城裡氣氛的變化似乎有跡可循，但針對佛教與僧人，卻從回紇的又一次入侵開始。回紇的國教是摩尼教。因為回紇人幫助平定安史之亂有功，安史之亂後長安城出現許多摩尼教寺院和僧侶。現在，武宗皇帝決定不再容忍。他要去除一切不是源出中國的宗教。會昌二年（842年）三月，回紇軍兵入侵唐境，皇帝下敕殺死長安城裡數百名回紇居民，在州府的回紇人比照處理。會昌三年（843年）四月，回紇滅國，武宗下詔廢除了所有摩尼寺，寺院庄宅、錢物，全部沒收充公。四月中旬，皇帝再次下敕，命令殺死天下摩尼僧。殺摩尼僧的方式卻很詭異：剃髮，套上袈裟，假裝成佛教僧侶的樣子殺掉。
對摩尼教開刀只是皇帝計畫里消滅佛教的一個步驟。在殺死回紇人和摩尼教徒幾乎同時，會昌二年（842年）的三月，李德裕向皇帝奏報，長安城裡的外地客僧太多，應該讓他們回到戶籍地。皇帝立刻下敕，驅逐籍貫不在長安的客僧。圓仁也在此列。幾乎同時，圓仁收到了押衙知巡的公文，城裡保外客僧 一律遣發出寺。
圓仁有些不安，向仇士良求助。仇士良安慰了圓仁，再三表示這次驅逐跟他們沒有關係，讓他們依然住在資聖寺，一切照舊。仇士良的安慰沒有太大效用。五月二十六日，圓仁再次收到查戶口的要求，要他報告從哪國來，什麼時候進城，在城裡資聖寺住了幾年，平時都做點什麼。
到十月，更大規模的打擊隨著一道敕書下發：天下所有僧尼會巫術、練禁氣、有文身，或者在寺院外養有妻小不戒修行的，全部勒令還俗。僧尼的財產田莊，一律收歸國有。如果還俗，則財產田莊依然歸私有，不過要按照兩稅法納稅，服徭役。管理僧尼的兩街功德使向各寺廟發帖：命令長閉寺門，不準放出僧尼。這年晚一些皇帝又一次下敕，規定天下僧尼的數量配額，不準私自削髮剃度。
會昌三年（843年）正月一日，百般不情願的功德使在皇帝的壓力下又向各寺發公文：督促去年十月敕下的僧尼還俗工作。會昌三年正月，左右街沒有像往年一樣擠滿善男信女圍觀高台上和尚們繪聲繪色的俗講。正月里，左街被迫還俗僧尼一千二百三十二人，右街還俗僧尼二千二百五十九人。
作為一個外國客僧，圓仁惴惴不安。好像知道他的心思，月底仇士良召見了青龍寺南天竺僧人，興善寺北天竺僧，各寺新羅、天竺僧人，獅子國（斯里蘭卡）僧人，還有圓仁一行三人，請他們去左神策軍軍容衙院吃茶，又是一番安慰。
圓仁稍稍放下心來。會昌二年（842年），武宗加仇士良觀軍容使，知天下軍事。仇士良位高權重，有他的庇佑，他們至少還是安全的。但時局的變化超過他的想像。會昌三年（843年）六月，仇士良辭官回家。他已經辭官兩次，皇帝卻沒有允許。這一次，皇帝的允許像是他已經做好準備除去仇士良的信號：當日，仇士良曾經的職位立刻被人接替。六月二十三日，仇士良去世，皇帝敕送孝衣。兩天之後，皇帝再次下敕，斬殺仇士良身邊的親信、家人甚至男女奴婢。
目睹了這場殺戮的圓仁對自己的命運產生了懷疑。