滿人推翻了漢人的王朝，漢人將自己的文化帶給了滿人。早在改朝換代後的第三年，清朝就重新開科取士，越來越多的讀書人走上仕途，為國家的良性運轉貢獻智慧。清朝皇帝雖來自異族，但在治理國家上展現了出色的才能。他們對漢族制度、文化的推崇，讓越來越多的漢人產生了認同感。
侯家的好友陸元輔去北京設館授業時，玄泓的兒子侯榮已經改名侯開國，隨他一同在京城遊歷。 侯開國進入國子監讀書，外界對他的評價皆是「讀書不求仕進」。 他在父親玄泓去世後，擔負起奉養繼母莫氏和弟弟的責任。作為忠臣的後代，他謹記侯家的門風，將祖輩的節義精神融於自己的詩作，「稱名山水，憑弔古墓，傷悼骨肉」，形成與當時詩壇不一樣的風格。
他們在京城交往的朋友中，有漢人，也來自山海關外的滿人。無論漢人還是滿人，都給予了他們極大的尊重。
朱彝尊是他們的漢人朋友之一，同樣來自江南，明亡後參加過抗清活動，失敗後隱居不仕。在康熙十七年的「博學宏詞科」考試後，受到重用，籌備編修《明史》，並編修文學叢書《明詩綜》。在《明詩綜》中，他心懷敬意地收錄了侯峒曾、侯岐曾、侯玄演、侯玄潔、侯檠、夏淑吉、姚媯俞、盛韞貞、章有渭等多名侯氏族人的詩篇。
納蘭性德是他們的滿族友人。他來自權臣之家，愛好漢族文化。「人生若只如初見，何事秋風悲畫扇。等閑變卻故人心，卻道故人心易變……」當飽含漢語文化精華的詩句從異族人的口中吟出時，相信沒有人再頑固地把「華夷之辨」的民族觀放在首位。納蘭性德欽佩陸元輔的學問，兩人亦師亦友。在陸元輔等多名漢族大儒的鼎力支持下，納蘭性德主持編輯了一套一千八百卷的儒家著述《通志堂經解》，其中有兩部署名納蘭性德的著作都是由陸元輔代筆的。
當侯開國向朋友們聲稱，他要「述祖德，守先業」 ，在嘉定縣城的侯氏故宅建一座書房「鳳阿山房」時，朋友們的熱情似乎比他還高。鳳阿山房選址在侯家院內的葉池岸邊。葉池是侯玄汸、侯玄泓年少讀書處，也是侯峒曾和侯玄演、侯玄潔罹難的現場。多位畫家朋友依照他的設想，為鳳阿山房繪製了景觀圖。朱彝尊為他題寫了門額，嘉定的朋友們紛紛寫詩撰文，表達對鳳阿山房的興趣。 他們的熱情，既來自和侯開國的友情，也是向侯氏家族致敬。
以陸元輔、侯開國為代表的嘉定讀書人，將嘉定文學推向新的高度，一時間人才輩出，出現了「嘉定六君子」（陸元輔、趙俞、張雲章、張大受、張鵬翀、孫致彌）和「疁城八子」（侯開國、趙俞、孫致彌、王畮、張雲章、王度、張僧乙、李聖芝）的新氣象。
只是，紙墨書香沒有改善他們的物質生活。玄泓的兒子侯開國、侯棠、侯萊，玄汸的兒子侯來宜，侯開國的兒子侯銓、侯永、侯燾，黃淳耀的兒子黃㺱，陸元輔，蘇淵，這些抗清領袖的家人、門生，生活無不陷入困窘。他們或者在學校讀書，領取微薄的官府補助，或者去大家族教書賺取薪水，業餘寫字賣畫。 侯開國的鳳阿山房最終沒有建成，多半是由於資金不足。
他們成為另一種遺民：讀書，但不科考、不做官；與文人、官員有來往，但與政治保持距離。孤獨堅守的箇中滋味，只有他們自己懂得。從現實來說，他們有權追求富足的生活，而作為忠臣的後代，他們又要在新朝廷潔身自好。
從後世的記述中，我們可以感受到他們堅守的不易：侯開國在康熙初年受封六品州同，但沒有赴任，侯來宜成為「吏部候選」後也沒了下文； 陸元輔參加康熙朝「博學鴻詞科」考試前，夢見黃淳耀在他面前寫下「碧血」二字，他大受震撼，在考試中發揮失常，從此不再參加科考； 黃淳耀的兒子黃㺱參加清朝的院試前，莫名其妙地被病魔擊倒，口鼻冒血，從此放棄科考； 龔元侃與侯蓁宜的兒子龔概采參加院試時，提學官念及他是忠臣後代，想給他優待，結果他回答：「我豈敢以祖宗碧血為子孫青衿地耶？」終身不再應試。
一件件看似偶然的事件，編織成一種必然。後世費心搜集他們「絕意仕進」的種種傳聞，報以稱讚的口吻，然而誰能理解他們內心的糾結？這幾乎是無法擺脫的命運。先人的精神籠罩著他們，讓他們別無選擇。他們的心底一定經歷了掙扎，但最終選擇了堅守。
