戰國時代是日本中世的終末、近世的開端。在日本史的概念中，中世莊園林立、地方割據，是缺乏強有力中央政府存在的時代，而通過織田、豐臣、德川三代「天下人」的努力，最終結束戰國亂世，進入了相對中央集權的近世。
下克上
在「應仁之亂」中著名的「洛北合戰」中，據說細川一族及其黨羽總共聚集了十六萬零五百兵馬，他們被稱為「東軍」，相對地，山名一族及其黨羽則共計十一萬一千兵馬，被稱為「西軍」。戰爭本以將軍繼嗣為導火索，打著打著雙方就都把大義名分拋到了腦後，新仇舊恨卻一起湧上心頭。反正你只要加入了東軍，那麼你的仇人肯定加入西軍，打著討逆的旗號前來征伐，反之亦然。就這樣連番廝殺，大半個日本都捲入了這場戰亂。
這場曠日持久的戰亂，其無秩序無理念的狀態，在世界歷史上都是罕見的。昔日繁華京都，立變修羅殺場，不但町人、百姓遭殃，連皇室、公卿，甚至幕府也難逃此劫。近畿、中國、四國，還有九州北部，幾乎所有守護、守護代、地方豪族全都加入了廝殺。同時，甲斐武田信昌、豐後－筑後大友親繁、薩摩－大隅－日向島津忠國等十數家守護雖然名義上保持中立，但趁此機會充實軍備、擴張領地，也逐漸從舊的守護大名，轉變為新時代的戰國大名。而越後長尾氏、信濃村上氏、肥前有馬氏等守護代或地方豪強，更是從此開始了他們下克上的陰謀歷程。戰國時代的格局，就這樣逐步形成了……
應仁元年（公元1467年），東西兩軍在洛中對峙，一開始東軍佔據上風，不但兵馬眾多，控制了花之御所，還把后土御門天皇、後花園上皇都捏在自己手中，掌握了所謂的「大義名分」，西軍勢窮力蹙，岌岌可危。到了六月末，一支山名軍突破東軍重重防線殺入京都，據說所部數萬，這才逐漸將形勢扭轉過來。然而，最終使西軍極大膨脹，一度壓倒東軍的，還是西國之雄大內政弘的揮師上洛。
前面說過「應永之亂」，大內義弘對幕府掀起反旗，兵發京都，結果在堺被剿滅。義弘死後，其弟盛見繼承了一門總領之位，此後傳給義弘之子持盛。義弘的長子持世對此安排大為不滿，他從幕府請得了「所領安堵狀」（承認某人對某領地擁有管理權的文書），殺死持盛，登上家督寶座。「嘉吉之亂」中，大內持世身負重傷，不治而亡，同族推舉盛見之子教弘為一門總領，教弘再傳於其子政弘。
大內政弘時代，大內氏的勢力極大地膨脹了，除原有周防、長門兩國守護職外，還得到了北九州筑前和豐前兩國的統治權，並將勢力伸入石見、安藝和四國北部。大內氏素來就與細川氏不睦，兩家為了搶奪「勘合貿易」的主導權而長年明爭暗鬥，故而山名宗全一看洛中形勢不妙，立刻修書遣使向大內氏求援，於是大內當主政弘即刻點集兵馬，上洛加入西軍陣營。
如前所述，明日之間的「勘合貿易」利潤龐大，使得日本各國守護、名山大寺、豪商巨賈，全都削尖了腦袋想往貿易船上鑽。最終得以組成貿易船團的，主要有以下幾大勢力：京都天龍寺和相國寺、細川氏、大內氏。其實他們身前，還各有實際主持事務的豪商巨賈，細川氏靠的是堺的商家，而大內氏則依靠北九州博多的貿易商會。
為了獨佔「勘合貿易」的巨大利潤，堺和博多、細川和大內，都展開了激烈的或明或暗的競爭與較量。於是大內政弘為了打倒細川氏，獨霸「勘合貿易」，遂在「應仁之亂」中響應山名宗全的號召，點集數萬大軍，並要求四國的河野通春出動戰船五百餘艘協助運兵，浩浩蕩蕩殺奔京都而來。
西軍得到強援，立刻發動全面反攻，九月間佔據了內里，並在從九月十八日開始的「東岩倉合戰」中殺敗細川、赤松的別動隊，阻止了敵人的反撲。到了十月份，京都對外的七條主要通路，除丹波路以外，另外六條全都被西軍所控制，東軍被壓縮在京都東北角上，駐兵相國寺、細川勝元邸和花之御所，負隅頑抗。
應仁元年十月四日，西軍的畠山義就、大內政弘、一色義直、土岐成賴、六角高賴等部對花之御所及其東面的相國寺發起全面進攻。細川勝元派畠山政長統率三千兵馬前往救護，並明確表示無力再派後援。畠山政長大呼道：「我將獨立殺破敵軍百萬雄兵，博取軍功第一！」然後首先向一色軍發起自殺性衝鋒。一色軍不敵潰敗，據說竟被斬首八百餘級。
