朱元璋的辦法之一，是將六部升格。
六部就是吏部、戶部、禮部、兵部、刑部和工部。從隋唐到明初，它們一直就是宰相機構的下屬職能部門，起先屬於尚書省，後來屬於中書省。那個時候，六部官員奏事都要通過宰相，皇帝甚至連他們是誰都不知道。
中書省被廢以後，六部沒了領導，只能直屬皇帝。皇帝沒了宰相，處理政務只能依靠六部，也得提高其待遇，增加其權力。於是，部長（尚書）便由正三品升為正二品，副部長（侍郎）則由正四品升為正三品。皇帝有政令，直接批示六部執行；六部有想法，也直接報告天子，就連各司的司官都能直接向皇帝上書，用不著任何中轉。
六部成為最高行政機關。
同樣重要的，還有最高監察機關。
最高監察機關原本叫御史台，後來改名都察院。都察院長官叫都御史，正二品；副職叫副都御史，正三品；再次僉都御史，正四品。都御史又稱總憲，副都御史稱副憲。他們和僉都御史一起都稱為都堂，而且都分左右。右職多半作為特派員的加銜，總督和巡撫就是那樣的特派員。
六部尚書和都御史，合稱七卿。
然後是最高法院大理寺。長官大理寺卿，正三品；副職左右少卿，正四品；再次左右寺丞，正五品。明清兩代，大理寺與刑部、都察院合稱三法司。如有重大案件，便由三法司共同審理，俗稱三堂會審。
最後一個重要機關叫通政司，負責向皇帝轉交全國各地的建言獻策和陳情申訴。長官通政使，正三品。
六部尚書、都御史、大理寺卿和通政使，合稱九卿。
九卿之上，再無首長。
所在部門，即為中央政府。
只不過有九個，而且各行其是，互不相干。
九個政府直屬，權力固然集中於皇帝，責任和負擔卻也都到了他身上。最忙的時候，每天要處理數百項事務。如此巨大的工作量，絕非常人所能承擔。就連朱元璋也說：人主以一身統御天下，不可無輔臣。
於是，內閣誕生。
內閣是明代特有的機構和制度。而且準確地說，是在明成祖時代建立的。在內閣供職的官員，叫殿閣大學士，也叫閣臣或中堂。後者本是宰相別稱，因為宋代宰相的辦公地點在中書省的政事堂。閣臣叫中堂，是不是意味著明代的內閣就是相府或國務院，殿閣大學士就是宰相呢？
當然不是。
實際上內閣的本義，是大內的殿閣，比如武英殿或者文淵閣。朱元璋廢除中書省以後，為了減輕自己的負擔，便起用殿閣大學士作為顧問和助理。不過大學士有職無權，而且往往是臨時工。因此，內閣充其量只是皇帝的秘書處。
成祖時代形成制度以後，大學士官階也不高，一直都是正五品官員，遠遠不如正二品的六部尚書。但到後來，內閣權力越來越大，地位越來越高，以至於入閣有如拜相，閣老真如中堂，稱為「閣下」更是恰如其分。
這可是朱元璋始料未及的。
宰相制度陰魂不散，內閣制度李代桃僵，對明代政治的影響極其巨大，許多「特色」都由此產生。這就只能從長計議了。需要強調的是：內閣是內閣，六部是六部。六部尚書兼任殿閣大學士是後來的事情。由於內閣不三不四，而導致宦官擅權和特務橫行，也是後來的事。
現在要說的，是行省。
行省是「行中書省」的簡稱。行有「在外」之意，比如行宮和行轅。所以，行省就是中書省的派出機構。這是元代留下的政治制度遺產，而且元帝國不但有行中書省，還有行樞密院和行御史台，簡稱行省、行院和行台。就是說，最高行政機關、軍事機關和監察機關都有派出所。
元人這樣做，因於他們是異族統治者。非我族類，其心必異，必須由中央派大員鎮撫軍事佔領區。行省、行院和行台的長官，當然也都由蒙古人或色目人充任。
朱元璋就沒有這個必要。
再說，中書省都沒了，又哪來「行中書省」呢？
問題在於，視「行中書省轄區」為地方行政區劃的概念已經深入人心，大家也都習慣了甘肅省、四川省或者福建省這樣的稱謂。如果撤銷行中書省，這些地方怎麼辦？
朱元璋的辦法是：改省為司。
這裡說的省和司，都是指機構，不是指區劃。區劃仍然得叫省，比如河南省或江西省。但省政府得叫司，而且不能只有一個，得有三個，分別是：
承宣布政使司，簡稱布政使司，俗稱藩司。
提刑按察使司，簡稱按察使司，俗稱臬司。
都指揮使司，俗稱都司。
布政使司、按察使司和都指揮使司，合稱三司。
三司都是省政府，但分工不同：
藩司管行政、民政、財政和官員考核。
臬司管司法和監察。
都司管軍政。
如有大事，則必須三司會議。
三司的長官分別是：
布政使，俗稱藩台，從二品。
按察使，俗稱臬台，正三品。
都指揮使，俗稱都台，正二品。
總之，長官都叫使，衙門都叫司。
三司體制的最大優點是權力分散，地方官員難以形成與中央抗衡的力量，皇帝可以放心。明顯不足，則是政出多門效率低下，一旦有事便無人負責也無法問責。
於是，巡撫和總督產生。
巡撫的本義是巡察撫慰，總督的本義是總理督察，顧名思義都是差遣而非職務，因此也沒有品級。事實上明代巡撫和總督本為兼有憲銜的特派員，巡撫兼右副都御史，總督兼右都御史，編製也都在都察院。具有地方官員特徵，要到明的後期；正式成為封疆大吏，則要到清。
清的制度，多半繼承了明。
省的概念，更是延續至今。
太祖改制，確實影響深遠。
至於省政府改制重組的時間，則在廢除中書省的三年半以前，可見這位霸道總裁早就布下棋局。遺憾的是，很少有人想到，這些動作竟會改變了中華帝國的走向。
沒錯，明專制，清獨裁，就從這裡開始。
包括後來的閉關鎖國，也如此。
不過，這些都是後話。
現在，朱元璋通過一系列組合拳，終於理順皇帝跟中央政府和地方政府的關係。他成了自己的國務總理，以及各級官員的授權人。沒有了中間商賺差價，陛下的工作熱情空前高漲，樂此不疲地日理萬機，使自己成為帝國頭號勞動模範的候選人，儘管除了皇天上帝無人可以為他授勛。
可惜他沒想到，傳統政治制度是有道理的。中央政府有宰相，至少表示官僚集團是半個當家人。現在好了，什麼都是你的，什麼都歸你說了算，我們又何必多管閑事？明末李自成打過來的時候，滿朝文武全都無動於衷見死不救，甚至暗地裡樂觀其成，便恰恰是朱元璋種下的禍根。
他當然也想不到，留給孫子的皇位會被兒子奪走。