1638年，侯峒曾在南京吏部的三年期滿，升任江西提學官。這一年，他四十八歲。
提學官隸屬於禮部，正四品，雖不是中央高官，卻是一省要員。提學官一職是明朝正統年間設置的，已經延續了兩百多年。提學官的正式名稱為提學參議，職責為「提督學政」，俗稱督學，統管一省的教育。它的選拔標準是有聲望的文官，既要有學問，也要有德行。提學官履行職責時，不受總督、巡撫、巡按等官員的干涉。提學官任期四年，每月的祿米為二十四石，不算高，好在還有布帛、養廉銀等補助和其他途徑的收入。
江西是一個文教大省。幾百年來，江西人才輩出，是歐陽修、王安石、曾鞏、楊萬里等宋代文壇名家的故鄉。進入明朝，江西的科舉水平在全國首屈一指，湧現過幾十位內閣大學士、六部尚書、狀元、會元，等等，有「翰林多吉水，朝士半江西」的說法。由來已久的風俗教化使江西人崇尚讀書，無論寒門還是富戶，都希望以科舉興家。
不過，明朝後期的江西已經沒有了昔日的繁盛，農民起義頻發，科舉也陷入無序。明末的官場上，流行著「命運低，得三西」的諺語，官員普遍痛恨去貧窮落後、民風剽悍的江西、山西、陝西三省任官。 前幾年裡，江西上饒的平民張普薇與同鄉組織了「密密教」，發展了不少信徒，一度發動起義，建立政權，公然向官府挑戰。峒曾對江西沒有太多排斥心理，反倒有某種親切感，原因之一是他的曾祖父、侯家的第一位官員侯堯封曾經在江西為官。
峒曾帶著朋友們的問候，起程前往南昌。 「密密教」起義已經被官府遏制住，沿途沒有受到太大阻礙。陪他赴任的是小兒子玄瀞夫婦。玄瀞剛滿十五歲，和新婚妻子張氏侍奉峒曾的起居，順便學習公務。峒曾還帶上了最信任的家僕李賓。李賓在侯家為仆二十多年，是峒曾的可靠管家。 峒曾的母親龔老夫人、妻子李氏留在嘉定縣城的家中，維持整個家族的生活。
峒曾到達南昌官邸後，換上緋紅色的官袍，走馬上任。
和所有新上任的官員相似，峒曾上任的第一件事是申明規章制度。他按照慣例，將《學政申約》分發至江西十三府，宣揚朝廷的教化宗旨。
他想起自己在校讀書時，學校也常發布各種條文。他會認真閱讀，而很多同學看都不看就塞到桌底的罐子里，一輩子也不知道那些條文在講什麼。他認為這是提學官的責任。
峒曾不希望自己發布的文件淪為空談，打算做一些改變。《學政申約》的內容一般是固定的，主要是皇帝欽定的敕令、禮部頒布的條文。他拿出崇禎皇帝新近下發的敕令和禮部條文進行解讀，與同僚討論確證，再用明晰的文字重新解釋一遍，編輯成一本冊子，定名《江西學政》。冊子的內容包括十八章皇帝敕諭、三十五章禮部欽定條例，以及他自己逐章逐條做出的注釋。
原本單調生硬的條文，在峒曾的解說下，變成切實可行的教育指南。他在注釋中表達了自己的觀點：當下考生的應試文章結構破碎，很多人的文體意識混亂，用古文體寫八股文，讓人一頭霧水。他認為文體如同人體的四肢五官，固定不可移動。優秀的先輩文學家也有創新的才華，但在做文章時，寫古文就是古文的樣子，寫八股文就用八股文的格式。針對文章越寫越長，甚至長達幾千字的風氣，他提倡言之有物，規定文章篇幅參照朝廷的規定，不超過五百字。
頭幾個月里，他的日子過得很輕鬆。到了秋高氣爽的時節，他邀請親朋好友來江西旅行。他的兒子們、朋友黃淳耀陸續去官邸看望他，母親龔老夫人和弟弟岐曾也到南昌小住。 朋友和家人的到來讓他心情愉悅。
漸漸地，繁雜的公務如海浪般向他湧來，面前的教育界如同一片汪洋，渺茫無邊，深不可測。
身為提學官，他的職責之一是主持省內的院試，並審閱試卷，選拔考生。院試是考生在參加正式的科舉考試（鄉試、會試、殿試）之前，必須通過的考試。所有參加院試的考生，事先已通過縣試和府試，獲得童生的身份。
院試分兩種，一種是歲試，分別在江西十三府舉行，一般一年考一次或三年考兩次，由提學官與各府官員一起監考。童生通過歲試，才能成為生員（秀才）。
另一種是科試，在省城南昌舉行，三年考一次，考生是全省所有的生員。生員通過科試後，才有資格參加南直隸或北直隸的鄉試。
所有考生都明白院試的重要性，無不在考試中竭盡全力。