西軍的總攻擊就此遭到挫敗，雙方再度進入長期對峙。這場戰亂引發京都各處大火，從六月開始，陸續有公卿、守護的宅邸，以及名寺古剎被燒，然而足利義政將軍卻躲在花之御所里，照樣每日飲宴作樂，觀看猿樂（滑稽戲），吟誦連歌。據說他曾經講過這樣的話：「天下破敗就讓它破敗吧，世間毀滅就讓它毀滅吧，我之榮華富貴也不過雲煙而已。」室町幕府倘若不滅，那真是沒有天理了！
東西兩軍的對峙一直持續到文明元年（公元1469年）四月——因此這場動亂也被稱為「應仁·文明之亂」——東軍終於再也扛不下去了，各部陸續突出京都，逃往丹波等地。大內政弘等西軍將領隨後追趕，卻沒料到自己後院卻燃起了熊熊烈火——當年五月，豐後守護大友親繁、筑前守護少貳賴忠響應細川氏的號召，開始進攻大內氏在北九州的領地；十二月，大內教幸（政弘叔父）在長門掀起反旗，宣布加入東軍。
第二年五月，斯波義廉的重臣朝倉孝景歸降東軍，被授予越前守護之職——這給西軍造成了異常沉重的打擊。連年戰亂，守護大名們勢窮力竭，財政狀況也都瀕臨破產邊緣，於是被迫於文明四年（公元1472年）元月開始和談。次年三月，山名宗全舊傷發作，撒手人寰，五月間細川勝元病歿——兩個老對頭同年歸西，也算是巧中之巧了。
當年十二月，足利義政正式把征夷大將軍的寶座傳給兒子義尚。第二年是文明六年（公元1474年），四月，兩軍新的統帥山名政豐和細川政元正式講和，因為幕府將軍還捏在東軍手裡，所以算是山名政豐向東軍投降。又過了三年，到文明九年（公元1477年），西軍全部退出畿內歸國，「應仁之亂」才算暫時打上一個休止符。
「應仁之亂」是戰國時代的開端，將全日本一分為二的大戰亂雖然暫時停止了，但各地守護、豪族之間的戰爭從此再也停不下來，月月都起爭端，處處燃起戰火。考究戰國時代，一般都稱其為秩序顛倒的「下克上」的時代，那麼，何所謂「下克上」呢？
我們可以分幾個層次來說明這一獨特的辭彙。首先，昔日輝煌的京都在「應仁之亂」中被大片燒毀，無數公卿為躲避戰亂而逃亡遠國，原本就殘存不多的朝廷威信更加一落千丈。明應九年（公元1500年）九月，后土御門天皇去世，竟然無錢安葬，被迫通過幕府請求各寺院和豪商贊助，允許贊助者有權使用天皇家獨享的菊、桐家紋。因為天氣炎熱，沒等下葬，天皇的遺體就已經腐爛生蛆了。
朝廷實權被武士所奪非止一日，但從來沒有這樣凄慘過，甚至被迫要向卑賤的商人伸手要錢，這是第一重下克上。第二重下克上是指幕府權威喪盡。將軍足利義尚（後改名義熙）於延德元年（公元1489年）三月死於討伐近江守護六角高賴的陣中，足利義視之子義材繼任為幕府將軍。明應二年（公元1493年）二月，義材將軍採納了畠山政長的建議，領兵討伐畠山義就之子基家，然而他才離開京都，立刻後院起火——幕府管領細川勝元發動「明應政變」，改立堀越公方足利政知之子義遐為幕府將軍，改名足利義高。閏四月，細川軍擊敗並且俘虜了義材將軍，畠山政長自殺。六月，義材將軍在被流放的途中轉逃越中，依附當地豪強神保長誠。
明應七年（公元1498年）九月，義材將軍更名為足利義尹，又去依附勢力更為龐大的越前守護朝倉貞景（孝景之孫）。次年十一月，義尹將軍在上洛途中被六角高賴戰敗，逃去西國依附大內義興（政弘之子）。將軍就這麼跑來跑去，一直挨到細川政元被殺。永正五年（公元1508年）四月，細川高國（政元養子）上洛，趕跑了幕府將軍義澄（足利義高改名），當年六月，大內義興進入洛中，擁戴義尹將軍複位。
義尹將軍複位後改名義稙，從此就被控制在細川高國和大內義興手中，純屬傀儡，受盡了欺壓。他一怒之下逃出京都，流亡到近江甲賀郡，被勸回京後於大永元年（公元1521年）再度出走和泉。這回細川高國再也不勸他回來了，改立足利義澄的兒子義晴為幕府將軍。
幕府將軍成為守護們手中的傀儡，可以隨意撥弄，可以隨意廢黜和改立，然而一直到末代將軍足利義昭以前，並沒有一個強大的守護勢力能夠擁著一位將軍長居京都，他們總是和周邊勢力打來打去，時勝時敗，一旦勢力退出京都甚至消散，則所擁立的將軍也便走到了末日，這真是可悲的現象。不過，這也確保了毫無能量的室町幕府可以繼續存在下去，等到真有一個龐大勢力能夠久居京畿，縱橫四方，無人能擋，則室町幕府的運數