二十三年前的五月，東京都足立區與父母同住的本橋優奈失蹤了。優奈當時十二歲，傍晚說要去附近的公園和同學見面後出了門，公園就在住家附近，也在往學校的路上，所以她的母親完全沒有擔心，沒想到優奈一直到晚餐時間還沒有回來，於是就去公園找人，卻不見優奈的身影。優奈的母親去問了她的同學，那個同學說，早就和優奈分開了。
優奈的母親感到不安，立刻聯絡了丈夫，夫妻兩人去找了幾個優奈可能會去的地方，然後報了警。
警方認為很可能是犯罪事件，立刻展開大規模搜索，卻沒有掌握任何有助於了解優奈下落的線索，當時的監視器數量不如現在，也沒有掌握任何有用的目擊消息。
當時掌握的唯一線報，就是有人看到像是優奈的少女和一個身穿水藍色工作服的男人走在一起，因為目擊證人的那名家庭主婦只看到他們的背影，所以不知道男人的長相，只知道差不多是平均身高，既不胖，也不瘦，而且不記得優奈當時的情況。
聽到水藍色工作服，大家都想到一件事。優奈的父親本橋誠二經營的零件工廠內，所有工人身上都穿著水藍色工作服。請目擊的家庭主婦看了之後，她證實很像當時看到的衣服。
工廠內約有三十名工人，偵查員調查了所有人，向他們了解情況。在要求察看他們住處時，幾乎所有人都二話不說表示同意，即使有人拒絕，也可以說出具有說服力的理由，所以當時負責的偵查員認為沒有任何疑點。
蓮沼寬一就是其中一名工人，他的年紀三十歲，一個人住。根據當時的偵查紀錄，偵查員在優奈失蹤的三天後去了蓮沼家，檢查了他住家的情況，並沒有發現任何可疑的地方。
最後還是沒有找到優奈，雖然繼續展開搜查，卻完全沒有任何成果。在優奈失蹤的一個月後，她的母親在住家附近的大樓跳樓自殺，遺書上表達了對丈夫和優奈的抱歉，她為女兒可能已經不在人世感到悲觀，也為讓女兒這麼晚出門造成這樣的後果感到自責。
大約四年後，案情有了重大發展。一名在奧多摩山中健行的男性報警，說在泥土中發現了像是人骨的束西。當地警察立刻趕往現場，挖掘後發現了好幾塊已經解體的人骨，詳細調查後發現的確是人骨，而且根據大小和長短，判斷是兒童的骨骼。
因為頭蓋骨仍然完好，所以科學搜查研究所根據頭蓋骨畫出了十幾幅肖像畫，然後發給全國的警察，收到了有可能是本橋優奈的消息，於是就進行了DNA鑒定，很快就得出了應該就是本橋優奈的結論。
於是在足立警察分局成立了搜查總部，警視廳派多多良帶領的那一股前往支持，間宮當時是主任，被分到搜查一課不久的草薙是被寄予厚望的生力軍。
雖然線索很少，但挖出的人骨有一個特徵，那些人骨並不是被敲斷後埋入泥土中，而是之前有遭到焚燒的痕迹。
於是，警方以本橋優奈最後出現的地點為中心，尋找是否有可以焚燒屍體的地方。因為兇手不可能在空地上假裝焚燒垃圾來燒屍體，所以很可能使用了焚化爐，在逐一清查附近焚化爐的同時，再度針對零件工廠的員工展開調查，確認他們住家附近是否有焚化爐。
在這個過程中，草薙盯上了蓮沼寬一。蓮沼當時已經離開了本橋的公司，但留下了應徵時的履歷表。履歷表上顯示，他以前曾經在處理產業廢棄物的公司上班，那裡當然有好幾個大小不一的焚化爐。
草薙去了那家公司，向曾經是蓮沼上司的人了解了情況，得知了令人震驚的事。蓮沼曾經在四年前和他聯絡，說有想要處理的東西，希望利用公司休假時借用焚化爐。上司問他要燒什麼東西，蓮沼回答說，有好幾隻朋友放在他那裡的寵物屍體，請他幫忙燒掉，而且還暗示他靠這種類似寵物葬儀社的生意賺點零用錢。這家公司經常把貓、狗的屍體和垃圾一起焚燒。於是這位前上司回答說，只要事後收拾乾淨就沒問題。
在向這位前上司確認日期後，發現和本橋優奈失蹤的時間一致。於是，蓮沼寬一就成為這起事件嫌疑最重大的嫌犯。
草薙立刻調查了他的背景，發現這個男人很神秘，只知道他在靜岡縣出生，然後換了很多工作。
間宮提出想要見一見這名頭號嫌犯，於是草薙也一同前往。蓮沼雖然辭去了零件工廠的工作，但並沒有搬家，於是他們直接去他的住處找他。
