南北朝之亂，並不僅僅是吉野（南朝）和京方（北朝）之間的爭鬥，吉野朝內部、京方內部，亦皆拉黨分派、鏖戰不休。最終的結果，是莊園經濟的沒落、守護經濟的抬頭，為其後諸侯割據的戰國亂世拉開了序幕。
顯家奮迅
吉野朝是建立起來了，但後醍醐麾下將領卻散布各方，根本無法統一指揮。咱們先說保護著東宮恆良親王北上敦賀的新田義貞，此時手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不斷有士卒因為凍餓而倒下，真是極度的艱苦。好不容易到達敦賀，受到了金崎大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
義貞以金崎城為基地，憑藉東宮之名徵集部隊，並派其弟脅屋義助前往要隘杣山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。杣山城城主瓜生保、義鑒兄弟在母親的授意下，搜集了數千兵馬趕來會合。
忙於穩定畿內局勢的足利尊氏在得知新田義貞圖謀北陸的消息後，急命越後守斯波高經率軍包圍了金崎城。此時，脅屋義助剛剛離開杣山城，正在返回金崎的途中，主從僅十六騎，當晚，他趁著夜色蒼茫，率領從騎繞著敵軍的陣地狂呼：「北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！」士氣並不高昂的斯波軍立刻慌亂得四散奔逃。於是脅屋義助兵不血刃地解了金崎之圍。
足利尊氏聞報大怒，遂於延元二年（公元1337年）元月，再派大將高師泰統率精銳殺向北陸。此時新田義貞手上並沒有足夠的軍隊，又不願放棄這來之不易的根據地逃往他處，正在苦無對策之時，突然接到後醍醐天皇的使者報稱天皇已在吉野復辟，並且召集到了一定數量的部隊，很快便會趕來支援，金崎城中軍民士氣頓時高漲萬分。
不過希望很快就落空了，後醍醐天皇保守吉野都感覺困難，哪有力量賓士數百里，趕來支援北國呢？不過是開張空頭支票罷了。只有脅屋義助比較迅速地點起數千杣山軍趕來，不幸於半途遭到高師泰的阻擊，激戰一天後，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而奮勇戰死，杣山軍全部覆沒。
金崎包圍戰從一月一直打到三月，最終城內矢盡糧絕。新田義貞、脅屋義助等數人保護著東宮恆良親王乘小船逃走，結果恆良親王還是在途中被京方軍隊擒獲，押回京都處死，而義貞子義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人則留下堅守到了最後一刻，城破後紛紛自殺。新田義貞兄弟逃到杣山城，集結熱血武士三千餘眾，屢次出擊，連敗京方軍，北陸戰事暫呈膠著狀態。
然而這個時候，奧州猛虎北畠顯家卻又開始行動了。足利尊氏進入京都以後，後醍醐天皇行蹤不明，北畠顯家就在陸奧靈山奉戴義良親王為主，積極備戰，準備東進復國。延元二年八月，他接到了新田義貞的求援書和後醍醐天皇從吉野發來的詔書後，遂與結城宗廣（結城親光之父）、伊達行朝等奧州豪族從靈山出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。
留守鎌倉的千壽王足利義詮派兵出利根川迎擊，被陸奧軍殺得全軍盡沒。而同時奉父命在上野搞煽動活動的新田義貞之子義興也舉兵響應，上野一國皆反，甚至連曾經發動過「中先代之亂」的北條時行也不知道從哪裡突然冒了出來，率其黨羽在伊豆舉兵，宣布加入南朝一方，給予義詮以致命的打擊。十二月，顯家、義興、時行三面合圍鎌倉，義詮棄城而逃。
拿下鎌倉以後，北畠顯家遂於翌年元月揮師西下。不甘失敗的足利義詮聚攏敗兵，尾追南朝部隊求戰，在美濃的青野原再度全軍覆沒。就這樣，足利尊氏起家的老窩、整個關東平原全都落到了北畠顯家手中，後醍醐天皇的吉野朝廷總算有了一塊還算成規模的領地。
然而，經過連番大戰之後，由於得不到關東地方豪族的支持，北畠顯家有限的兵力已經消耗殆盡，而足利尊氏則調遣高師泰、高師冬等部隊依託畿內地區，層層遞進地衝擊陸奧軍。在這種波浪式的消耗攻擊面前，北畠顯家終於抵擋不住了，只得繞過京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢複的陸奧軍再度攻擊京都，同聞訊而來的京方軍在奈良的般若坂發生戰鬥，結果北畠顯家戰敗，率領殘部遁入河內，義良親王則逃往吉野。
