1919年5月4日，北京爆發了中國歷史上最著名的大規模學潮——以「德先生」與「賽先生」為綱領，反帝愛國運動大幕由此拉開。當此之時，整個北京高校校園和街頭閭巷，風卷浪滾，泥沙俱下，豪傑並起，猛士如雲。胡適麾下頭號驍將傅斯年，儘管還沒有成為滿身散發著西洋氣味的「海龜」，而只是比「土鱉」稍高級的「一隻稀有蟋蟀」（羅家倫語）。但正因為稀有，才在這股世紀大潮中鼓起翅膀呼風喚雨，興風作浪。學潮爆發後，只見在「浩浩蕩蕩的遊行隊伍中，有一位威武的山東大漢高舉大旗走在大家的最前面，他不時地帶領大家一起振臂高呼，又偶爾暫緩腳步，與身邊的幾位同學低聲交談。——他，就是這次遊行隊伍的總指揮、北京大學國學門學生、素有『大炮』雅號的傅斯年。」學生們呼喊著「內除國賊，外抗強權」、「廢除二十一條」、「收回山東權利」、「還我青島」等口號，在天安門前遊行示威後，又趕赴趙家樓痛毆了賣國漢奸曹汝霖，一把火燒了趙家樓，從而引發了社會各階層大震動，號稱中國新民主主義革命的偉大愛國運動由此揭開了光輝一頁。關於傅斯年在「五四」運動特別是遊行示威中的具體身份和地位，傅氏本人一生很少向人提及，雖在1944年5月4日，也就是「五四」運動二十五周年的時候，在《大公報》發表過一篇回憶性文章《『五四』二十五年》，但對此細節仍未觸及。這頂「總指揮」的紙糊高帽，無疑是社會中人和後生們強行給他戴了上去，以示對其人其行的崇拜景仰之情。從「五四」運動的親歷者張國燾、許德珩、羅家倫、段錫朋等學生領袖的回憶看，關於傅任「總指揮」的問題尚有探討的空間。羅家倫說：在火燒趙家樓，痛打了賣國者之後，遊行的學生們在北大院內開會，「大家本來要推傅斯年做臨時主席，忽然有一個浙江籍的學生姓陶的，打了傅斯年一拳，這一拳就把傅斯年打得不幹了。自此以後，五四運動和傅斯年便不發生關係了。因為他是一個以感情用事的人，一拳被打萬念俱灰了。我當時因為在各處接洽的事太多，所以不願意做會場上固定的事，經大家一想再想，最後推出段錫朋來，由他做北大學生會的代表，結果就是北京學生聯合會的主席。」與羅氏之說不同的是，傅斯年的侄子傅樂成說，打傅者乃一名叫胡霹靂的陝西人。胡先是一拳把傅的眼鏡搗飛，傅大怒，晃動高大身軀只一腳便把胡霹靂踢於台下，接著又躍下台階，呈武松打虎狀，騎於胡的後背照準對方頭部狠狠地掄了幾個「霹靂拳」，胡當場被擊昏不省人事。後有人問及傅斯年與人打架取勝招數，傅豪氣飛揚地認為是靠自己肥胖的體積乘速度，如此結合便爆發出一股所向無敵的力量，可一舉將對方打翻在地云云。
傅斯年被打後為何戛然而止，與波急浪涌的偉大反帝愛國行動決絕，當然不是姓陶的或胡霹靂搗了一拳，或一個「萬念俱灰」可以簡單概括和解釋的。就當時的情形論，傅氏一定有更多、更複雜的考慮或顧慮，只是這許多的想法在剎那間突然爆發而已。許多年後，蔣夢麟回憶說：「我認識孟真遠在1919年，他是五四運動領袖之一，當時有人要毀掉他，造了一個謠言，說他受某煙草公司的津貼。某煙草公司，有日本股份，當時全國反日，所以奸人造這個謠言。我在上海看見報上載這個消息，我就寫信去安慰他。」蔣氏之說若果真屬實，那也是「五四」之後的事情，似與當天傅氏被打了一拳下台並放棄繼續參加運動無關，其中必然另有隱情。
另一個說法是，有幾個學生秘密社團——多數是無政府主義組織，有意在4月下旬就要搞遊行示威活動，並於「五四」前夕召開秘密會議，決定嚴懲曹汝霖、章宗祥等媚日官僚，並作了攜帶小罐燃料與火柴燒毀趙家樓曹宅的計畫（南按：後來曹氏向總統府控告趙家樓被燒情形時，就認為是被學生們用汽油等燃料所燒）。當時與無政府組織有聯繫的一個同盟會的老會員，為了使學生能夠辨認章宗祥，把章的照片弄到手後轉給這個團體成員觀看，以便在毆打時能找准目標。而這一秘密活動，作為北大學生領袖之一的傅斯年卻蒙在鼓裡，其他幾位頭目同樣不知。隨著時間的推移與局勢進一步惡化，這個無政府組織社團怕秘密外泄，於是在5月3日晚的緊急會議上利用各種方式說服其他同學第二天開始行動，即「利用了當時的大眾的普遍情緒，爭取到施展暴動的機會。」若這一事實真的成立，學生隊伍由北大至天安門再轉入趙家樓，直至破門而入強行闖進曹宅之後突然火起，傅斯年等幾位學生領袖已無法控制局勢等等這一隱情，則得到一個相應而合理的解釋。