室町幕府興起於南北朝對立之際，導致中央權力薄弱，地方守護坐大。幕府到三代將軍義滿的時候統一了南北朝，勢力達到頂峰，但即便義滿也無法徹底壓制那些跨國連郡的守護家族，其後義教將軍「萬人恐怖」的統治，更是宣告了矛盾的激化和亂世的到來……
日本國王源道義
南朝天授四年（北朝永和四年，公元1378年），足利義滿在京都的室町地方修建了一所華麗的宅邸，因為院中遍植花卉，人稱「花之御所」——這就是足利幕府又被稱為室町幕府的緣由所在。
南朝元中九年（北朝明德三年，公元1392年），經過長年談判，南朝最終體面地交出神器，結束了長期的分裂局面。北朝提出的條件是：第一，南朝後龜山天皇向北朝小松天皇讓渡三種神器，其儀式不是投降，而是授予；第二，今後的皇位仍由持明院和大覺寺兩統交替繼承；第三，諸國國衙由大覺寺統管理；第四，長講堂領由持明院統管理。
條件非常優厚，今後兩統不要再搶著當天皇了，仍然大家有份兒，並且就算你暫時沒能輪上，也還有自己的領地嘛，吃穿不愁。既然面子有了，里子也有了，勢窮力蹙的南朝又有什麼理由不答應呢？
然而，足利幕府最終卻並沒有兌現自己的承諾。到了應永十九年（公元1412年），後小松天皇讓位給年僅十二歲的東宮實仁親王，是為稱光天皇。十六年後，稱光天皇去世，沒有子嗣，於是大覺寺統的小倉宮謀為天皇，因為得不到幕府允准而遁往伊勢，在大名北畠滿雅的支持下舉兵叛亂。最終叛亂被平定下去，持明院統的彥仁親王被擁上寶座，是為後花園天皇。大覺寺統從此就與皇位無緣了，此後的歷代天皇都屬於北朝光嚴、崇光天皇的嫡系後代。
話說因為成功地統一了南北朝，比較成功地壓制了山名等守護家族的勢力，足利義滿的聲望如日中天，他從此抖了起來，連天皇、朝廷都不放在眼裡。應永元年（公元1394年），他竟然就任太政大臣，還把征夷大將軍的職務提前傳給兒子義持。在第二年元月的拜賀會上，太政大臣義滿居於群臣之首，連關白一條經嗣都得畢恭畢敬地跟在他的身後。
可是在當年六月，義滿卻又辭去了太政大臣一職，出家入道——公、武雙方的最高職位他都當過了，大概要以此向天下人宣告，他本身是超越於公、武雙方之上的最高統治者吧。
足利義滿一直想恢複和明朝的友好關係，應永九年（公元1402年）八月，他下令嚴禁邊民入寇明朝，為此，明朝建文帝朱允炆派遣使臣前往宣詔撫慰。足利義滿在北山殿接見明使，跪接詔書，詔書上說：「爾日本國王源道義，心存王室，懷愛君之誠，逾越波濤，遣使來朝……」這位所謂的「日本國王源道義」究竟是誰呢？原來指的就是足利義滿。
次年明使歸國，足利義滿在回書中也不客氣地自稱「日本國王臣源」，這說明無論在日本國內，還是在國際上，室町將軍都已經是日本國家權力的最高代表了，鎌倉以來公武二重政權的性質逐漸開始轉換，歷史真正邁入了武家號令天下的時代。
京方的足利幕府，之所以能夠最終取得南北爭亂的勝利，很大程度上得益於足利義詮對在鄉武士和各地守護的妥協讓步。南朝正平七年（北朝文和元年，公元1352年），足利尊氏以其子義詮的名義發布了「半濟法」，即允許守護以徵收「兵糧米」為名，獲取屬於公家、貴族和寺社莊園的一半年貢。這一政策最早在近江、美濃和尾張三國執行，足利義詮當政時逐漸擴大到北朝所控制的所有區域。
根據這一法令，各國守護得以加強對領內莊園的控制，能夠更加有效地把莊園武士徵召從軍，同時更有效地把在鄉武士團結在自己身邊，軍事實力逐步增強。正是靠著這一點，京方軍隊才得以在二代義詮和三代義滿時代不斷取得輝煌戰果，最終把南朝逼得無路可走，只好乖乖交出神器，讓出政權。
當然，這種莊園經濟向守護的領國經濟轉化的趨勢，實際上強化的只是作為整體的京方，而非足利幕府本身，這柄雙刃劍在消滅了「朝敵」以後，反過來也砍向足利幕府將軍，這卻是尊氏、義詮兩代都根本無法預料的。到了足利義滿時代，很多家族身兼數國守護，軍事實力和政治影響力都足以威脅幕府統治，義滿費盡畢生心力，也終究無法徹底解決這一問題。
就將軍本身的權力來說，室町幕府要遠遠超過鎌倉幕府，在內，沒有一個高高在上的「執權」，在外，逐漸從公武兩重政權轉化為武家獨立的政權。然而就幕權來說，室町幕府卻又遠遠不如北條氏執權掌控下的鎌倉幕府了。
