卻說萬曆三十一年（1603年）臘月在刑部的讞審中，紫柏遭受了杖擊與竹篦的酷刑，但他毫不屈服。法官在權貴的授意下，必欲置紫柏於死地。四天之後，法官再將紫柏帶到刑堂，當面宣讀罪狀並判定刑期。至於是何樣的刑期，史載不詳，但決不會太輕。明代對詔獄的犯人，被判有罪的，最重是殺頭，最輕的也是蠻瘴地區充軍，並終身不赦。宣判的頭一天，紫柏似乎已經知道了結果，因為他寫了一首《十四日聞擬罪偈》：
夙業今緣信有機，南中蓮社北圜扉。
別峰尚有人相問，獅子當年正解衣。
從這首偈中，看出紫柏在大難臨頭時心情的平靜，而且可以肯定地說，他做好了接受一切後果的精神準備。當夜，他還寫了一首七絕《憶卓老》：
去年曾哭焚書者，今日談經一字空。
死去不須論好惡，寂光三昧許相同。
卓老即明末另一位思想狂人李卓吾。此老在張居正當政時，曾當過三年的大理知府，茲後就拋家別子，雲水天涯，過著半俗半僧的生活。晚年定居湖北麻城十八年，後遭人詬害，在北京通州被逮，卓吾不肯認罪，遂在獄中自殺。他的《焚書》《續焚書》兩部書，是明朝重要的思想文獻。紫柏在李卓吾自殺後的一年同樣在北京被逮。惺惺相惜，此時的紫柏寫詩懷念李卓吾，其心境完全可以理解。李卓吾並未真正地剃度，但在麻城卻一直住在庵寺中，過著出家人的生活。他收了不少女弟子，這一點，引起僧俗兩眾的反感，也讓恨他的人抓到了把柄。所以，他到死也是一個爭議很大的人。紫柏卻很欣賞並同情他，僅從這一點看，紫柏的慈悲已達到了無纖塵的境界。
當法司定罪的第二天，紫柏便做出驚人的決定，他要在牢房中坐化。當他的幾位弟子聞訊趕來，他已沐浴更衣，坐定在蒲團，面對追隨他的弟子，他從容念出九首偈，因這是紫柏的臨終文字，故在此全部錄出。
事來方見英雄骨，達老吳生豈夙緣？
我自西歸君自北，諸生晤語更泠然。
南北經行三十年，鈍機仍落箭鋒前。
此行莫謂無消息，雪夜先開火內蓮。
盡稱達老鼓風波，今日風波事若何？
試向明年看老達，風波滿地自哆和。
潭柘雙青謾說龍，相依狴犴更從容。
主人歸去香雲冷，好卧千峰與萬峰。
幻骨吾知無佛性，從來稱石總虛浮。
夜深寒照吳門月，翻笑生公暗點頭。
幽關寂寂鎖難開，哪道沙門破雪來？
飢鼠何妨沾法喜，凍膿早許委黃埃。
夙願平生未易論，大千經卷屬重昏。
怪來雙徑為雙樹，貝葉如雲日自屯。
啟龕須記合龕時，痛癢存亡爾即伊。
不必燕雲重眷戀，此身許石肯支離。
山鬼不必賽，水神胡可解。
枯木冷重雲，獨見田侍者。
人生那忽死，死者生之府。
法門何所聞，付諸塗毒鼓。
（讖所知）
偈詩九首，是一個不可分割的整體，從中可以看出紫柏疾惡如仇的性情，了脫生死的態度，去來無礙的禪風。大約法司給紫柏定罪，很重要的一條是「鼓動民眾反抗朝廷」，故偈詩中有「盡稱達老鼓風波」的句子。對此，紫柏是不承認的。所以，他以死來抗爭。
臘月十六日，離除夕不到半個月。不堪受辱的紫柏，決計不肯在人間多待一天，自從參透禪關，修成金剛不壞的法身之後，生死的界限早已被紫柏打破。這個世間若能住就多住一些時候，不能住即刻就可以離開。
紫柏念完偈語後，就坐在蒲團上微閉雙眼，在弟子們靜靜地注視下，他從容地坐化。這一年，他剛好六十歲。