關於抗戰成敗的爭論還在繼續，眾師生翹首北望，以複雜、悲愴的心境，關注著這場決定民族興亡的戰事。
1938年7月7日，蔣介石發表《告全國軍民書》、《告世界友邦書》和《告日本國民書》，以紀念中國軍民抗戰一周年。在《告全國軍民書》中，蔣氏要求全國軍民以「軍事第一，勝利第一」為目標，全力促成武漢會戰的勝利。
就在這一天，聯大蒙自分校全體師生在舊海關曠地舉行抗戰周年紀念禮。由樊際昌任主席並致辭，文學院長馮友蘭演講。馮氏語氣平和，謂「一年來中國之勝而非敗，語極樂觀」。想不到演講中突有一意外插曲，把會場攪亂。一個戰前受聘於清華歷史系、名字叫噶邦福的俄籍老教授，亦隨校南來並參加了本次活動。當馮友蘭演講到一半時，只見這位白須飄動的俄國教授號叫一聲撲地不起。身邊的師生見狀，以為是這位俄國佬因高呼口號未能呼出憋氣倒地，或者是故意耍什麼布袋戲，以活躍演講的氣氛。待細看之後，只見這位教授臉色發青，熱淚橫流，滿面呈悲凄之狀，方感另有隱情。眾人手忙腳亂將噶邦福抬出會場請醫生急救，半個小時後方緩過神來。原來這噶邦福當教授前曾做過俄國軍官並參加了第一次世界大戰。在西線戰役中，作為下級指揮官的噶邦福奉命率部衝鋒，突遭敵機關槍掃射，乃緊急下令卧避。當槍聲停止，噶邦福揮槍喝令前進，起來的只有他一個人，其他官兵全部陣亡。此段酷烈往事隨著馮友蘭抗戰演講再度被憶起，遂有這位噶教授突發悲聲，昏厥倒地的一幕。眾師生聞知內情，受其感染，無不凄然，幾個女生掩面而泣。
好在噶邦福教授引發的這段悲情插曲很快過去，禮畢，「是日上課如恆，並舉行獻金救國」等活動。本次獻金活動，全體師生在物價上漲、生活困頓的情形下踴躍捐款。最初以陳岱孫教授的二十五元為首，隨後學生中出現了捐獻三十元者，有的女生無錢，而將手上的金戒指捐出，眾人大受感動。在葉公超、金岳霖等各方慫恿下，教授們捐款數目開始增加，由四十元增至五十而六十五元，直到馮友蘭攀升至七十五元，獨佔鰲頭方止。本次捐款共得獻金二千餘元，超過了蒙自全城捐款的一半以上。
7月底，聯大蒙自分校考試完畢，本學期的學業就此結束。此前，因蒙自地處西南邊陲，交通、生活方面多有不便，西南聯大在昆明校舍陸續建造並有了一定規模，校委會決定分校遷回昆明，蒙自校舍讓於即將由廣西柳州遷往該地的中央航空學校。聯大校委會同時決定，自8月1日起放暑假，至11月底止，假日期間陸續完成師生向昆明的遷移工作。
因西南聯大成立未久，本屆畢業生均用原校名義發給文憑。清華畢業生專門編纂了一本「清華第十級年刊」紀念冊，請朱自清寫幾句話以示紀念。朱欣然慨允並寫道：「向來批評清華畢業生的人，都說他們在做人方面太雅氣、太驕氣。但是今年的畢業同學，一年來播盪在這嚴重的國難中間，相信一定是不同了。這一年是抗戰建國開始的一年，是民族復興開始的一年。千千萬萬的戰士英勇地犧牲了，千千萬萬的同胞慘苦地犧牲了。而諸君還能完成自己的學業，可見國家社會待諸君是很厚的。諸君又走了這麼多路，更多地認識了我們的內地，我們的農村，我們的國家。諸君一定會不負所學，各盡所能，來報效我們的民族，以完成抗戰建國的大業的。」
暑期開始，學生們背著行囊，告別師友，自碧色寨上車。在送行的隊伍中，除了朱自清等教授，還夾雜著50多名當地青少年，即聯大學生的學生。在蒙自不長的時間內，聯大學生埋頭讀書，成立「南湖詩社」，還創辦了一所平民夜校，從當地招收失學的青少年學生50餘人，為其補習文化知識，講解時事，教唱抗日歌曲等等。夜校設在歌臚士洋行一層兩房間大房內，學生們熱情高漲，當地群眾極其滿意，與聯大師生感情得到了進一步溝通和升華，也播下了進步思想的種子，時間雖短，影響至深。當這50多名夜校學員聞聽他們的老師——聯大學生赴昆陽的消息後，自發組織起來到車站送行。有的為聯大學生提包，有的握著對方的雙手久久不願放下，依依惜別之情催人淚下。據「南湖詩社」社員周定一說，學員中有一位年齡較大的跛子，只見他在車窗跑前跑後，腦袋一點一點地，滿臉汗水為聯大學生們遞行李，和學生們一一握手告別，臉上淌著淚水。望著他那真誠、憨厚和戀戀不捨的樣子，聯大學生也流下了熱淚。後來這個青年學員還率領幾個代表，專門到昆明看過他們教師。
