1645年七月，嘉定城破、侯峒曾父子三人罹難後，僥倖活下來的侯家人來不及悲傷，就被戴上了「倡亂逆賊」的帽子，受到清兵的追捕。一家老小四處躲藏，先逃往松江，後來躲在湖邊，風餐露宿，一有風吹草動，趕緊上船逃到湖泊深處。
嘉定城破後的兩個多月里，城裡和鄉下幾乎沒有片刻安寧。清兵散去後，鄉兵、百姓再次捲入守城與投降、剃髮與留髮的廝殺中，其間不時冒出明朝官軍收復南京、李成棟逃到揚州等謠言。無辜的百姓無論剃髮，或者留髮，都成為盜賊、無賴、投機者燒殺搶掠的借口，想保命只能隨波逐流。七月底，嘉定城破二十多天後，李成棟的隊伍進入葛隆鎮和外岡鎮，展開另一場屠殺，百姓死傷無數，據說現場的鮮血沒過了腳踝。
太倉人浦嶂在李成棟的支持下，擔任嘉定臨時縣令。為了震懾百姓，他鼓動李成棟再次屠戮嘉定。在石岡鎮，龔用廣的遺孀婁氏（「嘉定四先生」之一婁堅的女兒）為躲避侮辱，投水而死，次子元彬被害；龔用廣僅存的弟弟龔用厚，也和他的妻子、兩個兒子死於兵難。 大兵挨家挨戶搜查，百姓無處可逃，只能用亂草蒙著頭躲在河裡。浦嶂與兵丁大肆搜刮城內的財寶，用船運回太倉。城內外屍橫遍野，沒有官員維持秩序，只有寺廟的僧人找來木柴，將屍體堆起來集中焚化。
八月初，李成棟派兵東進，直抵松江府。在上海縣，明朝吳淞總兵吳志葵、登萊總兵黃蜚率領三千餘名水兵以及一百三十餘艘戰船與清軍對峙，不料遭到火攻，全軍覆沒，吳、黃兩人被多鐸下令斬殺；在金山衛，清兵再次施展了紅衣大炮的威力，密集的炮火一天一夜沒停息，城牆燙得守兵無法站穩腳跟； 在松江府城，官紳沈猶龍、李待問、章簡等人帶兵守城，城破後三人自殺，城內上萬名百姓慘遭屠戮。
到了九月，暑氣消退，江南各地的抵抗全部以失敗告終。從六月到八月，清朝共花了三個月馴服江南。清朝委任的地方官陸續到任，道路恢複暢通，在外逃難的百姓陸續回鄉。
江南各地，處處是成堆的瓦礫，殘留著大火燒過的痕迹。店鋪歇業，田野荒蕪，華美屋舍淪為廢墟，象徵名譽的旗杆、牌坊東倒西歪，不計其數的民眾流離失所。目睹這一巨大反差的人，無不黯然落淚。一場戰亂，讓江南昔日的繁華減去了十分之七。
戰爭帶來的破壞，需要很久才能修復。各縣縣令就任後，為了恢複正常秩序，陸續實行了一系列措施：捉拿作亂的奴僕、鄉兵，派兵維持治安；發放通行證，招撫難民返鄉；禁止販賣被擄掠的婦女，命令她們回自己的家，或者張貼告示讓家人領走；通告全城鄉紳和讀書人進衙門謁見，否則以叛逆罪懲處。 清朝委任的嘉定新縣令也走馬上任，之前的臨時縣令浦嶂以貪虐罪被拘捕下獄，全家抄斬。
恢複生計的前提，是更加嚴格的剃髮令。嘉定縣城四周設置了「清發道」，專門監辦剃髮事宜。城內的告示寫得很清楚，不剃髮或髮型不合格者分五等定罪，「一寸免罪，二寸打罪，三寸戍罪，留鬢不留耳，留髮不留頭。又頂大者與留髮者同罪」。
隨著形勢的緩和，侯家人回到了嘉定城南的家鄉諸翟鎮龍江村。他們慶幸自己在鄉下有個容身之處。為了保證安全，他們放棄了龍江村的舊居，分住在附近不同的村子。玄瀞和母親李夫人住在惠寧庄，侯岐曾和妻室、玄汸夫婦住在廠頭村，龔老夫人和玄泓夫婦住在恭壽庄。這些房子有些是侯家的舊宅，有的是弘光朝滅亡前新置辦的，有些是親戚家的房子，有些需要花錢租住。大家約定少出門，謹防耳目，一人外出時務必告知家人。
侯岐曾閉門不出，沒有剃髮，只是頭髮、鬍子全白了。峒曾僅存的兒子玄瀞也沒有剃髮，終日躲在家中。岐曾的兒子玄汸和玄泓需要去縣衙聽候命令，去城裡打探消息，為了行事方便，只能剃髮留辮。
不願屈從新朝的人，為了保命，大多剃去全部頭髮，變成佛門弟子。一時間，江南的城裡鄉下湧出無數和尚、尼姑。侯家的親友夏完淳、顧天逵、龔元暢都剃光頭髮，戴上僧帽。僧人的形象讓他們無須屈從於剃髮令，又可以免遭官府的追捕。
侯家遭變故以後，朋友圈子迅速縮小。他們斷絕了和普通朋友的往來，只與若干摯友通信。清朝入主後，侯家的友人大多改名換姓，楊廷樞改名庄復，夏允彝改名黃志華，夏完淳改名明照，崑山的朋友歸庄換過祚明、歸藏、歸乎來、普明頭陀等幾個名號，連侯家的得力家僕侯馴也改名川馬。朋友們大多選擇了隱居，楊廷樞躲在蘇州山中，歸莊客居嘉定，張鴻磐南翔的家中只留了一名老僕。
