朱棣出兵前，先殺了幾個人。
被殺的是朝廷派來監視朱棣的北平地方官。朱棣裝病的時候他們曾經前往探望，只見王爺大熱天擁著火爐，還渾身哆嗦叫冷。因此，當燕王宣布病癒，並且表示願意交出朝廷通緝之人犯時，他們猶豫了片刻還是進宮了。
燕王請他們吃西瓜。
剛剛吃了一片，燕王突然站起來破口大罵：尋常百姓家尚且兄弟宗族和睦，寡人身為天潢貴胄卻天天被追殺，簡直不得一日安寧。朝廷待我如此，還有什麼是干不得的？本王又何曾有病，全是被你們這幫奸臣所逼！
說完，憤然扔下西瓜。
衛士們一擁而上，南京政府的人被擒。
北平也很快就落入燕王手中。
接下來便是祭旗釁鼓，誓師出征。
打出的旗號是清君側，法律依據則在祖訓：
如朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，天子密詔諸王統領鎮兵討平之。既平之後，收兵於營，王朝天子而還。
因此，朱棣以「靖難」自居。
可惜這說不通。
沒錯，燕王可以把齊泰和黃子澄說成是奸臣，內有奸惡親王也可以統領鎮兵討平之，然而前提卻是奉天子密詔。那麼請問，朱棣有建文帝的密詔嗎？當然沒有。
何況最後是要退兵歸藩的，有嗎？
也沒有，恐怕就不曾想過。
那他不是謀反篡逆是什麼？
燕王自己當然更是心知肚明。建文削藩時，曾派劉伯溫的兒子劉璟到北平觀察動靜。燕王知道劉璟非同尋常，便在某次下棋時半開玩笑地說：你就不能讓著我一點嗎？
劉璟正色回答：該讓的讓，不該讓的半點不能。
所以燕王對姚廣孝說：民心向著那個人，奈何？
姚廣孝答：臣只知天道，不知什麼民心。
這是胡扯！
什麼是天道？
出征時的狂風暴雨嗎？
當然，如果有靈異，燕王他們也不會放過。建文四年五月七日，燕軍兵臨泗州（今江蘇省盱眙縣）城下，守將二話不說就開門投降。朱棣高興地問：你是怎麼想的？
守將答：本地僧伽神最靈，是他託夢於臣。
這故事立即被遍告全軍。
不過，朱棣非常清楚，民心向背還得自己爭取。因此他在歷時三年的戰爭中堅持嚴明紀律約束部隊，絕不允許濫殺無辜和掠奪百姓，甚至要求優待俘虜，善待亡靈。
燕王自己也以身作則。他曾經親自走進戰俘營里對那些降卒說：誰沒有雙親？誰沒有故土？本王也是為了妻兒老小能夠活命，不得已才起兵的。你們願意留下的，將來本王論功行賞，想回家的發給盤纏，私自逃跑者格殺勿論。
所有人都山呼萬歲。
陣亡的南京政府軍將士則被以禮安葬，燕王甚至為他們撰寫了碑文，大意是：你們都是追隨太祖高皇帝南征北戰的英雄啊！如今既無公義又無私仇，只因奸臣逼迫，便斃命於刀鋒之下，暴屍於荒野之中，真是何等無辜和不幸！
結果，戰俘們回去以後都說燕王仁義。
背了黑鍋的齊泰和黃子澄禁都禁不住。
對待自己的部下，燕王更是將心比心。某次行軍露宿在野外，天寒地凍夜不能寐，唯獨燕王面前有一小堆廢棄馬鞍燃起的篝火。看見凍得瑟瑟發抖的士兵往火前湊，燕王立即發出邀請，讓他們圍在自己的身邊。朱棣說：饑寒交迫最難忍受，本王真是恨不能讓三軍將士都來這裡烤火啊！
這個故事迅速傳遍全軍。
甚至直到勝利在望的建文四年年初，燕王也沒有改變他的一貫作風。某次行軍途中，他看見一個生病的士兵躺在路邊呻吟，立即讓隨從把士兵扶上自己備用的馬匹。燕王動情地說：人病不能行走，不帶上他就意味著拋棄他。何況他是因為隨我征戰而生病的，又豈有不聞不問之理？
這個故事同樣迅速傳遍全軍。
將不棄則兵不離。艱難的三年內戰中，南京政府軍不乏投降者，燕王這邊卻幾乎不見叛逃，並非沒有原因。
更難得的是，朱棣並不以功利主義的態度看問題。建文四年六月，南京政府軍中有人殺了兵部侍郎陳植，率眾投降燕王。燕王的處置卻是將那邀功請賞的叛徒立即斬首，同時隆重地安葬了拒不投降，堅持抵抗自己的陳植。
這個處置漂亮之極。實際上燕王這樣做，恐怕不僅只是教育部下應該忠誠，也是在宣示自己戰爭的正當性。因為正義之師是不會欣賞叛徒的，儘管他一直在招降納叛，也儘管泗州守將投降與那個傢伙殺害陳植只差一個月。但，前者是得到神啟，後者卻是賣主求榮，又豈能同日而語？
朱棣稱得上是政治家。
他也知道什麼時候該打什麼牌。
當然，戰爭畢竟是戰爭，不能戰勝對方便是空談。何況朱棣以藩王的身份反抗朝廷，原本就處於劣勢；而堅持正統觀念和綱常倫理，效忠建文皇帝的也不在少數。
比如南京政府軍的先鋒官平安。
平安是朱元璋的養子，曾經跟隨燕王攻城略地，對燕王的戰略戰術了如指掌。因此兩人的戰爭可謂棋逢對手，不敢大意的燕王也只好親自迎戰。結果是馬受傷，箭用完，手中寶劍折斷，五次三番差點就被平安立斬馬下。
事實上從建文元年到四年，作為死敵和勁敵的平安每次都讓燕王幾乎陷入絕境。甚至直到後來戰敗被俘，他還大言不慚地說：臣殺殿下，有如摧枯拉朽。
燕王嘆息說：高皇帝真會養壯士！
然後，客客氣氣把平安押送北平。
好在平安是將不是帥，燕王的政治天賦和軍事才能卻遠在建文帝之上。當然，他也應該感謝父皇把功臣和宿將殺得差不多了，建文帝能夠支持三年只因為他在南京。
燕王很快就意識到這一點。
於是，他決定不再攻城略地，而是直撲金陵，並且繞過濟南和徐州。因為儘管經由濟南是走直線，可惜濟南的守將忠貞不二智勇雙全。建文二年，用兵如神的燕王中了他的詐降之計，差點死在那裡。除了避其鋒芒，其實別無選擇。
攻打徐州也一樣，那隻能是消耗戰。
事實證明朱棣的決策很正確。建文四年四月，孤軍深入的燕王在南方戰區大敗政府軍，活捉平安。戰爭進行得艱苦卓絕險象環生，燕軍將領絕大多數都信心不足。因此，勝利之後全軍歡聲雷動士氣高漲，黃子澄聞訊則放聲痛哭：大事去矣！我們這些人死一萬次，也不能贖誤國之罪！
形勢急轉直下，民心向背大變。
事實上到了戰爭後期，起兵的合法性問題已經沒有太多人在意，大家更為關注的是誰勝誰負。畢竟，無論誰當皇帝都是朱家人，其實不關臣民的痛癢。成者王侯敗者寇，正確地選邊站隊才是牽涉到身家性命的大問題。
那麼，南京方面又如何呢？