康熙二十三年（1684年），清朝平定了南方的「三藩之亂」和台灣鄭氏政權，將台灣納入帝國的版圖。各地漢人的反清情緒逐漸平息，沒有人再「不識時務」地公然與朝廷作對。結束了順治朝十八年和康熙朝初年的艱難生活後，百姓享受到政治穩定帶來的安寧與繁榮。
嘉定經過休養生息，成為吳地巨縣，百姓的生活也恢複了平靜。昔日的諸翟鎮龍江村，改名紫隄村。夏天，蟠龍江兩岸紫薇盛放，倒映在水中，整個村莊變成一片紫紅色。南翔、羅店、大場等市鎮店鋪林立，貿易發達。「金羅店，銀南翔，銅江灣，鐵大場，教化嘉定食婁塘，武舉出在徐家行。」 民間流傳的俗語，見證了歲月承平後的繁榮氣象。
也是在這一年，三十歲的康熙皇帝第一次離開紫禁城向南巡視。他的儒雅、包容得到江南官民的肯定。百姓聽說他常常微服私訪，去曲阜孔廟祭拜孔子，悉心考察地方官員，監督黃河水利工程，為江南讀書人增加入學名額。不僅如此，他還去南京祭拜明孝陵，撫恤明朝皇室的後裔，表達對明朝的敬意。值得一提的是，康熙皇帝在接下來的一次南巡過後感染了瘧疾，但他藉助西方傳教士帶來的金雞納霜（奎寧），治好了自己的病。從此，瘧疾在中國有了徹底的治癒方法。
在後續幾次南巡中，康熙皇帝更加表現出對漢族文化的推崇，對明末忠臣的尊敬，對平民百姓的體恤。「投我以木桃，報之以瓊瑤」，江南的紳衿軍民也用「張結綵幔、夾道跪迎、感恩叩謝、歡聲雷動」的場面歡迎這位年輕有為的皇帝。
在嘉定，這一年還有另一件大事。繼上次修志僅僅十年後，嘉定縣又一次續修地方志。時為山西聞喜縣令的許自俊和名列「嘉定六君子」的陸元輔、孫致彌（孫元化的孫子）、趙俞，以及侯家人侯開國，參與了地方志的編纂。
續修的縣誌規模不大，一共五卷，單是《藝文志》就佔了兩卷。從《藝文志》可以看出，官方對明末忠臣的態度更加寬容了。在嘉定守城抗清過去整整四十年後，縣誌收入了第一首公開悼念黃淳耀兄弟的詩。 雖然沒有直接悼念侯家的詩文，但《藝文志》收錄了侯家友人、詩人計東寫的一篇《上谷宗祠記》。文中以侯家重修宗祠為切入點，記述了侯家從侯堯封、侯震暘，到侯峒曾、侯岐曾，再到侯玄汸等幾代人的功德傳承，以及侯家幾代婦女「為天下婦女師法則」的節烈事迹，讚揚侯家的節義與文章並舉，認為侯家的文學風氣帶動了整個嘉定，使「東南人士稍知讀書」。 相比十年前修志時的隱晦筆法，編撰者對侯家的忠正門風表示極大讚揚，找到了政治立場的平衡。
在日漸鬆動的政治環境下，嘉定知縣奏請朝廷為侯峒曾、黃淳耀立祠建廟也就順理成章，陸續獲得朝廷的批准。繼「二黃先生祠」建立後，雍正三年（1725年），朝廷應允嘉定官府的申請，批准侯家的宗祠改為「三忠祠」，專門祭祀侯震暘、侯峒曾、侯岐曾父子三人，每年春秋舉行宗族祭祀和官民公祭。
「八十年來公論定，綽楔再峙修烝嘗。」 侯氏三忠祠的建立，證明侯家在守城抗清八十年後，終於受到官方的認同。
將明末忠臣的地位推上高峰的是乾隆皇帝。乾隆皇帝在位期間，清朝建國已經上百年，政治安定，社會繁榮，出現了史家筆下「康乾盛世」的局面。乾隆皇帝將自己視為儒家聖賢的後裔和華夏共主，將道德教化提上日程，大力表彰忠貞的明朝臣子，為天下樹立「忠」的榜樣。
乾隆初年，耗時四十年的《明史》纂修完畢。《明史》記錄的明末嘉定抗清人物中，只有侯峒曾和黃淳耀兩人專門列傳，這是莫大的榮耀。值得注意的是，《明史》中有關侯峒曾家族的傳記，是侯家的友人汪琬所撰，他在《擬明史列傳》中，為侯震暘、侯峒曾、侯岐曾父子三人分別立傳，稱為「侯氏三傳」。但由於篇幅限制和主題忌諱，如他自己預料的，侯岐曾的傳記最終沒有收入《明史》。 侯峒曾的傳記附錄了隨父死節的侯玄演、侯玄潔兄弟，名垂青史。
同時，黃淳耀的文學成就也受到巨大肯定。在乾隆皇帝欽定的明朝八股文八大家中，黃淳耀名列其中。乾隆皇帝認為，黃淳耀對四書經義的研究和闡釋，「清真雅正，詞達理醇」，堪稱「有明三百年一人」。
與此呼應的是，嘉定縣在乾隆初年又一次編修縣誌。參與編纂的十六名讀書人名單中，有兩位侯家的後人，即侯開國的兒子侯燾和孫子侯肇基。這一次，不僅侯峒曾、黃淳耀受到世人的敬仰，參加守城的其他鄉紳也受到讚譽，包括侯家的親家龔用廣、龔用圓、龔用厚、龔孫玹都以殉國之名供奉在忠孝祠，隨夫殉節的女眷也進入