松江陷落後，夏允彝夫婦一度寄居龍江村。和岐曾一樣，夏允彝也沒有剃髮。他深居簡出，整理資料，為好友侯峒曾寫傳記；他寫詩懷念黃淳耀，用「大雅」一詞稱讚黃淳耀的人格；他悲嘆侯、黃守城時的英雄孤單，頌揚逝者「寧為玉碎」，慚愧自己苟且偷生。 他和侯岐曾的住所離得不遠，卻互不見面，只是通信往來。兩人用一截截小片竹紙寫信，由侯家的家僕來回遞送。
侯岐曾改自己的號為半生主人，改姓易。「易」字拆自侯家先祖的楊（楊）姓，他希望《周易》里的名言「窮則變，變則通，通則久」能給侯家的命運帶來轉機。玄瀞表示贊同，他說，「易」字從日從月，是光復的預兆。
特殊局面下，敢踏入侯家家門的親友很少，只有侯兌暘、侯鼎暘等幾位族人，張鴻磐、許自俊等本地朋友，以及年輕的兒子和兒媳、女兒和女婿、夏完淳、陸元輔、蘇淵等人。
年輕人沒有再去學校讀書。蘇淵在黃淳耀死後收養了他四歲的兒子黃㺱，陸元輔在城內大家族擔任塾師，並接受了玄泓的邀請，來侯家教習年幼的侯檠、侯榮。不去官學讀書，不參加科舉取士，意味著他們放棄了最合適的前途。他們當然明白這個道理，依然做出了選擇。
侯岐曾的女兒們嫁的顧家、龔家，無不受到重創，生活陷入貧困。岐曾的女兒侯蓁宜、龔元侃夫婦，收養了朋友的遺孤。侯峒曾的女兒侯懷風嫁到崑山後，已經寡居，與婆婆相依為命。
侯家的親友中，族人的情緒最複雜。他們沾過侯峒曾的光，享受過富足的生活，也在侯峒曾「倡亂」抗清後受到牽連，遭到官府追查。個別親戚帶著魚和酒探望落難的侯家人，大部分族人和岐曾一樣焦急地等著官府的政策。
和侯家來往的外姓村民不多，他們早習慣了士農工商各以類聚。大多數善良的村民對遭難的侯氏家族表示同情。畢竟，在龍江村，只有侯家由於秉持忠義而遭受了災禍，其他百姓沒有受到太大損失。
危難讓侯家人的命運更緊密地聯結在一起，他們像受驚的鳥兒一樣聚在同一棵樹上，時刻關注外面的風聲。「煙雲四野天如墨，剩得寒檠一穗紅。」他們努力適應破壁茅屋、風雨蕭瑟的新生活。
屠城事件雖已過去幾個月，局勢依然不穩定。
侯家人聽說，南京有幾十個沒剃髮的人組成隊伍，打起反清旗號，暴露後全遭誅殺；又聽說有四五千人團團圍住南京城，久攻不下，被消滅殆盡；抗清義士吳昜組建了一支白腰黨，劫掠了吳江縣衙的銀庫，斬殺了縣令和一些新科舉人。新上任的蘇松提督吳勝兆在吳江肆意掠奪，金銀、女子裝了滿滿幾船。清兵和抗清義兵輪流進城，遭殃的是百姓，他們不斷遭到搶劫，只能四處逃散。
最讓侯家人痛心的是親友的死訊。
在江南城池陸續淪陷的兩個月里，侯家失去了多位家人和親友，包括侯峒曾、玄演、玄潔父子三人，岐曾的妹妹和妹夫金德開夫婦，親家龔用廣、龔用圓、龔孫玹及其家眷，好友黃淳耀、黃淵耀兄弟，以及崑山的顧咸建、嘉善的徐石麒、松江的章簡。 他們都在敵人逼近時選擇了自盡或拚死抗爭。
戰亂平息後，死亡的消息並沒有停止。一個蕭條的秋日，松江傳來了夏允彝投水自殺的噩耗。朋友們陸續殉國後，夏允彝抱定了必死的決心。當吳淞總兵李成棟邀他見面時，他拒絕了。他將家人託付給兄長夏之旭和好友陳子龍，將剛剛完成的《倖存錄》交給兒子夏完淳，留下了絕命詩：「少受父訓，長荷國恩。以身殉國，無愧忠貞。南都繼沒，猶望中興。中興望杳，安忍長存！」之後自沉於水塘。家人目睹了他自沉的場面：水淺不足以沒過他，但他把頭久久埋入水中，斷絕了呼吸，衣服後背還沒沾濕。 三天後，夏允彝入殮時，夏家收到了隆武皇帝任命夏允彝為官的詔書——但他已經對明朝的光復不抱希望了。
侯家人再次陷入親友離世的哀痛。
玄泓為夏允彝寫了長長的傳記。他回憶了夏允彝擔任長樂知縣時，善於決斷訴訟，是崇禎朝「天下廉卓第一」的地方官；明朝滅亡後，夏允彝輾轉面見史可法，資助江南、浙東的抗清鬥爭；弘光朝廷組建，他接受了女兒夏淑吉的勸阻，沒有同流合污；受到清朝的壓力時，他不惜以死明志。他生平不喜黨爭，當別人尊他為東林黨魁時，他卻批評東林黨人「坐論節概，喜同惡異，不知救時之