沒有人能超然於時空，看清大勢所趨是戰還是降，然後做出所謂的明智選擇。
雖然投降的人是大多數，但在反抗的人看來，站在反抗立場的人也不少。
異族入侵，人心動蕩，剃髮令刺激了不甘心當亡國奴的人開始反抗。明朝滅亡後，官軍散落多處。有軍隊，有領袖，有計畫，就有反抗的希望。
最先起兵的地方是蘇州府吳江縣。吳江縣令獻城投降後，進士吳昜和舉人孫兆奎兩人呼籲反抗，起初支持他們的人有幾十個，七天後，他們的隊伍已有三百人、七十艘船。兩人散盡家財，又招募了三千多名水兵。他們聚集在太湖和附近的泖湖、澱山湖一帶，頭裹白手帕，號稱「白頭兵」，在蘆葦盪中時隱時現，阻塞道路，伺機伏擊清兵。他們散播檄文，聯絡義士，尋求更廣泛的支援。
作為知識階層的精英，他們很清楚，眼前的局勢絕非意氣用事就能成功，但他們還是想奮力一搏。義軍首領孫兆奎說過這麼一段話：
我豈不知國家大勢不在江南，戎馬及斯而強欲御之，何異游步於蹄涔、稱戈於井底！但恨有明養士三百年，一旦至此，而南北諸臣死節寥寥、義聲寂寂！我故欲一身殉之，藉以鼓義士之氣、羞懦夫之顏，庶不負累世之厚澤、平生之壯志。其成敗，聽之而已！
當魯王在浙東監國後，孫兆奎、吳昜遙遙受命，有了更合法的身份。南京弘光朝廷滅亡後，東南地區出現了兩個明朝皇室政權。一個是魯王朱以海，他在浙江紹興監國，由張國維、張煌言擁立；另一個是唐王朱聿鍵，他受到黃道周、鄭芝龍擁護，在福州即皇帝位，改年號為隆武。兩個政權是在互不知情的局面下各自建立的。雖然如此，只要有皇室血統在，就能把散布各地的抵抗力量凝聚起來。如果兩支政權能齊心合力，復興大業將指日可待。
吳江倡義和皇室復興激發了更多仁人志士的決心。一個月內，江南五府的每一塊土地幾乎都樹起了反抗的旗幟。在松江，有鄉紳沈猶龍、李待問、章簡；在崑山，有顧錫疇、朱天麟、朱集璜；在秀水，有陳謨；在平湖，有推官倪長圩；在常州、鎮江，有進士盧象觀、孝廉葛璘；在嘉興，有峒曾的好友徐石麒，以及錢栴和他的兒子錢熙、從嘉定逃回家的錢默；在嘉善，有錢默的叔祖錢士升，錢栴的堂兄錢棅，以及鄉紳屠象美；在江陰，有本縣生員許用與典史陳明遇；在上海，有金山衛的指揮使侯承祖；在常熟，有總兵何沂；在太湖一帶，有生員陸世鑰和陳墓鎮的大家族，連外號「赤腳張三」的太湖水盜也加入了反清行列。
一時間，江南的反抗形勢激動人心。用時人的話來說：「自京口至餘杭八百餘里，東西飆動，所在蜂起，吟嘯四顧，舳艫雨集。」
除了太湖周邊，海上的反清官軍也不可小覷。
長江口外的茫茫大海上，島嶼星羅棋布，以崇明島和舟山群島為主，散布著六十餘座面積一平方千米以上的海島。江南人親水、擅水，走投無路的時候，海洋會接納他們，成為他們的避風港。崇明島、舟山群島與陸地阻隔，遠離朝廷，早年間就是走私商人、海盜、倭寇往來的據點，適合隱蔽，對外人來說卻如同迷宮。
明朝吳淞總兵吳志葵是其中的一支力量。他離開嘉定後，率軍進入海上。六月中旬，更多的明朝將領來到海上會合。游擊蔣若來從南京逃出，監軍荊本澈從京口過來，兵部侍郎沈廷揚、淮安巡撫田仰、淮河鎮總兵張士儀各率數千名水陸士兵、數百艘船隻，相繼到達崇明島。明朝登萊總兵黃蜚也率領幾萬水師南下崇明。幾支隊伍聚集起來，擁立明朝藩王的後裔義陽王為監國。
吳志葵是夏允彝以前的學生。不久，吳志葵收到夏允彝寫來的信，此時夏允彝正往來泖湖與松江兩地聯絡義軍。
在信中，夏允彝提出自己的計策。清兵多來自北方，水上戰鬥力薄弱，加上忙於陸地征戰，無暇顧及明朝的水上反清力量。在泖湖行動比海上更便利，實力也更強。他邀請吳志葵進駐泖湖，將海上隊伍與泖湖合兵，先攻取蘇州，再收復杭州，最後進兵南京。這三步策略如果成功，就可以為明朝保住半壁江山。
夏允彝的兒子夏完淳才十五歲，匆匆與錢栴的女兒完婚後，也加入了父親的行動計畫，負責寫信聯絡江浙的士大夫。
夏允彝的朋友陳子龍也在聯合更多同仁，大多是幾社的友人，以及松江府的前明官員。他至少曾收到前輩徐石麒的三封信，勉勵他建功立業；他的幾社朋友徐孚遠已經受命於魯王，前往各地聯絡義軍；嘉興才俊蔣雯階，早在十八歲就受到夏允彝、陳子龍的賞識並加入幾社，也全力支持陳子龍。
