元軍兩次試圖侵入日本，結果都因遭到頑強抵抗和不識海上風浪而失敗了。然而戰爭卻極大地削弱了鎌倉幕府對御家人的控制力，加之新興武士團「惡黨」的蜂起，終於吹響了幕府滅亡的號角。
以致用兵
北條時賴、長時、政村等人統治的二十多年間，鎌倉幕府進入了全盛期，得宗專制政權也逐漸穩固。不過武士們在掌握了政權以後，也很快奢靡腐朽下去，大有向京都公卿們看齊的跡象。為此，北條時賴等幕府執權大力提倡勤勞節儉，據說時賴本人的日常起居就相當簡單，即使住所殘破了也只是略加修葺而已，筵席上每每用味噌湯來替代酒水，《徒然草》中還記載著其母松下尼親手為兒子修補破損的門幛的軼事。
然而盛極而衰，否極泰來，本是人世常理，執權政治的種種危機暫時被壓制了下去，卻最終通過「文永·弘安之役」沉渣泛起，醞釀著一次總的爆發。咱們先從文永三年（1266年）說起吧，當年六月，將軍宗尊親王不滿執權北條氏的專斷，遂與親信武士密謀發動政變，消息泄露後，連署北條時宗廢黜了宗尊親王，另迎其子惟康親王就任征夷大將軍。
為什麼動手廢立的是連署，而不是執權呢？這是因為北條時宗乃是時賴的嫡子，繼承了得宗的地位，而長時、政村兩代執權卻並非得宗。北條時賴因為健康原因，於三十歲的盛年就退位隱居，把執權之位傳給堂叔北條（赤橋）長時，但他仍在幕後操控一切。弘長三年（公元1263年）十一月，北條時賴去世，享年三十七歲，遺言讓兒子時宗備位連署。次年八月，執權長時也去世了，傳位給他的堂叔北條政村，同時，年僅十四歲的時宗正式就任連署。可以說，北條長時的時代，乃是北條時賴時代的延續，而北條政村的時代，卻是北條時宗時代的開端。
關於歷代北條執權是否得宗出身，可見下圖——
當時北條執權的勢力如日中天，儼然日本唯一的統治者，經常有人跳過天皇、幕府將軍稱執權為「日本國王」，而執權們也都甘之如飴。就當這些北條氏的國王們還在考究傀儡將軍問題的時候，隔海相望的中國大陸卻已經出現了翻天覆地的變化——南宋景定元年（公元1260年），這時候日本的北條長時還沒有咽氣，三月份，忽必烈在開平稱蒙古大汗，九月擊敗政治對手阿里不哥於甘州，當年十二月，高麗王國向蒙古稱臣。
忽必烈野心勃勃，不僅想南下滅亡早已殘腐不堪的南宋王朝，還打算東渡大海，兼并日本。不過日本蕞爾小邦，僻在荒遠，派兵攻打實在太不划算，以忽必烈最初的心思，是想派遣一介使臣說服日本主動歸降，如同高麗國故事。
這位蒙古使臣名叫黑的，不過他最初並沒有真正到達日本。在進入高麗國以後，國王認為海上風浪極其危險，怎能讓上邦使節受此顛簸辛苦？於是派起居舍人潘阜代替黑的前往。文永四年（公元1267年）九月，潘阜來到日本，呈遞高麗國書。
自從白村江水戰被唐朝打敗以後，日本基本上就沒有遭遇過來自外部的強大壓力，一晃六百多年過去了，朝野上下莫不以為世界上只有日本和西方和平的大國中國，以及高麗等中國的附庸國，內部廝殺得再厲害，外界也絕無紛爭。所以日本朝廷在不明了大陸形勢的情況下，遲遲未肯回書高麗。
於是黑的等不及了，於次年元月親自渡海來到太宰府，遞上蒙古國書，要求儘快給予答覆。當地的守護少貳資能急將國書送往鎌倉，幕府接到一看，上寫：「高麗，朕之東籓也。日本密邇高麗，開國以來，亦時通中國，至於朕躬，而無一乘之使以通和好。尚恐王國知之未審，故特遣使持書，布告朕志，冀自今以往，通問結好，以相親睦。且聖人以四海為家，不相通好，豈一家之理哉？以至用兵，夫孰所好，王其圖之。」雖然只寫著「通好」，沒寫要日本臣服，但明確給出了「以至用兵」的威脅。幕府不敢擅專，立刻上奏朝廷。
日本和南宋的關係一直很好，雙方通商往來頻繁，日本本身金屬匱乏，不鑄銅錢，全靠從南宋進口。基於這種考量，日本又怎能向南宋的敵國蒙古低頭呢？一時間朝議洶洶，全都認為不可通好，連回信都不肯寫，就派兵「恭送」黑的離境。
不過既然蒙古人已經作了開戰的威脅，日本當然不能不預作防備，於是幕府下令贊岐等國的御家人做好戰鬥準備。當年三月五日，北條政村自認為年老體衰，無法面對如此危局，乾脆把執權之位讓給了連署，即年僅十八歲的北條時宗。
