從蒙自撤往昆明的聯大文法學院，因事出倉促，當師生陸續到達後，但院址尚無著落。據知情者說，籌劃此事頗為不易，「初議江西會館，但稍有眉目，而工學院主持者，又要搶用。嗣聞另有力者，或亦需用江西會館。則工學院能得與否，尚未可知。」
就在江西會館你爭我奪，鹿死誰手尚難定論之時，蔣、梅二常委又派出陳福田、張奚若、陳岱孫三個系主任前往晉寧盤龍寺一帶查勘，終因地勢狹小荒蕪、不堪應用而作罷。正在左衝右突了無著落之際，忽聞當地政府指令昆明城內各中學、師範學校移散鄉縣僻靜之處，於是陳福田、張奚若等乃竭力串通蔣、梅二常委，外加潘光旦、馮友蘭等實力派人物，租用昆明師範和農校等全部校舍，將聯大文法學院師生遷入。這個決定公布後，一度得到部分教授的不滿和抵制，浦薛鳳則明確表示：「其意一若人愚我智，人怯我勇者。師範當局，已將校產之可搬動者，悉數運走。目睹光景，心殊不安。」
浦氏等教授的擔心與不滿自有道理，事後發生於師範學院的一次慘烈轟炸也證明了這一預感的正確，但在如此眾多師生已雲集昆明而學校又無處安置的艱難處境中，遷入師範學院亦是一個便捷的解決之道。未久，蒙自轉入的大多數師生遷入昆師與農校，另有一少部分對易經和風水較有研究的教授，感覺此處乃屬卦相所謂「主大凶」之地，一旦住進，很可能落個人財兩亡的結局。於是自行在郊外租房居住，學校當局正好落得個清靜，一概照準。
此時，比吳宓等人早一些時候來昆明的陳寅恪，由於兼職的關係，住進了中央研究院史語所在昆明租賃的靛花巷青園學舍樓上——這是他自北平與史語所同仁分別四年多來再次相聚。想不到剛剛安頓下來，又一個不幸的消息險些將其擊倒。在離北平的時候，陳寅恪曾托侄子陳封雄把一批書籍郵寄到長沙一個位親戚家，以便自己到達後取用。想不到這批書直到陳氏一家離開長沙後一個多月才收到。更想不到的是，1938年11月日軍攻佔岳陽逼近長沙，國民黨軍事高層欲實施堅壁清野戰略放火燒城，因執行具體任務者發生誤會，於12日夜間突然自行放起火來，長沙頓成一片火海，不知內情的百姓在大火濃煙中號啕悲呼，四處蹦竄，設法逃生。結果是，一場大火毀房5萬餘棟，死傷市民2萬餘人，數十萬人無家可歸。陳寅恪親戚的住處也未免劫難，房屋俱被燒毀，而陳氏寄存的書籍也化作灰燼。這場滅頂之災使陳寅恪一生積贊的心血結晶和心中最後一絲希望宣告破滅，禁不住潸然淚下。
不幸之中的萬幸是，昆明的條件優於蒙自，況且還有一個藏書大戶史語所在此，陳寅恪得以借到所需書籍應急，其在聯大開設的《兩晉南北朝史》和《隋唐制度淵源論》課業得以不綴。
陳寅恪居住的靛花巷青園學舍臨近昆明城北門，聯大教室則位於昆明文林街，每逢上課，陳寅恪都需步行一里多路到校。此時他的右眼視網膜剝離，僅剩左眼視力勉強看書授課。陳氏仍像當年在清華園一樣，每次上課都用一塊花布或黑布，包著一大包書向教室匆匆走來，至時滿頭是汗，卻從不遲到。有學生不忍見一隻眼睛已盲的史學大師如此辛苦勞累，主動提議每到上課時前去迎接，並幫助拿書，遭到婉拒。據一位學生回憶「陳先生上課一絲不苟，多數時候先抄了滿滿兩黑板資料，然後再閉上眼睛講。他講課總是進入自我營造的學術語境或歷史語境，似乎把世事都忘得一乾二淨。某日，第一隻腳甫踏入門，距離黑板尚遠，陳師即開始講述，謂上次講的……隨即走近桌旁，放置包書之包袱，就坐於面對黑板、背朝學生之扶手椅上。講述久之，似發覺座位方向不對，始站起身搬轉坐椅，而作微笑狀。有時瞑目閉眼而談，滔滔不絕。」時在北大文科研究所任助教的鄧廣銘慕陳寅恪才學與聲名，經常跑到聯大教室旁聽，獲益頗豐。對此，鄧氏回憶說：「雖然因為我的根底太差，對陳先生所講授的未必能有深切的體會，但反思在那一年多的時間之內，我在治學的方法方面所受到的教益，較之在北大讀書四年所得，或許可以說是有過之而無不及的。」
