1635年，崇禎皇帝即位七年，侯峒曾考中進士已經整整十年。
十年間，他一直賦閑在家。頭三年，天啟皇帝在位，閹黨當權，他沒有機會進入仕途；後七年，崇禎皇帝繼位，朝政好轉，但峒曾的父親侯震暘和祖母先後去世，按照丁憂三年、其間不得為官的規矩，他雖收到朝廷任命，但只能在家連續守孝六年。
峒曾服完喪後，母親龔老夫人開始催他入朝為官。母親說他早已考中進士，卻沒穿過一天官服，現在黨禍解除，侯震暘的名譽也得到恢複，峒曾應該回到官場，為國盡職。
峒曾四十四歲了，早已意識到肩上的責任。自父親去世後，家裡最有力的經濟來源斷絕；孩子們漸漸長大，家裡要延請塾師，要物色親家；弟弟岐曾尚未考中舉人，不能承擔養家的責任。這些事情都沉甸甸地壓在峒曾的肩上。好在孩子們有黃淳耀和侯岐曾教習，不需要他繼續操心。
他想起父親臨終前的遺訓：侯家世代享受國恩，有責任報效國家，但時局混亂，入官場難免同流合污，不如明哲保身，保持清白。
他幾度徘徊，終於下定決心，收拾行李，奔赴京城。
按規定，他要在北京履行公職，不過，考慮到北京離家遠，奉養母親不便，他一心想調到南京。其實，他不想在北京做官，主要原因是北京的官場遠比南京複雜。與他交好的同僚多在南京，在北京的官員大多屬於東林黨的反對派。父親侯震暘的官場浮沉讓他深知北京官場的難以作為。與侯震暘同時代的官員這樣描述北京：「燕雲只有四種人多：閹豎多於縉紳，婦女多於男子，娼妓多於良家，乞丐多於商賈。」 這句話說的是十多年前的景象，不過，峒曾很難指望當下的情況能有好轉。
侯峒曾的北京之行，與其說是報到，不如說是訪友，向舊友尋求幫助調往南京。父親的朋友文震孟、姚希孟已經受到起用，分別在北京和南京任官。
峒曾從家鄉一路北上，先到達南京，看望了病中的姚希孟。
他從姚希孟那裡聽說了不少北京的消息。姚希孟用「世事紛紜，進退維谷」形容政治局勢和自己的處境。
北京的情況一點兒都不樂觀。在剛過去的三年里，明朝的東北邊防日漸削弱。在大凌河，祖大壽的軍隊被皇太極圍困四個月，將士們苦苦支撐，軍糧耗盡，沒等來明朝的後援，只得答應投降後金；之後，明朝將領孔有德和耿仲明出兵進攻皇太極，久久等不來軍餉，於是率眾渡過渤海，投降後金。多名明朝武將的投降，無論從軍隊規模上，還是火器和兵法上，都大大加強了後金的力量。這些降將本是諳熟大炮製造技術、擅長使用大炮的明朝精英，他們投降皇太極後，受到厚待，開始協助後金製造紅衣大炮、佛郎機大炮等西式先進武器，將炮口轉而對準了明朝。
就在不久前，皇太極繞過明朝在山海關外布置的錦州—松山防線，再次借道蒙古，襲擊了宣府和大同。宣府和大同位於北京西北部，是明朝在長城沿線設置的軍事重鎮，是大名鼎鼎的「九邊重鎮」中的兩個，可謂北京的邊防命脈。宣府、大同遭襲，表明明朝的北部防線再也難以倚靠。
面對後金的猛烈攻勢，官軍只能勉強招架，每一次進攻過後，都不敢想像下一次。真假難辨的「韃子兵」在北京城外搶劫財產，擄掠女子，搞得城內人心惶惶，流言四起。後金四處散布姦細，窺探明朝的虛實，強拉漢族百姓補充兵源，招募熟悉地形的百姓當嚮導。
而明朝朝廷上，「要兵則曰無兵，要餉則曰無餉」。武將以兵力不足、糧餉不足為借口，不願以卵擊石，以免做無謂的犧牲。文臣也一籌莫展，只能攤攤手，敷衍幾句「小寇搶掠耳」「窮寇速死耳」。 崇禎皇帝手足無措，一腔怒火無處發泄，只能販賣皇宮裡的特藏補充軍餉。當他私下派人把萬曆年間的特級遼參拿到市場上售賣時，發現買家居然多是在朝官員，有閹黨，也有復社名士。
文武百官中，像姚希孟這樣積極想辦法的官員只是少數，而這種積極也很有限。他剛寫完一篇疏文，勸說皇帝在四川、浙江等驍勇善戰的省募兵，由朝廷委任一名統帥，再安排幾名武將練兵。之前，皇帝擔心在地方募兵會導致兵權旁落，遲遲不允許各省直接募兵。姚希孟認為這是萬般無奈之下的「急救之第一方」，但出於某種顧慮，他寫完後並沒有呈給皇帝。或許他能猜到，即便呈上去，也無法順利實施。