峒曾審閱過不計其數的考卷。閱卷是一件鄭重的事情。閱卷前，他要焚香、告天、上奏章。閱卷時，他深思熟慮，唯恐有失公平。有時候，成百上千份卷子已批完，唯獨一兩份頗費思量，他便擱置幾天，理清思路後再行定奪。評定為優秀的卷子，要找出能服眾的理由。評閱完畢後，要拿出前五名和最末五名的考卷上交吏部，以作查驗。
透過一張張考卷，層出不窮的作弊行為一一呈現出來。明朝對作弊監管很嚴，量刑也很重，情節嚴重者要斬首示眾，但依然擋不住作弊者的投機心理。無數考生冒著戴枷鎖的風險，絞盡腦汁想辦法作弊。在明朝的科舉考試中，作弊行為花樣百出，曾經有考生將兩篇文章藏在肛門中，居然也被搜查出來。
侯峒曾感到了頭疼，他知道自己接下來要忙什麼了。
他對考卷進行整理，發現主要的作弊行為有兩種：一種是「雇倩」，即花錢找別人替考；另一種是「傳遞」，即考場外的人給場內考生傳遞答案。
他批閱一大摞南昌府的考卷時，偶然發現一名考生的筆跡與其他府的某份考卷極為相似，語言表達也是同一種風格，如同出自一人之手，論成績可以名列前茅。峒曾猜測這一定是「雇倩」，此人自己參加考試，又為其他府的考生替考。
也有的考卷文採風流，可偏偏夾雜著一些奇怪的錯別字。他拿出這張考卷的草稿一看，通篇整潔清爽，沒有任何錯別字和改動痕迹，顯然，這屬於「傳遞」。該考生不通文墨，靠著偷偷傳入的考卷飛速抄寫，慌亂中抄錯了一些字。
如果這些情況只是個案，有可能是巧合，可是，峒曾閱卷完畢數了數，有幾十份考卷都涉及這兩種情況。
他決定整治到底。
他怕打草驚蛇，不動聲色地將可疑的考生全部錄取。幾天後，到了複試的日子，峒曾在考生面前按常規宣讀了官方訓誡。眾考生神清氣定，作弊者心知沒有隱患，放鬆不少。按慣例，複試的第二天，全體考生要整理衣冠，集體去孔廟參拜，並拜會本省提學官侯峒曾。當所有考生聚集到孔廟時，峒曾站在孔廟大殿前的台階上，面向台下的人群，大聲念出一些考生的姓名，發給他們紙筆，現場出題測試。其中幾人面面相覷，測試結果一塌糊塗，只能認罪。沒被查到的考生暗自慶幸，紛紛猜測峒曾在考生中布下了耳目。
峒曾認為，幾種作弊行為中，「雇倩」干涉考紀，混淆黑白，尤其惡劣。他沒有專門的技術手段查出替考行為，只能依靠自己非凡的記憶力。他監考時，雖一天之內接觸幾百名考生，卻能將絕大部分考生的姓名和相貌對上號。
一次，他在南昌監考時，無意間留意過一個名叫徐昌期的考生。十幾天後，他主持補考時，看到一個名叫徐鍪的考生長得眼熟，心裡產生了疑問。他仔細回憶，終於想起此人很像十幾天前參加考試的徐昌期。他派人找出之前徐昌期的考卷，放在寬大的袖子中，徑直來到徐鍪的號房前。他拿過徐鍪的考卷查看，字跡果然跟袖中徐昌期的考卷字跡很像，心裡確定了十之八九。
峒曾不動聲色，將戰戰兢兢的徐鍪帶到大堂繼續答卷。之後，他把兩份試卷放在一起對比，不僅筆跡一模一樣，連語氣、文風也一致，便確定無疑。徐鍪面如死灰，跪在峒曾面前，坦白自己的真名是徐昌期。
替考人已確定，但不抓到真正的徐鍪，難以立案。事不宜遲，峒曾命令下屬立刻抓捕徐鍪。下屬抓耳撓腮，稱不知去哪裡抓。
峒曾想了想，命人打開貢院大門，放出第一撥考試結束的士子。門口立刻聚攏了一撥人。峒曾安排下屬站到門口，留意門外有沒有倉皇向里張望的人。不一會兒，下屬發現了在人群中探頭探腦的可疑人員，確定此人正是徐鍪，將他綁到了大堂。眾人心服口服，聽峒曾講述原由。峒曾說，僱人替考後哪有安心待在家裡的，都等在貢院門外，等替考人一出來就著急問情況。
深入查案後，更讓峒曾震撼的是，案子背後的主謀和聯絡人竟是南昌縣學的一名馮姓差役。峒曾建議刑部除了懲罰徐鍪、徐昌期，還要對馮某從重發落，按理應發配邊疆，只是考慮到馮某並未收受賄賂，建議改以杖刑。
「一群鬼蜮，白日為昏」。峒曾很感慨，本應公正的教育界變成了烏煙瘴氣之地。
在侯峒曾看來，考場的弊端不僅來自學生的作弊行為，更源自科舉體系中自上而下不遵守規則的頑疾。他整理自己的經驗和思考，提出了至少十七條解決方案，如