也有人雖不降清，但也沒打算參加復明活動。徐枋是不久前殉節的官員徐汧的兒子，年方二十四。他身穿僧服，隱居在蘇州山中。當陳子龍拉他起事時，他拒絕了。他遵照父親的遺囑，終生不入城市，立誓當一名農夫，以賣畫為生。
在夏允彝、陳子龍、徐孚遠等人的幾次書面邀請下，吳志葵與副將魯之玙率領三千水師離開崇明島，進入澱山湖、泖湖一帶；登萊總兵黃蜚率領一千艘船、兩萬名水兵，也從崇明島來到泖湖。吳志葵抵達泖湖後，以魯之玙為先鋒，與陳墓鎮的大家族合力攻打蘇州，獲得了一次勝利。
官軍的加入，使太湖一帶的復明力量大大增加。
有責任感的讀書人紛紛趕往太湖和泖湖，希望盡一己之力，或出資犒軍，或出謀劃策，或幫助聯絡。
黃淳耀從泖湖回來，去龍江村見到侯峒曾，詳細告訴他太湖義軍攻打蘇州的消息。峒曾高興地引用李白的詩句說：「報韓雖不成，天地皆振動。」昔日，張良刺殺秦始皇雖未成功，但名揚天下。這次攻打蘇州的捷報是個好兆頭，他相信蘇州還會取得更多勝利。
侯岐曾也去了泖湖，他寫信給峒曾，勸峒曾到吳志葵的軍營具體商討。峒曾回答說，有夏允彝在，足以運籌帷幄。他說他去蘇州面見吳志葵，頂多是個名聲，實際上沒有太大意義。嘉定的形勢正危急，自己不能主客顛倒，應該就近助家鄉一臂之力。
隨後，魯之玙的隊伍受到清軍反擊，只能回到海上，泖湖的義軍力量削弱。夏允彝一度打算離開泖湖，走海路去福建投奔隆武皇帝。他曾經在福建長樂擔任縣令，留下了好口碑，也有廣泛的人脈，但他考慮到一旦在福建起義失敗，不得不逃亡求生，反倒無顏面對後世。猶豫過後，他決定留在江南，與好友徐石麒、侯峒曾並肩作戰。
崑山姻親顧家的人給侯家送來一好一壞兩個消息：好消息是顧咸正還活著，壞消息是顧咸正的弟弟顧咸建已經殉難。自從顧咸正在西安被李自成的隊伍關入大牢後，音訊全無，親友都以為他已不在人世，沒想到清兵攻克陝西後，他僥倖出獄，逃到了山裡。顧咸建是顧咸正的弟弟，也是峒曾的朋友。清兵打到浙江時，他正擔任錢塘知縣。在清兵的逼迫下，他交出官印，保住了全城百姓的生命，但他本人不願投降，最終被害。在峒曾看來，顧家兄弟的一生一死，「皆可賀，不可吊」，陰陽兩隔，卻有共同的意義。
峒曾的情緒並不是盲目的。當躲避在家的陸元輔給侯家的年輕人寫信，興奮地表示想參加海上反清行動時，峒曾勸阻了他。峒曾說，古人做事講究知彼知己，現在我們對海上的人和事並不了解。迫於形勢，海上力量應該儘快起事，但我們都是局外人，若想參與，必須深思熟慮，審慎對待。年輕的陸元輔聽了峒曾的話，打消了去海上的念頭。
他深知，要對抗清朝，只有熱情遠遠不夠。眼前的亂象，無論是有謀劃無武器的鄉紳，還是有武器無組織的鄉兵，都無力解決，能依靠的只有明朝官軍。
官軍是國家的正規軍，他們來自世襲的軍戶（區別於民戶、匠戶等類別），主要供朝廷調用。與之對應的是鄉兵。鄉兵也稱民兵，或叫團練，是本地的精壯農民，農忙時務農，農閑時集結操練，緝捕盜賊，維護治安，同時獲得一些錢糧作為報酬。鄉兵系統在明朝早期已經存在，是官軍的輔助力量。明朝中後期，軍戶世襲制度衰落，士兵紛紛逃脫低賤的軍籍，導致官軍的規模和戰鬥力大大削弱，地方防禦只能依賴鄉兵。鄉兵人數增多後，成員魚龍混雜。在太倉等地，鄉兵打著反清的旗號，與已經剃髮的百姓為敵，剃髮者與未剃髮者互毆；在嘉定，鄉兵中混雜著很多無良的打行青年。十年前，侯峒曾向嘉定縣令建議將打行青年訓練成鄉兵，以節省官府開支，輔助官府的兵力。 過去幾年裡，他已經看到，自己的建議沒有取得什麼效果。
接下來，峒曾聽說吳志葵要召集江南士大夫商議對策，他激動地期待著，忘記了身體的羸弱。他很遺憾嘉定沒有幾個官紳士大夫願意一起籌劃，除了侯家和親友龔家、金家，大部分人都逃得不知所蹤，或者如寒蟬般不敢出聲。他認為如果吳志葵能坐鎮指揮，守城禦敵的希望還是很大的。 他決定寫信邀請吳志葵出兵。
在給吳志葵的信中，峒曾對蘇州戰役的勝利表示祝賀，盼望吳志葵直接派兵支援嘉定。他直言不