對比鎌倉和室町，江戶幕府時期的政治環境是最為和平安寧的，幕藩體制達到了它的巔峰期。武士階層的固化、官僚體制的完備、市民階層的崛起，都是江戶之不同於前兩個幕府時代所獨有的特色，自然，廣大農民依然掙扎在社會的最底層……
從武斷邁向文治
慶安四年（公元1651年）四月，三代將軍德川家光病歿，享年四十八歲。包括老中堀田正盛在內的很多家光親信都切腹自殺以殉主，幕府統治機制因此暫時陷於停頓，就此導致了「慶安、承應之變」的發生。
且說秀忠、家光兩代的「武斷政治」，總共改易大名一百零五家，減封十六家，使得社會上產生了大量失去主家的流浪武士，被稱為浪人或者「牢人」。這些浪人極端仇視幕府，除了舞刀弄槍外又大多別無所長，成為社會一大不安定因素。他們在兵法家由比正雪、丸橋忠彌等人的煽動和組織下，打算趁著家光將軍去世，繼承人年幼（僅十一歲）之機發動暴亂，擁護紀伊藩主、被稱為賢侯和「南海之龍」的德川賴宣繼承征夷大將軍之位。
德川家康共有子十一名，前六子都得以成年，七、八兩個則夭折了，至其晚年，又生下了義直、賴宣、賴房三子，受封於尾張、紀州和水戶，被稱為「御三家」。「御三家」是除幕府將軍的本宗外，唯獨獲准使用「德川」苗字的三個分家——家康餘子及其子孫則恢複舊苗字「松平」——並在將軍家絕嗣之時，規定可從三家擇賢過繼，以繼大宗。所以德川賴宣理論上也是有當將軍的資格的。
然而當年七月，暴動陰謀即告敗露，丸橋忠利在江戶被捕，處以極刑，不久後由比正雪也在駿府切腹自殺，德川賴宣親往江戶城中謝罪，澄清謠言，局面才算逐漸穩定了下來——是為「慶安之變」。
隨即又爆發了「承應之變」——慶安五年（公元1652年）九月十八日改元承應，而在此前的十三日，牢人別木庄左衛門、林戶右衛門、三宅平六等人密謀在德川秀忠夫人崇源院第二十七回忌日之時發動叛亂，在江戶城內縱火併刺殺老中，陰謀同樣敗露，幕府就此展開了大規模搜捕，將別木庄左衛門等人一網打盡，皆處以極刑。此外，各藩藩士甚至幕府旗本受此牽連的，也有很多被斬殺或勒令切腹。
幫助家光將軍的繼承人、長子家綱安然渡過這兩次變亂，穩定局面的主要有三個人，即大老酒井忠勝、老中「智慧伊豆」松平信綱，以及家光的庶弟、賢侯保科正之。就在「慶安之變」收束的次月——「承應之變」尚未爆發，於江戶城中舉行了「將軍宣下」的儀式，正式確認年僅十一歲的德川家綱繼任為幕府將軍。原本冊封儀式應當是在京都舉行的，但保科正之等人認為大亂初定，家綱不宜離開江戶城，遂請下御旨，將儀式舉辦地點改在了江戶，就此成為慣例。
順便提一下這位保科正之，據說其母靜光院本是秀忠將軍乳母的侍女，跟將軍私通產下正之（幼名幸松），當時不敢公開，遂被寄養在武田氏舊臣、信濃國高遠藩主保科正光家中。正光去世後，正之以養子的身份得以繼位，隨即受到異母兄長德川家光的看重，先後轉封為出羽山形藩二十萬石和陸奧會津藩二十三萬石，成為國主級別的親藩大名。
總結「慶安之亂」的教訓後，保科正之等人認為天下已定，應當以文治取代武功，以整頓充實法律、制度和學術來提高幕府的權威。在這種思想的指導下，將軍的權柄被削弱，重臣合議的官僚體製得到完善，同時對於各藩的控制也有所鬆動。
比方說，起初幕府並不承認「臨終養子」一說，即當大名沒有子嗣和幕府確認的養子的情況下，直至臨終才指定養子和繼承人的做法，對於這種家族，一般都毫不留情地予以改易。四代將軍家綱以後，幕府開始承認五十歲以上的大名的「臨終養子」，使得遭到改易的諸侯數量大為減少。家綱時代一共改易大名二十二家，削封的也僅僅四家而已。
在德川光國、保科正之、池田光正、前田綱紀等所謂「賢侯」的推動下，幕府確定了以朱子學為整個日本社會的指導思想，大力宣揚忠孝節義。尤其是德川光國，此人乃是「御三家」之一的水戶藩的藩主，官至權中納言，因為大納言或中納言的漢稱為「黃門」，故此俗稱為「水戶黃門」。這位水戶黃門大人易裝巡遊各地，懲治不法官吏、藩主的故事，在日本家喻戶曉，有如中國的包青天一般。
