江戶幕府的垮台，並不能使日本一夕之間便即擺脫傳統禁錮，邁入近代社會，在仁人志士面前仍然有相當長的道路要走。而在是否要徹底與過去說再見，以及將如何面對未來，選擇哪條道路邁向明天的問題上，舊日的同志們又開始了血腥的廝殺。最終，大西鄉倒下了，大久保也倒下了，伊藤博文等小字輩們走上了前台，開始決定日本未來的命運。
東京行幸
戊辰戰爭開始於慶應四年（公元1868年）一月二日，也即公曆的1月26日，當晚，幕府方兩艘軍艦悍然炮擊停泊在兵庫沖的薩摩軍艦，掀開了大戰的序幕，然後如前章所述，翌日午後，「鳥羽·伏見之戰」打響。戰爭一直延續到明治二年（公元1869年）的五月十八日（公曆6月27日），土方歲山戰死，榎本武揚代表蝦夷政府正式向新政府軍遞交降表，也即「箱館戰爭」的終結。前後長達一年零五個月的時間。
然而作為日本從傳統的封建社會邁入近代資本主義社會的「明治維新」，卻並不能與戊辰戰爭畫上等號，不是說戰事一息，立刻除舊布新，日本社會瞬間來個大飛躍。戊辰戰爭只是明治維新的第二步而已。
第一步當然是指新政府的組建，故此一般認為，明治維新開始於戊辰戰爭之前不久，即以幕府「大政奉還」和朝廷「王政復古」為肇端，經過小御所會議，正式組成以明治天皇為國家領袖、有栖川宮熾仁親王為政府首腦（總裁）的維新政府。接著，經過將近一年半的戰爭，新政府終於擊敗了守舊的江戶幕府勢力，並且重新統一四分五裂的國家。
然而這時候的日本，仍然還只是個傳統的封建國家，政府總裁由親王擔任暫且不論，議定的成員皆為朝臣和藩主，參與的成員亦為公卿與各強藩的藩臣，其間沒有任何一位代表新階級的利益——當然啦，這時候也還沒有完整的資產階級一說，遑論其代表人物了。
日本的政治架構仍然是封建分封制，群藩林立，戰爭結束後，新政府仍然以土地作為獎懲手段。比方說，賞賜島津久光父子、毛利敬親父子各「永世祿」十萬石，賞賜山內容堂父子「永世祿」四萬石、松平慶永父子一萬石等等。
有獎自然有罰，如前所述，德川宗家由佔有幕府天領四百餘萬石，被降格為駿府七十萬石的普通諸侯。此外，仙台從六十二萬石減封為二十八萬石，米澤從十八萬石減封為十四萬石，庄內從十七萬石減封為十二萬石，長岡從七萬四千石減封為二萬四千石……最慘的是會津松平，被轉封偏遠貧瘠的陸奧斗南三萬石。
不過總體而言，獎得不多，罰得也不多，絕大多數諸侯都獲得了「所領安堵」的承諾，跟當初「關原合戰」後德川家康搞的那一套絕不可同日而語。朝廷本來就沒多少土地，這回新政府順利吃下的也大多為舊幕府天領，就表面形態來看，跟江戶幕府換成「京都幕府」沒多大區別——換言之，封建體制基本不變。
這叫「維新」嗎？新在何處？
所以真正的維新，要等戰爭結束後才開始。
不過在戰事終結之前，新政府就開始了一項巨大工程，那就是——遷都。為什麼要遷都呢？因為新政府的實權都握在那些參與，也即各強藩重臣，以及下級公卿岩倉具視等人手中，但參與們頭上除了個空頭的親王總裁外，還頂著一大堆議定呢。議定中的舊藩主們還則罷了，那些公卿卻都蠢蠢欲動，想要把權力重新掌握到朝廷手中。
不是「大政奉還」了嗎？不是「王政復古」了嗎？新政府不新政府的，只是一個虛名而已，這天下難道不應該復歸到幕藩體制之前的形態嗎？公卿們紛紛彈冠相慶，覺得終於該到咱們露臉的時候啦。
然而大久保利通、桂小五郎他們可不是楠木正成，沒想著真把大權都交還給天皇，更不打算讓那票腐朽無能而又目光短淺的舊公卿捲土重來。為了削弱舊公卿對天皇的影響力，真正消滅「朝廷」這個封建時期的怪物，建立新時代的國家政府，這些人便提出遷都的建議，目的是離開京都，徹底擺脫守舊勢力的掣肘。
最初的設計是遷都大坂——大坂距離京都不遠，遷都的阻力可能會比較小，而且大坂商業發達，擁有優良港口，也便於新政府衝出列島，走向海洋。於是他們以對敵作戰的需要為借口，首先策划了天皇的「大坂行幸」，然而朝廷中的守舊勢力仍很頑強，結果明治天皇跑大坂城待了四十多天以後，仍然被迫返回了京都。
