就在芮逸夫去李庄考察之際，史語所發生了一件看上去不大，卻令傅斯年大為惱火的窩裡造反事件。
這年8月23日，在昆明龍頭村一間黑屋子整日伏案做甲骨文識別與編纂工作的史語所助理員胡福林（厚宣），突然向傅斯年請假，說是有位叫許心武的好朋友，在重慶北碚替自己的妻子找到了一份工作，因昆明至重慶道路艱難，匪盜眾多，需親自護送家眷赴渝，並說一個月後立即回昆明銷假，需預支九、十兩個月的薪金以作旅費云云。傅斯年聽罷，感到自己手下弟兄生活艱難，其家眷能在陪都重慶找份工作自是一件好事，只是考慮到史語所馬上就要搬家，勸對方不要此時離開，最好入川後再作打算。若從新的地方——四川乘船沿長江順流而下可直達重慶，此道比從昆明赴渝方便得多。想不到胡福林不以為然，執意要走。傅斯年經過再三躊躇，最終一咬牙答應下來，囑咐對方快去快回，不要誤了所內搬家事宜。胡氏點頭答應，此事算告一段落。
幾個小時後，傅斯年來到李濟住處，把胡福林請假赴渝之事講了一遍，李濟當場表示反對，他認為如果胡福林非要離開，待把家遷到四川後再作行動，這樣於公於私都說得過去。現在全所搬遷在即，許多器物需要整理裝箱，人手本來不足，若小胡此時離開，對史語所工作極其不利。本來就有些不情願的傅斯年經李濟一說，頗為懊悔，立即找到正在工作室整理器物的石璋如，讓他趕快找到胡福林並轉達傅、李二人的意見，希望對方暫且留下，待隨所搬遷後再行赴渝。石璋如得令，急忙跑到胡福林工作的那間小黑屋與宿舍，發現人去屋空。又到史語所駐地和彌勒殿可能匿身的地點搜尋，仍不見胡福林的蹤影。難道此人神消了不成？石璋如這樣想著，經多方打聽才得知胡氏已悄然離開昆明遠走高飛了。
胡福林於1928年自河北保定培德中學考入北京大學史學系就讀，1934年畢業。在此期間，中研院史語所由廣州搬到北平北海靜心齋辦公，北大校長蔣夢麟聘請史語所傅斯年、李濟、董作賓、梁思永等大腕前往授課，以壯北大文學院聲威。而自1931年下半年起，顧頡剛除專任燕大教授外，也受聘北大歷史系兼課講師，每個星期講幾點鐘的課。學生胡福林出於對顧氏學問的崇拜，漸漸與顧頡剛建立了較密切的師生關係。胡氏畢業後，因學業尚不算差，被傅斯年、李濟弄進中研院史語所考古組工作。從此之後，胡福林追隨梁思永赴河南安陽殷墟參加了第十、十一次考古工作，並單獨主持了侯家莊西北岡王陵1004號大墓發掘。抗日戰爭爆發後，又追隨董作賓整理殷墟出土甲骨，兼做《殷墟文字甲編》的釋文事宜。據石璋如回憶說：「先前在南京急著將一到九次發掘的甲骨出版《殷墟文字甲編》，所以YH127坑甲骨就只放到架子上，後來裝箱都沒有再動過。」到了1941年的8月，史語所同仁感到「離搬家還有段時間，也不知道搬家地點，不妨趁機開箱編號。三組同仁都可以幫忙開箱，編號就落到胡厚宣、高去尋兩位先生身上……胡厚宣與高去尋一人寫號碼，一個紀錄，若有可以合塊的碎片，也許有兩個編號，便趁機重組。董先生就描寫重要的東西，進行分類……工作從早忙到晚，吃了晚飯之後繼續加班到十點。」就在這項緊張而繁雜的工作進行中，胡福林悄然告辭了。
當時整個中研院史語所大師如林，將星雲集，一個小小的助理員如胡福林者要休一個月的假，本不足掛齒。而此事的非同尋常之處就在於，當石璋如奉命搜尋胡福林蹤跡時，突然發現胡氏的一切書籍文件、生活用品等器物，隨著本人的消失也一道無影無蹤。石璋如深感蹺蹊，覺得其中有詐，立即向傅斯年和李濟作了彙報。傅、李二人一聽，亦覺不可思議，遂帶著疑問與不解在史語所與周邊學術機關展開調查。第二天，得知胡厚宣確已追隨顧頡剛跑往成都齊魯大學辦研究所去了。傅斯年聽到這個切實的消息，大為震怒，認為這個小胡把自己當猴耍了，遂在彌勒殿幾個泥塑金剛面前晃動肥胖的身子，不時跳動腳跟兒，對胡福林以及齊魯大學連同顧頡剛、錢穆等人罵將起來。罵過之後乃展紙修書一封致胡福林，說：「頃聞兄就齊魯大學事，為之愕然。如有此事，務乞打消；如無此事，亦乞示知。」隨後又命史語所考古組發出一函：「奉傅所長囑，請將《武丁多妻多子》及《殷代農業》兩文留下，交汪和宗先生帶來，以便編入集刊。」
兩函寫就，傅斯年覺得並沒有解除心頭之恨，於是再修書一封，把窩在肚子中的虛火狂泄到齊魯大學主事者身上，其書云：
