日子一天天過去，當老金休假期滿，準備離川回昆，傅斯年又攜妻帶子離開重慶來到李庄。傅氏的到來，對正處於艱難困苦中的梁家與史語所同仁無疑是一個喜訊。
此次傅斯年返李庄，除對史語所事務放心不下，主要原因是身體狀況已糟糕得不容許他再行代理中央研究院總幹事一職了。傅氏身體垮掉得如此之快，除原有的病根與終日奔波忙碌，與他突遭老母病故有很大關係。
傅斯年父親早逝，家中全靠年邁的祖父與母親支撐。到了傅斯年祖父傅淦這一代，當年的狀元府已經衰敗，兄弟們分家時，處世淡泊的傅淦只要了一點末等房產安身度日，因而到了傅斯年成長的年代，家中就顯得寒酸落魄，生活窘困。如有急事用錢，告貸無門，傅母只得忍心含淚命人從頹垣斷壁上拆一些磚瓦變賣。因住房破損又無錢修理，每逢風雨來臨，屋頂漏水，傅母只好懷抱幼子孟博，頭上撐一把布傘遮風擋雨，生活十分艱難。按當地風俗，身為長子的傅斯年，在16歲讀中學時，就由祖父和母親做主，把聊城縣紳士丁理臣之女丁蘸萃姑娘一頂花轎抬到家中拜堂成親。年輕的丁姑娘雖略通文墨，號稱聊城第一美女，但由於長期生活在鄉下小城，處世態度和生活方式與傅斯年反差極大。隨著年齡的增長和系統接受與中國傳統教育不同的另類教育，傅斯年對自己的婚姻越來越感到不快，對傳統的「父母之命，媒妁之言」的婚姻形式更是深惡痛絕。他與丁媳婦長期分居，既已失了共同的志趣，感情更是無從談起。傅氏為此悲憤滿腔，想擺脫這種困境，又如同老虎吃天無處下口，轉來轉去總不得要領，令他苦惱之極。
當他留學歐洲歸來，以一隻全身散發著海腥味的學術「大鱷」重新爬上遠東之岸時，情況就大不相同了。傅斯年挾西洋之學以自重，再也不管中國社會瘟疫一樣繁衍盛行的那一套亂七八糟的「吃人」禮教，遂下定決心要與母親娶的那位「兒媳婦」一刀兩斷。於是，在1934年那個酷熱的夏季，傅斯年擦著滿頭大汗，咬牙掏出了一筆「青春損失費」，總算與丁媳婦在濟南協議離婚。同年8月5日，與俞大維的小妹俞大綵在北平共結百年之好。
出身名門官宦之家的俞大綵，幼沖之年即受到新式教育，及長，求學於上海滬江大學，長於文學，尤擅英文，且寫得一筆好字，作得一手絕妙的小品文章。得益於傅斯年留德同學俞大維從中牽線搭橋，傅氏才與比自己年輕10歲的俞大綵締結連理。1935年9月，兒子傅仁軌出生，傅斯年把在老家聊城的母親接到北平與自己一起生活。據說，傅氏平時對母親十分孝順，雖已成了學界政界呼風喚雨的人物，且霸氣十足，不把任何人放在眼裡，但偶遇母親發脾氣，乃立即長跪不起，聽任母親斥責，直到老太太發完脾氣，讓他起來方才站起，或是對母親解釋，或是好言安慰。因傅母患高血壓病，忌吃豬肉，作為兒媳的俞大綵為照顧婆母身體，不敢給她食肉，而傅母卻偏喜好這一口，且極愛好吃肥肉，於是矛盾不可避免。晚年的俞大綵曾回憶說：
孟真侍母至孝，對子侄輩，也無不愛護備至。太夫人體胖，因患高血壓症，不宜吃肥肉，記得有幾次因我不敢進肥肉觸怒阿姑，太夫人發怒時，孟真輒長跪不起。他竊語我云：「以後你給母親吃少許肥肉好了。你要知道，對患高血壓症的人，控制情緒，比忌飲食更重要，母親年紀大了，別無嗜好，只愛吃肉，讓她吃少許，不比惹她生氣好么？我不是責備你，但念及母親，茹苦含辛，撫育我兄弟二人，我只是想讓老人家高興，盡孝道而已。」
抗日戰爭全面爆發後，南京空襲日頻，危在旦夕。傅斯年由於領導中央研究院各所的搬遷事宜，無暇顧及家庭，更無力陪侍老太太避難同行，特委託一位下屬和兩個侄兒負責保護母親轉移至安徽和縣暫住。南京淪陷，傅氏輾轉來到重慶後不久，兩個侄兒來見，傅斯年以為家人順利脫險，十分高興，當侄兒述說祖母沒有逃出來時，傅斯年大怒，當場打了侄兒兩個耳光，又各自踹了兩腳。隨後，千方百計令人把母親於戰禍連綿的安徽接了出來，輾轉20餘天由陸路逃至漢口，最後抵達長沙。斯時老太太年已七十餘歲的高齡，傅斯年每言及老母逃難事，總懷歉疚之情，他曾對同事說：老母「幸能平安至後方，否則將何以面對祖先？」後來，史語所由長沙遷昆明，傅斯年把母親接到重慶，安置在歌樂山下一個較為安全的地方，與弟弟傅斯嚴（孟博）一起生活，費用全部由傅斯年負擔。