是戰是降，你總得給個答覆吧，黑的兩手空空，這可怎麼回去向大汗忽必烈交代呀？於是文永六年（公元1269年）三月，他再次渡海來到日本最西北方的對馬島，要求獲得返書，在遲遲得不到回覆後，乾脆大肆搶掠一番，然後才打道回國。蒙古人野蠻，高麗人還算文明，知道光靠武力解決不了問題，於是當年九月，高麗自己再派使者來到日本，送還了半年前搶走的兩名對馬島民，並且呈遞上蒙古中書省的最後通牒。
第二年，日本朝廷終於決定正式寫下拒絕通好的國書了，先擬定草稿送到鎌倉，等執權北條時宗點頭以後，才派使者送往高麗。這種強硬的態度，終於激起了忽必烈武力征服日本的野心……
文永之役
元朝至元八年（公元1271年）十一月，忽必烈正式稱帝，建立大元帝國。帝國一方面以摧枯拉朽之勢攻打南宋，另方面也做好了渡海侵略日本的準備。到了至元十一年（公元1274年），他下詔在朝鮮建立征東行省，徵發高麗船工、民伕三萬五千人，建造了九百艘大戰艦。當年十月，忻都為都元帥，洪荼丘、劉復亨為左右元帥，率領大軍四萬，從朝鮮的合浦出發，浩浩蕩蕩遠征日本。
十月四日，元軍在對馬島附近出現，守護代（守護的代理人）宗助國父子率八十騎攔阻，詰問上陸理由，卻被毫不留情地殲滅了。十五日，元軍又佔領了壹岐島，守護代平經高以下百餘人戰死。二十日，四萬元軍在九州的博多登陸，鎌倉幕府方面則聚集了少貳經資、大友賴泰、菊池武房、島津久經、竹崎季長等九州諸國兵馬，甚至寺院僧兵，總計十萬兩千人，雄赳赳、氣昂昂地前往迎戰。
上午時分，在百海原地區，激烈的戰鬥打響了。日本騎馬武士在各自家主的率領下，首先以許多個數百人的小隊向排列成密集方陣的元軍步兵陣地展開突襲。面對這種和蒙古人最初起家時候差不多的古老戰法，元軍擺開了各種火器應對，據日本方面記載，一種名叫「震天雷」的火藥球不斷在日軍陣中爆炸，爆炸時發出如同百雷落地的巨響，使得日方的騎馬武士和戰馬全都驚恐不知所措，煙霧中鐵屑、瓷片四下紛飛，給隊形密集的日本武士集團造成了非常嚴重的殺傷。
雙方的武器裝備和戰爭技術實在相差太遠了，六百多年以來，大陸的武器配備已經從純冷兵器進化到冷熱兵器並用的階段，戰術也有了長足的進步，而日本方面幾乎和白村江水戰時候相差不遠。僅以弓箭而論，元軍使用的複合弓射程較遠，射擊周期也比較短，而日方的纏藤弓大多只是單體弓，射程近，過長的箭支也使射擊周期延長，再加上元軍的箭支上浸過毒藥，日軍中者無不肌膚糜爛。元軍在作戰時擊鼓鳴金，也使得日軍的馬匹驚躍狂奔，無法控制。習慣於「一騎打」（單挑）戰術的日本武士在和使用先進集團戰術的元軍進行短兵作戰時，遭受的損失更為巨大。
儘管在武器上、戰術上，日方都要落後許多，但是為了保衛自己的家鄉，他們表現出了非常頑強的鬥志。尤其是少貳經資、菊池武房、竹崎季長等人，率領手持薙刀（一種長柄窄身刀）、身披薄弱鎧甲的騎馬隊，不斷頑強地向元軍陣地發動突擊，使得元軍的遠程武器失去作用。混戰中，元軍副元帥劉復亨中流箭落馬，導致士氣大衰，損失慘重的日軍趁機撤退，憑藉水城（白村江戰後建築的一座巨大水壩）重新布陣。元軍害怕遭到日軍的夜襲，不敢在陸地上紮營，被迫退回船上進行休整。
不料當日夜間，海面上突然颳起了猛烈的颱風，元軍船隻被傾覆二百餘艘，落水淹死者不可勝數。二十一日晨光熹微，日軍來到海岸邊時，卻發現海面上不見敵軍，只剩下了一些破碎的木片。幕府的武士們不敢相信自己已經勝利了，直至抓到了元軍的俘虜後才派遣快馬進京報捷。此戰元軍戰死、溺死大半，最後輾轉回到大陸的只剩下一萬三千五百人——日本史上稱為「文永之役」。
朝廷得報後大喜若狂，龜山上皇巡迴各大寺廟神社，到處做「異國降伏」的祈禱。然而年輕的北條時宗卻並沒有被勝利沖昏頭腦，在冷靜分析了形勢以後，他認為元朝是大過日本百倍的大國，不會因為一次戰役遭受重大損失就停兵罷戰。於是，他急忙命令各國守護回國徵發全國六十五歲以下的男子充當預備役士兵，各寺院的僧兵也被動員起來保衛國家，加強軍備建設，並組織民夫修建環繞博多灣的堅固石堤。同時，他對各國武士也進行了細緻的分工：四國、九州地方的武士在本地加強防禦；中