與張居正結盟的叫馮保。
馮保在太監當中是個異類，不但知書達理，還寫得一筆好字，曾經在《清明上河圖》上題跋。明代宦官機構，權力最大的是司禮監。司禮監的長官是掌印太監，相當於內閣的首輔；次為秉筆太監兼掌東廠，相當於次輔。隆慶初的馮保就是這樣的二號人物，他當然還想做老大。
高拱卻跟馮保過不去。在司禮監掌印太監出缺時，先後兩次安排了別人。這就逼得馮保與張居正勾結。張居正為了對付高拱，也不顧士大夫的體面，跟馮保拜為兄弟。這種事很為讀書人不齒，高拱當然不屑。可惜皇帝信任馮保，高拱舉薦的頭號太監又來自尚膳監，除了做飯，不會別的。
所以，如果要搞陰謀，高拱不是對手。
何況張居正反應靈敏，早就看出皇帝病入膏肓，也早就寫好了文件交給馮保。於是，五月二十五日隆慶病重，馮保就宣讀了皇帝的遺詔。第一條是對太子的：朕不行了，皇帝你做。第二條的內容，則是要內閣三大臣與司禮監共同輔佐新君。念完之後，在場的人都號啕大哭。
次日，隆慶駕崩。
這件事有些奇怪，因為從來沒有宦官受顧命的。更奇怪的是，皇帝死後又有遺詔：著馮保掌司禮監印。但，遺詔是當眾宣布的。要司禮監同受顧命，更是隆慶的意思，因為他本人也在場，還抓著高拱的手說：以天下累先生，事與馮保商榷而行。這就顯然不能說是馮保和張居正矯詔。
吃了暗虧的高拱決定發起進攻。
他心中策劃的第一步，是奏請新皇帝將司禮監的權力交還內閣。只要權歸內閣，對付馮保就易如反掌。不過，這份奏摺必須由輔臣聯名，所以又讓心腹去知會張居正。張居正滿口答應，還笑著說：這不就是扔掉只死老鼠嗎？
六月十日，奏摺送達御前。
這天是新皇帝登基的日子。高拱匆忙上奏，其心急火燎可想而知。然而這時的萬歲爺，也就是後來被稱為萬曆皇帝的朱翊鈞只有十歲，當家做主的其實是兩個人——他的嫡母陳皇后和生母李貴妃，也許再加司禮監掌印馮保。
萬曆跟他兩位母親的關係都很好。他當太子時，陳皇后由於生病住在別宮。他就每天早上都跟隨生母去請安，嫡母也只要聽見太子的腳步聲就高興。皇后拿起經書考問，太子則無不朗聲作答，後宮裡竟是充滿歡樂的氣氛。
想當時，被萬曆稱為「大伴」的馮保或許在場。
馮保當然也是皇后和貴妃信任的人，李貴妃甚至通過他與張居正結盟，條件是讓她與皇后並尊。這個要求後來得到了實現：陳皇后尊為仁聖皇太后，她為慈聖皇太后，看不出多少區別。不過這是後話。現在他們要做的，是齊心協力去對付高拱。只有扳倒高拱，三個人才都能如願以償。
那就立即行動起來。
六月十四日，宮中傳話令內閣、五府和六部皆至。高拱認為自己的奏摺起作用了，興高采烈帶領群臣前往。他甚至交代張居正：如果有問題，就由我來回答。我說不通，你再接著來，無論如何也要把這件事給辦成了。
張居正哼哼哈哈，不置可否。
於是，一行人來到會極門，宣詔太監卻已捧著聖旨走了出來。待群臣跪下，太監便說：張老先生接旨！
這話讓高拱心裡咯噔了一下。他是首輔，應該說「高老先生接旨」才對啊！那個太監卻不管高拱怎麼想，只管展開文書照本宣科：今有大學士高拱專權擅政，把朝廷威福都強奪自專，通不許皇帝主管。不知他要何為？我母子三人驚懼不寧。高拱便著回籍閑住，不許停留！