傅氏老母體胖，加之為躲避戰火長年奔走勞累，一旦安定反生病恙，時好時重。到了1941年春，作為兒子的傅斯年又一病不起。此病源於他身體過於肥胖，又患有高血壓症，整日奔波操勞，遂使病情加重，不得不住進重慶中央醫院救治。傅斯年患病的消息傳出，遠在美國的胡適曾專門致函表達了真摯的關切之情：
昨晚得你四月三十日的飛郵，才知道你病了，我真十分擔心，因為你是病不得的，你的「公權」是「剝奪」不得的！你是天才最高，又擔得起擔子的領袖人才，國家在這時候最少你不得，故我讀你病了的消息，比我自己前年生病時還要擔心……你的病必須休息靜養，若能如來書所云，「六個月內絕對休息」，我可以包你恢複健康，但不可憂慮氣惱，也不可貪吃肥肉！你的興緻好，和我一樣，我想你一定可以恢複健康的。
不管是「天才」還是「領袖」，或者是真龍天子，作為人難免是要生病的，上帝不會單獨照顧傅斯年。但胡適的手足之情，還是在傅的精神上給予一些慰藉，使他增加了同病魔抗爭的信心和勇氣。幾個月後，傅斯年終於出院，回到重慶郊外的家中休養。
意想不到的是，傅斯年出院了，他的老母卻因膽結石引發的疾病死在了醫院。
老太太病逝後，傅斯年因不知病情，醫院方面的專家又拿不出一個確切的結論，為此雙方吵吵嚷嚷，爭論不休，最後院方提出解剖，以驗證病症之要害。傅斯年猶豫再三，最後同意解剖，其結果確為膽結石所致。經此病案，藉此可見當時中國頭號醫院醫藥設備及醫療技術是怎樣的落後與糟糕，亦知傅斯年之心情是如何的悲憤交集又徒感哀傷了。
斯人已去，作為孝子的傅斯年能夠做的就是盡其所能地料理後事。國難當頭，喪事又須從簡。傅母墓地選在歌樂山附近中研院數學所辦公處旁的一個小山頂上，由俞大維派兵工署人員在岩石中鑽一洞穴，下葬時用吊車將棺木放入，用水泥製成七八寸厚預製板三塊，用吊車吊起蓋在墓穴上方，整體看上去如同一個應用於戰爭的碉堡，極為堅固。為此，傅斯年致信胡適說：「家母葬於歌樂山風景絕佳處，作成一水泥之壙，甚堅。」短短几十字，透出傅斯年的得意與寬慰之情。令他沒有想到的是，當1966年「文革」風潮興起時，這個寄託著自己緬懷之情的「水泥之壙」，作為「地主妖婆」和「蔣幫特務的後台老板」的窩點，被紅衛兵和造反派以「摧枯拉朽」之勢，用炸藥炸開，拋骨揚屍，蕩滌殆盡。此時傅斯年在台灣孤島去世已15年矣。
傅斯年安葬了老母，懷著哀痛與悲壯的雙重心境，拖著病體，堅持出席了11月中旬在重慶召開的國民參政會會議，但僅出席了一半就因體力不支回到家中繼續養病。此時，傅斯年對所謂的「參政」早已沒了興趣，只因為他的老對頭孔祥熙，在前一段時間曾到處散布流言，謂「聽說傅斯年病的要不行了！」言外之意是馬上就要斷氣死掉了。傅斯年聞知怒不可遏，大罵孔氏是亂臣賊子，混賬王八蛋，人人得而誅之等。這次帶病出場亮相，完全是為了反擊幸災樂禍的孔祥熙，正如他在給胡適的信中所言：「蓋證明我未死也！」
未死的傅斯年心力交瘁，越來越感到撐不下去了，遂下定決心離開重慶這塊是非之地，回李庄休整。
1941年12月3日，已辭去中央研究院代理總幹事之職的傅斯年，攜家眷乘長豐輪趕赴李庄。
就在傅斯年乘坐的輪船溯江而上，艱難前行的時候，日本帝國海軍六艘航空母艦，盛載四百餘架飛機，攜同兩艘戰列艦、兩艘重巡洋艦，以及驅逐艦、潛艇、油船等，共三十三艘艦隻組成的龐大艦隊，在第一航空艦隊司令長官南雲忠一海軍中將的指揮下，根據日本軍令部發布的絕密作戰命令，以頗為壯觀的環形航海隊形，在波濤滾滾、濃霧密布的太平洋海面上，向離日本本土三千海里以外的美國珍珠港急速挺進。
美國西部時間12月7日凌晨，日本艦隊已抵達夏威夷群島，並進入預定作戰位置。1時16分，漆黑冰冷的太平洋瓦瑚島海底，隨著「咔嚓」一聲輕微的響動，牽縛五艘日本潛水母艦的固定帶迅速斷開，隨著暗流巨濤驟然滾動，五艘特種潛水母艦如脫韁野馬，向位於夏威夷群島的美國太平洋艦隊基地——珍珠港駛去。
夏威夷時間7日早6時15分，從六艘航空母艦甲板上起飛的183架日機，在黎明的夜空中編好隊形，組成第一輪衝擊波，發瘋般向珍珠港撲去。
日本轟炸機群對珍珠港先後實施兩輪攻