萬曆十年十二月十四日，也就是馮保被逐六天後，反攻倒算的號角吹響。有個御史上疏朝廷，公開指控張居正貪濫僭竊，招權樹黨，忘親欺君，蔽主殃民，罪狀共十四條。
此疏一上，輿論嘩然。
這時，二十歲的皇帝剛剛親政半年，當然不會放過樹立權威的機會，便立即硃筆批複，大意是：朕對張居正，可謂虛心委任，寵待甚隆。沒想到他竟不思盡忠報國，反倒怙寵行私，殊負恩眷。然而，姑念其系先帝付託，又有十年輔佐之功，且已過世，故不予追究，以全始終。爾等臣工，則應奉公守法，忠於職守，報效國家，不必追言往事。
皇帝的心思很清楚：張居正肯定有罪，但如果追究起來自己也脫不了干係。可惜這很難兩全。比方說，被打擊迫害的官員們要不要平反？五年前，由於反對奪情，上書之人都被廷杖，有的差點被活活打死，有的落得終身殘疾，還有一位官員的妻子將被打掉的肉腌制收藏，可謂刻骨銘心。
此事不要說當事人，就連旁觀者也要鳴不平。
萬曆只好妥協，要吏部查明奏來。
千里之堤，潰於蟻穴。此例一開，不可收拾，種種往事都被追言。而且兩個月後，也就是萬曆十一年的二月，皇帝自己也對陳年老賬發生興趣，一件舊案重新浮出水面。
故事的梗概大約是這樣的：
萬曆元年正月十九，十一歲的小皇帝早朝出乾清門，突然看見一個宦官模樣的人慌慌張張走過。左右抓住審問，發現那人只是無須男子，自稱名叫王大臣，袖子里還有把刀。
皇帝下旨：拿送東廠究問。
究問是當然的，因為誰都會懷疑有幕後指使，但是交給馮保主管的東廠卻無法讓人放心。實際上，按照流行已久的說法，張居正暗中與馮保合謀，要栽贓高拱，只是由於種種原因沒能得逞。更可笑的是，當左都御史葛守禮、錦衣衛左都督朱希孝和東廠提督馮保三堂會審時，照例要先挨板子的王大臣竟大呼冤枉：原說許我富貴的，為什麼打我？
馮保一聲斷喝：誰是幕後指使？說！
王大臣瞪著眼睛回答：就是你，還問什麼問？
馮保氣急敗壞：那你怎麼說是高閣老？
王大臣答：你教我說的，我又怎麼會認識他老人家？
馮保無奈，只好將王大臣永遠變成啞巴。
此案十分可疑。至少，即便張居正和馮保當真起了陷害高拱的心思，他們也不會把事情做得那麼蠢。事實上，萬曆產生興趣，是因為南京兵部郎中陳希美以此彈劾馮保，理由也並非馮保和張居正栽贓高拱。相反，他直接指控馮保就是王大臣的幕後指使。這當然罪大惡極，皇帝也才傳旨：此事如何這每（么）就了？查原問官與馮保質對。
可惜，這種做法就連張居正的敵人也覺得不靠譜。首輔張四維上奏說：事經十年，罪犯已決，希孝又死。陳希美奏王大臣系馮保潛引，亦無的據。若復加根究，恐駭觀聽。
皇帝也只好置之不問。
這時是萬曆十一年閏二月初二。但到三月初二，皇帝就下旨褫奪了張居正的上柱國和太師贈官。八月初九，又追奪他的文忠公謚號。這就等於向朝野上下公開宣布：張居正已被帝國拋棄，對他的清算也不必再有任何顧慮。
想來在這段時間裡，皇帝恐怕聽了許多讓他不快的檢舉揭發，尤其是張居正回鄉葬父時的作威作福。據說，這個人一路走來擺足了譜，所到之處無不成為重災區。地方官不但要出境迎接並擔任嚮導，見了他還要長跪不起行大禮。
最為誇張的是張居正的步輦。這個由三十二名轎夫驅動的巨無霸，竟然前有客廳，後有卧室，還有小僮兩人。所過州邑之接風宴席更是水陸雜陳，菜品上百，那張居正還百般挑剔，說是沒有可以下筷子的地方，吃不飽飯。
