就在傅斯年火氣凜凜地寫信討伐胡福林，以及與齊魯大學你來我往地較勁爭吵之際，史語所大隊人馬已經離開昆明，正在翻越崇山峻岭，奔走於風雨迷濛的路途之中。
此時，趙元任已赴美講學，李濟、董作賓、梁思永各有一攤子業務需親自料理，史語所的搬遷事宜，由語言學組的研究員李方桂主持，石璋如作為總提調予以協助。
在中央研究院十個研究所中，史語所的物資之多是出名的，甲骨、青銅器、陶器等地下出土器物，連同從各方陸續運來的共20多萬冊珍貴書籍和部分明清檔案，有六百餘箱之巨。面對這份國寶級的龐大物資，李方桂從昆明利國公司僱用了二十多輛汽車，每三輛為一組，分批行動。
1940年10月5日，史語所組織的第一批車隊由昆明龍頭村向四川李庄進發，由於中國營造學社與史語所的依附關係，梁思成、林徽因及學社的其它同仁，儘管對遷往偏僻的李庄很不情願，但為了利用其圖書資料的緣故，只好隨車前往。為此，梁思成在給好友費正清的信中表白道：「這次遷移使我們非常沮喪。它意味著我們將要和已經有了十年以上交情的一群朋友分離。我們將要去到一個除了中央研究院的研究所以外遠離任何其它機關、遠離任何大城市的一個全然陌生的地方。大學將留在昆明，老金、端升、奚若和別的人也將如此。不管我們逃到那裡，我們都將每月用好多天、每天用好多小時，打斷日常的生活——工作、進餐和睡眠來跑警報。但是我想英國的情況還要糟得多。」
梁氏所說的英國，此時正在經歷一場偉大的苦難和考驗。1940年7月16日，希特勒實行「海獅計畫」，德英爆發不列顛之戰。9月7日至1941年5月10日，法西斯德國對英國發起大規模長波次轟炸襲擊，轟炸範圍遍及英國各大城市和工業中心，以倫敦受創最為嚴重。到不列顛戰役結束，倫敦被轟炸超過76個晝夜，約有10萬幢房屋被摧毀，4。3萬名市民死亡。倫敦因此成為第二次世界大戰期間遭受轟炸最為嚴重的三座城市之一（其他分別是柏林和重慶）。感同身受，遠在昆明的梁思成得知與日本共同結成邪惡軸心的法西斯德國對英倫和歐洲實施大規模轟炸的消息，自有一種兔死狐悲，芝焚蕙嘆之感。
儘管心情沮喪，但要繼續進行學術研究，就必須跟隨史語所一同進川，別無選擇。10月25日晚，住在龍頭村的梁思成、林徽因夫婦邀請金岳霖、曾昭燏等朋友到家中吃飯，算是離別昆明的最後晚餐。席間，眾人盡量避開令人傷感的話題，以免把聚會搞成追悼會，大家只談一些歷史傳奇和花邊新聞。在「名嘴」林徽因的誘導下，眾人「談鬼至深夜」，直到天際放出亮色才戀戀不捨地散去。
因敵機不斷前來轟炸，所有準備工作在一種混亂、焦急、恐懼中度過，過度的勞累使梁思成於起行前突發高燒，只得暫時留下休養。林徽因獨自帶著兩個孩子和母親，隨史語所專門為家眷辟出的一輛有篷客車離開了昆明。據林徽因事後寫信對費慰梅說，這輛特殊的客車，裡面裝載了30多人，年齡從70歲的老人到懷中的嬰兒一個年齡段都不缺。由於人多物雜，車箱擁擠不堪，每個人只好採取「騎馬蹲檔式」，把兩腳叉開坐在行李卷上，盡量縮小佔有空間，隨著車的顛簸動蕩苦熬時日。
從昆明到李庄，需經滇黔公路入川，中途翻越溝壑縱橫，坡陡路險的烏蒙山脈，並需渡過著名的赤水等幾十條水流湍急、險象環生的河流方能到達長江上游的城市瀘州。許多年後，總提調石璋如回憶說，由昆明到李庄，一路要過曲靖、宣威、黑石頭或赫章、威寧、畢節、敘永、藍田壩等地。除了其他幾個地方的艱難險阻，在「黑石頭、赫章、威寧一帶的山區，其實都很危險，因為夜晚時老虎會下山覓食，人都不敢出來。在黑石頭、赫章，司機、副手會留在車內，鎖上車門，不敢出來。到了威寧，地方稍微平坦一些，車子可以圍在一塊，司機還是留在車內，萬一有老虎過來，司機可以打開車燈嚇走老虎。」
史語所人員所乘車輛歷盡艱險抵達瀘州，停在長江南岸的藍田壩卸貨，通過當地的轉運站轉送到大噸位輪船，再沿長江水道運往宜賓，最後從宜賓再返運到李庄碼頭上岸。根據傅斯年的指示，先遣人員潘愨、王文林等人與長江航線赫赫有名的民生公司聯繫，負責具體的轉送航運事宜。
「民生」是四川合江人盧作孚於1925年創立的輪船公司，主要經營重慶至上海的長江航運。1937年全面抗戰爆發前，民生公司已擁有輪船46艘，總噸位18718噸，成為中國內河航運最大的民營企業和長江航運的主力。
