為帝師司馬教用權
對於初登大位的神宗而言，司馬光有著獨特的價值，他就像一個循循善誘的好老師，引導著年輕的皇帝逐漸熟悉權力的運作方式，建立權威，學著做一個各派勢力之上的仲裁人。
神宗之劍王陶公然與宰相作對，被外放到陳州之後，仍然寄來酣暢淋漓的文字，長篇大論，快意恩仇，詆毀宰相。王陶的文章的確寫得漂亮，其中警句，比如「方幸幼君之足凌，豈思天威之可畏」，「元台（指首相韓琦）高卧而有要，次輔（指參知政事吳奎）效尤而愈悍」，「轉主心易於拳石，奪君命輕若鴻毛」， 鏗鏘凌厲，句句都是見血封喉的狠招。神宗擊節嘆賞，愛不釋手，反覆捧讀，以至成誦。宰相們則恨得咬牙切齒，一心想要再給王陶新處分。若依著神宗本人的性子，難免要跟宰相們正面衝突。
幸好有司馬光教給他兩全其美的應對之策。第一，當宰相們提出責罰王陶的建議時，神宗須先表明態度：「王陶就是個狂躁的人，不值得過分懲罰，他已經受到外放處分了，又沒犯什麼新錯，就是說話不好聽而已，怎麼能再施懲罰呢？」第二，如果宰相們不依不饒，那麼皇帝就可以把臉板起來，告訴他們王陶做御史中丞時也拿過分的話批評過我，我都不生氣，願意容忍他以開言路，憑什麼你們非要再三責罰他才高興呢？難道是要逞意氣嗎？！第三，如果這樣說還是不行，那麼乾脆不理他們，時間長了，他們自然也就退了。司馬光的這個主意替皇帝想得很周到，保全王陶也就保全了批評之路，同時，還向其他臣僚表明皇帝英明神武，是可以依靠的，萬一將來有一天宰相大臣犯下欺罔朝廷的大罪，也會有臣僚敢於揭發！
司馬光在教導皇帝，也是在維護皇帝。他的御史中丞「就職演說」（《作中丞初上殿札子》），主題就是「論皇帝的修養」（「人君修心治國之要」）。司馬光認為，皇帝的「修心之要有三， 一曰仁，二曰明，三曰武」， 皇帝應當是仁慈的、智慧的、堅定的，具有判別安危、賢愚、是非的最敏銳判斷力，和堅持正確道路的最堅定決心，惟其如此，才能做到政治清明、社會安定、百姓安樂，實現一個皇帝的仁慈。對於御座上的青年，司馬光充滿了期待。他理想中的皇帝是這樣的—大權在握，尊重既有秩序，維護朝堂上的異論相攪，能夠不帶偏見地傾聽各種聲音，並做出公正的最後決斷；皇帝不屬於任何派別和勢力，因而得以掌控一切派別和勢力，超脫小群體利益，因而獲得最大利益。這樣的皇帝是可以垂衣拱手而天下治的。而想要做到這些，皇帝就必須克制自己的私心。
對於一個二十歲的青年來說，這些要求實在是太苛刻了。神宗做不到，也不想做！神宗跟司馬光是完全不同的兩種人。他性格中有張揚的一面，所以，他才那麼欣賞、縱容王陶的犀利。神宗需要一個明確的方向，或者說一個能夠給他明確方向、果敢行動的人。
秉原則終惹神宗厭
在神宗眼裡，司馬光實在是太一本正經，太中庸，太四平八穩了。對於司馬光的政治傾向，神宗也不太有把握。神宗已經決心對高層實施換血，之所以提拔司馬光，恐怕也是想利用他和宰相之間的舊有矛盾。但是，當神宗一怒之下，罷免了參知政事吳奎時，司馬光卻上疏勸他尊重輿論，收回成命。這讓神宗很不高興，他甚至考慮收回司馬光的御史中丞任命。當時，司馬光的御史中丞官誥已經製作完畢，正在閤門司放著，等待下發。神宗讓人取回了官誥，在宮裡頭擱置了三天，這才發付閤門下發。這三天的猶豫，已足以表明神宗的態度。
神宗這三天的猶豫，司馬光應該是知道的。那麼，他是否會調整姿態，改說皇帝愛聽的話，或者盡量保持沉默呢？司馬光做不到，也不想做！「寧鳴而死，不默而生」 這是本朝名臣范仲淹的話。司馬光願意用行動去踐行它。
從四月到九月，御史中丞司馬光與神宗之間發生了一系列碰撞。
第一件事是彈劾王廣淵，這件事甚至惹得神宗大哭一場，傷透精神。那麼，王廣淵究竟是何許人？與神宗又有著怎樣的淵源？
此人也是進士出身，仁宗朝的時候在宰相府幹過一段時間的文件整理工作，他創造性地把搜集到的太祖、太宗、真宗「御筆」批示彙編成一千多冊，因而得到仁宗的嘉獎。之後，王廣淵又把注意力投向了未來的英宗，他以文為贄，博得了英宗的好感。 請注意，此時的英宗還只是一名可能的皇位繼承人，名分未正。所以，這算是戰略投資。
