朱棣最想殺的，當然是齊泰和黃子澄。
這件事很容易地就辦成了。畢竟，他們是朱棣起兵以後始終口口聲聲要殺的所謂奸臣。因此通緝令一下，很快就被捉拿歸案，也不會有人膽敢營救。結果齊泰被殺，還牽連到族人。只有六歲的兒子幸免於難，發配為奴。
黃子澄則被帶到御前審問。這位削藩的「首惡」絲毫都不後悔自己的所作所為，甚至毫不客氣地對朱棣說：殿下向來悖謬，不可為訓，只怕子孫後代有跟著殿下學壞的。
朱棣惱羞成怒，下令將黃子澄的家人和親戚全部帶過來讓他們號哭，然後要黃子澄寫下自己的罪狀。
黃子澄寫道：罪在削燕太晚，以致成此兇殘。
朱棣怒不可遏，下令砍去黃子澄雙手。
接著，又砍去雙腳。
最後，他被肢解。
黃子澄求仁得仁，死而無憾。
兵部尚書鐵鉉（讀如絢）也一樣。
鐵鉉是朱棣的勁敵。建文二年燕王攻濟南，守將便正是此人，結果圍攻三月不下。朱棣無奈，下令引水灌城。鐵鉉卻讓守城士兵晝夜哭泣：我們就要像魚一樣死了。又讓百姓出城說：誰不是高皇帝兒子？誰不是高皇帝臣民？如果大王退兵十里單騎入城，臣等敢不簞食壺漿以迎王師！
燕王信以為真，果然單刀赴會。
結果呢？剛剛走上弔橋，鐵板就從天而降。
死裡逃生的燕王下令炮轟濟南城，鐵鉉卻在城樓上豎起太祖高皇帝的牌位，害得朱棣攻也不是，不攻也不是。最後還是姚廣孝把他勸回北平，鐵鉉則被任命為兵部尚書。
這一箭之仇，豈能不報？
何況此人還死不改悔。
實際上鐵鉉被帶到朝堂後，就自始至終背對朱棣，口中更是罵聲不絕。朱棣下令割掉他的耳朵，鐵鉉不回頭。割掉鼻子，依然故我。氣急敗壞之下，朱棣喪心病狂地命令將那些割下的肉燒烤以後塞進鐵鉉嘴裡，問他好不好吃。
鐵鉉答：忠臣孝子的肉，當然好吃。
朱棣暴跳如雷，大喝一聲：剮！
結果，劊子手剮一刀，鐵鉉罵十句。
這時朱棣簡直就要氣瘋了，下令將鐵鉉扔進油鍋。然而進了油鍋，屍體也不面對御座。朱棣盛怒，又讓宦官將屍體撈出朝北跪下，冷笑一聲說：看你朝不朝朕！
誰知話音剛落，鐵鉉身上的沸油突然四濺，宦官們紛紛奪路而逃。回頭再看，那屍體依然背對朱棣。
朱棣目瞪口呆，只好下令安葬。
殺鐵鉉，就像打了一場惡仗。
另一個人，則更讓朱棣為難。
這個人叫方孝孺。
方孝孺是當時著名的文化人和建文帝的顧問，出的主意其實比齊泰和黃子澄還多。建文三年，他替皇帝寫了一封信給朱棣的世子朱高熾，許以燕地王爵策動他背叛父王，同時派間諜馳報燕王稱世子謀反。朱棣將信將疑之際，來信卻被朱高熾原封不動送到行營。燕王馬上明白這是離間計，火冒三丈地說：混賬王八蛋！差點誤殺我兒！
這樣的人當然會在黑名單上，而且名列前茅。 序是黃子澄、齊泰、陳迪、方孝孺，《明史·成祖本紀一》的排序是齊泰、黃子澄、方孝孺。">
朱棣卻不想殺他，也不能殺。
不殺有很多原因。當年朱棣兵出燕山，姚廣孝送行到北平郊外，突然跪下來說：臣有一事相求。
燕王說：請講！
姚廣孝說：南方有個人名叫方孝孺，博學多才，在士人當中威望極高。主公事成之後，他一定不肯投降，請千萬不要殺他。殺了他，臣擔心從此就沒有「讀書種子」了。
燕王滿口答應。
不過，朱棣不想殺方孝孺，還因為要他做事。當時群臣異口同聲：起草即位詔書非此人不可。朱棣只好將他從獄中放出，客客氣氣地請到朝堂，擺出禮賢下士的樣子。
沒想到，方孝孺卻披麻戴孝，進來就放聲大哭。
朱棣當然知道這是為了建文帝。
於是他說：先生節哀，我也是仿效周公輔佐成王。
方孝孺問：成王在哪裡？
朱棣回答：他自己燒死了。
方孝孺問：為什麼不立他兒子？
朱棣回答：國賴長君。
方孝孺問：為什麼不立他弟弟？
朱棣回答：這是朕的家務。
然後，永樂皇帝走下御榻，放下身段柔聲說：昭告天下的文書非先生起草不可，請先生不要把自己弄得太苦。
左右也及時地遞來紙筆。
方孝孺卻把筆扔了，還邊哭邊罵。
朱棣問他：你不怕死？
方孝孺答：死就死，詔不可草。
朱棣又問：難道不怕株連九族？
方孝孺答：即便十族又如何！
朱棣忍無可忍，方孝孺果然被誅十族。
十族，就是九族再加上學生。
這是不折不扣的大屠殺，死者共計八百七十三人。更為殘忍的是，每個人死前都被帶到方孝孺面前，然後當著眾人也當著他的面處死，最後才輪到他本人。
永樂皇帝簡直就是蛇蠍心腸，禽獸不如。
可惜，方孝孺恐怕也是混蛋。
沒錯，此人確實有氣節，堪稱鐵骨錚錚，這也是他備受推崇的原因。問題在於，堅持氣節只能是個人的事情，不能要求家人和學生去送命。鐵鉉就沒有這樣做，他的兩個女兒後來還被嫁到良善人家，儘管曾經一度發配娼門。
朱棣其實並未天良喪盡。
方孝孺卻鐵石心腸。八百七十多人死在他面前，居然能無動於衷，直到弟弟被殺時才流下眼淚。即便如此，也絲毫都不反省這是「便十族奈我何」那句話引起的。真不知道他有什麼權利那樣說，難道這些人命都是你方孝孺的？如此將他人生命不當回事，跟朱棣之流又有什麼本質區別？
那麼請問，當時他該怎樣回答？
自稱周公的，也不會誅人九族。
想當年，陳宮就是這樣回答曹操的，結果自己全節家人全身。方孝孺卻只有學問並無智慧，南京政府昏招迭出便多半要拜這位氣節先生所賜。這不奇怪。程朱理學之後，中國的讀書人要麼虛偽，要麼迂闊，甚至腦子裡面全是糨糊。
正直而智慧者，鳳毛麟角。
不過在崇尚「以德治國」的社會裡，有氣節總歸是受人敬重的。因此不但方孝孺的故事廣為流傳，另一些忠臣孝子的事迹也被傳得神乎其神。比如監察官員景清，因試圖刺殺朱棣而被活剝人皮，然後皮中塞草掛在長安門。結果有一天永樂皇帝路過門下，那草人居然掙斷繩索撲了過來。
這當然靠不住，就連鐵鉉的故事也多半是虛構。
但不管怎麼說，諸如此類的流言傳得沸沸揚揚，便至少說明人心不服，朱棣也不得不承受巨大的心理壓力。據說他甚至夢見景清提劍繞床而行，醒來後竟是一身冷汗。
於是他認為，南京這地方是住不得了。