抗戰爆發後，國民政府任命盧作孚為軍事委員會第二部副部長兼農產、工礦、貿易調整委員會運輸聯合辦事處主任。自此，盧氏臨危受命，放棄了預定到歐洲考察船運業務事宜，全力投身於航運組織中，並向他的員工明確提出了「民生公司應該首先動員起來參加戰爭」的倡議。隨著華北陷落，淞滬戰爭爆發，南京告急，武漢面臨威脅，民生公司奉命集中了所有的輪船，在兩個星期內將四個師、兩個獨立旅的川軍將士，由重慶、萬縣等地以最快的速度輸送到了武漢前線。上海、南京淪陷後，武漢成為中國的政治、軍事中心，盧作孚出任國民政府交通部次長，同時兼任軍事委員會下屬的水陸運輸委員會主任——包括民生公司、招商局等在內的所有大小輪船公司的船隻均歸這個委員會指揮，主要的任務則是搶運戰略物資入川。此時，從上海、南京和華北、華中撤退到武漢的工廠設備、戰略物資，大批的軍隊和給養，以及故宮南遷的國寶等等，需要在極短的時間內運到西南後方。盧作浮集中川江中下游的所有輪船，在武漢保衛戰的炮火硝煙中，日夜工作，緊急搶運。
1938年10月21日，廣州落入敵手。24日，蔣介石正式下達放棄武漢的命令。25日，武漢淪陷，日軍沿長江一線開始向西南大舉進攻。至此，原集中武漢三鎮及周邊進行防禦的129個師，110萬國軍已被打得七零八落，中國國土精華盡失，徹底陷入內無糧草，外無救兵的絕境。整個國民政府抗敵武裝力量，已無一個完整的師可以繼續作戰。若論外援，除從蘇聯購買的一點有限軍援外，英美和其他所謂民主國家皆袖手旁觀，幾無片甲之贈。有些巧合的是，就在武漢淪陷的那天晚上，駐美大使胡適與奉命前往美國借貸的金融家陳光甫，正在美國財政部長小亨利·摩根索（Henry Menthau,Jr）家中拜佛求神，竭求美國當局儘快為借款求援打開綠燈，為身衰力竭、即將崩潰斷氣的中國政府「打一劑救命針」。而這個時候美國的戰略物資如鋼鐵等仍源源注入敵國日本。
在這生死存亡的危急時刻，決定中國不被滅亡的最後一線希望，就是滯留在武漢西部長江岸邊宜昌城內的9萬噸重要戰略器材——這是中華民族得以生存並決定未來反攻的有生力量。盧作孚後來在回憶這段艱難歲月時說道，那些器材是當時整個中華民族工業的精華，是國家僅存的一點元氣，全中國的兵工工業、航空工業、重工業、輕工業的生命，完全交付在這裡了。敵機已飛臨宜昌實施轟炸，日軍正向宜昌推進，中華民族危在旦夕。而民生公司承擔的任務，除了這9萬噸極其重要和珍貴的戰略物資，還有10萬聚集在宜昌等待人川的軍政兩界要員及其部下與附屬人員，外加100萬噸左右的零散物資和不計其數的難民，處境萬分危急。當時國內重量級的船運實業家是浙江鉅賈虞洽卿和盧作孚，虞洽卿掌控的三北輪埠公司、中華公司輪船和鴻安輪船公司更大，總噸位達到9萬餘噸，主要在長江下游和海面上經營。抗戰爆發後，虞洽卿的船隻大部分按國民政府軍事委員會之命鑿沉於長江下游，以封鎖江面，阻止日軍艦船沿黃浦江口上溯。尚余的4萬噸左右大船，因吃水深而無法進入淺水位的川江。當時在川江行駛的船隻共有24艘，其中22艘屬於民生公司。10月23日，即武漢淪陷的前兩天，盧作孚到達宜昌坐鎮指揮輸送事宜。被稱為「川鄂咽喉」的宜昌，是長江航線上一個重要的轉運港，上游的三峽航道狹窄彎曲，灘多浪急，有的地方僅容一船通過。凡1500噸以上的輪船不能溯江而上，所有下游開來的船隻都不能直達重慶，乘客和貨物必須在宜昌下船換載大馬力小船，才能繼續入川。從宜昌到重慶，上水航行至少需4天，下水航行至少2天，而當時川江已接近枯水期，較大噸位的船隻航行的時間只有40天左右，過後便是漫長的枯水停航期。也就是說，所有的人員和物資，都必須在40天的時間內運出。而要完成如此之巨的運輸量，以民生公司當年的運力計算，需要一年時間。
此時的宜昌小城已是人心恐慌，大街小巷遍布逃難的人群，滿地是待運的物資與器材，輪船公司內外塞滿了前來交涉的各色人物，「管理運輸的機關，責罵輪船公司，爭運器材的人員，又相互責罵。」面對人聲鼎沸，混亂不堪的局面，盧作孚到達宜昌的當天晚上，立即召集各輪船公司負責人、船長、技術