仿唐的京城、仿唐的制度、仿唐的文化，這是一個全面向大陸學習的充滿朝氣的時代，也是中央集權、天皇集權幻滅的時代，日本在學習過程中，走出了自己獨特的道路。
壬申之亂
孝德大王有兩個年號：大化和白雉，其後的齊明、天智兩朝都沒有改元。天智大王十年（公元671年）十月，天智大王重病卧床，東宮大海人王子以出家為大王祈禱為名，避禍南走吉野。十二月，天智大王在近江大津宮病歿，臨終前傳位大友王子，並囑咐左大臣蘇我赤兄、右大臣中臣金，以及御史大夫蘇我果安、巨勢人和紀大人等共同輔佐大友王子。
《日本書紀》里按照中國的習慣，把大海人王子稱為「皇太弟」，但對於天智大王是否曾經正式冊立他為東宮，史學界還有異論，有人認為是《書紀》的編造，是為日後的勝利者塗脂抹粉。而對於天智大王最終傳位給親生兒子大友王子，也有兩種說法，一種說法是大王刻意排除大海人王子的繼承人，另一種說法則是大海人王子為了避免猜忌，主動推舉了大友王子。
總之，天智大王病歿的時候，大海人王子還在吉野山中流浪，身邊只有二十餘名舍人、十餘名女官，以及妻子菟野王女和菟野所生的草壁、忍壁兩個年幼的兒子而已，如果大友王子及時派兵追殺，甚至只要派出幾名刺客，就能取了大海人王子的項上人頭。然而大友王子懾於叔父的威名，不敢遽發追兵，只是徵募兵馬，鞏固城防，防止大海人王子回到京城來搶班奪權而已。
大海人王子在吉野的群山之中倉皇逃竄了整整六個月，看到朝廷並無值得擔心的舉措，這才定下神來，遣人回歸自己在美濃的領地，召集部屬，準備發難。東日本各地王族和地方氏族紛紛來投，大海人的勢力迅速膨脹到數萬大軍。天智大王晚年向守舊派低頭，使得許多中小氏族大為不滿，他們無不寄希望於大海人王子，殷切盼望等他掌權以後，可以掃除天智朝的弊端，繼續推進改革，清除壓在自己頭上的傳統大氏族勢力。
一個社會越有流動性，就越有蓬勃朝氣。奴隸制太過等級森嚴，同為統治階級，大族不亡，小族根本就沒有冒頭的日子。封建社會同樣等級森嚴，但統治階級內部的升降變化卻有所鬆動，這就給了很多冒險家可乘之機。至於百姓們，也大多希望可以徹底擺脫部民即奴隸的命運，農奴或佃農活得雖然也挺慘，卻總有渺茫的機會積聚財富，人身安全也較有保障。兩害相權取其輕，百姓們也大都傾向於改革派的大海人王子。
很快，大海人王子就走出了吉野的群山，經伊賀、伊勢前往美濃，其長男高市王子及另一子大津王子也來相會，父子同心，很快便聚攏了東海、東山兩道的軍隊，進抵不破關（在今天的岐阜縣不破郡關原町，為東日本通往近畿地區的要隘）。大友王子發兵來迎，戰鬥首先在關原爆發（請記住這一戰略要地，近千年後，又將有一場決定全日本命運的大戰役在此地展開）。
這是農曆壬申年（公元672年）六七月間發生的事，故此史稱「壬申之亂」。
壬申之亂規模很大，大海人王子和大友王子幾乎二分日本。大海人王子的部屬大多來自本州島中東部，因而大友王子便派遣使者向西，打算調動吉備和筑紫（本州島西部和九州島）的兵力赴京平叛。然而使者來到筑紫，扺掌九州地區兵馬大權的筑紫率（後稱太宰帥）栗隈王卻不肯派發一兵一卒。
這位栗隈王，可能是敏達大王之子難波王子的兒子（一說孫子），是後來四大姓中橘姓的先祖，他的政治觀點是比較傾向於大海人王子的，因此借口必須嚴密防備外國來侵（肯定是指唐軍啦），一口回絕了大友王子的調兵命令。
大友王子派往筑紫的使臣名叫佐伯男，他反覆勸說，都快把嘴皮子磨幹了，卻領不到一兵一卒，惱怒之下，竟然起了殺心，打算派遣刺客暗殺栗隈王。可是栗隈王有兩個武藝高強的兒子，一名美努王，一名武家王，總是身佩寶劍衛護在老爹身邊，使得佐伯男無隙可乘，最終只得頹然返京。
大友王子派往別處的使者也大多空手而歸，最終他只能集結近江附近的部分兵馬，就兵數而論，完全落在下風。不僅如此，他派遣三名使臣前往倭京（即過去的飛鳥京），打算調動留守司高坂王的兵馬，誰承想，卻被一名名叫大伴吹負的貴族發動兵變，奪取了兵馬，反倒掉過頭來呼應大海人王子，直取近江京。
由此可見，大友王子雖非失道，卻極寡助，最終戰敗的命運，早就已經註定了。
