南京政府昏招迭出。
不能說建文帝沒有頭腦，更不能說他沒有預感。據未必可靠的史料稱，冊封皇太孫之後，朱元璋曾自鳴得意地對他孫子說：朕安排已定。諸王駐守邊疆，邊境可保無事，你就高枕無憂踏踏實實地做個太平皇帝好了。
朱允炆卻問：外敵入侵有諸王，諸王發難又靠誰？
太祖高皇帝竟無言以對。
看來，那時他並不認為這種事情會發生。
沉默良久，朱元璋反問：你說呢？
朱允炆答：以仁德感化，以禮儀制約，感化制約不了就削減封地，削藩不成就廢爵，實在不行就出兵。
高皇帝說：也只能如此。
可惜這是典型的紙上談兵，沙盤推演都沒有。因此事到臨頭，建文帝和他的臣僚並不知道計將安出。最為迂腐可笑的是，與朱棣一口咬定自己受奸臣迫害，兵出燕山屬於正當防衛相反，他們就連如何定義這場戰爭都要爭論不休。最後還是齊泰一錘定音：明其為賊，敵乃可克！
建文帝這才下詔，稱朱棣「義不容赦」云云。
然而四個月後，齊泰和黃子澄就被罷官。直接原因當然是南京政府討伐「反賊」的大軍被打得一敗塗地，燕王語氣強硬地要求立即處死奸臣。皇帝不能照辦也不能不辦，只好將齊泰和黃子澄藏起來，再用罷官的說法去忽悠燕王。
這可真是聰明反被聰明誤。請問，齊泰和黃子澄到底是不是奸臣，燕王又是不是反賊？如果燕王是反賊，就該駁回妄言將其剿滅。如果齊泰和黃子澄是奸臣，則應該捉拿歸案就地正法。現在的做法兩頭不靠，算是哪一出？
何況「清君側」不過借口。處分齊泰和黃子澄，這借口就等於被坐實。更何況明貶暗藏，天下人能不知道？結果是除了讓燕王恥笑，將士寒心，不會有什麼別的效益。
問題是這種蠢事不止幹了一回。建文三年，正月時東昌告捷，齊泰和黃子澄官復原職；三月份兵敗大名，那兩個人又被貶斥。如此首鼠兩端，只能說明建文帝既無定力，也無主見，還沒有擔當，只能讓燕王看不起。
所以，朝廷以後再派使節，便只有受辱的份。
比如最高法院副院長薛岩。
薛岩是在齊泰和黃子澄再次罷官時出使燕營的，燕王則在之前對此表示了有條件的滿意。於是朝廷便以為有了可以討價還價的機會，開出的條件則是恢複朱棣王爵，也不追究他和將士們的戰爭責任，只是以後不得干預朝政。
與此同時，他們又擬定了天子密詔印在黃紙上，讓薛岩將這些傳單在燕營秘密散發，以動搖軍心。
燕王看了公文，問薛岩：皇上怎麼說？
薛岩答：殿下早上解甲，朝廷晚上就撤兵。
燕王一聲冷笑：這不是哄小孩子嗎？
薛岩嚇了一跳。
燕王又說：我這裡有大丈夫！
眾將士齊聲吶喊：殺了他！
薛岩屁滾尿流。
燕王卻說：薛岩是天使不是奸臣，隨本王閱兵吧！
這其實是耀武揚威，薛岩也看得心驚肉跳。
那些黃色的紙，當然根本不敢拿出來。
回到南京，更滿嘴都是燕王的好話。
這是建文三年四月的事。到四年六月，談判代表就升級為朱棣的堂姐慶城郡主，條件也變成了劃江而治。
燕王卻不吃那一套。
他問：周王和齊王在哪裡？
郡主如實回答：周王尚未復爵，齊王仍然軟禁。
燕王一眼看穿南京政府沒有半點誠意。是啊，如果當真想要和平，周王和齊王就是最好的談判代表。至少，也應該改善二王的現狀做做樣子，他們卻連樣子都不肯做。
割地求和，也是這樣求的？
呵呵！這可真只能「呵呵」了。
不過，燕王心裡冷笑，話卻是另外一套。他流著眼淚對堂姐說：弟弟不想要地。皇考賜的地尚且保不住，哪裡還敢想什麼劃江而治？弟弟只想諸王複位，只想殺奸臣。請姐姐替我轉告，如果上天保佑，兄弟姐妹們見面不晚了。
哈哈，這其實是最後通牒。
談判代表則繼續升級，變成諸王。
傳達的內容，則還是前面那一套。
燕王一看又沒有周王，臉色馬上就變了。何況諸王都是他的弟弟，也就毫不客氣：剛才那些話是奸臣教的吧？
諸王哭喪著臉回答：皇兄明察秋毫。
什麼事情都沒辦成的諸王被禮送回京，建文帝計無可出，只能以淚洗面。齊泰和黃子澄外出搬兵並無結果，秘密送往全國各地的詔書也如泥牛入海，喪鐘卻悄然響起。
皇帝終於發現自己成了孤家寡人。
事實上在那個悶熱的夏天，背叛成為主題，就連建文帝最信任的谷王朱橞（讀如惠）和大將李景隆也不例外。朱橞是諸王中最早舉報北平有變的，後面那位則是秘密逮捕周王的執行人，以及討伐燕王的前線總指揮。然而六月十三日那天燕王兵臨南京城下，打開金川門的就是他們兩個。
兵不血刃進入帝都的燕王立即派出騎兵千餘，尋找周王和齊王。據說，周王看見鐵騎賓士嚇得魂飛魄散，得知是派來救他的才破涕為笑。不過，周王、齊王、谷王和李景隆以後也都被指控謀反，因為朱棣做了皇帝也要削藩。
至於朝廷官員，正史的記載是兩個字：俱降。
俱降未必，多降恐怕是真。
建文帝則下落不明。可以確定的是，當時宮中曾經燃起熊熊烈火，大火撲滅後也找到了燒焦的屍體。於是燕王宣布那就是朱允炆的遺骸，並在八天後以天子之禮安葬。
但，更多的人相信建文帝已經出走。
出走並非沒有可能。流傳最廣的說法是：大火是建文帝在絕望時下令放的，混亂中馬皇后跳進火中殉節，其他人則找到了朱元璋秘藏的小箱子。打開一看，內有三張作為僧侶出家證明的度牒，以及關於逃跑路線的指示。大家依計而行，從便門逃出皇宮，又在護城河邊見到前來接應的道士。
那道士說，是太祖高皇帝託夢要他來的。
這種詭異的故事可信程度很低，但並沒有證據證明建文帝確實自焚而死，那具屍體也可能是馬皇后的。事實上朱棣自己也將信將疑，因此後來一直派人四處暗訪。不過這在當時問題不大，因為無論如何建文帝都已不在崗。
填補空白的，則非燕王莫屬。
有人卻問他：殿下先謁陵，還是先即位？
一句話點醒夢中人，燕王直奔孝陵而去。這裡面的政治意義非同一般：先謁陵，則皇位來自太祖。因此，提醒燕王的那個名叫楊榮的小官，後來便成為新皇帝的重臣。
之後，朱棣即位，是為明成祖。
由於年號永樂，所以也叫永樂皇帝。
歷史則失去了一次機會。因為按照正史的說法，建文帝跟他父親一樣宅心仁厚。如果此後幾十年的執政者是他而非暴力奪權的燕王，明代政治也許不至於那麼黑暗。
永樂皇帝朱棣也很快就露出了猙獰面目。
大屠殺開始了。