嘉靖四十五年二月初一，海瑞下獄。
當時的海瑞職任戶部雲南司主事，官階正六品。這樣的事務官在京師可謂多如牛毛，海瑞卻有些特別——他並沒有考中過進士，之前的官職則只是正七品的知縣。因此照理說原本只能在邊遠貧窮的小縣調來調去，哪裡能夠成為京官還進了戶部？而且算起來還可以說是升了兩級。
原因就更奇怪，居然是他敢於頂撞上司。
被海瑞頂撞過的上司不在少數，其中最有名的是胡宗憲和鄢懋卿。胡宗憲在嘉靖三十三年出任抗倭總督，三十六年兼任浙江巡撫，而海瑞在次年到浙江淳安縣做知縣，正好是胡宗憲下級的下級，中間隔著嚴州的知府。
可以說，胡宗憲是海瑞最不能得罪的。
何況，這位封疆大吏還官風凌厲，氣勢逼人，境內官民無不凜然畏懼。海瑞卻不管三七二十一。某一天，胡宗憲的兒子路過淳安縣，耀武揚威，頤指氣使，對驛站的款待百般挑剔，還把驛丞倒吊起來。海瑞也毫不客氣，立即下令將其拘捕，胡公子隨身攜帶的數千兩銀子也沒收充公。
抓了人以後，海瑞一本正經地派人快馬加鞭給胡宗憲呈上一份公文，聲稱久聞總督大人節望清高，愛民如子而教子甚嚴。所以此人必系假冒，其隨身所攜也必系贓銀。胡宗憲當然知道是怎麼回事，卻只好自認倒霉，不了了之。
用同樣的辦法，海瑞又對付了鄢懋卿。
嘉靖三十九年三月，鄢懋卿以左副都御史的身份，奉旨巡視浙江等地鹽務。依明代制度，中央政府的最高監察機關是都察院。長官叫都御史，正二品，又叫總憲。副長官叫副都御史，正三品，又叫副憲。副憲原本位高權重，又是欽差大臣，請問有誰敢惹這個傢伙？拍馬屁都唯恐不及。
當然，身為監察官員，鄢懋卿也要做官樣文章，便裝模作樣明發通令，聲稱本院素性簡樸，不喜逢迎，因此凡飲食供帳俱宜簡樸為尚，毋得過為華奢，靡費里甲。地方官接到憲牌無不會心一笑，很少有人把這些話當真。
海瑞卻在鄢懋卿將到未到之際，規規矩矩地上了一個寫著「嚴州府淳安縣知縣海瑞謹稟」字樣的稟帖。稟帖先是照錄鄢懋卿的通令原文，接著又說據悉欽差大人所到之處，接待逢迎與憲牌所言完全兩樣。每桌酒席耗銀三四百兩，小便器也要用銀子打造，廁所里都掛著綾羅綢緞，等等。
接下來海瑞表示，自己完全被弄糊塗了，真不知該如何是好：欲從憲牌，則懼招尤；欲從傳聞，則恐違憲意。因此懇請大人明示，到底怎樣做才對。鄢懋卿看了稟帖，一肚子火氣發作不得，只好不過嚴州，繞道而去。
這可真是有理有力有節，堪稱敢於鬥爭，善於鬥爭。
鄢懋卿當然不會善罷甘休，事實上他也想方設法實施了打擊報復。只不過海瑞潔白無瑕，並無差錯，鄢懋卿的後台老板嚴嵩卻轟然倒台。中國古代官場歷來就是以人劃線選邊站隊的。嚴嵩和鄢懋卿既然被確定為奸賊，反對他們的也就一律都是好官，何況海瑞還是以卑微之職對抗令人談虎色變的權臣。這樣的英雄如果不能加以表彰，委以重任，不但是帝國的奇恥大辱，更是吏部的嚴重失職。
於是，嚴世蕃被捕下獄一個月前，海瑞陞官。
戶部主事是一個不大不小、不上不下的職位，甚至不必每日到部辦公，主要任務是積累做官的資歷。海瑞卻是認真負責的人。沒有小事可做，也就只好去琢磨大事，而帝國的現狀又實在堪憂。深思熟慮之後，他那份著名的《直言天下第一事疏》便擺在了皇帝的御案之上。
