會昌五年（845年）五月，圓仁擔心已久的敕令下發：要求外國僧人還俗。不遵從還俗敕令的，當即決殺。為了離開長安，圓仁同意還俗。一向對僧尼佛寺十分照顧的左神策軍押衙李元佐暗中幫圓仁搞到一張離開長安的通關文牒。五月十四日，圓仁將要離開這座他生活了五年的都市。頭髮已經長出了一些，他戴上一頂氈帽，穿著平民的褐衫，這讓他看上去就像是一個普通的旅客。
圓仁心情忐忑，時刻擔心著身後牽著的三頭驢。驢背上的箱籠里有他在唐土七年所有珍貴的收藏：四籠經文與畫像。從開成三年（838年）到達揚州起，圓仁把日本朝廷與唐土朋友們接濟的金錢全部用在了購買和抄寫經書、描繪大師像與曼荼羅上。除此之外，還有白居易與杜甫的詩篇。但城裡剿滅佛教的禁令嚴厲，圓仁時刻擔心一路上收集的經文與在佛寺臨寫的畫像能否在重重關卡的檢查下安然離開長安。
在這樣風聲鶴唳的時候，依然有一些朋友前來相送。大理寺卿楊敬之為他寫了幾封信，托他在洛陽的朋友照顧圓仁。左神策軍押衙李元佐為他置辦了氈帽，綾布，檀香，一雙軟鞋，一些錢和一卷銀字《金剛經》等許多禮物。臨行，李元佐請求他留下袈裟，他將每日燒香供奉。
還有一首專門寫給他的詩，來自他的一個朋友，詩僧棲白和尚：
家山臨晚日，海路信歸橈（ráo）。
樹滅渾無岸，風生只有潮。
歲窮程未盡，天末國仍遙。
已入閩王夢，香花境外邀。
——《送圓仁三藏歸本國》
歸心似箭的圓仁走水路，經過洛陽、鄭州、汴州、泗州，回到揚州。會昌六年（846年）四月，武宗皇帝駕崩的消息傳到揚州。不久，新皇帝登基，嚴厲的滅佛政策隨著皇帝的去世一起鬆動，被禁錮的佛教活動又昌盛起來。圓仁終於可以重新公開他和尚的身份。
圓仁沿著海岸線一路北上，經過楚州、海州，最後回到登州赤山，他巡禮中國的旅程真正開始的地方。唐宣宗大中元年（847年）九月，圓仁登船回到日本博多。返國這年，圓仁五十四歲，後十七年，圓仁在日本國傳法，成為日本天台宗的「慈覺大師」。
武宗在位七年，他的年號「會昌」因為發生在這六年中的殘酷的對僧尼寺院的迫害而成為後世最屢屢提起的名字。武宗的死因與他的爺爺憲宗一樣成謎：服食丹藥，喜怒失常，甚至神志不清，口不能言。死前連宰相李德裕想見他，也被宦官攔在門外。他並沒有比自己的前輩們更加堅強。
會昌年間，天下拆寺院四千六百餘所，還俗僧尼二十六萬零五百人，按兩稅法交稅。「會昌毀佛」之後，國家的戶口增加了一倍多，成為日後收稅的稅基。寺院和僧侶中有武藝、有醫術、有建築機械手藝的僧侶多半被派上了會昌三年至四年間征討回紇與藩鎮叛亂的戰場。從寺院繳獲的銅像與鍾鑼被命令用來鑄錢，但是鑄造成本極高，每鑄造一千文錢所耗費的人力物料與運輸成本就有七百五十文左右。
從佛教寺院擠壓出的土地、財富與人口並沒有能夠改變李唐王朝沉沒的軌跡。武宗之後繼位的宣宗晚年落入了與他的前輩們一樣的怪圈：求神煉丹，中毒而死。唐昭宗光化三年（900年），侍中崔胤借宣武軍節度使朱全忠之力把宦官手上的左右神策軍、監軍和參與樞密政治的權力一切罷停，殺死宦官數百人。朝官與宦官的「南衙北司」之爭終於以朝官的勝利告終。但慘勝如敗，勝利的代價是南方一次又一次的兵變與民變。
昭宗解決了宦官，卻讓藩鎮漁翁得利，朱全忠從此再也不受控制，伸出了終結李唐王朝的那隻手，不久，自立為帝，改國號為「大梁」。
時間是公元907年，唐哀帝天祐四年。