特地批示，要給蘇軾知州差遣。可是，宰相府卻頂了回來，任命蘇軾做潁州通判。神宗再度親自干預，這才改為杭州通判。杭州通判雖然是副州長，卻是州長級的。對於王安石的這番「苦心」，蘇軾心知肚明，他在給堂兄的信中說：「杭州通判也是知州級別的了，他們只是唯恐我拒不奉行新法，所以不願意讓我掌管一州之政……餘杭風物之美冠天下，只是通判事兒多，勞神費心罷了。」
調查蘇軾的時間選擇透著別有用心。蘇洵去世、蘇軾扶柩還川，是四年前的事情。為什麼早不查晚不查，偏偏現在查？因為司馬光、范鎮在推薦蘇軾做諫官。諫官是做什麼的？諫諍之官，批評之官，代表輿論監督皇帝和宰相的官！讓蘇軾這樣一個與王安石「所學及議論皆異」的人佔據這樣的關鍵位置，這分明是給新法設置障礙！王安石要大踏步向前，又豈容蘇軾多言？！可是神宗對蘇軾又是欣賞的。如何阻止蘇軾入主諫院？御史台的副長官謝景溫（1021～1097）建議，所有受到推薦的諫官人選都必須經過御史台考核，一旦查出所舉非人，推薦人與被推薦人同受處分。這是從未有過的事情。謝景溫是誰？王安石的好朋友，他弟弟王安禮的大舅哥。 王安石大喜。一項新的制度就這樣華麗麗、赤裸裸地出台了。法度本來是天下的法度，當與天下人共同遵守，即使是天子都不能視之為私器、任意破壞，可是現在它就這樣輕而易舉地被大權在握的王安石改變了！
司馬光的心痛徹了。
說到這裡，司馬光的情緒已經相當激動。他在心裡對神宗大喊「陛下，該醒醒了！」可是，神宗全然不為所動。關於王安石與呂公著的關係，神宗有自己的解讀方式：「王安石與呂公著的關係如膠似漆，可是一旦（發現）呂公著有罪，王安石也不敢隱瞞，這正是王安石最公正無私的地方！」
司馬光無語。違背了人性與常識的所謂無私，正是法家的嚴酷。
崇政殿上這一場談話，兩人不歡而散。神宗對司馬光失望極了，他不能明白，司馬光何以如此執拗，不能變通。司馬光對神宗同樣是失望之極，他深深地明白，神宗已經在王安石所引領的道路上越走越遠，不可能再回頭了。這個判斷是相當準確的。七天之後，在一次單獨會談中，神宗向王安石轉達了司馬光對他的不滿，說：「司馬光甚怨卿。」王安石當然要問為什麼，神宗就把崇政殿上的談話複述了一遍。一個皇帝竟然充當了兩種政治力量之間的傳聲筒，神宗顯然忘記了自己的角色定位—皇帝應當是超越派別，超越利益的，而他卻表現得像是王安石的學生。當然，這學生也並非沒有自己的打算， 密切的師生關係就像是父與子，早晚會迎來兒子長大、另立門戶的那一天。只是在此刻，神宗還是王安石的好學生。果然，王安石給了神宗如下教導：「有才能的人膽敢作姦犯科，才最難防範。但陛下只要用心思考，遵循道理，賞罰嚴明，那麼，即使是有才的人想要玩什麼陰謀詭計，也不敢萌生歹心。如司馬光輩，又安能惑陛下也？」 這一番話，顯然沒把司馬光放在「有才能」的行列，而這比刀尖還鋒利的最後一句，生生給司馬光貼上了包藏禍心的標籤！
偌大的東京城，軒敞的朝堂，其實已經沒有了司馬光的立足之地。
武舉改革受挫
但是，在調任新職之前，司馬光並未停止翰林學士的工作。八月二十四日，他奉命主持武舉省試，在認真思考之後，提出了改革方案。
武舉就是選拔軍事人才的考試。論錄取規模、授官高低、武舉進士與軍官隊伍的結合度、社會影響力，武舉的重要性都遠遠不如文科舉。儘管如此，縱觀人類的軍事人才選拔史，宋朝的武舉卻是具有開創性的：第一，它試圖解決一項重大難題，在和平時期怎樣甄選將帥之才。第二，它引入了兵書策略的考試，提高了文化水平和軍事理論在軍事人才選拔中的分量。當然，不可否認，宋朝武舉問題重重。武舉考試分為兩大部分：第一弓馬，射箭和騎馬射箭，這是體能和武術技能的考試；第二策論，這是軍事理論的考試。按照當時的規定，舉人先考武藝，合格之後才能參加軍事理論考試。通過研究，司馬光發現，射箭考試的要求過分強調力量和形式，弓本來已經是硬弓—軍隊常規用弓的弓力是從八斗到一石，武舉用一石一斗、一石兩種，又要求拉到弓如滿月，弓馬不合格就直接被刷下。武舉選的是軍事指揮人才，要張飛、趙雲，也要諸葛亮，對力量應當有所要求，但是，過度強調力量，意義不大。因此，司馬光提出一個武舉優化方案：降低射箭考試的力量要求，提高軍事理論考試