本所職員胡福林君請假離所一日後，本所即得到若干口頭報告，謂，貴校之國學研究所一年前即已聘定正在本所任職之胡福林君為教授，資以薪給。其本年之職務則為：（一）在雲南為貴校購買書籍。（二）在本所抄錄影拓一切本所正在研究尚未出版之材料，以備將來貴校國學研究所之用等語。事涉離奇，殊難置信……據負責人報告，近一年來，該員將本所所藏重要史料謄錄甚多。本所之正式工作［資料］，該員亦全數攜走，其目的為何？實難揣測……傅斯年在函中強烈要求齊魯大學立即「查復上述傳言是否屬實」，並給史語所一個說法。齊魯大學為英美長老會傳教士於1917年在濟南聯合創辦，但長時間未能正式立案，後在號稱基督徒、蔣介石「老二」孔祥熙的暗中關照下，於1931年12月，南京國民政府教育部批轉山東省教育廳准予在濟南立案，承認其合法地位。因孔氏對此出力甚大，按中國特色的處事哲學，齊魯大學主動聘請孔祥熙擔任了該校的名譽校長。
抗戰爆發後，濟南淪陷，齊魯大學流落到四川成都，寄居於華西壩華西協和大學校園內。此時，顧頡剛已辭去燕大教職，先是組織一個西北考察團對西北邊疆展開調查，後受雲南大學校長熊慶來聘請，於1938年10月抵達昆明任雲大教授。未久，北平研究院（南按：非中央研究院）遷至昆明，顧頡剛兼任該院史學研究所歷史組主任。1939年春，齊魯大學校長劉世傳邀顧頡剛到該校出任國學研究所主任，顧氏認為齊大開列的條件對自己的生活與學術研究較為有利，慨然應允，並悄悄拉上正在西南聯大任教的錢穆一道入伙。
錢穆出生於江蘇無錫，幼年讀過家鄉私塾，及長，為蘇州中學教師，雖滿肚子學問，卻一直默默無聞。直到顧頡剛自北平回老家探親，經人介紹，偶然發現這位鄉村才子學識淵博，對歷史文化有獨到見地，言談舉止非一般「土鱉」甚至放洋的「海龜」可以匹敵，稱得上是中國鄉村自學成才的標本式人物，不覺心生惜才之心。顧頡剛一回到北平，便竭力向學術界薦錢並得到回應。1930年秋，36歲的錢穆離開蘇州至北平，先是隨顧頡剛在燕京大學任教，後由顧氏推薦執教於北京大學。錢氏自此鯉魚跳龍門，一躍進入全國頂尖級的高等學府，迅速成為史學界一顆亮麗的明星。
因個人成長經歷、學術觀點以及性格等差異，錢穆與傅斯年、胡適等團體中人的關係由表面的客氣逐漸變為不再客氣，感情裂隙越來越大。究其內情固然複雜，但大體的脈絡還能看出，按錢穆本人的說法，當時的史學界有兩大派系，一是「革新派」，一是「科學派」。錢氏對所謂「以科學方法整理國故」的代表人物胡適、傅斯年輩頗不以為然。在錢穆眼裡，這一學派價值並不大，無非是「震於『科學方法』之美名，往往割裂史實，為局部窄狹之追究。以活的人事，換為死的材料」而已。就胡與傅相較，錢穆更看不上眼的是傅斯年，因為胡適當時尚有一部《中國哲學史大綱》上卷問世。傅斯年一直反對「著史」，倡導以專題研究為重，崇尚德國郎克學派的實證、客觀等理論衣缽，此點與錢穆心中那帶有蘇州甜米糕和鹹魚味的史學觀相抵牾，言談交往中互不服氣，終致個人關係惡化。據錢穆自己回憶說，他與傅斯年只有在批判康有為今文家疑古之說這一點上是同志，過此以往，則涇渭分明。傅斯年赴台去世後，史語所研究員王汎森奉命檢查整理傅氏攜台的全部檔案資料，發現傅與錢之間只有兩封通信，且都是為公家之事，其中一封信是錢穆為學生爭取獎學金而與姚從吾聯名寫信給傅斯年的，可見二人關係之薄。
到了四十年代，傅斯年公開對外宣稱他從來不讀錢某人的書，而錢穆對傅也已明顯地表露出厭惡之情，二人積怨漸深，幾乎到了見面開打找練的地步，這一情結和怨仇畢生都未能化解。據一位知情者回憶，錢穆嘗謂傅斯年霸氣十足，是水泊梁山忠義堂里的山大王一類人物，就是一個造反起事的土匪頭頭。而傅斯年則罵錢穆屬於狗頭貓腦的鼠輩，充其量是一個南方小裁縫，根底膚淺，不足為謀。抗戰之後，錢穆的《國史大綱》出版，一度出任浙江大學史地系教授兼主任，時為中國地理學會總幹事的張其昀（字曉峰），在重慶中央研究院總辦事處見到傅斯年，詢問對此書的看法。張某人明知錢、傅二人不合，故意詢問，無非是一種陰暗的心理在作祟，挑撥是非，看個熱鬧。傅斯年當然不傻，知道對方之意但又不把對方與錢穆等