連遭挫敗的北畠顯家始終沒有離開畿內。三月八日，身處敵軍重重圍困下、糧草斷絕的顯家對駐紮在攝津四天王寺的細川顯氏軍發起突擊，並憑著孤注一擲的精神奇蹟般地在河內的石川河原打敗了顯氏的部隊，顯家之弟顯信更是趁機攻取了山城的男山城，直接威脅京都安全。
足利尊氏怎麼也沒料到竟會後院起火，馬上調遣高師直以下畿內所有部隊反撲男山城。高師直在攻打顯信堅守的男山城受挫後，改變戰術，除留下部分部隊圍城外，主力從各個方向朝一馬平川的四天王寺合圍過來。十五日，京方軍隊在四天王寺附近和北畠顯家的部隊遭遇，拉開了阿部野戰役的序幕。十六日晨，從兩翼進行包抄作戰的細川顯氏、高師冬加入戰團，遭到夾擊的顯家軍一敗塗地，本陣四天王寺陷落。
然而，頑強的北畠顯家竟然又一次從失敗中爬了起來，當年五月，他帶著不知道從哪裡變出來的軍隊，再度出現在了和泉的堺。五月二十二日，高師直聞訊而來，在石津與北畠顯家展開最後的激戰，這次，年僅二十一歲的顯家再也沒能從滿地屍骸中站立起來……
北畠顯家戰死後的當年七月，堅守長達四個月的男山城終於被攻破，北畠顯信遁走河內。
藤氏一揆
得益於北畠顯家的圍魏救趙戰術，固守杣山城的新田義貞贏得了短暫的喘息機會。在這彌足珍貴的幾個月時間裡，義貞得到越後、加賀等地僧兵部隊的有力支援，勢力像雪球一樣越滾越大，終於突破杣山城的包圍，屢敗京方軍，幾乎佔領了整個越前國。
南朝延元三年（北朝歷應元年，公元1338年）七月，得知北畠顯家戰死、男山城形勢危急的新田義貞抽調大部分兵力，任命脅屋義助為總大將進軍南下。剛到半路，就傳來了男山城陷落的消息，義助只得引兵返回北陸。義貞兄弟審時度勢，決定首先攻打駐守足羽城的斯波高經，以穩固後方——閏七月二日，北國的南朝大軍像潮水一般湧向足羽城。
然而，意外發生了，當時竹羽城附近的藤島寨由平泉寺的僧兵把守，新田義貞派兵攻打，因為久久沒能得到勝報，遂親率五十騎前往探察，行至半途，遭遇一支為數三百人的敵軍，混戰中一支流箭射中了義貞的眉心——叱吒天下的名將新田義貞，就這樣莫名其妙地戰死了，年僅三十八歲。
就在新田義貞戰歿的當月，後醍醐天皇任命北畠顯家之弟顯信為鎮守府將軍，將關東的軍事全權委託給他，以及其父北畠親房。次月也即當年八月，北朝光明天皇終於把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大將軍的名號賜了下來，足利幕府也稱室町幕府就此正式拉開帷幕。
到了南朝延元四年（北朝歷應二年，公元1339年）八月，後醍醐天皇身染重病，讓位給其子義良親王，然後沒過多久就咽了氣，享年五十二歲。所謂「後醍醐」之類，本是天皇的謚號，中國多在皇帝駕崩後由臣子追尊，日本卻往往由天皇在世時即擬定，後醍醐天皇也是如此，定此謚號，其意為追從醍醐天皇的功績，建立一個沒有幕府、院政、攝政關白的完全由天皇親政的時代——當然啦，歷史不會倒退，況且真實的醍醐天皇，也不過是攝關手中的半傀儡而已。
據說後醍醐天皇臨終時，左手持法華經，右手持寶劍，並且傳下遺言：「唯願消滅朝敵而致四海太平，縱使埋骨南山，魂魄也要遙望北闕。」他這種誓不罷休的精神，倒也是挺值得敬佩的。
南朝新帝登基，就是後村上天皇，年僅十二歲。且說當時天下局勢，南北朝各佔三分之一，餘下三分之一朝秦暮楚，左右搖擺。南朝主要由脅屋義助經營北陸，北畠親房、顯信父子經營關東。南朝興國元年（北朝歷應三年，公元1340年）九月，斯波高經攻破越前府中，脅屋義助經美濃、尾張，退往伊勢，不久後進入吉野，覲見了後村上天皇。
後村上天皇任命脅屋義助為西國、四國總大將，使其揮師從紀伊走海路挺進四國，在小豆島建立基地。四國豪族紛紛響應，義助很快便控制了大半個四國，同吉野朝廷及在九州奮戰的菊池黨遙相呼應。然而就在這一關鍵時刻，突如其來的疾病奪去了脅屋義助的生命，是為南朝興國三年（北朝康永元年，公元1342年）五月——四國地區的分裂形勢一直維持到南北朝結束。
而這個時候，主張「東國經營」的北畠親房，正在常陸、房總等地陷入苦戰。先是高師冬率京方軍東進，在小田城下擊敗了北畠親房，隨即小田城主小田治久內通高師冬，迫使親房退往關城，其子北畠顯時退往大寶城。高師冬繼續挺進關城，同時派遣小笠原貞宗進攻大寶城。就在這個緊要關頭，南朝方突然不知從哪兒跳出來一個近衛（藤原）經忠，大拆北畠親房的牆角。
話說攝政、關