王廣淵的戰略投資在英宗即位之後立刻得到了豐厚回報，英宗要提拔他做館職。司馬光就是這個時候盯上他的。當時還是諫官的司馬光批評王廣淵文才之外，別無他長，惟善鑽營，「於士大夫之間，好奔兢，善進取，稱為第一」。 可是英宗根本不予理睬，仍舊把王廣淵拉進了館閣，還不斷提拔，讓他做了經筵官—侍讀學士。在英宗的庇護下，王廣淵變本加厲，自誇是皇帝的潛邸故舊，結交宦官，氣焰囂張。如今，神宗上來，司馬光又任御史，職在糾彈，自然不能放過王廣淵。按照司馬光的意見，神宗就應該解除王廣淵的館職、侍讀，把他趕到偏遠地方去看倉庫！批評王廣淵的不止司馬光一個。最終，神宗同意，讓王廣淵離開首都，到齊州去做知州，原有職銜不變，還另有賞賜。顯然，放走王廣淵，神宗並不情願。而司馬光卻再度提出了批評。這下，神宗接受司馬光的教導，乾脆不予理睬。
出京之前，王廣淵到宮裡來告辭，神宗「哀慟久之」， 傷心地哭了很久，周圍的衛士受到感動，也都落了淚。
神宗為何如此傷心？他是真的捨不得王廣淵—王廣淵和英宗、神宗父子兩代是真有感情的。英宗的即位之路走得坎坷，一度就是個「備胎皇子」，日子過得很艱難，敢於跟他親近的人不多，而王廣淵卻一直不離不棄。就算起初是投機，患難之中也處出真情來了。英宗病重，王廣淵「憂思忘寢食」，英宗甚至親筆寫下「朕疾少間矣」去安慰他。 對於神宗來說，王廣淵就像是家人，他們之間的關係有著濃厚的感情基礎。
關於王廣淵之事，還有另外一種說法。說王廣淵反對宰相專權，極力主張神宗收回威權，樹立皇帝的獨尊地位。宰相們忌憚他，於是就慫恿司馬光彈劾王廣淵。 換言之，司馬光是被人利用了。
這種說法全無道理。司馬光本人就是宰相專權的堅定反對派。宰相權力過大的現象是從仁宗晚年開始的，仁宗中風，言語困難，無法親執權柄，只能依靠宰相；英宗上台之後先鬧病、後鬧心，糾纏於親生父親的名分問題，精力有限，威望受損，也是靠著一班宰相維持政局。而司馬光最重視等級秩序，在他看來，君弱臣強，宰相權力過大，即使宰相們目前還沒有出現明顯的謀私行為，長期來看也是危險的，因為它破壞了君臣之間應有的權力分配法則。司馬光憂心忡忡，念茲在茲，多次上疏，請求皇帝振作精神，收回威柄，換句話說，也就是警告宰相切勿輕舉妄動。神宗即位之後，罷免歐陽修的副宰相，縱容王陶攻擊韓琦，表現出削弱宰相勢力的明確意圖，司馬光一直是支持的。要不然，他也不會給神宗出主意保護王陶。王廣淵那麼囂張外露的一個人，如果真有如此崇高的政治理想，司馬光不會全然不知。司馬光彈劾王廣淵的原因其實很簡單—此人來路不正，心術不正，讓這樣一個人接近年輕的皇帝，是危險的。目標正義，達成目標的途徑也須正義，這是司馬光一貫秉持的要求，對人對己，都是如此。就像我說過的，司馬光是一個有「道德潔癖」的人。
然而，不管司馬光彈劾王廣淵的行為如何正當，最終還是導致了神宗「哀慟久之」。它傷害了神宗的感情，也便傷害了神宗與司馬光之間的君臣關係—神宗仍然尊重司馬光，卻不會太親近他了—這個年輕人是記仇的。比如，他聽說英宗病危之際，邵亢曾經建議太后垂簾，立即大發雷霆，指示御史彈劾。邵亢是神宗的東宮舊臣，當時跟司馬光一樣，在貢院里鎖著主持考試，聞聽此事，嚇得半死，出來之後，立即上殿辯白，當面賭咒，「如果能在宮裡找到我主張垂簾的奏章，我甘願受死」。 幸好，神宗後來明白自己受騙，原諒了邵亢，後來還提拔他做樞密副使。
八年之後，王廣淵在渭州去世，終生未能再度回到皇帝身邊。王廣淵的行政能力不強，所到之處均無突出政績，在西北邊境的慶州做地方官的時候，還因境內發生軍人叛亂受到降兩級處分。 可見司馬光沒有彈錯人，他只是忘記了保護自己。這是司馬光和神宗的第一次碰撞。
窮究竟潛存破壁意
彈劾御葯院宦官事件則讓司馬光與神宗再度發生劇烈碰撞，這一次，神宗雖然沒哭，卻十分不痛快。御葯院是宋朝最重要的內廷機構之一，是皇帝的御藥房，同時還具有接收外界信息、溝通內外的功能，是皇帝的耳目，所以說「最為親密」。按照宋朝制度，掌管御葯院的宦官干到一定年數，升到一定級別之後，就必須要調離，其目的就是要防止資深宦官依仗皇帝的信任弄權，出現唐