陳寅恪人格學問，不僅得到了傅斯年與史語所學界大腕與年輕弟子們的尊重，即是當年同在清華大學任教的馮友蘭、朱自清等輩也倍加敬重。1934年清華大學出版的《清華暑期周刊·歡迎新同學專號·教授印象記》，曾有一段對陳寅恪的描寫：「在清華大學的校史中，流傳著許多關於陳寅恪先生的趣談。例如，哲學大家馮友蘭先生的學問可謂不小了，從1928年入校起，當過秘書長、文學院長，以至數度代理校務，在清華可稱為上乘人物了。但每回上中國哲學史課的時候，總會看見馮先生十分恭敬地跟著陳先生從教員休息室里出來，邊走邊聽陳先生講話，直至教室門口，才對陳先生深鞠一躬，然後分開。這個現象固然使我們感到馮先生的謙虛有禮，但同時也令我們感到陳先生的實在偉大。」從這個記載中可以看出，陳寅恪的威望和名聲在他步入清華園不久，即憑著他的才學與人格力量，已深入人心並得到同仁的普遍尊敬。許多年後，哲學家金岳霖不無感慨地回憶道：「寅恪的學問我不懂，看來確實淵博得很。有一天我到他那裡去，有一個學生來找他，問一個材料。他說：你到圖書館去借某一本書，翻到某一頁，那一頁的頁底有一個注，注里把所有你需要的材料都列舉出來了。你把它抄下，按照線索去找其餘的材料。寅恪先生記憶力之強，確實少見。」
靛花巷青園學舍小樓共分三層十八間，史語所人員撤往龍頭村後，此樓成為北大文科研究所的大本營，但傅斯年等史語所人員進城，仍住一樓。陳寅恪因兼任北大文科研究所歷史組導師，一直在此居住。據當年在該所就讀的學生周法高回憶：「研究生住在三樓兩間大房裡面，加外兩小間，一問住的是陳寅恪先生，一間住的是湯用彤先生。羅常培先生是住在二樓。另外還有助教鄧廣銘先生和事務員郁泰然先生（郁是劉半農的親戚，江陰人）。此外還有英文導師葉公超先生。」又說：「他（陳寅恪）本來是清華的教授，可能是因為他是傅斯年先生的親戚和好友的關係，又住在靛花巷的樓上，就擔任研究所史學組的導師了。不過他的脾氣也真不小，可能是由於健康不佳的關係吧！我們和他同住在三樓，彼此從不交談。有一次大概他午睡的時候，有一個客人慕名來看他，他一直打躬作揖把那個人趕下樓去。又有一次，二樓羅常培先生的房裡研究生滿座，鬧哄哄的，那時大概九十點鐘吧，聽到樓上陳先生用手杖重重地把樓板敲了幾下，羅先生嚇得趕快偃旗息鼓。」
周法高的回憶，向世人透露了陳寅恪因疾病纏身而導致脾氣暴躁與格外威嚴的一面，同時也透露了另一個信息，那就是陳氏有睡早覺和午覺的習慣。1942年8月30日，陳寅恪在給傅斯年的信中說：「弟之生性非得安眠飽食（弟患不消化病，能飽而消化亦是難事）不能作文，非是既富且樂，不能作詩。平生偶有安眠飽食之時，故偶可為文。而一生從無既富且樂之日，故總做不好詩。古人云詩窮而後工，此精神勝過物質之說，弟有志而未逮者也。」此信是後來陳寅恪攜家從香港逃出抵達桂林時，因家累與身體原因不能速返時已遷往四川李庄的史語所，而專門向傅斯年做的解釋。但從這幾句解釋中可知陳氏之睡早覺、午覺，甚或感情衝動，愛發火等是確有緣由的。另據傅斯年1942年8月31日致中央研究院總幹事葉企孫信中言：「其實彼（指陳寅恪）在任何一處一樣，即是自己念書，而不肯指導人。」又，傅斯年以開玩笑的口氣說「本所幾個老年助理，他還肯說說，因此輩常受他派查書，亦交換方便也。一笑。」按傅斯年透露的信息，此時的陳寅恪不理睬周法高輩，是合乎其性格和處世方式的。只是陳氏這個看起來與別人毫無關係的習慣，竟把傅斯年折騰得好苦。
傅斯年來到昆明後，為盡到北大文科研究所代理所長的責任，經常在靛花巷三號的青園學舍一樓居住。此時日機已對昆明展開大規模空襲，而發生於9月28日的最早一次轟炸就使遷入昆明師範學院的聯大師生受到重創。當時的浦薛鳳雖然竭力反對進住師院並因此而「心殊不安」，但因一時租不到居處，只好隨文法學院部分教授如金岳霖等遷入。想不到進住不久，敵機轟炸開始。警報響起後，金岳霖、皮名舉、劉晉年等五六人，未及時離開，等到看見銀灰色敵機一排飛臨上空，頓感不妙，急避圖書館內俯伏，掃射與爆炸之聲隨之響起。最後擠進的一個學生「哎喲」一聲大叫，鮮血已順著額頭流淌下來。瞬間一枚炸彈落入圖書館樓後房頂，巨大的爆炸力將樓上一個南開籍學生衝出窗外，身無傷痕而亡，是為震死。片刻工夫，校園大樓正門破碎，窗盡震毀，一座洋房盡成瓦礫，不復辨認。兩位聯大校工和兩名學生被炸後橫屍校園。時聯大校方正組織學生在昆師集訓，一集訓大隊長躲警報稍遲，被炸彈劈成三段，下身半段尚在牆內網球場邊，頭部則飛至牆外操場上，所帶兩個小孩一同遇難，身首異處。敵機飛走後，外出躲警報