蓮沼的眼睛很小，是個沒什麼表情的男人，就連說話時，凹陷臉頰上的肌肉也幾乎沒有動。
間宮問的第一個問題，就是他在焚化爐燒掉的那些寵物的主人名字，因為只要問到名字，就可以馬上確認他說的話是否屬實。
沒想到蓮沼回答，因為他和飼主有約定，所以不能透露。
間宮繼續問他寵物的種類、總共有幾隻，以及收多少錢幫人處理這些問題，蓮沼都沒有回答，最後甚至問：「如果我不回答就算犯罪嗎？」草薙對他壓抑感情的低沉聲音留下了深刻印象。
蓮沼的拒絕回答加深了他的嫌疑，而且他中等身材，也和目擊證詞相符。
但是，之後的偵查卻找不到切入點。即使向優奈的父親本橋誠二等相關人員了解情況，也查不出蓮沼和優奈之間，除了當時的員工和經營者的女兒以外有任何交集，蓮沼和公司之間也沒有任何糾紛。
這時，草薙注意到一張照片，那是四年前去蓮沼家的偵查員拍攝的室內照片，草薙在打量時，發現了一件事。
間宮和草薙一起去了蓮沼的住處，草薙在聽他們說話時，不經意地觀察了周圍的情況。
間宮事先要求他確認蓮沼家裡有沒有可以藏屍體的地方，因為他們猜想在借到焚化爐之前，蓮沼應該會把屍體藏在某個地方。
蓮沼的租屋處是簡單的兩個房間外加廚房的格局，如果要藏屍體，只能藏在壁櫥或是天花板的夾層內。房間內並沒有看到大衣櫃之類的傢具。
房問內的冰箱吸引了草薙的目光。那是像飯店房間放的小冰箱，草薙認為即使是小孩子的屍體，應該也沒辦法塞進這個冰箱。
但是，四年前的照片拍到了蓮沼家裡放了一個更大的冰箱。雖然不像一般家庭使用的那麼大，但高度差不多到大人的腰。只要肢解小孩子的屍體，應該可以塞進去。
蓮沼在這四年期間換了冰箱。為什麼？草薙開始推理。
即使最後會用焚化爐燒掉屍體，在此之前，必須暫時放在家裡。為了預防屍體腐爛，放在冰箱內保存最理想。他可能在把屍體埋去山上之後，處理了那台冰箱。因為無論如何都不可能繼續使用那台冰箱。
如果這樣的推理正確，也許那個冰箱內留下了屍體的痕迹。
草薙向間宮和多多良出示了那張照片，說出了自己的想法。兩位上司認為這名年輕刑警的推理很有可能，同意了他的見解，但兩個人臉上都露出愁容。因為不知道該如何找到那台冰箱，不，這台冰箱還在這個世界上嗎？因為畢竟已經過了四年的時間。
於是大家集思廣益，思考如果蓮沼是兇手，會怎麼處理那台冰箱。蓮沼為了避免引起警方注意，一定會偷偷處理。也就是說，他不可能委託正規的業者處理。
但是，即使想要自行搬走，一個人也無法做到，必須請人幫忙。
蓮沼的朋友並不多。調查之後，很快就查到了經常和他一起打麻將的牌友，而且那個人有一輛小貨車。
找到那個男人後，他立刻承認在四年前，曾經協助蓮沼搬過一台冰箱，送去蓮沼的老家。蓮沼對他說，要把家裡的舊冰箱送去給在靜岡獨住的母親。
草薙立刻和間宮一起前往蓮沼的母親家。蓮沼的母親叫芳惠，個子矮小，而且還駝背，所以看起來比實際年齡更蒼老。當她得知突然上門的男人是刑警，感到十分害怕，好像在念咒語般重複著自己沒有做任何壞事。
間宮對她說，想問她冰箱的事，蓮沼芳惠張大嘴巴，露出納悶的表情，似乎不知道間宮在說什麼。當向她說明，是她兒子四年前送來的那台冰箱時，她才終於露出恍然大悟的表情，但更用力地皺起眉頭說：
「我才沒有用那種東西，他自說自話丟在那裡，很占空間。」
問她那台冰箱放在哪裡，她回答說在裡面的和室。草薙走進去一看，幾乎說不出話來。那裡根本已經不是和室，而是變成了儲藏室，雜亂地堆放了很多東西。
和室深處的確放了一台冰箱，就是照片上的那台冰箱。
他們立刻辦理了扣押手續，蓮沼芳惠這才想要了解到底發生了什麼事。草薙當然不可能告訴她詳細情況，只說有可能和某起事件有關。
那台冰箱送去科搜研後徹底進行了調查，結果發現了微量血跡和像是肉片的東西，進行DNA鑒定後，斷定都屬於本橋優奈。得知這個消息時。搜查總部內響起一陣歡呼。
每個人都認為這下子終於破案了，草薙很得意，覺得自己剛進搜查一課，就立刻立下了大功。