織田信長既是一個破壞者，也是一位建設者，但他破壞舊時代過於徹底，而建設新時代卻波折不斷、坎坷艱辛。最重要的是，信長似乎妄圖打破所有的陳舊秩序、體系，在滅亡室町幕府的同時，也架空了天皇朝廷——不知道信長究竟會走向何方，便引發了部下深重的疑慮甚至是恐懼，從而將信長推上絕路。
松永和荒木的謀叛
尾張的小諸侯織田信長之所以能夠在戰國群雄中脫穎而出，與尾張國所處的地理位置、政治經濟狀況密不可分，同時和信長本人的性格與政策也是分不開的。織田信長最大的性格特點就是藐視權威，敢於革新，只要有利於自己的統治，任何勢力都可以打倒，任何情感都可以拋棄。
從尾張時代起，織田信長就非常注重商業的發展。當時日本大小諸侯割據，道路殘破，關卡林立，城下町的商業也多被當地行會所壟斷，非常不利於商品經濟的發展。信長花很大精力修葺道路和橋樑，廢除領地上的關卡，同時採取「樂市樂座」制度，以打破行業壟斷。所謂「樂市樂座」，是指在城下町專辟場所，任何人都可進入經營商業，只要按時向領主繳納賦稅，就不必經過當地行業公會同意。這種領地內的自由貿易政策，信長並非始作俑者，只不過他執行得更為徹底和完善而已。此外，信長還鑄造「大判」（一種金幣），統一領內的貨幣。
在農業方面，織田信長一方面強力鎮壓一揆，一方面確立封建領主制，採取「兵農分離」、「檢地」（重新丈量土地，確定準確的年貢額）和「刀狩」等政策，力圖將農民牢牢禁錮在土地上。當時大部分封建諸侯並無常備兵，武士除還要擔任行政職務外，也可能下地種田，農民在作戰時也會被臨時徵發入伍。信長採取「兵農分離」政策，把武士常備兵化，而禁止農民脫離生產，加入到爭鬥的行列中去。這一政策，後來更發展為「刀狩」，即沒收農民所持有的武器，以防轉業和暴動。
當然啦，因為全日本尚未真正統一，故而信長時代，「兵農分離」和「刀狩」都只在部分地區施行，並未普及化和完善化。
政治方面，織田信長先是挾室町將軍以號令天下諸侯，繼而廢黜足利義昭，滅亡室町幕府。同時，他尊奉天皇朝廷，希望建立雙頭傀儡政治，對足利義昭產生一定製約，而等義昭已被放逐，他又以「征伐未盡其功」為借口，放棄了朝廷賜予的一切官職，想把天皇朝廷也一腳踢開。為了將織田政權名正言順地納入天皇朝廷體系，天正九年（公元1581年），正親町天皇遣使赴信長處，希望他可以擔任左大臣一職，然而信長竟以天皇退位作為條件：「若誠仁親王得以繼位，我將擔任官職，悉心輔佐。」為了對抗朝廷，他甚至策劃扛出足利義昭之子足利義尋擔任第十六代幕府將軍，反過來分割朝廷的影響力。
這種藐視甚至完全無視權威的激進做法，無疑把織田信長推到了一個與天下各勢力為敵的危險境地中。再加上他唯力為視，對百姓嚴刑峻法，對家臣則要求嚴苛，微過必懲，就在他達到輝煌頂峰的時候，織田政權內部各種矛盾就已經開始激化了，反叛此起彼伏。
首先是松永久秀的謀叛。似乎腦有反骨的久秀，前此已經多次向織田信長掀起過反旗了，只因畿內尚未平定，信長在快速進攻，打得久秀開城投降後，也就只給予小懲大誡，依舊允其重歸家臣團。但是到了天正五年（公元1577年），聽聞「越後之龍」上杉謙信將要上洛的消息後，松永久秀、久通父子突然從石山本願寺外撤兵，退守居城大和信貴山。信長立派長子織田信忠集合畿內兵馬前往討伐。十月十日，松永久秀彈盡援絕，自殺而亡，結束了他相當富有戲劇性的一生。
松永久秀這個「天下至惡」，畢生行事往往出人意表，像是該謀叛的時候，他總是忠誠地跟隨著信長，以效犬馬之勞，而當誰都不注意他的時候，久秀卻開始蠢蠢欲動——就連最後的自殺，他也表現得與眾不同。據說信長一直垂涎久秀收藏的名茶器「平蜘蛛釜」，但軟磨硬泡，用盡種種手段，久秀卻堅持不肯獻上。此次信貴山城被圍，信長傳話說：「交出平蜘蛛釜，我就饒你一命。」久秀聞言冷笑：「我已經快七十歲了，去日無多，何必要你饒恕？不過，你也休想得到我心頭至愛。」於是把平蜘蛛釜內塞滿火藥頂在頭上，引燃火繩，轟的一聲，「天下至惡」與「天下至寶」一起化為飛灰。