這時嚴世蕃已經死了七個月，內閣首輔早是徐階。然而朝政依舊糜爛，風氣也依舊腐朽，到處都是馬屁精，說真話的鳳毛麟角。海瑞認為，根本原因是朝野上下對皇帝都已經失去信心，個個離心離德。用他的原話說就是：
天下之人不直陛下久矣！
那麼，信任危機因何而起？
當然是因為嘉靖太不像話。二十多年不上朝，反倒任意懷疑甚至屠殺臣僚，這是不君；聽信術士讒言，跟親生兒子面都不見，這是不父；與皇后分居，躲在西苑煉仙丹，這是不夫。三綱五常，居然一綱都談不上，說得過去嗎？
上樑不正下樑歪。原本應該成為道德楷模的皇帝竟昏聵多疑，剛愎殘忍，自私虛榮，就只能造成「吏貪官橫，民不聊生，水旱無時，盜賊滋熾」的局面。難怪老百姓要說嘉靖這個年號的意思，就是「家家皆凈」了！
啊！直接打臉啊？
這樣的奏疏皇帝從未見過，也不會有人見過，便是出於好奇也會把它看完，但看完之後的震怒也可想而知。據說他當場就把奏摺摔在地下，氣急敗壞地狂喊：來人啦！馬上把這傢伙抓起來，不要讓他跑了！
站在旁邊的宦官黃錦卻不緊不慢地說：陛下放心！此人素有痴名，早已買好棺材，與家人訣別，不會逃跑的。
嘉靖聽罷，一聲長嘆，又撿起奏本一讀再讀。
黃錦所說半真半假。上疏之後，海瑞確實拿了二十兩銀子請一位同鄉安排後事，然後從容不迫地赴朝房待罪。別人都替他擔心，他卻神情自若，談笑風生，批評朝中大臣有如甘草。不過，當時海瑞的家眷在海南，訣別家人云雲多半是道聽途說，甚至是黃錦變相地替他求情。事實上海瑞的直言不諱讓許多人肅然起敬，以至於朝野轟動，舉世矚目，上自九重，下及薄海，內外無不知有所謂海主事者。
現在輪到皇帝糾結了。
嘉靖很清楚，海瑞所言句句是實，只是從來沒有人敢在他面前說過一星半點。因此震怒之餘竟有些感動，覺得真正的忠臣就該如此。何況海瑞對他的天賦並不懷疑，反倒認為在漢文帝之上，只要幡然悔悟便可盡洗積弊，直追堯舜。
這番話說得嘉靖心潮澎湃，差點就要全盤接受。但他又對首輔徐階表示，自己老邁年高身體不好，因此就算想改也無能為力。實際上皇帝最為糾結的是，如果同意海瑞，就得承認自己既是昏君，又是暴君。這當然萬萬不可，他也只能不斷地自言自語：此人算得上比干，朕卻不是殷紂王。
海瑞的奏疏，也一放就是數月。
到了次年二月，越想越氣的皇帝終於下令，將海瑞關進詔獄，後來又移到刑部的牢房。但是，儘管嘉靖曾經批准過許多人的死刑，對海瑞的處理卻一直沒有明確表態。如此又過了十一個月，這個當了四十五年皇帝的人終於死去。在徐階代為起草的遺詔中，他幾乎承認了自己所有的錯誤。
海瑞是在牢房裡得到消息的。當時，他看見監獄負責人端來酒肴盛情款待，以為死刑在即，便坦然進食。但當對方告訴他萬歲爺已經駕崩，並祝賀他出獄有望時，海瑞卻放聲號哭，繼之以嘔吐，最後暈倒在地。
出獄後的海瑞理所當然地成為英雄，同時也成為帝國的麻煩。內閣和吏部都認為，對於海瑞最好的安排是讓他擔任品級較高而實權較小的職務，因為他的精神固然可嘉，做法卻不可效法，也不宜提倡。然而海瑞卻不領情。升到正四品的南京通政使司右通政後，他給新皇帝上了一份奏摺，宣稱像他這樣連閑飯都吃不好的官員，其實應予革退。
朝廷無奈，只好給他實權。
結果，中央和地方都雞飛狗跳。