日本第一個真正意義上的武家（武士階層）政權，終於在腥風血雨中誕生了，然而天皇朝廷並不是立刻便成為傀儡的，在相當長一段時間內，公、武雙方仍在互相協作、互相競爭，時而妥協，時而敵對。
烈火衣川之館
高倉天皇治承四年（公元1180年），出師未捷身先死的源以光發下「以仁王令旨」，就此掀起了反抗伊勢平氏的洶湧怒濤，中經安德天皇養和、壽永兩個年號，直到後鳥羽天皇元曆元年（公元1184年），平氏一門在壇之浦盡數覆滅，結束了長達四年的全國性動亂——這就是俗稱的「源平合戰」，史稱「治承·壽永之亂」。
曾經輝煌一時的伊勢平家，至此灰飛煙滅。平清盛的兩個兄弟——教盛、經盛，兒子平知盛，還有大群孫兒、侄孫，全都跟著女眷和安德天皇一起跳了海，然而一門總領的平宗盛卻竟然貪生怕死，遲遲不肯入水，最終當了俘虜——總大將是這般德行，仗又怎麼可能打得贏呢？
據說平宗盛被押赴鎌倉，他在源賴朝面前哀告求活，極其卑躬屈膝，賴朝覺得這般貨色活在世上也無益處，當即下令將其處死。平宗盛之弟平重衡也未蹈海死難，因為他曾經領兵攻打過興福寺，因而南都僧眾要求引渡，遂即將其在木津川畔斬首。
伊勢平家最後只剩下了一個平賴盛，此人早就與後白河院暗中勾搭，根本就沒有跟隨族人遷往西國，而是留在了京都，戰後出家為族人乞求冥福，法號重蓮。可以說，伊勢平氏除賴盛一支外，盡皆覆滅，幾無孑遺。
至此，源賴朝先後殄滅了伊勢平氏和信濃源氏（木曾義仲）兩大軍事集團，成為全日本武士名義上的共主。為什麼說是名義上的呢？因為當兩個兄弟統領大軍在外征戰之時，賴朝本人不過窩在鎌倉老巢搞內政而已，恐怕如今軍中只知有「蒲將軍」和「九郎判官」，而不知有他這個源氏棟樑了——於是乎，賴朝的黑手便向老弟們伸去。
源范賴聽到風聲，嚇個半死，整天躲在家裡不敢出來，就知道求神拜佛，加上一封又一封給兄長寫效忠書。賴朝也知道他是草包，可是草包手握重兵（哪怕是曾經手握重兵）一樣很危險，最終還是找了個借口把可憐的范賴幹掉了。
下一個目標，當然是九郎義經。正好後白河院為了制約賴朝，大力拉攏警衛京都的義經，封官賞爵，毫不吝惜，這就更加引發了賴朝的猜忌。於是在重臣梶原景時的進言下，賴朝發布了討伐逆賊源義經的命令——據說在「烈風逆櫓，強登屋島」的時候，景時與義經兩人便已結下深仇。
所謂「烈風逆櫓，強登屋島」，指的就是元歷二年（公元1185年）二月，源義經接替源范賴指揮兵馬，攻打盤踞在屋島的平家殘黨。他搜集了一些船隻，不顧狂風急浪，便欲橫渡海峽。
軍監梶原景時建議說：「應該在船上安裝逆櫓。」
義經詢問：「何謂逆櫓？」
景時答道：「要戰馬馳騁，必須上下左右迴轉自如，行船也是如此。船只能夠快速後退是非常重要的，所以要在船首船尾都安上櫓，船的兩側安上舵，這樣便能進退自如了。」
義經聞言笑道：「話雖如此，但尚未接戰便想到後退，恐怕不太好吧。」
景時耐心地解釋道：「為大將者，要宜進則進，宜退則退，如同野豬一般只知一味向前猛衝，是無法率領全軍取得勝利的。」
然而義經不但不肯聽勸，反而嘲笑景時膽怯，說：「什麼野豬、野鹿，戰而能勝才是最重要的。你的船上什麼順櫓、逆櫓，想安一千張、一萬張，隨便你了，我的船上是定然不需要的！」
兩人為此大吵了一架，隨即義經竟然賭氣，就在當晚風勢最盛的時候，並不知會梶原景時，就單獨率領麾下一百五十騎乘船向西進發了——就此奇襲屋島，獲得大勝。據說梶原景時正是從此時開始，極度地厭惡和嫉恨義經。
民間傳說中的源義經，淳樸善良，不願與兄長作戰，更不願讓好不容易安定下來的國家再起紛爭，於是主動退出京都，率領臣子、家眷逃往陸奧。不過撥開歷史的重重迷霧，按常理推斷，就算他想不戰而逃，後白河院也是不會輕易答應的吧？事實上，表面上最先挑起紛爭的正是義經本人——平氏覆滅的當年八月十四日，朝廷改元「賓士」，隨即就應義經之請發布了賴朝討伐令。
究其根由，乃是以後白河院為首的舊貴族害怕源賴朝變成第二個平清盛，因此竭力拉攏義經，而義經的那位叔父源行家，也因與賴朝不睦而從旁攛掇。義經本人在戰陣上奇計百出，無人能敵，在政治上卻稚嫩得有如孩童一般，就此上了他們的圈套，於是高舉朝廷之「大義」，悍然向兄長樹起反旗。