北京官場有多混亂，從姚希孟貶官的經歷可以略知一二。之前，姚希孟在北京擔任詹事府詹事（正三品），以非凡的才學和名望為太子講學。有一次，他主持順天府鄉試時，兩名考生冒用學籍考中了舉人，而他毫不知情。案件揭發後，涉事官員不約而同地將責任推到他頭上。憎惡東林黨的當權者抓住姚希孟的把柄，將他貶到南京，降職為少詹事（正四品），改掌南京翰林院，其實只是虛職。姚希孟到南京後，又急又氣，一直卧病在床。
「國事如一漏舟，搖蕩於洪濤巨浪中，竟無一把舵者。」 姚希孟眼中的國家形勢，沒有一絲希望可言。
峒曾帶著沉重的心情，告別了姚希孟，繼續北上。一個月後，他終於看到了北京的城門。隨後他去禮部報到，受任北儀曹，也就是禮部員外郎，負責宮廷大典的禮儀。他顯然對這個職位沒有興趣，抽空拜會了文震孟。
文震孟正在皇宮中擔任太子詹事，主要職責是為太子講課，和姚希孟之前的角色差不多。他擅長講解，尤其擅長解讀《春秋》中的微言大義。他為皇室講學時不苟言笑，並適時規勸皇帝，在同僚中得了個「真講官」的外號。
峒曾告訴文震孟自己想去南京任職，無奈上級不批准，希望文震孟幫忙。文震孟聽後，向他講明在北京做官的好處，希望他留在北京。
在北京做官，升遷的機會遠遠大於南京。南京和北京同為明朝的都城，官僚制度的設置相差無幾，不過，隨著早期明成祖朱棣遷都北京，南京的重要性漸漸不如北京。南京朝廷保留了北京朝廷所有的政治機構，只是北京的官職可以直接稱呼，南京的官職則要在前面冠以南京二字。比如，北京的吏部直接稱「吏部」，南京的吏部則要稱「南京吏部」，其實還是低了一等。
在京的其他同鄉官員聽說後，也勸峒曾接受北京的職務，壯大江南籍人士在北京的勢力。兵部尚書張鳳翼還向他保證，奏請皇帝擢升他為兵部職方郎。兵部職方郎是軍事類職務，掌管邊鎮堡寨守衛、邊疆族群內附的事務，職位比原來的禮部員外郎高一級，權力更大，油水也更多。
面對好友們的挽留，峒曾固執地一一拒絕，只想在距離家鄉更近的南京任職。
明朝後期，官職的調配有很大的隨機性，在大方向確定後，具體的職位經常由抽籤決定，稱為「枚卜」。抽籤的結果顯然可以受多種因素決定。吏部的朋友見峒曾如此堅持，只能和主事者打個招呼。於是，峒曾順利得到了南京的職位，任南京吏部文選司主事，正六品，任期三年。
離開北京前，峒曾通過文震孟的介紹，結交了另一個即將出現在南京的人物——史可法。他們二人都是文震孟的朋友，二人的交集也始於文震孟。據說，史可法問文震孟江南有哪些靠譜的人才，文震孟說出了侯峒曾的名字；而侯峒曾也問文震孟北京的官員屬誰正派，文震孟答曰史可法。 史可法是北方人，家在河南開封，祖籍北京大興。他也是進士，之前在戶部任職，剛受命鎮守南直隸。侯峒曾和史可法幾次互相拜訪都錯過了，後來偶然在路上見面，頗有一見如故的感覺。兩人在北京簡單見了一面，期待日後重逢。
峒曾在北京的行程結束後，坐船沿大運河一路南下，直奔南京。當時，鄭三俊是南京吏部尚書，看到好友侯峒曾來南京赴任，自己多了左膀右臂，非常高興；徐石麒也歡迎峒曾，他是南京吏部清吏司的考功郎，與峒曾是同年舉人，也是志同道合的朋友。
南京作為留都，遠離皇帝的耳目，束縛較少，活動自如。南京六部的管轄範圍主要是江南一帶，比北京六部清閑不少。在北京官場上不得志的官員，也就是東林黨的成員，大多隱退到南京。峒曾的加入壯大了南京東林黨的聲勢，雖然他並不以東林黨標榜自己。
南京吏部的公務不多，峒曾閑暇時喜歡寫字和下棋。時常有人帶著紙筆登門造訪，請他寫一幅捲軸，或題一幅扇面。他來者不拒，也不收潤筆費，只是要求和來人下一盤棋。 人們以收藏他的書法作品為榮。多年以後，仍有人稱讚他的書法「行筆高古」，不遜於婁堅、歸昌世等當時著名的書法家。
此時的南京官場和其他地方一樣，徇私、矯飾、諂媚、推諉、鑽營、貪賄等官場病成為常態。 清正的官員不願同流合污，但也無力改變現狀，大多自成小團體，把酒聚會，登山閒遊。峒曾加入南京吏部後，鄭三俊打算重振南京官場的風氣。當地方官到南京述職、接受五年期滿考核的時候，徐石麒在鄭三俊的授意下，與峒曾聯手，對五年來欺上瞞下、民怨深厚的官員進行了一番降職或淘汰