會極門外，鴉雀無聲。
高拱如遭雷擊，半天說不出話來，也無法辯駁。因為這是以皇后懿旨、皇貴妃令旨和皇帝聖旨名義發布的，等於是終審判決。何況兩宮和皇帝還訓斥了群臣：你們大臣受國家厚恩，當思竭忠報主，如何只阿附權臣，蔑視幼主？今後都要洗心滌慮，用心辦事。如再有這等的，處以典刑！
那麼，還有誰敢幫高拱求情呢？
只有跪在旁邊的張居正，將面如死灰汗流浹背全身癱軟的前首輔扶了起來，又讓兩個小官架走。實際上，這迅雷不及掩耳的攻擊，正是他和馮保的傑作。當然，他們也是被逼出來的。兩天前，高拱已經草擬了皇帝的批文，又發動言官彈劾馮保，還故意將副本在內閣公布。罪名之嚴重，是馮保目中無君，竟敢在新皇帝即位時站在御座之上。
馮保魂飛魄散，張居正卻要他將計就計。
計策很快就有了。隆慶駕崩後，高拱曾失聲痛哭：十歲的太子，如何治天下？這原本是憂國之言，馮保在宮中轉述時卻變成了：十歲的孩子，怎麼能做人主？這話不但讓皇后和貴妃大吃一驚，就連那小皇帝也勃然變色。
結果，便有了母子三人的聯署下旨。
張居正卻還要惺惺作態，與另一位閣臣聯名上書，懇請兩宮和皇帝收回成命，甚至表示願意與高拱同進退。這當然不會被批准，反倒被警告不得官官相護，有負國家。張居正又向高拱表示，要為他申請驛站交通的特權。高拱聽了一聲冷笑：閣老就不怕再來「護黨負國」的訓斥嗎？
他們兩人，已經回不到從前。
心高氣傲的高拱，第二天就坐了輛驢車出宣武門，途中竟然被錦衣衛的緹騎輪番追趕。這樣狼狽不堪地走到良鄉真空寺，張居正申請的驛站交通批文也到了。高拱仍然耿耿於懷，用河南家鄉話說：這個人真是又做師婆又做鬼！
平心而論，這件事張居正做得還是真心實意，哪怕只是出於內疚。高拱也接受了安排，改乘驛車回家鄉。萬曆六年張居正回江陵葬父路過新鄭，兩人見面，又老又病的高拱竟放聲大哭。當年七月二日，高拱在家中去世，留下《病榻遺言》四卷，從自己的角度回顧了那段歷史。此書在後世廣為流傳，重塑了張居正的形象，也留下許多疑團。
當然，這些都是後話。
高拱出京後，另一位同僚驚恐而死，張居正成了唯一的閣臣。六月十九日，皇帝在雲門台單獨召見了他。當時他正因為覆視先帝陵墓中暑生病，在家休息。清晨接到聖旨立即匆忙趕來，陛下卻已經在寶座上等他。
張居正照例向皇帝行禮。
小皇帝說：先生為父皇寢陵，辛苦受熱。
張居正趕緊叩首謝恩。
小皇帝說：凡事要先生盡心輔佐。
張居正說：臣叨受先帝厚恩，親承顧命，敢不竭力盡忠以圖報稱。方今國家要務，唯在遵守祖制，不必紛更。至於講學親賢，愛民節用，又君道所先，乞聖明留意。
小皇帝說：先生說的是。
張居正說：天氣盛暑，望皇上保養聖躬。
小皇帝說：知道了。
又吩咐身邊太監：與先生酒飯喫（吃）！
兩個人都沒有再說，許多話盡在不言中。小皇帝很清楚自己治不了國，必須依靠這位四十八歲的閣臣。張居正同樣明白，幼主獨相的機會千載難逢，應該趁機大展宏圖。什麼海瑞，什麼高拱，甚至徐階，都可以揮手告別。
張居正的時代開始了。