但無論如何，傅在當時和之後，一直是不贊成學生們到曹家進行打砸搶燒行動的。羅家倫也曾對「五四運動」史的研究者、美籍華人學者周策縱親自說過：「他們多數人從開始就不贊成暴動行為」，但打砸焚燒的事情還是出乎傅、羅等人意料地發生了。當時有五個跳窗子的學生很快變成了傳奇性的猜測，傳說第一個爬牆跳窗進入趙家樓曹宅的是傅斯嚴，即時在北大預科就讀的傅斯年之弟，當天他與未趕上撤退隊伍的32名學生被當局逮捕。傅斯年在北大校園演講台上正和姓陶的或胡霹靂揮拳飛腿地互毆之時，傅斯嚴正關在獄中生死不知，並且此次運動有被別有用心的黨派和政客利用的苗頭和危險——所有這一切，當是導致傅斯年此次退出風頭正健的學生運動的根本原因。
縱觀傅傅年一生，號稱「絕不參與政治」的他，在政治上並不是一個糊塗的莽漢，且有許多聰明過人之處。這種聰明才智既來自於他童年生活環境的熏陶，如梁山好漢們以造反起家，而又「只反貪官，不反皇帝」的精神浸淫（南按：傅的家鄉聊城出過武大、武松、西門慶、潘金蓮等《水滸》人物，武松打虎的景陽岡即在聊城所屬的陽谷縣），也來自於他那個聊城大家族的血脈傳承，即儒家學說中「正統」、「忠君」思想的價值觀。這一殊途同歸的儒道墨法等諸家的雜交文化對其影響之深，從他後來對蔣家王朝這個以股份制形式合夥拼湊起來的政府班底，不抓上頭，只抓下頭；不揍蔣介石本人之頭顱，專捏其兩位下屬（孔祥熙、宋子文），搞得蔣介石整日喊痛並快樂著便可顯見。而當解放之時，他作為鐵杆的「忠義之士」追隨國民黨政府橫渡台海，最終「歸骨于田橫之島」，更是明證。有研究者認為，傅斯年一生的可惜之處就在於讀書太多，否則將干出一番驚天動地的大事業來，成不了項羽、劉邦，也應比宋江為代表的梁山好漢，或他自譽的「不過是陳勝、吳廣」之業績要輝煌得多，最次也不至於以「中國最稀有蟋蟀」和一個「傅大炮」或「一隻學界大鱷」等名聲流傳後世。——但歷史沒有假設，人間世事紛紜，形勢比人強，在歷史的大舞台上頻頻出鏡亮相的英雄豪傑，可惜可嘆者何止傅氏一人哉！
世人看到的現實情景是，就在「五四運動」掀起狂濤巨瀾尚未消退之時，北洋政府對支持學潮的蔡元培等十分不滿，認定學生運動與北大提倡的思想和「歪理邪說」關係甚大，擬施以顏色並加以收拾，甚而搞出了一個查封、解散北大，懲辦校長等等秘密行動計畫。校長蔡元培成為眾矢之的，處境危艱。好在蔡氏是見過大風大浪的傑出人物，能沉著果敢，既不為權勢所懼，又與政府官僚周旋，以減緩各方壓力，安撫學生，勸其複課。同時聯絡組織平津地區的國立大學校長為營救被當局逮捕的學生奔走呼號。經反覆交涉，終於如願。當被捕的學生全部釋放後，蔡元培為避其鋒，也為了消解北洋政府的怨氣，於5月8日夜提交辭呈，悄然離京，遠走他鄉。
蔡元培走了，傅斯年也於這年夏天畢業離校，懷著悲感交集的心情回到家鄉聊城休整，個人前途命運處在一個歷史夾縫和懸空之中。瞻念前途，一片迷茫。
就在傅斯年心煩意亂、懸劍空壟之時，新的命運之門再度向他敞開。
這年秋季，山東省教育廳招考本省籍的官費留學生，傅斯年赴省會濟南應考並以全省第二名的壓倒性優勢登榜。儘管如此，不但主考方不把這位「黃河流域第一才子」放在眼裡，傅斯年反而因其所顯示的強大力量，壞了欲走後門安插親信者的好事，立即成了權貴們的眼中釘、肉中刺和打壓攻伐的對象。當權者以傅是五四運動的「激烈分子，不是循規蹈矩的學生」且還是「兇惡多端的學生示威活動的頭頭」、「打砸搶燒的危險激進分子」等等為由，拒絕錄取。這個聽來令人滿含悲憤的說辭，是否就是傅斯年在火燒趙家樓後，所思所慮和所擔心的主體尚待考證，但就當時的情形言，大部分官僚政客與相當部分士大夫階層的知識分子，對五四運動心懷反感與惱怒。時任國民黨湖南省代理省主席的何健，曾公開宣示他的憤懣之情。謂胡適之流「倡導的所謂新文化運動，提出打倒孔家店的口號，煽惑無知青年」等等，藉此可見社會政治情勢之複雜，以及五四新文化運動對立面之多。假如傅斯年有這樣一種不祥的政治嗅覺，他在北大講台上被胡霹靂猛打一拳後悄然退出，便可得到進一步合理的解釋，否則將仍是一個歷史之謎。
不管傅斯年當