海瑞新職務的全稱，是右僉都御史總督糧儲提督軍務兼巡撫應天十府。這一長串頭銜中，只有最前面的僉都御史是本職，正四品。後面的都是任務不是職務，包括巡撫。巡撫二字本是動詞，意思是巡察撫慰。正如總督的本義，是總理督察。到清代，動詞變名詞，總督和巡撫才成為職務。
但不管怎麼說，巡撫是有實權的。
在海瑞那裡吃了啞巴虧的胡宗憲，就是浙江巡撫。
海瑞巡撫的地方也非同一般。首先是南京應天府，然後有鎮江府、常州府、蘇州府和松江府等等，非富即貴。何況他還兼理浙江省杭州、嘉興和湖州三府的稅糧。任務之重和權力之大，在他一生中可謂登峰造極。
海瑞也摩拳擦掌，準備大幹一場。
舉措則有大有小。
小的是整頓風氣。海瑞下車伊始，就頒布他的《督撫條約》三十六條。這些規定具體而細緻，比如巡撫出巡，當地官員不得出城迎接，更不得設宴招待。工作餐可以有雞魚肉各一樣，但不得供應鵝和黃酒。境內的公文，一律使用廉價紙張，後面也禁止留有空白。忠靖凌雲巾和宛紅撒金紙之類奢侈品，斗糖斗纏之類零嘴甜食，大定勝餅桌席之類有鋪張浪費嫌疑的習俗，也在嚴查之列，必須不見蹤影。
憲令一出，官民人等無不愕然。應天十府官員紛紛請求改調他處，有的甚至自動離職。縉紳之家則把朱漆大門改成黑色，弄得蘇州城裡好像都在操辦喪事。就連江南織造太監也夾起了尾巴，把自己的轎夫由八人減至四人。
廉政風暴，就這樣掀起。
海瑞卻還要打大老虎。
大老虎就是地方豪強，主要由鄉紳構成。鄉紳包括退休官員和有文化的地主，往往同時也是宗族長老。其中，心地善良作風正派的，可以幫助官府維持治安，敦風化俗；怙惡不悛為富不仁者，則包攬訟詞，武斷鄉曲，魚肉百姓，成為地道的土豪劣紳。而後者最大的問題，是通過巧取豪奪大量佔有土地，同時又依仗特權拒不按照實際田畝繳納糧稅。
結果，耕者無其田，而稅收無由出。
海瑞當然不能坐視不管。
隆慶三年十二月，也就是接任巡撫半年後，海瑞巡視了轄區內的松江府。松江現在屬於上海，當時則與常州和蘇州同為帝國財政的主要來源地，也是官僚權貴的集中點，豪門巨富數不勝數，土地兼并的問題也最為嚴重，以至於到巡撫大人行台提出控訴的農民，竟達近萬人之多。
更麻煩的是，最大的老虎是徐階。
徐階是松江府華亭縣人。由於數代沒有分家，因此家族成員多達數千。佔有土地的數字也很嚇人，數十萬畝。這就很難說是他的家人誠實勞動所得，理應退還原主。海瑞既然在他的《督撫條約》中宣稱，本院執法一視同仁，退田運動也不管對方是閣老還是尚書，當然不能對徐階破例。
這時徐階已經退休，也很給海瑞面子，不但退田，還造冊呈上。海瑞看了卻哭笑不得，因為徐階只是象徵性地退了些許，很明顯地是想敷衍了事，矇混過關。
那麼，又該如之何呢？
海瑞多少有些糾結。他倒不畏權貴，徐階卻對他有救命之恩。徐階在嘉靖怒不可遏時密奏說：海瑞之言的狂悖眾所周知，動機則無非沽名釣譽，所以殺他反倒是成全。更何況他敢於直言，是因為知道陛下聖明。聖度如天如地，自然也無所不容。唯其能容所難容者，才足見所容之大。
嘉靖這才打消要殺海瑞的念頭。
徐階的話並不好聽，但是管用，而且「主聖則臣直」也實際上肯定了海瑞，只不過要先拍嘉靖的馬屁，非如此不能將其從那暴君的虎口中救出。不難想像，當時徐階如果煽風點火添油加醋，十個海瑞也得粉身碎骨。
海瑞不能以怨報德。
然而對於此事，海瑞有自己的看法。他認為，君子愛人以德，最好的方式就是幫助他改正錯誤，挽回影響。事實上只要民田一退，民憤便可平息，閑言碎語也可以消彌。因此海瑞給徐階寫信：最近查閱退田名冊，更加感到閣老的盛德出人意表。可惜退數不多，希望再加清理為幸。
徐階的回應，卻是托首輔李春芳寫信疏通。
海瑞依然苦口婆心。他回信說，存翁（徐階號存齋）為小人蒙蔽，產業之多，令人駭異。如今民風刁險，退田如不過半，只怕對他自己不利。何況以區區半產，換來百年之後的安寧，豈不划算，何必要因小失大呢？
顯然，海瑞是想維護徐階的，只是不肯犧牲原則。或許在他看來，堅持原則才是最好的維護。想想也是，徐階既然號稱名相，難道願意背著「為富不仁」的千古罵名？
據說，徐階勉強接受了海瑞帶有強迫性的要求，但海瑞也把文官集團得罪了個乾淨。要知道，明不是宋。宋代文官的待遇極高，也能與皇帝共治天下，所以王安石他們才會以天下為己任。明的天下卻是朱家的，官員的俸祿也低。如果沒有額外的好處，除了海瑞，誰又肯來做這賠本生意？
海瑞，卻眼看就要斷了大家的財路。
是可忍孰不可忍。對海瑞的彈劾幾乎與他在任上的改革同步進行，而且同樣出手極重，攻勢凌厲。給事中舒化的奏章還算客氣，說海瑞早年以風節稱著，不失鯁直之臣，但政令乖謬，恐非人情。戴鳳翔的攻擊就要猛烈得多，指控海瑞包庇奸民，魚肉縉紳，沽名亂政。這三頂帽子扣下來，如果不是因為海瑞清廉到無可挑剔，簡直就要算顛覆罪了。
朝廷的態度十分審慎。隆慶四年正月十四日，內閣傳達皇帝批複：海瑞節用愛人，勤政任怨，留撫地方如故。但到二月二十五日，就下令海瑞以原官總督南京糧儲，改派他人巡撫應天十府了。消息傳出，境內民眾號哭於道。這些卑微的小民當然回天無力，只好將他的畫像供在家裡。
然而就在海瑞等待交接的時候，朝廷又突然宣布南京本有戶部，因此總督南京糧儲一職其實多餘，應予裁革。這就明擺著是要讓海瑞沒有著落了。於是海瑞憤而辭官，自己跑回海南老家，而且一去就是十五年。
當然，海瑞也並沒有就這樣一走了之。他給內閣大臣寫了封辯駁信，滿腔悲憤地說：人情世態，天下事亦止是如此而已矣，能有成乎？母子天性，熙熙山林，舍此不為而日與群小較量是非，萬求一濟，何益！何益！
海瑞真是傷心透了。
廉政風暴卻就此煙消雲散。官場恢複平靜，或者說繼續死氣沉沉，儘管也依然暗流涌動。只有海瑞，戲劇性地退出舞台，站在聚光燈下僅僅八九個月。想當初，朝野上下都把他視為英雄，為他的直言不諱擊節叫好。現在，貧苦無告的小民更加崇敬這位罕見的清官，內閣卻看他如怪物，恨不得帝國官員的行列中從來沒有出現過那個名字。
這可真是悲莫大焉。
但，為什麼呢？