爆炸所引起的大火，燒盡了信貴山城本丸，松永一族男女老幼全都葬身火海。恰好就在十年前的同月同日，松永久秀與「三好三人眾」相爭，為了避免奈良東大寺的大佛殿被敵人佔領作為據點，乾脆放一把火，將這座千年古剎燒為灰燼。十年以後，久秀自己也化為了灰燼，時人都說這是上天對惡徒的懲罰。
而在此前的天正元年（公元1573年），松永久秀的舊主三好義繼已經去世了。當年十一月，三好義繼、松永久秀等人呼應足利義昭起兵造織田信長的反，結果在信長大軍壓境後，久秀及時降伏，免於一死，義繼卻是死腦筋，堅決不降。結果三好氏主城若江城被攻陷，義繼憤懣恐懼之下，親手殺死了自己的妻子兒女，然後十字切腹而死。
第二個向織田信長掀起反旗的重要人物，乃是攝津守護荒木村重。荒木氏本是丹波豪族波多野氏的同族，荒木高村時代移住攝津川邊郡的小部庄，出仕於豪族池田長正——高村的孫子就是荒木村重。永祿十一年（公元1568年），織田信長奉足利義昭進京，義昭即封和田惟政、池田勝正（長正之子）、伊丹親興三人共任攝津守護職。
作為池田勝正重臣和女婿的荒木村重，最初並非親織田派，反而與三好氏暗中一直有所往來。織田信長與淺井、朝倉氏惡戰的時候，荒木村重策應三好氏，與織田討伐軍連番惡鬥，元龜二年（公元1571年）更在白井河原殺死了攝津三守護中最具實力，也最受信長信任的和田惟政——此人權勢熏天，曾被傳教士弗洛伊士稱為「京都之副王」。
然而最終荒木村重還是投向了織田信長的懷抱，通過織田重臣細川藤孝的居中聯絡，天正元年（公元1573年）三月，他主動進京謁見信長。當時江州戰事未畢，信長無力西顧，於是關照村重：「攝津就交給你了，想怎麼辦就怎麼辦吧。」在信長的默許下，荒木村重很快便顛倒了主從關係，放逐池田勝正，將池田氏納入麾下，並攻克了伊丹城——這是三守護之一、支持足利義昭的伊丹親興的主城。
攻克伊丹城以後，荒木村重對其大膽改修，建成難攻不落的要塞，改名為有岡城。有岡城本丸四周由石垣防護，外布野宮砦、昆陽砦、上臘冢砦、鵯冢砦、岸砦五個附屬城堡，其結構為當時首創，尤其利於防護鐵砲的射擊——後來豐臣秀吉修建的一代名城大坂，在相當程度上就借鑒了有岡城的設計。
此後荒木村重跟隨織田信長南征北戰，贏得了久盼的攝津守護一職。然而謀叛也在此後不久的天正六年（公元1578年）爆發了——關於謀叛的原因，眾說紛紜，比較可信的說法是：在包圍石山本願寺時，荒木方大將中川瀨兵衛清秀等人暗中向本願寺販賣軍糧，此事為信長所知，要村重只身前往安土去說個明白。熟知信長殘暴脾性的村重生怕一去不回，百般推託，最終起了反心。
織田大軍前往平叛，十一月十六日，荒木村重麾下大將、高槻城主高山右近重友在神父阿爾甘諾的勸說下開城投降（右近是虔誠的基督徒），二十四日，茨木城主中川瀨兵衛清秀也降伏於織田軍前。在他們的帶動下，攝津國內豪族紛紛背棄村重而去。
十二月，織田軍團團包圍了有岡城。有岡城經過長達十個月的防守戰，彈盡糧絕，天正七年（公元1579年）九月二日，荒木村重化裝逃出城堡，遁入其子荒木村次守備的尼崎城。失去主將的堅城有岡，堅持到十一月下旬終於被攻陷了。
織田信長在尼崎城郊外的七松地方，殘酷屠殺荒木村重的妻子、兒女和僕從，以刺激城內的村重。然而尼崎城又固守了相當長的時間，直到天正八年（公元1580年）閏三月二日，聽到本願寺即將投降的消息，荒木村重才終於放棄抵抗，再度逃出尼崎城。他四處輾轉逃亡，並且剃髮出家，取名為「道糞」，直到信長死後，才敢再度現身人前。
荒木道糞（後改道熏）是茶道名家，他與明智光秀、細川藤孝被合稱為織田家三大文化名人。
危機初露端倪
重臣紛紛謀叛，但織田信長卻絲毫沒有因此提高警惕，改變政策，他的所作所為，只有更加令人恐懼。首先，他在安土城中建築了一座「總見寺」，不知道從哪裡找來一塊形狀像蛇的石頭作為神體，號召百姓都去膜拜——其實明眼人都能看得出來，總見寺真正的神就是信長本人，如果任由此人繼續狂妄地橫行下去，他總有一天會將朝廷也踢到九霄雲外，建立一個以他個人為中心的新的獨裁體制的日本國。
天正七年（公元1579年），織田信長突然寫信給德川家康，要他徹查其長男、繼承人信康通敵之事，