嘉定漕糧折銀事件解決了，可侯峒曾的官職還沒有著落。廣東官府不停催他赴任，而南京吏部一直不批准他辭官。他焦躁不安，一邊在家養病，一邊想辦法。1642年的大半年裡，他都閑居在家。
其間，本年度的鄉試結果公布，嘉定共有四人中舉，其中三人是直言社的成員黃淳耀、陳俶和蘇淵。 岐曾和兒子玄汸也參加了鄉試，但沒有考中正榜，只中了副榜。岐曾成為國子監生，玄汸成為副貢生，都沒有資格參加會試了。
岐曾記不清自己參加過幾次鄉試了，但這次結果對他打擊很大。他心情抑鬱，委託黃淳耀、陳俶和蘇淵幫他去南京查考卷。明朝的科舉制度規定，落榜的考生可以在十天之內查卷，以示公正。三人回來後，異口同聲地說岐曾的考卷是口碑良好的元成先生批閱的，卷面上優秀文句的圈點頗多，只是可惜沒入正榜。岐曾聽了，不再懷疑。
對年輕的玄汸來說，這是他第三次鄉試落榜。六年前，他第一次參加鄉試，開考前忽然聽說妻子杜氏病亡，急忙趕回家辦喪事；三年前，他第二次參加鄉試，結果瘧疾發作，全身抽搐，無法順利考試；這一次，他去北京考試，但北京城內瘟疫蔓延，岐曾出於安全考慮，不許他參加，他百般懇求，許諾一定考入前十名，岐曾才答應了。結果是他沒有考入前十名。
玄汸在昆陽的岳父母看到科考競爭激烈，想瞞著岐曾直接出錢為女婿捐個貢生。玄汸呵呵一笑，說這麼做是「糞坑中取科名」，拂衣而去。 當上級官員派人暗示他，只要交納一定銀兩，就可以從副貢生變成准貢生時，他又一次拒絕了，並且決定再也不踏入考場。
黃淳耀考中舉人後，繼續與侯家子弟讀書，準備來年的會試。他的兒子黃㺱剛剛出生，肩上的擔子更重了，可他對朋友們說，自己已經看透了功名利祿，無論成敗，來年春天將是他最後一次參加科舉考試。
東北和西北的局勢不斷惡化，國家深陷內憂外患的泥沼，個人的仕途再發達，也無法改變身邊的現實。在國家的危難面前，功名利祿變得蒼白無力。
在東北，明朝遼東總督洪承疇陷入清軍的包圍圈，卻得不到朝廷的支援，只能投降。明朝朝廷並不知道洪承疇已經投降，誤以為他為國殉職，崇禎皇帝親自為他主持了隆重的葬禮。洪承疇投降後，他的手下祖大壽失去了後援，也只能投降，將錦州城拱手獻給清人。這樣一來，清兵的前鋒直逼山海關。
在西北，奉命鎮壓李自成的明朝官軍屢屢戰敗。李自成的隊伍進入河南，連續三次圍攻省城開封。開封城內的官軍糧草斷絕，只能搜刮城內的糧食，致使百姓陷入吃草根、吃老鼠、吃人肉的慘境。而交戰雙方採用的「決河灌城」戰術，給整個開封城的百姓帶來了滅頂之災。
在南方，張獻忠的起義軍在湖北、安徽、四川進進出出，行蹤不定。每次受到官軍的打擊，他就順勢接受招撫，然後私下休整部隊，對官軍發起突襲。這一年，他以最快的速度開進南直隸，攻破安徽三府，搶奪官銀，並訓練水軍，打敗了明朝總兵黃得功、劉良佐的隊伍，震動了江南。
在這種形勢下，峒曾更不想去遠方做官。他寫信向好友徐石麒求助。
徐石麒時任南京刑部尚書，收到峒曾的信後，主動替他向南京吏部求情。徐石麒向吏部主事者建議，侯峒曾體弱多病，願意為朝廷效命，但遠赴嶺南實在有困難，不如成全他，找個近處的職位空缺。徐石麒是嘉興人，他說希望自己的家鄉有賢良官員，侯峒曾是個不錯的人選。吏部主事者答應了。
秋天，新調令傳來，峒曾改任浙江嘉湖兵備道，主要負責嘉興和湖州兩府的兵事。峒曾想再次推辭，卻收到徐石麒的來信，勸他儘快就職，他只能從命。
嘉興和湖州位於浙江北部，毗鄰蘇州府，距離嘉定兩三百里。峒曾對嘉興並不陌生，除了好友徐石麒是嘉興人，侯家的親家龔用圓也正在嘉興做官。
1643年春天，峒曾啟程去嘉興赴命，帶著龔老夫人以便奉養。峒曾的弟弟岐曾、表弟楊廷樞和子侄玄演、玄潔、玄汸一路送行。船行至蘇州城南時，夜色已深，龔老夫人先睡去，其餘的人聚坐船艙，飲酒談天。
關於國家大事，沒有樂觀的消息。清朝的大軍已經攻破錦州，長驅直入，以明朝投降的將士為先鋒，從山東一路南下，向湖北、湖南、江西、四川進發。明朝內閣首輔周延儒在北京東部的通州督師，不敢出擊清軍。崇禎皇帝受到宦官的挑唆，將周延儒賜死。之後，當崇禎皇帝召問群臣時，群臣總是沉默以對。