等到「大江戶無血開城」以後，大久保等人就又動心眼兒，打算奉著天皇遷都江戶——江戶是兩百多年來實際上的日本首都，其繁華程度遠非京都、大坂可比，兼之並未遭受太大的戰火，城建設施還保留得很完善，若能遷都江戶，則既可以順利鎮定舊幕府的中心統治區域，又距離京都更為遙遠，何樂而不為呢？
當然啦，連大坂守舊派公卿們都不讓你去，江戶那麼遠的地方，他們肯幹才有鬼呢。好在這時候，佐賀藩兩名重臣突然跳將出來，提出「東西兩都」建議書，為新政府解決了這個難題。
佐賀藩就是「薩長土肥」之肥——肥前藩，按照當時的習慣，也可以依據藩主的苗字稱為「鍋島藩」，因為本據為肥前國佐賀郡的佐賀城，所以叫佐賀藩——就好比薩摩藩也可以叫島津藩、鹿兒島藩。佐賀藩祖便是戰國末期大名鼎鼎的鍋島直茂，受豐臣秀吉賜封肥前三十五萬七千石的領地，江戶幕府時期的初代藩主，則是直茂之子勝茂。
當然啦，肥前並不僅僅鍋島一家諸侯，但鍋島的封地是最大的，並且享受國主格待遇，因此才能以國名指代。
拉回來說，佐賀藩傳至第十代藩主鍋島直正（閑叟）的時候，利用沿海的便利，大肆吸收西洋科技，進行藩政改革，直正以西法鍊鋼，製造大炮、蒸汽機、玻璃製品，甚至引進電信技術，成為幕末首屈一指的近代化強藩。第一次長州戰爭後，鑒於全國性的戰事已不可避免，直正的繼承人鍋島直大又全面改革軍事制度，建立起了一支近代化的常備軍。正因為有此實力，才能在西南四強藩中穩居一席之地。
不過因為「入伙」比較晚，而且此前佐賀藩一直埋頭搞生產，很少摻和京都的亂局，所以議定和參與都沒能混上。等到戰爭爆發以後，佐賀藩兵自然成為新政府軍的中堅力量，於是佐賀藩臣們亦都水漲船高，得以陸續擠入新政府中樞。前面所說的那兩名佐賀重臣，一位是軍務官判事（國防部參謀）大木喬任，另一位是東征大總督府監軍江藤新平，他們提出「東西兩都」的建議，即仍然保留京都的國家首都地位，但同時設置江戶為陪都——日本的土地那麼狹長，關東地區又長期在德川氏統治之下，短期內很難徹底穩固，在江戶設個陪都很有必要啊。
於是這一年的七月十七日，朝廷正式下詔，改江戶為「東京都」（簡稱東京），並決定明治天皇將於十月十三日「行幸」東京都——你瞧，不算正式遷都，咱們仍然只是去轉悠轉悠而已，你們就別再反對啦。
真正的改革，可以說即從這並不掛著遷都名義的遷都開始。
廢藩置縣和徵兵令
如前所述，幕末時代的主流思潮，首先是「開國」和「攘夷」的對抗，但逐漸地，攘夷派的中堅力量認識到不開國便無以攘夷——延續鎖國政策固然是自蹈死路，打算先把洋人全都趕出去，咱們再自情自願而不是被迫地開港通商，那也不現實——同時又認識到在腐朽的江戶幕府統治下，日本永遠也別想真的邁入近代化社會，得以跟列強平等建交，所以才引發了戊辰戰爭，徹底推翻幕府的統治。
那麼等到戰爭結束以後，就該全面進行社會改革，以期修改與列強的不平等條約，把日本推向新的時代啦。而在此之前，戰爭之初，新政府即請求天皇頒布《五條誓文》，吹響了改革的號角。
《五條誓文》的內容為：一，廣興會議，萬機決於公論；二，上下一心，以盛行經綸；三，公武一途，乃及於庶民，使各遂其志，勿使人心倦怠；四，破除舊來的陋習，秉持天地之公道；五，求知識於世界，以大振皇基。
誓文只是口號而已，而要達成口號的目的，首先就必須打破封建采邑制，也就是把各藩的土地收歸政府所有，使得新政府的執行力可以覆蓋至全日本的每個角落。這一舉措，主要是通過勸說和贖買來完成的，首先在戰爭結束前的明治二年（公元1869年）一月，在大久保利通、木戶孝允（桂小五郎）、板垣退助和大隈重信等各藩重臣的分別勸說下，薩、長、土、肥四強藩領頭向朝廷「奉還版籍」，也就是說，把名下土地的所有權歸還給朝廷，自己只保留暫時的管理權。
在明治維新之前，可以說「日本」在更大範圍內只代表了一個地區而非一個完整的國家，幕府對外交往（朝廷都不擁有這一權力）固然打著日本國的旗號，但對於廣大武士和百姓來說，他們首先想到的是我乃德川之臣、乃薩摩之人、乃長州之人等等，而並沒有身為日本人的自覺。這種自覺要到戊辰戰爭的諸藩聯合中才逐漸深入人心，有識之士莫不呼籲一