源賴朝自從定居鎌倉以後，基本上就沒挪過窩，此番聽說兄弟在京都謀叛，被迫親率大軍西上。源義經看老哥來勢洶洶，知道無力抵禦，這才被迫化妝亡命，前往曾經受過庇護的奧州藤原秀衡門下避難。賴朝聞報後，派老丈人北條時政統率千騎入京以穩定局勢，自己安然退回了鎌倉。
至於那位源行家，也在同時期倉皇逃出了京都，不過他這回再沒當年那般一藏數十年的好運氣了，短短數月後即被捕獲，滿門皆遭處斬。
藤原秀衡是個老狐狸，雖然與賴朝一向關係不錯，但平氏既滅，然後四國、九州平定，他心裡咯噔一下，知道自己的領地也危險了，於是高興地收留了義經，為異日與賴朝兵戎相見預布棋子。然而秀衡不久後便去世了，家督（一門總領）之位傳給了兒子泰衡。藤原泰衡能力不如老爹，源賴朝一威嚇，他就怕得要死，遂於文治五年（公元1189年）閏四月，秘密派兵包圍了源義經的住處衣川之館。
三十一歲的義經知道大勢已去，於是和妻（三十二歲）、女（四歲）自焚而死，家臣武藏坊弁慶、鷲尾經春等人則惡戰到最後一口氣……
順便說說義經有位名叫靜的愛妾，據說本是京都的白拍子（一種女性著男裝的舞蹈藝術），色藝雙絕，性格溫柔。義經逃出京都後便與已經懷有身孕的靜御前失散了，靜御前隨即被源賴朝所捕，並在囚禁中產下一個男孩。源賴朝本著斬草除根的原則，下令將此男嬰處死。靜御前悲痛欲絕，不久又聽說了愛人義經自殺的消息，於是出家為尼，鬱鬱而終。
源義經與靜御前的愛情悲劇，成為日本文藝作品中經久不衰的主題，彷彿我國的楚霸王項羽和虞姬一般。
然而源義經的被殺，並不能阻遏洶湧而來的鎌倉大軍。當年八月，源賴朝攻克平泉，滅亡了自毀長城的奧州藤原氏，就此真正統一了天下。
其實，用最終結果來倒推，義經對賴朝功莫大焉，他使得賴朝有借口壓制或消滅可能成為隱患的兩大勢力，一個是奧州藤原氏，另一個就是京都的舊公卿們。北條時政趁著奉命入京戡亂的機會，大肆打壓親義經派公卿，後白河院出面說情，時政就此提出兩個苛刻的條件：其一，請朝廷允許鎌倉政權在各國派駐守護職以執掌軍事權和警察權；其二，允許鎌倉政權在朝廷、公卿們的莊園中派駐地頭，參與管理。在時政的要挾和逼迫下，後白河院只得忍氣吞聲地答應了。
建久三年（1192年）三月，隨著新時代的來臨，舊時代的代表人物後白河院終於咽下了最後一口氣，時年六十六歲。後白河院畢生都在為復興天皇朝廷、把政權收歸皇族而努力，他先是借平氏之手重創攝關家，隨即又借源氏之手消滅平氏，在義仲、義經、賴朝三人間不斷地挑起矛盾和紛爭。然而歷史潮流是不以個人意志為轉移的，後白河院引發了無數戰亂，最終迎來的卻是皇族政治的最頑強的掘墓人源賴朝，以及賴朝的代表北條時政。因此，後白河院原本的親信信西曾評價他為「和漢史上最大的昏君」，無疑是以偏概全，而源賴朝說他是「日本第一號大天狗」，專事攪局，從某種意義上來說，卻非常接近事實。
公武兩重政權
建久三年七月，源賴朝受封為征夷大將軍，正式開幕，史稱源氏幕府或鎌倉幕府。鎌倉幕府具有相對獨立的統治機構，以鎌倉為中心，觸角幾乎延伸到日本社會的每個角落，與平氏六波羅政權不同，乃是真正意義上的武家政權。
在武家政權的中央也即鎌倉，設置有負責行政的「公文所」，負責司法的「問注所」和負責軍警權力的「侍所」，都直接從屬於幕府將軍。而在地方上，各國都設置守護職，從朝廷派駐的國司手中褫奪了軍警大權。這些守護平時維持治安，監督御家人輪流戍守京都和鎌倉（稱京都大番役和鎌倉大番役），戰時則統率國內的御家人出征。
——平安時代，侍奉貴族或者武家棟樑的武士被稱為「家人」。鎌倉幕府成立後，那些與幕府將軍結為主從關係的武士，為表對主家的敬意，在相關主家事物的辭彙上往往多加一個「御」字，「御家人」的稱呼即因此而來。
幕府的經濟基礎來源於「關東御成敗地」，在這裡「成敗」是「處分」的意思，指幕府將軍有權管理，可隨意處分的領地。這些領地包括三