圓仁的預感很快得到了驗證。宮裡長生殿常年供奉佛像，慣例，每天抽調長安城左右街各寺僧侶輪流進宮念經，日夜不絕。很快，長生殿的佛像與供奉被拆毀焚燒。
慣例，每年皇帝的生日都會在麟德殿宴請僧人與道士。在宴會上，僧人講經，道士講道，不同宗教彼此切磋。皇帝會向進宮的道士與僧侶賜下表示尊重與地位的紫衣。會昌元年（841年）六月十一日，武宗生日，道士與僧人一道入大內辯論，只有道士得賜紫袍，僧人沒有。會昌二年（842年）六月，武宗的生日，道士與僧人再次入大內辯論，依然只有道士得賜紫袍，僧人沒有。
會昌三年（843年）皇帝的生日，遲鈍的太子詹事韋宗卿按照慣例進獻了自己為佛經作的註疏《涅槃經疏》和《大圓伊字鏡略》，獲得了皇帝一頓大罵：韋宗卿一個朝廷大臣，本該好好學習儒家經典，卻沉溺邪說，到處傳播妖風。皇帝在斥責韋宗卿的敕書里幾乎引用了韓愈二十四年前一樣的邏輯：佛本西戎之人，教張不生之說。孔子是中土聖人，經聞利益之言。韋宗卿是儒生，衣冠望族，不能宣揚孔教，反而沉溺浮屠，妄撰胡書。現在聚集妖惑，胡言亂語，位列朝班，應該自愧。皇帝甚至還讓中書門下官員去韋宗卿家裡把他的草稿和原本追索焚燒，不得傳播。
皇帝的生日宴是一顆投向湖面的石子，皇帝對佛教的仇視如漣漪漫開，最先波及的就是京城的寺院。剛開始不允許僧人午後出寺院，後來不允許僧人在別寺借宿，不允許僧人犯鐘聲。限制寺院和僧人的命令如同一張大網，鋪天蓋地而來。不久，皇帝再次下敕：不許供養佛牙。五台山、終南山五台寺、鳳翔法門寺等供養著佛指舍利的寺院，不許制供，不許巡禮。有人送錢，打二十板，寺院里敢收一枚銅錢，同樣打二十板。如果有敢就此勸諫的朝臣，誅身滅族。
依然滯留長安城的圓仁成了一個囚徒：他現在不能回國，也不能出資聖寺。形同囚禁的日常並不能阻止他時刻關注著長安城裡瞬息萬變的風向，作為一個無權無勢的外國僧人，他以記下民間廣泛流傳的「都市傳說」，來表達對皇帝的不滿：會昌四年（844年）八月，唐憲宗皇后郭太后莫名去世。這位老太太在圓仁眼裡信佛法，有道心。每當皇帝要對僧尼下手都會力諫。長安城裡流傳著一條關於郭太后死因的小道消息，圓仁深信不疑地記了下來：文宗的生母、穆宗的皇后蕭氏美貌，武宗繼位之後覬覦這位庶母的美貌，想要納她為妃。郭太后不許。於是武宗拿起不知從哪裡出現的弓，一箭射殺郭太后。
會昌五年（845年）四月初，武宗與李德裕的計畫進行到了關鍵步驟：逼迫宦官交出神策軍軍權。下敕向左右軍中尉索要神策軍軍印。左右軍拒絕交印。皇帝再三下敕，最後說，這是把軍印放在中書門下，由宰相監管，有需要用時由宰相與諸將協商。左軍中尉這才交印，但右軍中尉依然摁住不交。流言在京城流傳，禁閉中的圓仁也聽說了這件事情：右軍中尉上奏說：當年我們迎接軍印，是帶著兵迎接的，現在要交，我們也要帶著兵交。京城裡的好事者眉飛色舞地傳播著這條小道消息，並心領神會地加以解釋：右軍中尉的意思是：如果您真的要奪回軍印，我們就只好兵戎相見了！神策軍中有不少忠誠的佛教徒，圓仁在「囚禁」中聽到這則小道消息，爽快地把武宗的失敗寫進日記：「人君怕，且縱不索。」——由著右軍中尉去了。
苦中作樂的小道消息並不能緩解圓仁的困境。一道又一道嚴苛的敕令不斷下發，為了離開長安城回國，圓仁終於積極奔走起來。