局勢如同亂麻，連不在官場的朋友都能看清。峒曾的親家姚宗典對他說：「人情思亂，守御全虛，臨渴掘井，莫知窾要。僅僅有維斗（楊廷樞）、灌谿（李模）二三同志為大聲疾呼，而黠者袖手，愚者瞠目，甚可笑也。」
在或觀望或無助的芸芸眾生中，「大聲疾呼」的楊廷樞有些孤單。他依然身在復社，但復社已經不是原來的復社。早在1638年，復社成員在《留都防亂公揭》上集體簽名時，他就與激進的復社骨幹產生了分歧。1641年，他們的朋友、復社前輩領袖張溥被毒殺，據說下毒手的正是現任的復社領袖吳昌時。當標榜正直的復社也深陷名利場時，真正為國家著想的人可算少之又少。復社內部分化後，峒曾早已疏遠了復社，楊廷樞是少數關心國事甚於私慾的復社成員。
月光下，萬籟俱寂，船夫輕輕搖著櫓，水面上泛起層層漣漪。
大家談起剛發生的嘉興變亂。嘉興府秀水縣的縣令為百姓爭取漕糧折兌事宜，卻遭到漕卒的搶劫，差點兒丟了性命。有傳言說，漕卒接下來要進城搶劫富戶。負責嘉興兵備的官員心存畏懼，不敢下令追捕，結果漕卒的氣焰更加張狂。峒曾要接任的正是兵備一職，想到未來的風險，大家的話題不知不覺轉到了人的各種死法。
峒曾開口道，我聽說死在水中是好死法。
岐曾接著說，我還沒嘗過熱油灌頂的滋味兒。
輪到楊廷樞，他沒有說話，沖著後輩中年齡最大的玄汸使了個眼色，示意他先說。
玄汸想了下，說，要看清為什麼死，不要錯過死的機緣。不管水火還是刀鋸，自己要打算得明明白白，該激烈的激烈，該瀟洒的瀟洒，該信任時不要懷疑，該攻擊時不要後退，這樣才算生平完整，即便肉體有損，也不辱雙親。
楊廷樞聽了侄子的一番話，拍案大叫道，你能做到嗎？玄汸點頭稱是。他又問玄演、玄潔，你們的哥哥說的有道理嗎？二人點頭，回答有道理。他又大聲問二人，你們能做到嗎？玄演、玄潔都回答能。楊廷樞再次拍案而起，一飲而盡，大呼痛快，說，我不孤單了！他又和大家逐一碰杯，信誓旦旦地說，別忘了今夜小船里的一席話。船夫聽了，覺得不可思議，這位楊老爺一定瘋了，好好地說起不吉利的話。有意思的是，第二天一早，龔老夫人聽峒曾說起大家的閑談，她也贊同峒曾的看法，認為死於水是最潔凈的。
峒曾到達秀水縣城時，城內的氣氛依然緊張。有人勸他等騷亂平息後再進城，他沒有理會，直奔縣衙見李縣令。李縣令被漕卒打傷後，一直閉門不出，養好傷後，更不敢出門。
峒曾考慮到漕卒之亂可能是受人主使，便不再對外聲張，也沒有採取任何行動。隨後，他去杭州面見浙江巡撫，秘密彙報此事，說出自己的想法，得到巡撫的應允。他秘密調查了一個月，突然下達抓捕令，將倡亂的兩名漕卒捉拿歸案，並斬首示眾。
他出手雖快，可幕後的主使者消息也很靈通，事先聽到風聲逃竄了。峒曾查找線索，打探到幕後主使者的逃竄方向，立刻派人快馬加鞭給史可法送信。不久，史可法在平湖一帶抓獲此人。案件擺平後，峒曾回到秀水縣衙，勸誡李縣令一番，李縣令終於答應出門主政。
另一件麻煩事隨之而來。明朝將領左良玉在北方與李自成交鋒時，連吃敗仗，已經退到武昌。他擁兵二十萬，沒有兵餉補給，只能沿江東下，一路在江西和安徽劫掠漕船，直逼江南。
江南百姓聽說了左良玉在長江中下游的掠奪行徑，頓時人心惶惶。左良玉手下的士兵多為烏合之眾，在戰場上打不過李自成的起義軍，劫掠無辜百姓卻很在行。李自成和張獻忠帶來的禍亂似乎還很遠，但左良玉的擾民近在眼前。
面對緊張的局勢，峒曾說，騷亂多發生在流寇還沒來時，自己先亂了陣腳，下令先撇清謠言。安撫完百姓後，他搜集情報，暗中派兵守衛湖州泗安鎮。泗安鎮地處浙江省西北角，是從安徽進入浙江的要衝。他集合壯丁，修築城牆，捐出官俸置辦軍火器械，搜索四角城樓和火藥庫，居然找到幾十萬兩火藥——都是平時被侵吞的。他設置了嘉定到鎮江的水路、湖州到安徽寧國府的陸路兩條線路，沿途布置暗探，創立塘報，隨時傳遞最新的軍事情報。
不久，左良玉被遏制在安徽蕪湖，沒有繼續東進，浙江全省也受惠於侯峒曾的防衛，沒有陷入混亂。此後，他更加重視兵防，定期巡查轄區內