長鳴聲中，聯大師生隨車啟程，美麗的蒙自與南湖漸漸遠去。
對於蒙自這段特殊的生活，許多年後，馮友蘭回憶說：「梅貽琦說過，好比一個戲班，有一個班底子。聯合大學的班底子是清華、北大、南開派出些名角共同演出。但是步驟都很協調，演出也很成功。當時還有一個西北聯合大學，也是從北京遷去的幾個學校聯合起來而成的，設在陝西城固。但是它們內部經常有矛盾，鬧彆扭。蔣夢麟說，它們好比三個人穿兩條褲子，互相牽扯，誰也走不動。」這個說法和比喻得到了西南聯大師生認同，鄭天挺在回憶中特別提到這種合作精神的開端始於蒙自：「西南聯大的八年，最可貴的是敬業和團結精神。教師之間、師生之間、西南聯大三校之間均如此。在蒙自的半年，已有良好的開端。同學初到蒙自時，我與其他教授每次都親到車站迎接，悉心照料，協助搬運行李。北大考慮幹部時，也以敬業、勤奮、團結為出發點，避免不必要之誤會。」
這段話在讚譽的背後又另有深意，而最有研究價值的是「不必要之誤會」一句，此句到底何所指，鄭氏沒有明確所指，或者不便提出，但從清華教授浦薛鳳回憶中可以略知一二。當初以蔣夢麟為首的籌備班子力主西南聯大文學院遷蒙自，包括浦薛鳳在內的清華部分教授並不認同，浦氏說：「予與寅恪未離香港時，早聞蒙自有飛機場，且緊貼校址附近，當即詫異聯合大學當局何以糊塗至此地步。原所以由湘移滇者，純為安全起見，俾教員學生得長期各事所業。今不於昆明郊外或西山一帶，因陋就簡，改作黌舍，又不聽雲南省政府之示意，到大理一勞永逸，而必貪便苟安暫遷蒙自，其故何在。」當浦薛鳳與陳寅恪等抵達蒙自後，見機場與校址幾乎相連，且均在一塊廣闊的平地間，若敵機飛至，必玉石俱焚，「於是私心更以為遷到蒙自殊不甚妥當」。當時北大部分教授認為浦氏的看法是杞人憂天，敵機不會光顧如此偏遠的蒙自。其結果是徐州失陷不久，政府即開始擴建整修蒙自飛機場，柳州航空學校將遷蒙自，以迎戰即將前往西南地區轟炸的敵機。在這種情況下，置於險境中的聯大不得不被迫遷移。「然而眷屬初來，喘息甫定者，聞之殊甚怏怏……及七月中旬，知已定奪，遷往昆明。異哉明知昆明而可設法，何不早在一處。若系敷衍一時，則曷不乘此時機徹底打打算盤。總之數位校長之委員制，自不能迅捷處理校務。」
由浦氏的說辭可知，當時雲南政府曾有讓文學院遷大理之意。大理是滇西著名的城邦重地，不但有著名的蒼山洱海，依山傍水，風景優美，且寺院林立，空閑房舍尤多，當是辦學讀書的好去處。1939年，武漢華中師範大學從桂林遷入該地喜州小鎮，借用當地的文廟、大慈寺、張氏宗祠及部分民居開堂授課，平安地度過了抗戰歲月。不知為何，西南聯大的代表蔣夢麟等人卻拒絕了雲南當局的示意，舍大理和昆明西山等處不就，匆忙定於偏僻閉塞又潛伏著戰爭危險的蒙自，未幾又在倉皇中撤離。這一番顛來倒去的折騰，實在令人鬱悶，此舉因是以蔣夢麟為主的代表促成，引起部分教授、特別是清華教授不滿和非議也就不足為奇了。
蒙自開學後，梅貽琦與蔣夢麟均分別來此地視察和小住。梅的到來與回返甚為低調，但蔣夢麟攜帶善於交際的夫人陶增榖到來，則不斷招集北大師生開茶話會，引起清華部分師生的猜忌與不滿。對此，浦薛鳳說：「聞北大與清華學生方面，有些意見。據云起源於步行入滇團。蓋彼此各自團結，曾到處互爭卧地，而發生小衝突。南開學生甚少，固無所謂。北大自蔣校長到後，屢開會談。聞錢賓士曾獨排眾議，謂此刻無所謂北大精神。清華則仍然個人主義，例如梅先生來，同仁絕未想到，設宴開會。」
浦氏所聞旅行團中的北大與清華學生在宿營地發生一些小衝突，不難理解，但似不是主要矛盾。而後面所說的「北大精神」與「個人主義」則是關涉這個群體團結與分裂的要害處。只是浦氏所說語焉不詳，不知內情者難得要領，只有參考錢穆的回憶方才明白大體脈絡。浦氏所說「力排眾議」的錢賓四，就是此次事件的參與者、北大教授錢穆（字賓四）。錢氏說：「一日，北大校長蔣夢麟自昆明來（蒙自）。入夜，北大師生集會歡迎，有學生來余室邀余出席。兩邀皆婉拒。嗣念室中枯坐亦無聊，乃姑去。諸教授方連續登台竟言聯大種種不公平。其時南開校長張伯苓及北大校長均留重慶，惟清華校長梅貽琦常川駐昆明。所派各學院院長