且說大伴吹負率軍攻打近江京，近江朝廷急忙發兵抵禦，雙方展開激戰。大伴吹負一度戰敗，被迫後退，但他極為頑強，很快就收攏敗卒，反身再戰。另一方面，大海人王子在關原得勝後，便即分兵兩路，一路直接西進，一路先南下伊勢、大和後再轉身北征，企圖合圍近江京。眼瞧著大伴吹負又將二番戰敗，由紀伊閉麻呂指揮的大海人方北路軍已然殺到，終於把大伴吹負從重重包圍中拯救了出來。
兩軍主力，就此終於碰撞，壬申年七月二十二日，在京城附近的瀨田橋展開決戰。只見打著紅旗、圍著紅袖標的大海人一方的軍隊到處都是，鼓聲震天，矢下如雨，大友側，也即近江朝廷方的軍隊很快就被擊潰了。翌日，大友王子被迫自縊而死，五位顧命重臣一個搶先自裁，剩下的被處死一人、流放二人、赦免一人。
就這樣，短短一個月就徹底翻盤的大海人王子，得意揚揚地進入已經變成一片殘垣瓦礫的近江京。
至於控制近江京半年多時間的大友王子，就此被歷史所遺忘，一直等到一千兩百餘年後的明治三年（公元1870年），才為他追加謚號，稱弘文天皇。
鼓聲催短命
近江京已經殘破，並且這座老哥天智大王的都城，給大海人王子留下了太多不好的記憶，因此他在取得「壬申之亂」的勝利以後，立刻下令在大和營建新的都城和宮殿，是為飛鳥凈御原宮。次年二月，大海人王子在凈御原宮正式登基，即為天武大王，立曾經與他共同在吉野山中流亡的菟野王女為王后。
估計是在天武大王時代，大和朝廷在對外交往的時候，開始正式稱自己為「日本」。《舊唐書》中說：「日本國者，倭國之別種也。以其國在日邊，故以日本為名。或曰：倭國自惡其名不雅，改為日本。或云：日本舊小國，並倭國之地。其人入朝者，多自矜大，不以實對，故中國疑焉。」《新唐書》將此事記載於「咸亨元年，（倭國）遣使賀平高麗」之後，唐高宗咸亨元年是公元670年，也即天智大王去世的前一年。
天武大王在位總共十三年，鞏固並且推進了大化改新的成果。他首先重新設定中央貴族和地方豪族的氏姓等級，分為八種，即真人、朝臣、宿禰、忌寸、道師、臣、連和稻置，同時下詔，廢除天智大王時代所恢複的氏上私有部民制度，並將賜予諸王、諸臣和寺院的「山澤島浦、林野池湖」全部收歸國有。為了加強中央集權，天武大王甚至多年都不任命大臣，別說領班的太政大臣了，就連輔佐官左大臣、右大臣和內大臣等等也全不任命，地方國司等官員也大都委以中下等氏姓——這是真正的大王獨裁統治。
在外交方面，天武大王終於正視現實，不但繼續向唐朝派遣使團和留學生，還與新羅恢複了正常邦交。從此他善待來自新羅的渡來人（遺民），原本的百濟遺民則受到冷遇。
天武大王九年（公元681年）二月，《飛鳥凈御原令》開始編纂，這是日本歷史上第二部成文法典。同月，立草壁王子為東宮。
草壁王子是菟野王后之子，不僅能力平平，並且體弱多病。其實貴族們所仰望的王子是大津王子，其母大田王女是菟野王后的姐姐，兩人並為天智大王的同母姐妹，也就是說，是天武大王的異母姐妹——前面提過，兄妹通婚對於日本皇室來說本是很平常的事情，他們還因此吹噓說自己是神的直系後裔，這種行為彷彿伊邪那岐和伊邪那美兄妹通婚——然而菟野王后當年帶著兒子跟隨丈夫在吉野山中流浪，同甘共苦，最為得寵，得以受封王后，子以母貴，草壁王子就此登上了東宮的寶座。
至於長男高市王子，因為母親地位實在低下，屬於庶出，所以基本上沒人理。
做事果斷的天武大王在繼承人問題上卻猶豫不決，就在封草壁王子為東宮的兩年後，他又允許大津王子參與朝政，這無疑便掀起了新的類似大海人和大友之間的派系鬥爭。不過好在草壁王子有個心狠手辣的母親，朱鳥元年（公元686年）九月，天武大王駕崩，屍骨未寒，菟野王后就臨朝稱制，然後誣陷大津王子謀反，把他及其同黨三十餘人悉數逮捕。十月，大津王子被迫自殺，寫下辭世詩一首：
金鳥臨西舍，鼓聲催短命，泉路無賓主，此夕離家行。
天武大王的靈柩一直停了兩年零三個月，直到菟野王后利用種種手段把朝臣都掌控到自己手裡，才於戊子年（公元688年）十一月正式安葬其夫。王后費盡心機，清除了草壁王子登基的種種障