室町幕府在初期，為了對抗南朝的軍隊，被迫授予或承認一些大的武士家族以數國的守護職，這些守護家族逐漸和領地上的庄官、地頭們結合起來，組成了新的武士集團。鎌倉初期，御家人直接由幕府掌控，包括地頭在內，和守護只具備上下級關係，而不具備主從關係，但從鎌倉後期開始，這種本不該具有的主從關係逐漸半公開地締結起來，進入室町時代以後更是來勢洶湧，無從遏制。
僅以足利義滿之子義持就任幕府將軍的時代來統計，除去鎌倉府管轄的十國、九州探題管轄的十一國，以及陸奧、出羽外，全日本其餘四十五國，由二十一個守護家族所瓜分，橫跨數國的大勢力絕不罕見，這就使得幕府和守護之間的矛盾日益激化起來。幕府削弱守護力量的基本對策是：一，行使守護補任權；二，介入守護家族內部的紛爭；三，慫恿直轄奉公眾和地方守護代的勾結。
所謂「奉公眾」，是足利義滿想到，將軍竟然沒有自己直轄的武裝，所以祖父尊氏才會在「觀應之擾亂」中一度被趕出京城，有鑒於此，他特意通過分化瓦解守護家族等行動，從地方武士中剝離分流出一部分來，轉化為將軍自己的武裝力量。不過奉公眾的數量其實並不算多，「明德之亂」中，義滿親率奉公眾討伐山名氏清和山名滿幸，所部也不過三千人而已。
幕府的毒瘤
雖然幾乎耗費了畢生精力，足利義滿終究無法徹底解決各地守護坐大的問題，只能暫時遏止這種趨勢的繼續發展而已。應永六年（公元1399年），他又挑起了「應永之亂」，算是繼削弱土岐、山名兩家後的第三次也是最後一次大規模行動。
「應永之亂」的主角是大內氏。大內氏傳說乃是百濟聖明王的兒子琳聖太子的後代，當年琳聖太子渡來日本，在周防國的多多良浜登陸，此後就居住在同國的大內村，世代繁衍，自稱多多良氏，苗字是大內——傳說是否真實，已經完全不可考了。大內氏就這樣在周防國內逐漸膨脹起來，鎌倉時代乃是幕府的御家人。南北朝初期，一門總領大內弘幸從屬於南朝，而其叔父大內（鷲頭）長弘則跟隨京方，發生嚴重對立。最終弘幸之子弘世獲勝，完全統一周防、長門兩國。
有大內氏這隻老虎雄踞西方，阻斷了中國地區通往九州的道路，使得足利幕府大為頭痛。於是，在足利尊氏、義詮父子的不斷策反下，南朝正平十三年（北朝延文三年，公元1358年），大內弘世終於歸順京方，並上洛謁見將軍義詮。
其後大內弘世之子義弘跟隨九州探題今川了俊屢建奇勛，於「明德之亂」中更是協助討滅了山名氏清，最終受封周防、長門、石見、豐前、和泉、紀伊六國守護職。他不僅領土廣大，並且還有兵有錢，利用對明朝和朝鮮的貿易大發了幾筆橫財，這就引起了足利義滿的側目。
於是在幕府的蓄意挑釁下，大內義弘於應永六年舉兵謀反。義弘勾結仍在九州鬧事的南朝殘餘菊池黨，並且聯合對足利義滿不滿的堂兄弟、鎌倉公方足利滿兼，發兵進駐攝津的堺。早有準備的足利義滿親率大軍出兵討伐，包圍了堺，在圍攻四十餘天后，終於將其攻克，大內義弘自殺。經此「應永之亂」，大內氏勢力受到極大壓制，守護領又退回到最初的周防、長門兩國。
應永十五年（公元1408年），足利義滿去世了，朝廷甚至一度打算給其上尊號為「太上天皇」。自此以後，各地守護勢力繼續膨脹，歷代幕府將軍仍想採用義滿的分化、瓦解等策略逐漸削弱之，卻因沒有義滿的才能而屢屢失手，甚至搞到最後，守護們的爭鬥結束了室町幕府本身的歷史使命。
其實除去地方守護，還有一個更為龐大的勢力也威脅著室町幕府的存在，那就是管轄關東地區的「鎌倉府」。和鎌倉時代不同，室町初期為了防備近在吉野的南朝，被迫把幕府統治中心設在京都，因此在武家傳統的勢力中心鎌倉另設「鎌倉公方」（亦稱關東將軍）一職，首任是二代將軍義詮，其後由義詮的兄弟足利基氏及其後裔世襲。鎌倉公方在關東八州（武蔵、相模、上野、下野、常陸、上總、下總、安房）和甲斐、伊豆兩國內的權力，彷彿幕府將軍。
幕府將軍和鎌倉公方，這是繼足利尊氏、直義的雙頭政治後的又一個雙頭政治，前一遭已經引發了「觀應之擾亂」，後一遭也不會生出什麼好果子來。足利基氏去世後，傳