諸如此類的故事應該很多，真實性當然未免可疑。不過張居正威風八面多半確實，而那些細節即便打個對摺也足以讓陛下憤怒。想當年，十二歲的小皇帝要在元宵節那天晚上布置燈會放煙花，張居正都不同意，還嘮嘮叨叨講了一大堆勤儉節約的道理。他自己倒好，食前方丈還嫌不夠！
那些花銷，難道不是民脂民膏？
更讓人氣不過的是態度。討論元宵晚會時，善解人意的馮保提出可以偶一為之，小皇帝也興緻勃勃地說：朕觀一度即與千百觀同。張居正卻毫不讓步，還變本加厲要求皇帝將例行賞賜也免了。他也不想想，這大明是誰的天下！
其實兩天前張居正已經讓陛下掃興。那小皇帝由於寫得一筆好字，曾經多次賜字給大臣，萬曆二年閏十二月十七日又為張居正寫了一幅。換了別人都只會感激皇恩浩蕩，這位師相卻在第二天把皇帝教訓了一頓。張居正說，帝王之學當務其大，陳後主和宋徽宗那樣有才藝的都是亡國之君。所以陛下的字就算直追鍾繇和王羲之，又有什麼好處？
此後，皇帝再也不向群臣炫耀書法。
這日子，簡直就像在少管所。
不過現在，萬曆開始覺得自己可以像個皇帝了，而特權也應該很好地使用。何況他對於張居正的家產，也有著濃厚的興趣。於是，十二年四月初九，抄家的旨意借著一個由頭得以下達，執行人是司禮太監張誠和刑部右侍郎丘橓。
丘橓是個清官。嘉靖末年被罷官出京時，隨身行李只有舊衣一箱，圖書一捆。萬曆十一年被任命為左副都御史，他坐了輛柴車就上路。張居正卻認為他性格孤僻行為乖張。因為丘橓擔任兵科給事中時，湖廣巡撫送了五兩銀子，居然也去舉報，害得那人丟了官。這樣的人，豈能重用？
所以，讓丘橓主持抄家，結果就可想而知。
欽差大臣是五月初三進城的，丘橓甚至還給太夫人送了米肉。兩天後，儘管是端午節，又逢張居正六十冥壽，丘橓還是帶著如狼似虎的錦衣衛官佐，進入早被湖廣巡撫任養心嚴密封鎖的張家大門。事實上他已經打過招呼，這回就是要讓張家子弟身無立錐之地，而且一錐都不能有。
後面的故事慘不忍睹，清官下手也比貪官還狠，更何況丘橓還預設了二百萬兩銀子的抄家指標。這當然根本就完不成任務，便只好刑訊逼供，掘地三尺。最後，張居正的長子張敬修被逼自盡，留下遺書指名道姓對丘橓等人說：你也有父母妻子之念，何忍陷人如此酷烈？
這樣一來，很多人都看不下去了。
實際上，早在抄家令頒布之時，就有許多官員挺身而出表示反對，其中竟不乏當年被張居正排擠的人。這種正義感誰都不能忽略，物傷其類更是人之常情。因此在首輔申時行等人的勸說下，萬曆總算高抬貴手，給張居正的老母親留下生活所需，但對抄沒的張家財產毫不放鬆。他甚至不厭其煩地詳細交代處理方式，連門前的石獸和牌坊都不放過。
最後的結論是：張居正污衊親藩，侵奪王墳府第，鉗制言官，蔽塞朕聰，專權亂政，罔上負恩，謀國不忠。念效勞有年，免於開棺戮屍云云。這是萬曆十二年八月十三日皇帝的批示，裡面看不到哪怕一丁點君臣師生之情。
一代名臣，竟以免於開棺而蓋棺。
全面評價張居正是一件困難的事，因為不少記錄者帶著自己的主觀偏見，以至於史實的真偽都難以鑒別，學術界對此也眾說紛紜。唯一可以肯定的是，作為教育者，張居正是失敗的。他殫精竭慮，嚴防死守，生怕稍有閃失，真心誠意希望陛下成為堯舜之君，結果卻是適得其反。那個孩子在被扼殺了所有童趣之後，連起碼的同情心也都沒有了。
這是一個悲劇。