德川光國非常重視朱子學中的「名分論」，在江戶城設立彰考館（彰往考來之意），編纂了《大日本史》一書。書中認為天皇是日本理論上的最高統治者，德川幕府受天皇的委派治理庶務，其權威來自於天皇朝廷，對於南北朝亂世，《大日本史》宣揚南朝正統論，指斥反抗天皇的足利幕府乃是叛逆、賊臣。光國的學術後來被稱為「水戶學」，乃是幕末尊王論的濫觴——不過水戶學最終被拿來作為推翻幕府的重要武器，這應該是德川光國所始料不及的吧。
如果把江戶幕府劃分階段的話，那麼前三代將軍的統治時期乃是奠基和開創期，從四代家綱開始，進入了平穩發展的時代。
犬公方
江戶幕府第四代將軍德川家綱繼位時年僅十一歲，由叔父保科正之和大老酒井忠勝、老中松平信綱等人輔佐，度過重重危機，終於迎來平和的治世。到了寬文年間（公元1661年至1673年），這些被稱為「寬文遺老」的重臣們去世的去世、退隱的退隱，陸續離開政治舞台，酒井忠清得以邁上了大老寶座。
酒井忠清乃是上野國廄橋藩第四代藩主，同時也是雅樂頭酒井氏宗家的第四代當主，其祖父酒井忠世曾經侍奉過從德川家康到德川家光的三代將軍，與土井利勝、青山忠俊並為家光將軍的三位師傅。
酒井忠清擔任大老的時期，家綱將軍已經成年，開始插手政務。但問題這位將軍生來病弱，或許受此影響，正室、側室們多次懷孕，不是流產就是誕下死嬰，導致他喪失了生存的意義，開始肆意享樂，生活日益奢靡腐化。酒井忠清倒是兢兢業業地撐持著幕府基業，但他因為「寬永大饑饉」的教訓而過於重視農業卻忽視商業，同時繼續堅持鎖國政策，再加上將軍亂花錢，遂導致幕府的財政狀況逐年惡化。
延寶八年（公元1680年），四十歲的家綱將軍終於走到了他人生的終點，因為沒有後嗣，據說酒井忠清打算沿用鎌倉幕府的舊例，迎接有德川家康次子結城秀康血脈的有栖川宮親王繼任為幕府將軍。此議遭到老中堀田正俊等人的堅決反對，他們主張讓家綱的四弟松平綱吉來當繼承人。五月八日，德川家綱讓位給綱吉，旋即去世。
德川家光共生五子，兩個夭折，活下來的是家綱、綱重和綱吉。據說德川綱重英武不凡，而又聰明睿智，但偏偏才活了三十五歲，比他哥家綱死得還早，於是幕府將軍的寶座，最終就落到了已經退居松平苗字的綱吉手中。
據說德川綱吉是個畸形兒，身高還不到一米三零，不過這畸形兒卻頗為聰明，上台伊始便勒令酒井忠清隱居，剷除了酒井派的勢力，改以忠直勤勉的堀田正俊擔任大老。與其兄家綱不同，綱吉非常熱衷於權力，逐步扭轉了家綱以來重臣合議，將軍卻形同虛設的局面。他設置「勘定吟味役」一職以監督幕府財政，並且大力提拔有能力的低級幕臣（小身旗本），用以制約老中會議。
此外，綱吉還非常愛好學問，尤其是儒學，因而深受儒家尊王思想的影響，他在歷代德川氏將軍當中，對公家的態度最為和善。他曾多次向天皇獻上「御料地」，並且斥巨資修繕了歷代天皇的陵寢，總計六十六座，據考察公家領在綱吉時代，範圍竟然擴大了一倍還不止（雖然那也還是寥寥無幾）。
延寶之後是天和年號，故此德川綱吉將軍在位前期就被稱為「天和治世」。天和之後是貞享，貞享再後是元祿，這一時期的社會文化豐富多彩，在日本歷史上非常著名，遂被稱為「元祿文化」。
「元祿文化」帶有非常濃厚的市民（町人）文化特色，這是因為江戶、大坂等城市持續發展，越來越是繁華，町人勢力逐漸抬頭所致。這種文化在表現上一改幕府初期的簡樸風貌，變得非常奢華，根由是城市中出現了家財萬貫的豪商，由於「士農工商」的等級區分而使這些豪商不能擁有土地，鎖國令又使他們無法將財產投資海外，於是乾脆一擲千金，拚命消費，帶動了整個城市甚至整個社會的享樂之風。
以井原西鶴為代表，文學上出現了所謂的「浮世草子」，也就是描繪町人生活的小說；以近松門左衛門為代表，藝術上出現了市民意味濃厚的新的戲劇。對於這種町人文化，以及町人們浮華奢侈的生活，幕府和各藩多次發布禁令，但始終無法真正加以扭轉。
同時期在思想方面，佔領導地位的朱子學開始有所動搖。朱子學很早以前就傳入了日本，還曾一度成為後醍醐天皇推翻鎌倉幕府的思想武器。然而這種學說長久把持在僧侶尤其是禪宗僧侶手中，直到戰國末期的藤原惺窩和林羅山才真正將其轉化為一門武士的學問。